genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27163960--27164029	36	1.9	37	88	2	106	22	20	30	27	1.98
27163960--27164037	36	2.1	36	85	2	102	26	19	28	25	1.99
27166130--27166172	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
27166266--27166518	68	3.9	64	77	9	226	30	16	28	24	1.97
27175159--27175191	11	3.0	11	90	0	57	18	24	27	30	1.98
27178374--27178435	31	2.0	31	84	12	83	46	0	4	48	1.23
27178535--27178590	16	3.5	16	78	7	60	73	3	17	5	1.17
27178525--27178575	22	2.3	22	79	0	57	76	1	15	5	1.07
27178893--27178951	24	2.5	24	79	17	61	47	0	13	38	1.43
27179449--27179743	18	16.1	18	72	11	170	34	11	15	37	1.84
27179449--27179650	71	2.8	69	80	8	226	35	11	15	38	1.83
27179449--27179636	89	2.1	89	84	4	236	35	11	14	38	1.82
27179449--27179743	36	8.0	36	70	12	197	34	11	15	37	1.84
27203385--27203562	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27203386--27203541	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27203382--27203562	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27209108--27209170	30	2.0	32	87	12	94	39	12	20	26	1.89
27211223--27211355	46	2.9	45	76	4	133	24	21	18	36	1.94
27212362--27212412	18	2.8	18	82	5	50	1	15	7	74	1.13
27213055--27213125	21	3.3	20	73	11	61	11	28	29	30	1.91
27214740--27214784	21	2.1	22	84	12	58	60	0	0	40	0.97
27215786--27215832	21	2.2	21	88	0	67	76	0	2	21	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27215786--27215819	14	2.4	14	90	0	50	76	0	2	20	0.92
27216680--27216748	23	3.0	22	75	16	70	50	2	0	46	1.16
27217006--27217041	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
27217131--27217164	15	2.2	15	89	5	50	61	2	0	35	1.11
27219369--27219416	17	2.9	17	75	6	55	37	0	6	56	1.25
27220827--27220872	23	1.9	24	91	8	76	67	4	2	26	1.21
27220852--27220904	10	5.1	10	80	13	54	62	0	0	37	0.96
27229858--27229896	18	2.2	18	85	0	51	46	7	5	41	1.55
27231029--27231059	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
27231268--27231694	207	2.1	206	88	2	622	36	14	11	37	1.82
27232889--27232966	29	2.7	28	84	2	84	20	42	20	16	1.89
27237886--27238114	116	2.0	117	81	6	277	18	27	25	27	1.98
27238749--27238801	21	2.5	20	82	8	61	75	1	18	3	1.05
27245286--27245324	19	2.1	19	95	0	69	20	35	30	12	1.90
27251475--27251504	14	2.1	14	100	0	60	63	6	0	30	1.20
27251499--27251603	38	2.8	38	94	2	187	45	19	5	29	1.73
27252202--27252511	97	3.2	97	73	5	266	44	11	11	31	1.77
27257270--27257533	98	2.7	97	72	7	255	43	12	12	32	1.79
27258386--27258438	26	2.0	26	92	0	88	32	11	13	43	1.79
27259217--27259269	26	2.0	26	85	0	70	35	7	13	43	1.72
27272230--27272262	3	11.0	3	93	0	57	63	3	0	33	1.10
27276128--27276350	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27283833--27283990	38	4.2	38	80	10	146	26	29	19	24	1.98
27290917--27290954	20	1.9	20	88	0	58	42	21	0	36	1.53
27306297--27306468	46	3.8	46	79	7	190	21	19	30	28	1.98
27309385--27309453	15	4.6	15	79	0	75	13	15	13	57	1.64
27309376--27309463	30	3.0	30	80	11	92	11	15	14	57	1.64
27309385--27309464	15	5.4	14	72	10	61	11	16	13	58	1.62
27311361--27311536	46	3.8	45	78	10	194	22	19	28	29	1.98
27311357--27311528	93	1.8	93	92	0	290	22	20	29	28	1.98
27316746--27316789	23	1.9	23	100	0	88	22	18	9	50	1.75
27321331--27321404	37	2.0	37	94	0	130	31	18	8	41	1.80
27327885--27328066	91	2.0	91	97	0	346	50	19	14	15	1.78
27329298--27329335	9	4.2	9	100	0	76	68	0	0	31	0.90
27329300--27329335	5	7.8	5	82	17	51	66	0	0	33	0.92
27333325--27333410	43	2.0	43	88	0	127	23	18	30	27	1.98
27339840--27339885	19	2.4	19	92	7	76	30	21	41	6	1.78
27342788--27342847	23	2.6	23	83	0	84	13	33	31	21	1.92
27345107--27345172	33	2.0	33	81	0	78	43	18	4	33	1.70
27351856--27351952	48	2.0	48	93	0	167	38	24	5	31	1.78
27361785--27361814	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
27366697--27366763	30	2.2	30	79	12	75	62	7	11	17	1.51
27366746--27366840	18	5.2	18	76	7	93	63	3	9	24	1.39
27366736--27366846	55	2.0	55	98	0	213	61	5	10	22	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27374688--27374715	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
27380707--27381177	47	10.1	47	94	1	759	32	8	30	28	1.88
27381296--27381373	37	2.1	36	88	2	111	24	17	32	25	1.97
27391481--27391602	47	2.6	47	88	2	183	36	13	22	27	1.92
27391589--27391884	55	5.5	54	82	6	359	35	18	24	21	1.95
27391589--27391884	108	2.7	108	92	1	468	35	18	24	21	1.95
27393581--27393911	48	6.9	48	79	5	321	28	19	27	25	1.99
27393581--27393905	96	3.4	96	91	0	479	28	19	27	24	1.99
27397335--27397385	22	2.3	22	96	0	93	35	9	11	43	1.75
27409714--27409762	5	9.4	5	78	8	53	0	30	59	10	1.31
27409713--27409759	16	3.0	16	87	3	69	0	29	57	12	1.36
27409913--27409961	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
27409925--27409989	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
27409951--27409989	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
27414369--27414454	43	2.0	44	88	2	129	25	19	30	24	1.98
27414733--27415079	38	9.1	38	89	0	496	21	21	25	31	1.98
27421616--27421703	31	2.8	31	96	1	158	29	15	29	25	1.96
27422266--27422313	15	3.2	15	84	0	60	18	2	27	52	1.57
27428832--27428940	56	1.9	56	84	0	146	30	14	22	33	1.94
27438683--27438726	20	2.3	20	81	11	58	50	6	0	43	1.29
27444925--27445074	28	5.4	28	86	0	210	35	22	19	22	1.96
27446284--27446437	77	2.0	77	93	0	263	24	22	12	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27448712--27448935	40	5.6	40	87	3	297	24	22	26	26	2.00
27448719--27448935	83	2.7	80	87	5	287	24	22	26	26	2.00
27452210--27452259	26	1.9	26	95	0	91	32	10	16	42	1.81
27453035--27453059	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
27455738--27455979	39	6.0	39	84	11	317	23	29	23	23	1.99
27458445--27458797	196	1.8	194	82	6	462	43	13	10	32	1.78
27461697--27461742	23	2.0	23	100	0	92	30	13	21	34	1.91
27465453--27465525	37	1.9	38	83	2	94	17	13	32	35	1.89
27468955--27469100	46	3.1	46	80	5	168	28	28	7	36	1.84
27469074--27469358	47	6.1	47	89	0	383	26	29	9	34	1.88
27482540--27482765	85	2.7	86	84	4	289	32	28	15	23	1.95
27482540--27482765	42	5.3	42	82	5	267	32	28	15	23	1.95
27488205--27488388	40	4.6	40	93	2	300	25	27	23	23	2.00
27498961--27499031	35	2.0	35	91	5	117	26	23	11	38	1.89
27510197--27510238	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
27510195--27510243	22	2.3	22	86	13	68	46	2	0	51	1.12
27521123--27521213	20	4.8	20	73	20	95	65	6	0	27	1.17
27521123--27521210	25	3.3	25	69	22	79	65	6	0	27	1.17
27521125--27521240	56	2.1	56	98	0	223	64	9	0	25	1.23
27525474--27525593	49	2.6	47	83	10	142	31	27	11	29	1.92
27525499--27525593	49	2.0	48	91	2	154	32	27	12	27	1.93
27525505--27525671	47	3.5	47	82	4	142	31	25	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27525693--27525841	31	4.8	31	89	0	226	26	26	18	28	1.98
27525817--27525945	50	2.5	51	89	2	206	24	22	17	35	1.95
27534480--27534523	19	2.3	19	84	7	54	13	4	18	63	1.46
27537504--27537533	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
27542719--27542760	22	1.9	22	90	0	66	30	26	7	35	1.83
27542824--27542912	22	4.0	22	80	0	88	34	24	7	32	1.84
27542719--27543013	125	2.4	125	81	0	329	31	21	12	34	1.91
27542841--27543074	103	2.3	103	81	0	243	32	20	13	34	1.91
27542954--27543013	22	2.7	22	78	0	66	33	26	11	28	1.91
27553846--27553914	29	2.4	29	85	0	93	28	24	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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