genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68149278--68149549	29	9.4	29	74	7	194	22	26	12	38	1.89
68149273--68149347	30	2.5	30	82	6	82	22	28	12	37	1.90
68153412--68153566	32	4.8	32	83	2	168	29	12	22	35	1.91
68160332--68160479	43	3.5	42	82	5	181	31	23	14	29	1.95
68175373--68175406	9	3.8	9	92	0	59	23	8	29	38	1.85
68175566--68175590	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
68178472--68178595	39	3.2	39	91	0	194	26	29	22	21	1.99
68182966--68183106	40	3.5	40	83	7	171	26	26	21	24	2.00
68184239--68184358	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
68187073--68187225	39	3.9	39	92	0	243	28	29	19	22	1.98
68188248--68191680	569	6.0	569	91	2	4945	33	23	13	29	1.93
68191058--68191131	37	2.0	37	91	0	121	45	25	8	20	1.78
68190489--68191678	606	2.0	606	86	2	1681	34	22	13	29	1.92
68195890--68195964	28	2.7	28	93	0	123	24	14	34	26	1.94
68195890--68195977	28	3.1	28	90	0	95	23	15	34	26	1.95
68196286--68196895	27	22.7	27	76	11	388	38	21	9	30	1.85
68196286--68196895	54	11.3	54	82	4	608	38	21	9	30	1.85
68196307--68196895	81	7.3	80	81	4	648	38	21	9	30	1.85
68197344--68197369	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
68202946--68203079	29	4.7	29	82	8	134	26	28	14	29	1.96
68203002--68203091	29	3.1	29	88	4	121	28	27	14	28	1.95
68203303--68203345	16	2.7	16	96	0	77	13	23	13	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68208679--68208715	15	2.5	15	100	0	74	35	32	5	27	1.79
68209295--68209343	23	2.1	23	100	0	98	12	8	26	53	1.66
68209289--68209361	31	2.3	32	90	6	123	12	6	27	53	1.63
68209306--68209351	8	5.9	8	85	10	60	13	10	26	50	1.74
68209295--68209353	23	2.6	23	91	5	84	11	8	27	52	1.66
68219052--68219184	55	2.4	55	79	7	146	22	23	17	36	1.94
68220291--68220315	8	3.1	8	100	0	50	36	28	12	24	1.91
68226757--68226838	26	3.1	26	87	3	119	48	18	1	31	1.56
68226757--68226838	28	3.0	28	87	7	132	48	18	1	31	1.56
68228905--68229114	47	4.6	44	72	17	135	24	19	30	25	1.98
68228853--68229162	94	3.3	93	78	8	290	26	20	29	23	1.99
68229093--68229209	49	2.4	49	83	7	132	29	21	29	20	1.98
68229999--68230108	55	2.0	55	82	10	136	19	26	32	21	1.97
68238904--68239109	40	5.2	40	82	2	245	26	27	22	23	2.00
68246675--68247025	48	7.3	48	91	1	551	34	5	27	32	1.80
68246675--68247156	96	4.9	95	86	8	667	34	6	27	32	1.81
68247011--68247039	14	2.1	14	100	0	58	27	0	31	41	1.56
68246954--68247087	62	2.1	62	91	1	214	31	4	29	35	1.77
68246722--68247156	158	2.8	159	86	8	618	34	5	27	32	1.81
68246915--68247135	110	2.0	110	96	0	406	33	4	28	33	1.79
68247017--68247156	48	2.9	47	92	1	226	32	6	27	32	1.82
68247127--68247337	47	4.5	47	89	0	296	32	13	28	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68247079--68247337	94	2.7	94	83	2	306	33	11	28	27	1.91
68247500--68247651	37	4.1	37	94	0	259	22	20	32	25	1.98
68248914--68249265	40	8.8	40	88	0	461	24	20	27	27	1.99
68252261--68252480	40	5.6	40	79	5	223	25	27	22	24	2.00
68252275--68252480	80	2.6	80	84	3	247	26	28	21	23	1.99
68254495--68254529	18	1.9	18	88	0	52	22	11	2	62	1.41
68260947--68260990	19	2.4	19	85	7	56	52	0	9	38	1.33
68268498--68268644	43	3.5	41	80	7	125	27	17	24	30	1.97
68268539--68268652	42	2.7	42	82	5	133	27	17	25	29	1.97
68273534--68273709	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
68273531--68273702	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
68284693--68284786	30	3.1	30	95	0	170	27	15	18	38	1.91
68286965--68286991	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
68291674--68291747	27	2.6	29	83	10	91	29	14	28	27	1.95
68293338--68293429	34	2.7	34	83	9	116	25	23	23	27	2.00
68296196--68296463	49	5.6	49	75	11	177	24	25	20	29	1.99
68296338--68296465	48	2.6	48	87	1	175	21	25	22	31	1.98
68297105--68297143	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
68299528--68299552	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
68304627--68304689	27	2.3	27	91	0	99	20	25	22	31	1.98
68310350--68310406	30	1.9	30	88	0	87	28	24	8	38	1.85
68313584--68313636	27	2.0	27	92	0	88	26	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68313586--68313646	27	2.3	27	85	0	77	24	24	19	31	1.98
68324453--68324564	46	2.4	46	83	5	145	19	20	29	30	1.97
68339030--68339202	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
68339027--68339196	93	1.8	93	94	0	304	22	21	28	28	1.99
68344697--68344880	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
68344697--68344877	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
68344778--68344927	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
68350669--68350841	46	3.8	45	78	13	199	21	20	27	29	1.98
68350666--68350836	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
68352841--68352946	43	2.5	41	79	11	108	24	21	25	28	1.99
68357038--68357650	47	13.1	47	92	0	906	24	29	12	33	1.92
68357150--68357274	23	5.2	25	60	27	65	28	28	12	32	1.92
68362049--68362094	22	2.1	22	100	0	92	15	17	32	34	1.91
68365722--68366177	47	9.6	47	91	2	723	33	8	29	28	1.86
68365722--68366177	96	4.8	96	95	1	812	33	8	29	28	1.86
68365722--68366177	143	3.2	141	91	3	741	33	8	29	28	1.86
68369429--68369496	22	3.1	22	77	8	66	27	22	25	25	1.99
68369978--68370295	27	11.8	27	78	9	134	32	8	20	38	1.83
68369982--68370111	28	4.7	28	84	1	138	30	8	21	40	1.83
68370065--68370270	106	1.9	107	85	4	283	31	8	20	39	1.82
68372885--68372958	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
68380963--68381036	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68413586--68413848	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
68413625--68413883	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
68426185--68426263	38	2.1	38	100	0	158	26	40	17	15	1.89
68449743--68449835	48	1.9	48	88	0	141	25	18	25	30	1.98
68449877--68449975	48	2.0	49	82	3	119	27	17	23	32	1.96
68451684--68451774	42	2.2	42	79	0	101	26	27	26	19	1.99
68457632--68457658	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
68463064--68463201	39	3.5	39	84	0	186	28	3	21	46	1.68
68466496--68466547	18	3.1	18	81	13	65	5	9	9	75	1.20
68470350--68470407	22	2.7	21	79	10	64	20	44	17	17	1.86
68473503--68473604	29	3.6	29	82	11	120	26	14	29	29	1.95
68480385--68480718	45	7.4	46	75	7	247	46	16	17	19	1.85
68484932--68485094	40	4.1	40	84	3	222	24	20	27	26	1.99
68486586--68486620	17	2.1	16	89	5	52	8	0	14	77	0.99
68489303--68489526	40	5.6	40	84	7	278	23	22	28	25	2.00
68489302--68489559	119	2.2	119	81	6	292	24	22	27	25	2.00
68498621--68498809	55	3.5	53	82	7	220	21	24	17	36	1.94
68507526--68507751	40	5.8	40	91	4	336	25	20	28	25	1.99
68513033--68513258	40	5.9	38	89	7	298	23	21	29	25	1.99
68513033--68513258	115	2.0	115	85	5	314	23	21	29	25	1.99
68513035--68513278	77	3.2	76	84	8	291	23	20	29	26	1.99
68521263--68521414	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68521263--68521434	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
68527336--68527449	27	4.2	27	86	4	124	22	21	18	36	1.95
68536572--68536677	24	4.4	24	89	1	149	18	37	5	37	1.75
68544115--68544220	24	4.4	24	86	1	140	18	37	6	36	1.77
68545635--68545750	39	3.0	39	89	0	178	29	28	18	23	1.98
68548059--68548097	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
68550735--68550872	39	3.5	39	86	0	195	28	2	21	47	1.65
68554164--68554204	20	2.0	20	85	0	55	4	7	4	82	0.93
68554163--68554204	16	2.6	16	85	14	68	4	7	7	80	1.00
68556618--68556748	38	3.4	39	92	3	210	23	21	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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