genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61487594--61487818	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
61487594--61487851	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
61493730--61493780	1	51.0	1	96	0	93	98	0	0	1	0.14
61495810--61495929	57	2.1	57	93	3	206	45	8	23	23	1.80
61497209--61497340	40	3.3	40	89	8	198	24	20	28	26	1.99
61497209--61497372	80	2.1	79	84	7	208	26	20	27	26	1.99
61499979--61500008	16	1.9	16	93	6	53	33	20	3	43	1.68
61504678--61504797	43	2.9	41	73	13	100	24	20	26	29	1.99
61505372--61505488	56	2.1	56	98	0	225	45	9	23	22	1.81
61506909--61507090	40	4.7	40	83	10	216	24	21	27	26	1.99
61506961--61507123	80	2.1	76	84	6	202	25	20	27	26	1.99
61512820--61512939	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
61514065--61514278	39	5.6	39	83	7	224	25	21	27	25	1.99
61514098--61514311	77	2.8	78	82	3	236	27	20	27	25	1.99
61525540--61525651	50	2.2	50	96	0	206	24	13	20	41	1.88
61539680--61539773	23	4.0	24	86	9	131	28	21	21	28	1.98
61539824--61539862	20	2.0	20	94	0	69	30	20	15	33	1.94
61539825--61539869	20	2.2	20	88	0	63	31	22	15	31	1.95
61544793--61544838	23	2.0	23	100	0	92	34	8	17	39	1.80
61546410--61546454	22	2.0	23	95	4	83	33	17	31	17	1.94
61546543--61546582	18	2.2	18	86	0	53	27	2	22	47	1.64
61547410--61547464	27	2.0	28	85	3	76	34	9	20	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61553055--61553172	40	3.0	40	96	0	209	28	29	20	21	1.98
61559616--61559878	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
61567118--61567380	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
61570909--61571091	40	4.6	40	80	10	214	26	28	21	24	1.99
61570909--61571091	79	2.3	80	82	8	221	26	28	21	24	1.99
61577963--61578145	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
61577942--61578145	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
61579152--61579271	56	2.1	56	98	0	231	43	9	24	23	1.82
61580398--61580621	40	5.7	39	84	7	274	24	21	28	25	1.99
61580398--61580628	118	1.9	118	82	6	288	24	21	28	25	1.99
61587082--61587202	57	2.1	56	96	1	224	44	9	23	23	1.81
61588331--61588555	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
61588331--61588588	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
61592949--61593096	40	3.7	40	91	0	242	29	28	17	25	1.97
61597852--61597967	47	2.5	47	92	0	196	33	31	14	20	1.93
61600650--61600827	70	2.6	67	77	13	168	22	28	14	34	1.93
61611311--61611358	23	2.1	23	84	3	62	70	0	20	8	1.12
61614432--61614484	21	2.6	20	85	5	79	15	18	18	47	1.83
61616428--61616467	20	2.0	21	85	5	55	22	25	17	35	1.95
61618971--61619385	50	8.2	51	82	2	464	29	25	20	24	1.99
61618971--61619385	101	4.1	102	81	4	475	29	25	20	24	1.99
61618982--61619385	151	2.7	151	93	0	691	29	25	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61621403--61621444	18	2.3	18	87	0	57	28	14	19	38	1.90
61622698--61622779	6	13.3	6	75	14	78	47	14	18	19	1.82
61622698--61622808	31	3.5	31	91	1	141	47	14	18	19	1.82
61622945--61623046	27	3.8	26	80	5	87	38	21	21	18	1.94
61623198--61623262	22	3.0	21	78	13	69	32	23	23	21	1.98
61623707--61623957	81	3.1	81	90	1	378	24	19	21	34	1.96
61623689--61623957	27	10.0	27	85	0	342	24	20	20	34	1.97
61623972--61624112	27	5.2	27	85	2	167	39	7	25	28	1.82
61623972--61624098	54	2.4	54	89	2	184	38	6	25	29	1.80
61623974--61624132	81	2.0	81	83	0	201	38	6	23	30	1.81
61624164--61624228	28	2.3	28	94	0	112	26	35	20	18	1.95
61637823--61637932	42	2.6	42	81	7	116	22	20	29	28	1.98
61641417--61641473	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
61643853--61643916	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
61654648--61654761	50	2.4	47	80	5	131	27	22	14	35	1.94
61657606--61657665	27	2.3	26	82	2	66	38	18	21	21	1.94
61660722--61660852	65	2.0	65	96	0	244	41	18	15	25	1.89
61665690--61666051	50	7.2	50	79	4	397	31	26	17	25	1.97
61665745--61665826	25	3.2	26	70	13	80	35	26	13	24	1.92
61665684--61666053	151	2.5	150	90	1	580	31	26	17	25	1.97
61665680--61666053	101	3.7	101	79	5	405	31	26	17	25	1.97
61665682--61666103	151	2.8	149	78	9	446	32	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61669220--61669297	30	2.6	30	80	11	97	26	17	24	30	1.97
61671529--61671584	12	4.4	12	80	8	58	16	21	0	62	1.32
61671575--61671642	30	2.3	30	82	5	84	10	22	1	66	1.30
61671722--61671786	25	2.6	26	83	9	73	9	10	1	78	1.03
61676033--61676187	39	4.0	39	96	0	274	23	32	23	20	1.98
61679067--61679284	40	5.5	40	92	2	316	24	28	24	22	1.99
61685044--61685197	39	4.0	39	94	1	274	23	31	24	20	1.98
61685040--61685198	77	2.1	78	96	1	293	23	32	24	20	1.98
61698213--61698265	18	2.8	18	83	8	54	67	0	11	20	1.21
61700999--61701040	20	2.1	20	82	8	50	45	7	9	38	1.64
61706380--61706423	20	2.2	20	88	4	72	45	15	11	27	1.81
61707269--61707298	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
61708572--61708601	15	1.9	16	93	6	53	26	3	30	40	1.72
61709206--61709361	43	3.6	43	79	6	147	28	19	27	23	1.99
61712268--61712318	12	4.5	12	76	14	54	7	17	0	74	1.05
61712268--61712350	15	4.9	18	77	15	72	9	19	0	71	1.13
61712270--61712336	15	4.2	16	81	11	77	8	17	0	73	1.09
61712276--61712305	6	5.2	6	92	8	53	0	16	0	83	0.65
61712298--61712350	16	3.2	16	79	10	61	11	20	0	67	1.21
61712316--61712355	18	2.2	18	86	0	53	12	22	0	65	1.26
61712379--61712458	37	2.2	37	95	0	142	10	23	1	65	1.31
61715478--61715578	43	2.4	42	81	5	123	32	12	18	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61718527--61718623	50	1.9	50	89	0	149	26	20	24	27	1.99
61718535--61718718	52	3.7	50	78	4	156	27	19	23	29	1.98
61718644--61718744	42	2.3	43	81	10	114	29	15	24	29	1.96
61718734--61718852	37	3.4	37	85	6	124	30	15	26	27	1.96
61718793--61718859	33	2.0	33	100	0	134	29	11	26	31	1.92
61719472--61719568	43	2.3	42	90	1	149	30	12	22	34	1.91
61719472--61719591	42	2.8	43	83	3	118	30	12	25	32	1.92
61719504--61719613	42	2.6	42	77	7	116	30	12	21	35	1.91
61722477--61722652	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61722474--61722645	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
61730031--61730206	46	3.8	46	74	12	180	20	19	30	30	1.97
61730028--61730199	93	1.8	93	93	0	299	20	19	30	29	1.97
61732309--61732540	27	8.6	27	86	4	306	26	15	27	31	1.95
61735590--61735638	20	2.5	20	80	3	64	40	18	10	30	1.84
61735678--61735758	37	2.2	37	82	10	96	45	16	6	32	1.71
61740352--61740606	27	9.4	27	86	3	325	28	20	8	42	1.81
61740862--61740912	26	2.0	25	84	3	66	15	29	23	31	1.95
61740955--61741014	27	2.3	26	88	2	84	21	25	20	33	1.97
61742470--61742507	15	2.5	15	84	16	51	52	18	10	18	1.73
61750908--61750947	20	2.0	20	100	0	80	30	30	30	10	1.90
61759443--61759476	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
61760403--61760496	28	3.3	28	85	2	125	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61764108--61764139	16	2.0	16	93	0	55	34	37	6	21	1.79
61764834--61764882	25	2.0	25	83	0	62	36	20	24	18	1.94
61764910--61764954	23	2.0	23	86	0	63	44	24	22	8	1.81
61765407--61765539	51	2.6	51	82	0	167	42	12	6	39	1.67
61770609--61770741	51	2.6	51	82	0	167	42	12	6	39	1.67
61787696--61787789	27	3.5	27	89	0	134	27	20	8	43	1.80
61787777--61787863	27	3.2	27	79	9	88	44	22	4	27	1.72
61787791--61787942	27	5.7	26	74	8	94	43	19	6	30	1.76
61787870--61788036	27	6.1	27	71	6	111	38	16	10	34	1.83
61788099--61788173	27	2.8	27	89	4	107	32	20	26	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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