genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79215501--79215678	54	3.3	52	77	10	162	30	8	17	42	1.81
79215465--79215671	82	2.5	81	78	9	197	32	11	16	39	1.84
79215620--79215678	27	2.2	27	93	0	100	35	8	15	40	1.77
79233607--79233779	46	3.7	46	79	13	210	20	20	30	28	1.98
79233601--79233772	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
79243693--79243806	43	2.7	42	79	5	131	30	19	22	27	1.98
79244299--79244361	30	2.1	30	96	0	117	20	3	20	55	1.57
79247880--79247909	6	5.0	6	91	0	51	16	0	3	80	0.85
79249172--79249323	40	3.8	40	89	0	214	40	16	29	13	1.87
79249169--79249308	20	7.0	20	72	6	104	40	17	30	12	1.87
79260713--79260838	28	4.5	28	90	2	182	32	26	12	27	1.93
79260712--79260838	55	2.3	57	87	2	186	32	27	12	27	1.93
79261250--79261306	28	2.0	28	100	0	114	31	26	10	31	1.90
79264760--79264793	17	2.0	17	88	11	52	23	14	8	52	1.69
79266105--79266315	27	7.8	27	85	2	244	28	23	9	39	1.85
79266294--79266579	27	10.6	27	75	7	186	39	18	9	33	1.82
79266308--79266486	54	3.3	53	83	4	216	41	19	7	30	1.80
79266308--79266489	81	2.3	81	88	2	260	41	19	7	30	1.80
79266630--79266721	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
79267879--79267926	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
79268040--79268304	23	11.1	23	94	1	386	26	20	23	29	1.99
79268519--79268582	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79276395--79276512	46	2.5	46	88	2	164	28	20	26	24	1.99
79284400--79284536	40	3.5	40	88	3	206	23	23	29	24	1.99
79292038--79292174	40	3.5	40	90	3	215	24	22	29	23	1.99
79296407--79296440	17	2.0	17	100	0	68	41	11	35	11	1.78
79306948--79307162	40	5.4	40	92	2	328	25	27	22	24	2.00
79308455--79308512	24	2.5	24	73	18	59	12	18	0	68	1.19
79311541--79311590	24	2.1	24	100	0	100	36	12	36	16	1.85
79313615--79313798	40	4.6	40	79	9	205	24	22	27	26	2.00
79313615--79313834	80	2.8	79	84	5	250	24	22	27	26	2.00
79318400--79318617	40	5.5	40	91	2	325	25	27	22	24	2.00
79325806--79325951	37	3.9	37	93	0	220	26	32	18	22	1.97
79326098--79326584	48	10.1	48	95	0	866	31	26	5	35	1.81
79329847--79329880	17	2.0	17	94	0	59	52	8	17	20	1.71
79331823--79332355	43	12.5	43	77	2	448	23	17	27	31	1.97
79331820--79332355	128	4.2	128	91	0	840	23	16	27	31	1.97
79332330--79332426	51	1.9	51	89	0	149	22	18	28	29	1.97
79349000--79349051	25	2.1	25	100	0	104	36	19	0	44	1.51
79356198--79356398	47	4.3	47	90	2	296	28	30	8	31	1.88
79360812--79361003	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
79366369--79366524	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
79366368--79366521	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
79366369--79366524	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79366361--79366545	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
79366361--79366545	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
79371172--79371327	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
79371171--79371324	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
79371172--79371327	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
79371164--79371348	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
79371164--79371348	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
79377018--79377197	40	4.5	40	83	3	202	28	26	21	23	1.99
79382178--79382353	46	3.8	46	78	10	205	21	19	29	30	1.97
79382175--79382345	93	1.8	93	93	0	297	21	19	29	29	1.98
79391912--79391948	14	2.5	15	83	16	51	10	27	0	62	1.28
79392523--79392550	13	2.2	13	100	0	56	50	7	7	35	1.57
79392918--79392962	23	2.0	22	86	4	63	35	0	2	62	1.08
79402437--79402480	22	2.0	22	95	0	79	40	11	9	38	1.73
79406568--79406731	46	3.5	47	77	7	131	31	16	25	26	1.97
79406753--79406925	49	3.6	49	83	5	172	25	19	29	26	1.98
79406710--79406883	98	1.8	97	85	6	248	27	17	28	26	1.98
79426272--79426349	38	2.1	38	95	0	138	33	12	15	38	1.85
79432870--79433023	42	3.6	42	82	3	184	29	16	24	29	1.96
79434704--79434914	53	4.0	54	80	9	224	35	17	24	22	1.95
79435107--79435137	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
79442393--79442597	55	3.8	54	80	6	236	33	18	25	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79442855--79442896	20	2.1	20	95	0	75	16	26	35	21	1.94
79459880--79461041	582	2.0	581	96	0	2137	31	12	17	37	1.88
79463717--79463747	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
79465888--79465948	14	4.4	14	73	8	52	44	18	6	31	1.75
79474460--79474630	48	3.4	50	79	9	188	29	19	22	29	1.98
79483412--79483448	18	2.1	18	89	0	56	29	18	18	32	1.96
79484608--79484638	12	2.6	12	94	0	53	41	3	0	54	1.16
79492324--79492375	26	2.0	26	96	0	95	40	7	17	34	1.78
79503078--79503679	47	12.7	47	95	2	1023	32	8	29	29	1.87
79503170--79503248	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
79503798--79503876	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
79505057--79505364	40	7.8	40	82	2	399	26	21	26	25	1.99
79509221--79509824	47	12.7	47	95	2	1016	32	8	29	29	1.87
79509943--79510022	37	2.2	37	86	0	106	23	16	31	28	1.96
79525409--79525515	37	2.9	37	92	0	169	27	29	18	24	1.98
79525661--79525751	46	2.0	46	84	0	119	27	31	7	32	1.85
79525725--79526198	47	10.1	47	83	8	588	26	29	12	31	1.93
79525769--79525898	38	3.2	38	78	17	143	23	29	14	32	1.94
79525832--79525906	23	3.2	23	62	23	57	28	30	12	29	1.92
79525807--79526198	98	4.1	97	90	3	598	26	30	12	30	1.93
79530090--79530361	40	6.8	40	94	0	454	25	28	22	24	1.99
79531614--79531720	37	2.9	37	94	0	178	26	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79531864--79531993	46	2.8	46	81	8	149	25	32	10	32	1.89
79531928--79532410	47	10.1	47	88	4	687	26	30	11	30	1.92
79531928--79532388	245	1.9	241	91	1	760	26	30	11	31	1.92
79537664--79537734	31	2.3	31	85	0	88	16	29	33	19	1.94
79538990--79539131	33	4.2	33	67	7	88	28	25	15	30	1.96
79538894--79539133	101	2.4	101	92	0	390	27	25	15	30	1.96
79547942--79548126	40	4.6	41	88	4	252	24	24	25	24	2.00
79552856--79553040	41	4.6	41	86	4	234	24	24	25	24	2.00
79552858--79553011	81	1.9	82	89	6	242	24	24	25	25	2.00
79557771--79557957	40	4.8	39	84	7	213	24	24	26	24	2.00
79565801--79565985	40	4.6	39	88	4	235	24	24	26	24	2.00
79565803--79565955	81	1.9	81	89	5	238	24	24	26	25	2.00
79570307--79570345	19	2.1	18	85	4	51	64	5	7	23	1.40
79570755--79570817	20	3.2	20	79	0	72	25	31	14	28	1.95
79570789--79570814	10	2.6	10	100	0	52	26	30	11	30	1.92
79573478--79573617	48	2.9	48	77	0	154	27	20	27	25	1.99
79582473--79582701	47	5.0	45	71	11	169	21	24	18	34	1.96
79583324--79583387	30	2.1	30	82	2	74	29	21	10	37	1.88
79588955--79589126	91	1.9	91	90	1	272	20	25	18	35	1.95
79591198--79591424	48	4.8	48	76	7	205	26	21	24	27	1.99
79591201--79591424	91	2.4	94	82	5	249	26	20	25	27	1.99
79593434--79593471	16	2.3	17	86	4	51	68	2	0	28	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79593441--79593784	89	3.9	89	81	4	347	58	10	5	25	1.54
79594049--79594131	27	3.0	28	71	13	73	39	24	6	30	1.79
79596636--79596686	18	2.8	19	79	8	61	62	1	1	33	1.17
79596701--79596773	36	2.0	36	86	5	103	61	4	2	31	1.29
79600218--79600333	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
79606595--79606636	18	2.3	18	84	11	59	30	2	7	59	1.37
79607277--79607309	16	1.9	18	88	11	52	33	0	18	48	1.48
79607634--79607741	56	1.9	55	88	5	164	38	6	12	41	1.69
79613712--79613743	15	2.2	14	94	5	55	31	0	0	68	0.90
79614441--79614468	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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