genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50043573--50043609	19	1.9	19	89	10	58	51	8	2	37	1.46
50043502--50043896	9	42.3	9	64	21	54	58	3	2	35	1.28
50043826--50043891	10	6.7	10	74	10	55	62	3	3	31	1.26
50043837--50043892	29	1.9	29	85	7	78	64	1	1	32	1.14
50046338--50046438	33	3.0	33	71	7	96	40	0	13	45	1.44
50046528--50046754	125	1.8	125	84	4	314	43	14	15	26	1.85
50053743--50053778	18	2.0	18	88	0	54	38	8	25	27	1.84
50054367--50054392	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
50055278--50055335	24	2.3	24	80	13	64	63	1	1	32	1.14
50059340--50059395	28	2.0	28	100	0	112	32	21	17	28	1.96
50068430--50068470	6	6.5	6	83	10	55	14	17	0	68	1.22
50068375--50068520	69	2.1	70	87	5	208	24	18	5	51	1.67
50071719--50071765	17	2.8	16	84	9	67	48	0	0	51	1.00
50075732--50075903	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
50075725--50075900	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
50082849--50082907	27	2.2	26	84	3	73	35	20	23	20	1.96
50082870--50082931	31	2.0	32	87	3	90	35	22	24	17	1.95
50082876--50083017	67	2.1	67	86	5	194	30	23	28	17	1.97
50082947--50082998	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
50091490--50091623	68	2.0	69	89	1	207	43	2	5	48	1.40
50091571--50091611	21	2.0	20	85	4	55	48	2	0	48	1.14
50092379--50092430	11	5.1	10	77	11	52	0	11	3	84	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50092379--50092423	16	2.9	15	81	15	56	0	13	2	84	0.72
50092379--50092424	19	2.4	18	86	13	65	0	13	2	84	0.71
50092379--50092423	15	2.9	16	80	6	56	0	13	2	84	0.72
50092580--50092667	29	3.1	29	62	9	74	25	9	20	45	1.80
50092569--50092678	55	2.0	55	98	0	211	26	7	20	46	1.76
50095511--50095755	40	6.1	39	90	3	314	24	24	26	24	2.00
50103561--50103805	40	6.1	40	86	4	300	23	23	26	26	2.00
50105547--50105616	26	2.7	26	86	2	95	40	8	22	28	1.84
50105569--50105644	26	2.9	26	84	2	89	36	9	26	27	1.87
50106165--50106263	52	1.9	52	97	0	189	38	14	16	31	1.88
50108252--50108278	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
50109826--50109903	34	2.3	35	78	14	92	51	11	3	33	1.56
50110615--50110805	95	2.0	95	98	0	373	37	15	25	20	1.93
50112441--50112655	107	2.0	107	96	0	394	26	7	15	49	1.72
50119013--50119460	47	9.6	47	93	2	740	32	8	29	29	1.87
50126227--50126285	30	1.9	30	82	3	73	49	1	22	27	1.59
50129668--50129988	45	7.3	44	84	6	341	20	19	19	40	1.92
50129668--50129978	87	3.6	87	86	3	385	20	18	20	40	1.92
50129855--50129933	39	2.2	35	80	13	90	21	17	20	40	1.91
50129968--50130011	6	7.2	6	84	5	61	18	15	15	50	1.79
50135201--50135237	14	2.6	14	86	0	56	35	24	10	29	1.89
50137351--50137415	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50137533--50137610	27	2.8	27	82	5	93	23	26	17	32	1.97
50149593--50149648	20	2.8	20	78	5	60	39	17	1	41	1.60
50150946--50150985	21	1.9	21	84	0	53	50	0	37	12	1.41
50155087--50155127	19	2.2	19	90	0	64	29	7	21	41	1.80
50159024--50159078	22	2.5	22	81	0	65	38	21	16	23	1.93
50159909--50159959	25	2.0	25	92	0	84	45	1	25	27	1.64
50159908--50159957	14	3.8	14	74	15	61	44	2	28	26	1.65
50166413--50166880	47	10.0	47	88	0	677	32	12	29	25	1.93
50166412--50166863	141	3.2	141	93	0	760	32	12	28	26	1.92
50166672--50166750	22	3.5	22	66	16	61	30	12	30	26	1.93
50166769--50166844	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
50167043--50167157	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
50171961--50172000	16	2.4	17	91	4	64	15	2	0	82	0.77
50171961--50172003	21	2.1	20	91	4	68	13	2	0	83	0.74
50183209--50183254	19	2.3	20	92	7	85	47	15	10	26	1.78
50183238--50183275	14	2.7	14	95	0	67	34	18	7	39	1.80
50185220--50185302	43	1.9	43	92	0	139	32	22	15	28	1.95
50192347--50192373	12	2.2	12	100	0	54	51	33	0	14	1.43
50213041--50213091	26	2.0	26	84	7	68	45	9	21	23	1.82
50218082--50218164	43	1.9	43	95	0	148	32	27	20	19	1.97
50223311--50223389	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
50223508--50224050	47	11.5	47	94	0	888	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50229295--50229386	46	2.0	46	93	0	157	34	25	8	31	1.86
50233566--50233603	19	2.0	19	100	0	76	26	5	26	42	1.76
50233931--50234024	29	3.3	29	80	1	109	31	11	28	27	1.92
50241691--50241808	29	4.1	29	81	4	116	27	13	31	27	1.94
50244741--50244840	37	2.7	38	79	3	105	20	13	29	38	1.90
50245271--50245319	25	2.0	25	100	0	98	28	8	16	46	1.75
50250739--50250822	44	1.9	44	92	0	141	29	13	19	38	1.89
50254536--50254576	10	4.3	10	90	9	68	48	0	12	39	1.41
50260818--50260966	50	3.1	50	93	3	243	35	14	24	26	1.93
50264759--50264950	50	3.9	50	86	2	255	26	27	20	25	1.99
50265115--50265153	20	2.0	20	84	0	51	43	30	10	15	1.80
50266064--50266134	35	2.0	35	100	0	142	36	16	11	35	1.85
50268425--50268453	15	1.9	15	100	0	58	51	13	20	13	1.75
50277244--50277323	27	3.0	27	77	1	72	41	23	8	26	1.83
50277311--50277372	27	2.3	28	83	8	83	40	16	16	27	1.89
50280951--50281124	56	3.1	56	87	0	249	28	21	12	38	1.89
50282965--50283002	18	2.0	20	85	10	53	60	5	2	31	1.33
50287079--50287189	47	2.4	47	87	0	150	23	16	26	34	1.95
50290471--50290525	21	2.6	21	94	0	101	23	36	25	14	1.93
50290525--50290620	47	2.0	47	100	0	192	20	26	23	29	1.99
50293425--50293495	27	2.6	27	88	4	99	25	16	18	39	1.91
50293502--50293562	27	2.3	27	88	0	86	39	13	19	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50298327--50298872	27	20.3	27	86	1	727	33	19	21	25	1.97
50302136--50302199	33	1.9	33	81	6	76	29	20	23	26	1.99
50305662--50305711	25	2.1	24	82	14	59	22	6	22	50	1.70
50309045--50309071	14	1.9	14	100	0	54	48	14	14	22	1.81
50309095--50309256	42	3.9	40	76	9	146	28	14	27	29	1.96
50310351--50310384	16	2.0	17	88	11	52	29	29	26	14	1.95
50312882--50313041	41	3.8	42	78	5	135	28	27	18	25	1.98
50312882--50313041	85	1.9	84	84	3	214	28	27	18	25	1.98
50313183--50313215	14	2.3	15	94	5	59	30	18	3	48	1.63
50318298--50318336	18	2.2	19	90	9	64	10	25	48	15	1.76
50331768--50331850	24	3.5	24	71	0	76	31	16	16	34	1.92
50331746--50331859	48	2.4	48	83	0	138	28	17	16	36	1.92
50337858--50337892	16	2.2	16	89	0	52	2	14	0	82	0.77
50342012--50342069	28	2.1	28	100	0	116	29	25	24	20	1.99
50342572--50342648	29	2.7	28	86	6	109	29	32	10	27	1.90
50342553--50342640	29	3.1	28	81	4	104	29	32	12	25	1.92
50342584--50342676	29	3.2	29	84	1	107	29	29	11	30	1.92
50344151--50344182	9	3.8	9	84	16	50	6	0	37	56	1.25
50344151--50344182	16	2.0	16	100	0	64	6	0	37	56	1.25
50344827--50344855	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
50345113--50345159	23	2.0	24	91	4	78	17	2	17	63	1.40
50348813--50348919	53	2.0	53	92	0	178	35	10	21	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50350366--50350428	21	3.1	21	76	19	71	57	0	4	38	1.20
50350426--50350462	19	1.9	19	88	0	56	56	2	5	35	1.36
50350463--50350510	18	2.6	19	90	6	73	64	2	0	33	1.05
50350477--50350565	47	1.9	46	84	6	117	53	5	1	39	1.32
50352013--50352477	44	10.6	44	87	1	630	27	27	15	30	1.96
50363513--50363549	19	1.9	19	88	0	56	56	2	5	35	1.36
50363551--50363661	47	2.3	49	75	16	115	57	3	1	36	1.27
50365155--50365207	26	2.1	26	92	3	90	24	18	16	39	1.91
50369271--50369387	61	2.0	58	86	5	162	51	3	4	41	1.38
50369362--50369407	17	2.5	19	86	10	60	54	4	0	41	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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