genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68564749--68564972	40	5.6	40	84	7	278	24	21	28	25	1.99
68564748--68565005	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
68572723--68572834	29	3.9	29	82	6	131	25	15	30	28	1.96
68572736--68572847	57	1.9	58	85	5	156	25	16	30	27	1.97
68580996--68581045	13	3.8	13	89	0	73	44	24	4	28	1.72
68580996--68581053	26	2.2	26	87	0	89	41	22	6	29	1.80
68586438--68586574	39	3.5	39	84	0	184	24	24	21	29	1.99
68590028--68590052	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
68590985--68591273	140	2.1	140	87	1	409	23	21	28	26	1.99
68592384--68592442	23	2.6	22	79	10	66	40	18	6	33	1.77
68593205--68593273	34	2.0	34	88	0	102	33	21	20	24	1.97
68597048--68597178	39	3.4	39	90	0	217	22	22	29	25	1.99
68599000--68599790	47	16.6	47	92	2	1240	29	29	8	32	1.86
68599050--68599128	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
68599000--68599790	96	8.3	94	92	2	1258	29	29	8	32	1.86
68599000--68599790	143	5.5	143	95	1	1365	29	29	8	32	1.86
68606773--68606831	29	2.0	29	90	3	91	35	8	25	30	1.86
68607257--68607426	46	3.7	46	78	10	202	24	19	26	29	1.98
68607251--68607421	93	1.8	93	94	0	306	23	20	26	28	1.99
68612561--68612961	40	10.1	40	91	0	597	25	27	21	24	2.00
68613015--68613089	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
68615520--68615865	47	7.3	47	91	2	482	26	30	9	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68620397--68620440	23	1.9	23	81	9	54	54	2	36	6	1.40
68623537--68623620	25	3.4	24	82	9	89	23	23	23	28	2.00
68623550--68623619	25	2.8	25	89	4	97	22	24	27	25	2.00
68623650--68623680	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
68624428--68624505	27	2.9	26	76	14	86	20	19	21	38	1.94
68624550--68624631	29	3.0	27	73	21	80	34	7	17	41	1.77
68624610--68624732	27	4.6	27	81	6	133	28	7	21	43	1.79
68624543--68624712	54	3.1	54	81	5	166	33	8	17	40	1.79
68624639--68624759	27	4.5	27	79	10	97	28	9	19	42	1.83
68624754--68624831	27	2.9	26	88	5	86	38	5	24	32	1.77
68624768--68624855	27	3.3	27	91	0	131	38	4	26	30	1.76
68624754--68624880	54	2.4	53	76	9	130	35	6	24	33	1.81
68626932--68627075	29	5.1	29	75	8	91	26	31	13	29	1.94
68626987--68627075	28	3.1	28	78	10	92	28	29	12	30	1.93
68627277--68627321	16	2.8	16	79	0	54	13	17	17	51	1.77
68634603--68634842	51	4.8	50	85	1	266	30	23	18	27	1.98
68634603--68634842	101	2.4	100	82	2	284	30	23	18	27	1.98
68634838--68634995	67	2.4	64	78	12	167	27	28	15	29	1.96
68635656--68635716	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
68646842--68647015	46	3.7	46	77	10	147	25	18	31	24	1.98
68646937--68647056	47	2.6	47	78	7	129	25	16	30	27	1.97
68649322--68649399	39	2.0	39	100	0	156	25	2	15	56	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68650171--68650342	85	2.0	85	98	0	335	36	23	6	33	1.81
68650939--68650963	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
68658444--68658487	20	2.2	20	87	0	61	6	29	22	40	1.80
68659766--68659797	16	2.1	15	94	5	55	50	25	6	18	1.70
68668272--68668306	13	2.7	13	100	0	70	0	48	22	28	1.51
68668272--68668306	7	5.3	7	86	13	56	0	48	22	28	1.51
68669307--68669620	46	6.7	46	73	9	237	22	29	19	28	1.98
68669359--68669620	94	2.8	94	89	2	386	22	29	18	29	1.97
68669307--68669620	140	2.3	139	81	7	354	22	29	19	28	1.98
68673682--68673866	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
68673683--68673866	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
68673683--68673899	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
68681399--68681583	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
68681400--68681583	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
68681400--68681616	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
68683152--68683217	34	1.9	34	87	0	96	28	24	22	24	1.99
68685075--68685108	16	2.1	16	94	0	59	23	14	23	38	1.92
68686993--68687050	29	2.0	29	100	0	116	37	3	31	27	1.73
68687322--68687377	29	2.0	28	92	3	94	17	17	28	35	1.93
68692954--68693013	29	2.1	28	81	9	68	28	25	1	45	1.63
68698407--68698446	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
68698392--68698458	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68698386--68698462	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
68699166--68699190	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
68704460--68704507	25	1.9	25	83	8	62	39	4	6	50	1.47
68706230--68706265	17	2.1	18	90	10	58	27	0	0	72	0.85
68707232--68707269	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
68708381--68708422	22	1.9	22	85	0	57	33	2	16	47	1.60
68717875--68718019	37	3.9	37	93	0	236	24	31	20	22	1.98
68718138--68718500	47	7.6	47	93	1	582	28	29	8	33	1.86
68720744--68721007	85	3.1	85	98	0	510	26	27	8	37	1.86
68725290--68725465	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
68725287--68725458	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
68732702--68732877	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
68732699--68732870	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
68740009--68740120	54	2.1	53	79	9	120	28	11	21	38	1.88
68739996--68740120	27	4.7	26	77	12	101	29	12	19	38	1.89
68743899--68743960	27	2.3	27	91	5	99	32	16	12	38	1.86
68743941--68744022	26	3.1	26	84	3	119	30	9	21	37	1.86
68746041--68746992	477	2.0	477	100	0	1904	29	28	17	24	1.97
68748648--68748744	33	2.9	34	80	10	101	25	27	20	25	1.99
68753112--68753217	33	3.2	33	98	0	203	56	13	5	24	1.58
68755034--68755212	89	2.0	89	98	0	349	23	13	15	46	1.82
68758932--68759018	44	2.0	44	90	0	138	29	13	20	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68760459--68760554	40	2.4	40	86	5	124	25	27	20	27	1.99
68762219--68762629	47	8.7	47	93	0	635	34	11	28	25	1.90
68762323--68762398	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
68762345--68762419	23	3.2	23	64	23	57	33	10	28	28	1.90
68762465--68762539	22	3.3	22	67	17	62	33	13	28	25	1.93
68762511--68762586	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
68762603--68762785	46	4.0	46	92	0	276	34	8	32	24	1.85
68764266--68764360	40	2.4	40	92	0	154	25	20	26	28	1.99
68764266--68764380	40	2.9	40	84	3	144	25	21	25	27	1.99
68764420--68764521	29	3.6	28	77	7	107	22	15	31	30	1.95
68764388--68764576	57	3.3	57	82	3	213	22	17	29	30	1.97
68764392--68764548	28	5.5	28	74	8	120	22	17	28	31	1.97
68768357--68768594	47	5.1	47	91	1	343	34	10	28	26	1.89
68768404--68768529	25	5.3	25	65	24	92	34	11	26	27	1.90
68768429--68768504	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
68768429--68768551	22	5.3	22	63	30	60	34	12	28	25	1.92
68768568--68768750	46	4.0	47	87	4	239	36	9	30	24	1.87
68769896--68769948	25	2.1	24	83	13	63	56	7	15	20	1.63
68784038--68784175	28	4.9	28	76	5	107	27	17	27	27	1.98
68786368--68786546	28	6.4	28	95	1	297	34	26	11	27	1.91
68794403--68794581	28	6.4	28	92	1	279	34	26	11	27	1.90
68801443--68801638	53	3.6	53	78	4	162	19	23	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68806401--68806430	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
68807715--68807823	37	2.9	37	86	0	155	26	28	18	26	1.98
68807968--68808395	47	9.1	47	94	0	723	25	27	11	36	1.90
68808111--68808233	23	5.3	22	65	27	76	26	28	8	35	1.87
68808252--68808373	22	5.3	22	63	24	63	23	27	13	34	1.93
68812519--68812633	43	2.7	43	86	0	158	28	21	25	24	1.99
68813260--68813289	11	2.7	11	94	0	51	43	6	10	40	1.64
68822015--68822183	93	1.8	93	92	0	284	27	28	21	21	1.99
68822007--68822182	46	3.8	46	77	12	189	28	28	21	21	1.98
68827373--68827408	10	3.7	10	92	7	65	30	19	0	50	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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