genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98964066--98964126	31	2.0	31	90	6	97	42	4	4	47	1.46
98976818--98976866	26	2.0	26	84	8	66	28	0	10	61	1.29
98987318--98987350	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
98990649--98990696	15	3.3	15	79	5	53	37	0	4	58	1.18
98990667--98990724	23	2.6	23	81	13	75	31	0	5	63	1.16
98990674--98990720	22	2.1	22	88	7	69	29	0	4	65	1.11
99002700--99003573	203	4.3	206	90	4	1386	32	17	22	27	1.97
99002714--99003573	404	2.1	403	92	3	1442	31	17	22	27	1.97
99037559--99037690	40	3.3	40	87	7	189	25	20	28	26	1.99
99037559--99037723	79	2.1	79	82	6	192	26	19	27	26	1.99
99050246--99050279	11	3.4	10	88	12	52	47	11	0	41	1.40
99071825--99071903	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
99072022--99072553	47	11.4	47	85	4	684	29	29	8	32	1.87
99072365--99072403	19	2.1	19	100	0	78	33	35	0	30	1.58
99072360--99072403	19	2.4	18	85	10	63	34	34	0	31	1.58
99072398--99072451	24	2.4	22	82	11	72	29	27	12	29	1.94
99072407--99072454	24	2.0	24	100	0	96	29	25	12	33	1.92
99087209--99087255	19	2.4	19	82	6	60	25	4	14	55	1.58
99087369--99087413	13	3.5	13	79	11	56	37	2	0	60	1.09
99087368--99087420	26	2.0	26	92	0	88	35	1	1	60	1.19
99088666--99088707	21	2.0	21	86	9	59	52	19	0	28	1.46
99088676--99088741	25	3.0	21	70	23	62	56	13	1	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99093073--99093111	19	2.1	19	85	0	51	41	2	0	56	1.13
99093210--99093286	21	3.7	20	73	20	59	29	5	2	62	1.30
99105286--99105737	44	10.3	44	84	2	541	29	14	26	29	1.95
99105287--99105735	132	3.4	132	86	2	598	29	14	26	29	1.95
99107362--99107405	19	2.2	21	88	8	65	38	2	0	59	1.10
99107840--99107877	16	2.4	17	82	13	53	15	0	7	76	1.01
99109438--99109470	17	1.9	17	93	0	57	48	15	18	18	1.81
99116276--99116317	19	2.2	20	86	4	59	40	2	2	54	1.26
99118373--99118488	14	8.1	14	67	22	55	40	0	2	56	1.19
99121355--99121410	11	5.5	11	77	14	57	32	0	1	66	1.03
99121376--99121418	19	2.3	19	100	0	86	34	0	0	65	0.93
99122292--99122331	21	1.9	20	85	10	53	70	15	2	12	1.28
99122450--99122540	19	4.9	19	89	8	152	37	9	15	37	1.81
99122450--99122563	19	5.8	22	84	14	87	36	8	15	38	1.79
99133390--99133479	42	2.1	42	87	0	126	30	22	30	17	1.97
99134428--99134731	92	3.4	89	72	13	248	32	19	22	25	1.97
99134538--99134876	44	7.5	45	78	6	328	32	16	26	24	1.96
99134558--99134876	92	3.6	90	77	6	308	31	16	26	25	1.96
99135225--99135315	19	4.9	19	89	8	152	37	9	15	37	1.81
99135225--99135338	19	5.8	22	84	14	87	36	8	15	38	1.79
99135604--99135639	18	2.0	18	88	0	54	27	0	0	72	0.85
99136837--99136902	11	6.3	11	75	19	52	50	1	1	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99136839--99136897	18	3.3	17	74	21	50	47	1	1	49	1.21
99143344--99143383	6	6.7	6	97	0	71	55	0	27	17	1.43
99143350--99143389	18	2.2	18	86	0	53	60	0	22	17	1.37
99154033--99154104	37	1.9	37	100	0	144	30	5	13	50	1.65
99155758--99155865	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
99157283--99157346	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
99157451--99157591	27	5.2	26	79	6	156	18	23	22	35	1.96
99157451--99157591	54	2.6	53	87	2	201	18	23	22	35	1.96
99157451--99157609	27	5.9	26	76	10	124	19	23	21	35	1.96
99160298--99160456	27	5.9	27	82	11	177	18	24	22	34	1.96
99160298--99160455	54	2.9	53	88	4	221	18	24	21	34	1.96
99160299--99160456	81	2.0	80	85	8	214	18	24	22	34	1.96
99161647--99161697	21	2.5	20	84	9	68	50	0	7	41	1.31
99161647--99161698	20	2.6	21	81	6	63	51	0	7	40	1.30
99162434--99162468	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
99162722--99162804	18	4.1	21	80	10	68	42	15	7	34	1.75
99162722--99162779	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
99162758--99162848	19	4.9	19	89	8	152	38	15	8	37	1.78
99162758--99162860	54	1.9	53	90	5	163	38	13	9	37	1.78
99163196--99163395	45	4.5	45	82	5	226	25	28	14	32	1.95
99163210--99163378	89	1.9	89	86	0	239	27	28	14	29	1.95
99163394--99163666	78	3.5	78	88	4	390	24	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99168239--99168410	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99168232--99168407	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99175695--99175866	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99175688--99175863	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99185958--99186033	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
99185994--99186084	19	4.9	19	89	8	152	37	15	9	37	1.81
99186203--99186242	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
99189049--99189280	50	4.7	50	89	3	353	30	29	15	24	1.96
99189049--99189280	99	2.3	100	90	2	353	30	29	15	24	1.96
99189924--99189983	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
99194740--99194923	50	3.7	50	84	1	226	29	27	17	25	1.97
99194740--99194923	101	1.8	99	87	2	269	29	27	17	25	1.97
99195545--99195603	30	2.0	30	83	6	75	28	27	5	38	1.78
99196852--99197085	46	5.1	46	86	3	310	43	14	22	18	1.87
99196947--99197021	24	3.2	24	63	30	61	41	14	25	18	1.89
99196852--99197067	93	2.3	92	88	2	308	42	14	23	18	1.88
99197348--99197380	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
99202327--99202384	31	1.9	31	86	13	86	58	0	3	37	1.15
99203891--99203944	22	2.4	23	78	9	58	40	0	0	59	0.98
99203934--99203985	22	2.6	20	74	14	54	46	1	5	46	1.38
99216564--99216622	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
99216593--99216642	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99224357--99224438	43	1.9	43	87	0	119	23	28	20	28	1.99
99228948--99231266	779	3.0	779	97	0	4404	28	24	15	31	1.96
99235579--99235650	36	2.0	36	94	0	126	19	20	20	38	1.93
99237157--99237196	14	2.7	16	81	11	50	40	0	2	57	1.12
99243554--99243578	12	2.1	12	100	0	50	48	24	8	20	1.76
99245104--99245242	60	2.3	59	81	9	158	27	25	20	26	1.99
99245232--99245271	20	2.0	20	90	0	62	27	27	20	25	1.99
99245579--99245639	25	2.3	27	83	5	81	27	9	27	34	1.89
99252065--99252110	20	2.3	21	78	17	53	32	4	8	54	1.51
99255422--99255503	26	3.2	26	93	6	148	31	6	26	35	1.81
99256680--99256715	15	2.4	16	90	9	58	50	25	19	5	1.69
99261109--99261237	25	5.2	25	94	5	210	31	5	26	37	1.79
99262193--99263220	533	1.9	533	98	0	1984	28	14	24	31	1.95
99264878--99264935	30	1.9	30	82	6	73	25	32	24	17	1.96
99266665--99266835	46	3.7	44	79	10	148	26	19	29	23	1.98
99266806--99267038	50	4.7	50	80	3	240	31	18	26	23	1.97
99281130--99281200	25	2.8	24	77	8	70	50	7	4	38	1.49
99281204--99281252	6	8.5	6	80	8	57	53	2	14	30	1.52
99281204--99281252	23	2.1	23	88	0	71	53	2	14	30	1.52
99281374--99281412	17	2.4	16	95	4	69	53	5	12	28	1.60
99281786--99281853	30	2.3	30	82	10	77	29	32	14	23	1.94
99285055--99285080	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99286519--99286568	16	2.8	17	78	21	57	34	0	2	64	1.05
99286600--99286832	89	2.6	89	87	5	287	56	11	6	26	1.58
99291208--99291421	40	5.3	40	90	2	324	33	24	24	17	1.97
99291583--99291622	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
99292484--99292515	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
99292487--99292554	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
99294110--99294152	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
99297437--99297476	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
99297049--99298300	470	2.7	470	98	0	2434	36	11	10	41	1.76
99297907--99297946	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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