genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98437792--98437886	31	3.0	30	79	13	84	67	1	5	26	1.18
98437826--98437909	25	3.4	25	88	3	109	67	1	3	27	1.14
98438634--98439194	132	4.3	132	82	3	614	24	22	21	31	1.98
98438619--98439224	263	2.3	263	82	2	705	25	22	20	31	1.98
98439199--98439291	44	2.1	44	82	7	109	27	21	19	31	1.97
98439040--98439356	88	3.6	88	69	9	241	25	20	21	32	1.97
98439706--98439793	46	1.9	46	83	0	113	27	20	17	35	1.94
98439715--98439805	46	2.0	46	84	0	119	27	19	17	35	1.95
98440575--98440599	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
98444045--98444465	228	1.8	228	91	3	695	36	20	12	30	1.90
98446191--98446221	3	10.0	3	93	6	53	64	0	3	32	1.09
98446723--98446775	18	2.8	19	77	11	65	75	3	1	18	1.05
98446724--98446775	23	2.3	23	80	9	63	76	3	1	17	1.02
98446723--98446782	18	3.3	18	74	9	59	73	5	1	20	1.11
98446950--98446979	15	2.0	15	100	0	60	20	20	20	40	1.92
98457285--98457557	46	5.8	48	78	7	251	23	29	19	28	1.98
98457285--98457549	140	1.9	141	83	3	347	22	29	19	28	1.98
98457379--98457554	94	1.9	92	86	9	250	21	28	21	28	1.98
98463264--98463533	47	5.8	47	78	8	207	23	28	19	28	1.98
98463262--98463433	93	1.8	94	83	6	233	23	27	19	29	1.98
98463264--98463527	140	1.9	141	83	5	347	23	28	19	29	1.98
98472226--98472316	45	2.0	45	95	0	164	58	4	10	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98472515--98472568	11	4.7	11	78	17	56	74	0	9	16	1.07
98472513--98472568	17	3.3	17	85	7	69	75	0	8	16	1.05
98472528--98472566	6	6.5	6	90	0	51	76	0	7	15	0.99
98476457--98476481	11	2.3	11	100	0	50	36	12	16	36	1.85
98479052--98479109	30	1.9	30	86	6	82	17	29	34	18	1.94
98483702--98483733	10	3.1	11	86	13	50	25	0	0	75	0.81
98485467--98485622	86	1.8	84	81	10	192	30	27	17	24	1.98
98485590--98485695	56	1.9	56	92	0	176	33	22	15	29	1.94
98488466--98488564	49	2.0	49	100	0	198	40	12	16	31	1.85
98489278--98489324	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
98489295--98489372	17	4.2	19	88	11	117	35	15	10	38	1.81
98489295--98489366	36	2.0	37	91	8	121	36	13	11	38	1.81
98489950--98490924	132	7.4	132	90	0	1540	27	23	16	32	1.96
98497440--98497524	19	4.2	21	90	4	70	36	18	9	35	1.84
98497457--98497537	19	4.2	19	96	3	144	35	17	9	37	1.83
98498384--98498442	30	2.0	30	86	6	84	37	0	40	22	1.54
98503757--98503823	30	2.2	31	91	2	109	31	22	10	35	1.88
98506935--98506981	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
98507242--98507408	46	3.6	46	90	1	246	21	23	15	39	1.91
98507286--98507492	46	4.8	41	82	12	197	22	22	16	37	1.94
98507329--98507492	84	2.0	84	96	0	301	22	21	17	37	1.94
98507413--98507507	46	2.1	46	95	0	172	24	22	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98515846--98515922	28	2.8	28	72	14	79	41	0	23	35	1.55
98520062--98520107	18	2.7	18	81	15	53	63	0	2	34	1.07
98520160--98520218	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
98520357--98520419	25	2.5	26	77	10	69	63	1	3	31	1.19
98520357--98520481	19	6.8	18	71	21	82	59	0	4	36	1.22
98520357--98520613	20	13.2	20	66	27	94	59	1	3	35	1.22
98520448--98520492	23	2.0	23	86	8	65	57	2	0	40	1.11
98520446--98520521	27	3.0	26	79	12	68	63	1	0	35	1.03
98520500--98520618	22	5.4	22	68	23	56	60	0	3	35	1.19
98520440--98520536	27	3.6	27	68	16	67	61	1	2	35	1.14
98520554--98520677	12	10.3	12	72	19	82	63	0	2	33	1.13
98520640--98520684	22	2.0	22	86	0	63	62	0	2	35	1.08
98522210--98522763	206	2.7	206	88	0	815	27	22	18	31	1.97
98530800--98530830	14	2.1	15	94	5	55	51	3	6	38	1.44
98534549--98534607	18	3.2	19	76	7	59	64	1	1	32	1.13
98534856--98534926	16	4.2	17	75	18	60	63	1	2	32	1.18
98535051--98535122	3	24.0	3	74	16	60	63	0	0	36	0.94
98540203--98540266	31	2.1	31	93	0	110	21	23	15	39	1.92
98540492--98540564	26	2.8	26	95	0	137	23	21	27	27	1.99
98540612--98540666	20	2.8	20	88	0	83	32	20	14	32	1.92
98548167--98548249	31	2.7	31	92	3	143	22	22	16	37	1.94
98548572--98548638	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98551517--98551545	13	2.1	14	93	6	51	0	31	13	55	1.39
98553389--98553475	27	3.2	27	80	6	104	40	21	8	29	1.82
98553488--98553684	27	7.3	27	84	0	232	31	22	7	39	1.81
98553486--98553684	54	3.7	54	86	0	272	31	22	7	39	1.81
98553490--98553684	81	2.4	81	84	0	264	31	22	6	39	1.80
98553582--98553803	27	8.2	27	82	1	151	36	22	6	33	1.81
98553648--98553801	81	1.9	81	81	2	184	41	21	6	30	1.78
98553760--98554142	27	14.3	27	83	2	414	34	18	19	27	1.95
98554590--98554674	32	2.7	31	80	8	82	22	17	25	34	1.96
98554685--98554786	54	1.9	53	82	6	125	20	21	19	38	1.94
98554685--98554785	27	3.8	26	80	7	96	20	21	18	38	1.93
98554946--98555037	6	14.8	6	71	18	55	19	17	15	47	1.82
98554923--98554995	31	2.3	32	85	7	103	20	13	12	53	1.72
98554931--98554995	31	2.1	32	91	2	105	18	13	13	53	1.72
98554952--98555023	25	2.8	25	83	4	90	18	18	15	48	1.81
98557278--98557323	24	2.0	23	86	4	65	65	2	0	32	1.05
98557769--98557817	20	2.5	20	86	0	62	57	6	6	30	1.48
98561334--98561497	86	1.9	86	82	0	202	45	8	9	36	1.67
98561612--98561659	16	2.8	17	74	20	55	66	0	0	33	0.92
98561605--98561659	22	2.7	20	77	5	56	67	0	0	32	0.91
98561616--98561655	20	1.9	20	85	10	53	65	0	0	35	0.93
98562099--98562148	20	2.5	20	86	0	64	56	6	6	32	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98565557--98565599	20	2.2	19	84	12	52	37	0	0	62	0.95
98565557--98565599	19	2.2	20	84	12	54	37	0	0	62	0.95
98565564--98565599	17	2.0	19	89	10	58	38	0	0	61	0.96
98571547--98571640	35	2.7	35	76	3	82	28	9	19	42	1.82
98571584--98571660	35	2.2	35	81	4	84	29	7	18	44	1.78
98578094--98578324	115	2.0	115	98	0	444	37	11	25	25	1.90
98583772--98583855	42	2.0	42	95	0	150	39	11	13	35	1.81
98603642--98603708	30	2.2	30	97	0	125	47	32	5	13	1.67
98605050--98605202	7	22.9	7	66	23	64	35	4	0	59	1.18
98605000--98605203	21	10.4	20	64	19	74	35	3	0	59	1.23
98605137--98605195	19	3.3	17	77	15	57	35	1	0	62	1.05
98610843--98610950	26	4.2	26	93	0	180	36	23	8	32	1.84
98618387--98618464	8	9.4	8	85	10	79	37	1	1	60	1.13
98618395--98618466	5	15.6	5	80	16	93	38	1	0	59	1.06
98621452--98621509	14	3.9	14	76	14	55	48	0	6	44	1.29
98622095--98622178	43	2.0	43	84	13	111	25	17	28	28	1.98
98626382--98626453	29	2.5	30	86	10	105	48	2	0	48	1.16
98626398--98626479	31	2.7	30	81	7	85	48	4	0	46	1.23
98626619--98626698	29	2.7	29	84	5	108	56	1	1	41	1.15
98626619--98626684	30	2.2	29	86	7	96	59	1	0	39	1.07
98626628--98626707	24	3.1	23	74	19	61	53	2	2	41	1.27
98627177--98627204	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98631130--98631237	53	2.0	53	100	0	216	44	22	9	24	1.81
98637196--98637234	20	2.0	20	89	0	60	51	0	5	43	1.24
98641589--98641701	42	2.7	43	79	5	122	28	20	23	28	1.99
98648930--98649022	42	2.2	43	80	5	109	31	18	21	29	1.97
98648951--98649032	43	1.9	42	80	11	96	28	21	23	26	1.99
98653319--98653361	23	1.9	23	85	4	61	46	27	4	20	1.71
98654781--98654901	46	2.5	46	82	5	134	26	21	15	36	1.93
98656719--98656833	45	2.5	45	81	8	117	38	16	20	24	1.93
98656711--98656860	23	6.3	23	75	13	110	37	16	22	24	1.94
98660406--98660472	34	2.0	34	96	0	125	32	14	13	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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