genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87283560--87283633	31	2.4	31	95	0	130	20	35	29	14	1.93
87286517--87286639	43	2.9	42	85	8	178	26	15	26	31	1.96
87290204--87290381	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
87290205--87290360	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
87290201--87290381	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
87375752--87375929	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
87375773--87375928	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87375752--87375928	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
87383585--87383762	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87383606--87383761	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87385879--87385909	15	2.1	15	100	0	62	29	6	0	64	1.18
87385943--87386001	29	2.0	29	83	0	73	25	25	8	40	1.83
87392005--87392244	50	4.8	50	79	8	249	30	27	17	25	1.97
87397144--87397178	13	2.8	12	83	8	52	25	0	14	60	1.35
87398282--87398321	20	2.1	19	90	4	62	47	10	7	35	1.65
87398282--87398321	19	2.0	20	85	4	55	47	10	7	35	1.65
87402947--87403033	45	1.9	45	81	4	104	28	9	21	40	1.84
87407246--87407416	83	2.1	83	94	0	297	30	14	19	34	1.92
87409108--87409207	24	4.2	24	92	1	157	34	4	41	21	1.72
87410615--87410726	27	4.2	26	83	7	134	15	25	23	36	1.93
87410615--87410726	54	2.1	54	88	3	163	15	25	23	36	1.93
87413860--87414081	40	5.6	40	85	5	263	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87413910--87414114	40	5.2	39	81	10	172	25	20	29	24	1.99
87413910--87414114	80	2.6	80	84	6	222	25	20	29	24	1.99
87420173--87420232	24	2.5	24	88	0	84	35	1	41	21	1.63
87421195--87421224	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
87421644--87421755	27	4.1	27	81	10	122	17	23	22	36	1.95
87432613--87432666	28	1.9	28	84	0	72	31	24	14	29	1.95
87432655--87432797	40	3.6	40	78	5	155	35	25	17	20	1.95
87432697--87432825	40	3.2	40	81	6	147	34	23	17	24	1.95
87432656--87432825	40	4.3	39	78	8	130	34	24	17	22	1.96
87435238--87435355	29	4.2	28	77	13	116	27	29	14	28	1.95
87435240--87435351	57	2.0	57	84	7	147	25	30	15	28	1.96
87437211--87437256	23	2.0	23	95	0	83	41	19	4	34	1.71
87439308--87439374	29	2.3	29	84	0	80	19	8	22	49	1.76
87440354--87440392	19	2.1	19	95	0	69	38	15	17	28	1.91
87443292--87443464	46	3.8	45	76	13	181	23	20	26	29	1.99
87443289--87443459	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
87450838--87451010	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
87450835--87451005	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
87453545--87453608	26	2.4	27	86	2	85	32	20	21	25	1.97
87462809--87462960	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
87462809--87462980	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
87470956--87471106	40	3.8	40	88	3	207	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87470956--87471106	79	1.9	80	84	4	207	24	21	27	25	1.99
87470956--87471126	79	2.2	79	82	4	202	23	21	27	27	1.99
87474652--87474682	14	2.1	14	94	5	53	58	19	0	22	1.40
87480379--87480567	40	4.8	40	79	4	195	26	21	27	24	1.99
87480379--87480566	80	2.4	79	86	2	259	26	21	27	23	1.99
87492892--87492917	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
87501947--87502212	40	6.7	40	84	3	340	25	22	26	24	2.00
87504487--87504514	10	2.8	10	100	0	56	50	7	0	42	1.30
87512973--87513044	24	2.9	25	86	10	94	27	23	23	25	2.00
87513264--87513348	38	2.2	38	97	0	161	37	16	22	23	1.93
87514137--87514188	26	2.0	26	88	0	77	13	23	26	36	1.92
87524698--87524881	43	4.3	43	84	0	208	26	25	19	28	1.98
87524893--87524930	20	1.9	20	88	0	58	47	0	0	52	1.00
87527621--87527665	22	2.0	22	100	0	90	57	22	0	20	1.40
87528444--87528503	30	2.0	30	93	0	102	26	25	11	36	1.90
87529268--87529322	7	7.7	7	89	4	56	25	0	0	74	0.82
87529276--87529309	7	4.9	7	100	0	68	14	0	0	85	0.60
87529267--87529318	21	2.4	21	80	3	68	26	0	0	73	0.84
87529720--87529768	21	2.3	21	83	13	57	51	30	0	18	1.47
87531479--87531535	16	3.6	16	85	0	69	28	28	7	36	1.83
87540801--87541031	40	5.8	41	90	3	339	26	27	22	23	1.99
87544769--87544948	40	4.6	40	79	10	160	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87552659--87552838	80	2.3	80	83	10	210	27	27	20	23	1.99
87552656--87552838	40	4.6	40	81	8	187	28	27	20	24	1.99
87555219--87555262	19	2.2	20	88	4	63	36	13	2	47	1.56
87557766--87557877	46	2.4	46	83	2	136	28	22	15	33	1.94
87562093--87562212	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
87566416--87566535	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
87569076--87569130	16	3.4	16	84	0	74	41	5	23	29	1.76
87569112--87569205	44	2.1	46	88	7	140	31	5	26	36	1.79
87569373--87569410	20	2.0	18	90	10	58	57	2	0	39	1.12
87569294--87569456	57	2.9	54	75	10	148	54	3	1	40	1.26
87570496--87570538	21	2.0	21	100	0	86	32	13	18	34	1.90
87573337--87573384	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
87573431--87573527	20	4.8	20	97	0	185	34	10	20	35	1.87
87573443--87573519	9	7.9	9	72	16	64	33	7	22	36	1.83
87580873--87580948	11	7.5	11	73	16	74	34	11	21	32	1.89
87580872--87580948	20	3.8	20	92	0	136	33	11	20	33	1.89
87580884--87580940	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
87580997--87581095	26	3.8	26	89	4	155	26	24	23	26	2.00
87580997--87581102	53	2.1	50	92	5	176	29	22	21	26	1.99
87582970--87583016	23	2.0	24	95	4	87	17	12	12	57	1.65
87582973--87583022	23	2.2	23	89	7	75	14	16	12	58	1.64
87591178--87591371	43	4.7	43	96	1	328	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87591185--87591407	43	5.4	40	92	3	315	25	22	27	24	2.00
87599723--87599747	12	2.1	12	100	0	50	52	8	32	8	1.60
87603557--87603613	30	1.9	30	88	0	87	42	7	21	29	1.79
87604308--87604346	19	2.1	19	100	0	78	51	15	15	17	1.77
87606529--87606579	26	2.0	26	96	0	93	27	29	15	27	1.96
87625181--87625376	50	3.9	49	83	2	230	26	18	26	29	1.98
87628364--87628402	15	2.6	15	91	0	60	5	15	25	53	1.62
87630569--87630757	50	3.8	49	78	4	173	25	17	27	29	1.98
87632461--87632505	18	2.5	19	85	7	58	26	6	2	64	1.30
87635563--87635646	42	2.0	43	88	2	125	22	16	26	34	1.95
87635582--87635668	43	2.0	42	82	6	104	24	18	26	31	1.98
87640921--87640961	20	2.0	20	95	0	73	19	26	19	34	1.96
87649584--87649640	27	2.1	27	100	0	114	47	15	3	33	1.63
87649593--87649655	27	2.3	27	86	5	83	53	9	3	33	1.49
87651098--87651256	27	5.9	27	83	11	193	33	22	25	18	1.96
87651116--87651259	54	2.7	54	95	2	254	34	23	25	17	1.96
87652854--87652961	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
87657645--87657903	46	5.6	45	72	14	145	27	18	30	23	1.98
87657645--87657916	47	5.8	46	76	10	180	27	18	29	23	1.98
87657650--87657915	140	1.9	141	83	5	351	27	18	29	23	1.98
87658407--87658464	28	2.1	28	100	0	116	34	10	13	41	1.79
87663330--87663374	19	2.3	19	84	7	54	44	2	8	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87663446--87663490	14	3.1	14	81	12	54	24	0	31	44	1.54
87663504--87663544	21	2.0	21	85	0	55	21	0	24	53	1.46
87663533--87663559	14	1.9	14	100	0	54	25	0	29	44	1.54
87663445--87663573	64	2.0	66	83	6	165	22	0	32	44	1.59
87664088--87664122	17	2.1	17	88	0	52	71	5	2	20	1.19
87670889--87670922	18	1.9	18	88	5	52	20	14	14	50	1.78
87671436--87671474	19	2.0	20	90	5	62	38	5	5	51	1.46
87673764--87673795	11	2.9	11	95	0	55	40	0	0	59	0.97
87673839--87673920	43	1.9	43	92	0	137	48	17	0	34	1.47
87673898--87673970	9	8.1	9	73	11	60	42	21	2	32	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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