genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22631916--22631954	18	2.2	18	86	9	53	41	2	2	53	1.28
22635653--22635698	23	2.0	23	91	0	74	60	13	6	19	1.54
22637932--22637971	18	2.2	18	90	0	62	45	2	35	17	1.62
22640576--22640619	19	2.3	21	81	18	60	45	2	4	47	1.35
22642313--22642345	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
22644267--22644317	20	2.5	20	77	0	57	62	5	1	29	1.29
22644275--22644319	19	2.3	19	84	3	54	60	4	2	33	1.29
22644287--22644346	19	3.0	21	83	9	72	51	3	1	43	1.28
22644318--22644369	27	2.0	27	88	3	79	44	1	0	53	1.11
22644354--22644436	9	9.3	9	79	12	66	65	1	0	33	1.01
22644353--22644410	19	3.2	18	78	7	73	68	1	0	29	0.99
22644483--22644508	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22648731--22648795	32	2.0	32	87	0	94	29	16	7	46	1.75
22654267--22654309	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
22662275--22662304	7	4.3	7	95	0	51	30	0	10	60	1.30
22677574--22677612	21	1.9	20	84	5	51	12	33	30	23	1.92
22678351--22678383	17	1.9	17	93	0	57	33	36	24	6	1.80
22687838--22687899	25	2.5	25	75	0	70	35	20	14	29	1.93
22689643--22689942	46	6.5	45	77	10	261	27	20	30	22	1.98
22689594--22689950	92	3.8	89	75	14	280	26	20	29	22	1.98
22689594--22689942	138	2.5	138	91	1	556	27	20	29	22	1.98
22693235--22693369	45	3.0	45	92	2	218	25	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22700792--22700902	43	2.6	42	80	11	118	21	29	19	28	1.98
22700925--22700951	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
22700880--22700996	58	2.0	58	88	3	173	23	29	23	23	1.99
22700938--22701024	45	1.9	45	95	0	156	24	28	25	21	1.99
22707162--22707192	7	4.4	7	95	0	53	70	0	16	12	1.16
22708215--22708345	49	2.6	50	87	3	185	24	19	32	24	1.98
22711933--22711972	16	2.7	14	82	14	53	27	0	0	72	0.85
22712972--22713006	7	5.0	7	92	0	61	14	17	28	40	1.88
22721694--22721865	90	1.9	90	95	0	308	26	13	20	38	1.90
22738984--22739059	23	3.2	25	65	27	65	27	21	27	23	1.99
22738952--22739078	46	2.8	46	93	2	213	27	18	29	24	1.98
22738994--22739065	22	3.2	22	65	27	60	30	18	27	23	1.97
22740169--22740193	13	1.9	13	100	0	50	32	20	40	8	1.81
22746593--22746754	46	3.5	45	79	12	168	29	16	28	25	1.97
22749594--22749755	46	3.5	46	75	12	152	26	17	30	25	1.97
22749679--22749804	47	2.7	48	81	7	152	26	16	30	26	1.97
22749594--22749807	93	2.3	92	80	8	227	26	17	29	25	1.98
22756729--22756944	46	4.6	46	72	13	140	27	16	28	28	1.97
22756729--22756944	93	2.3	93	80	10	219	27	16	28	28	1.97
22763166--22763324	47	3.4	47	76	7	146	27	20	27	24	1.99
22766391--22766442	23	2.1	25	86	10	72	59	0	3	36	1.16
22774341--22774371	15	2.1	15	100	0	62	48	6	0	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22774943--22774999	2	28.5	2	96	0	105	50	47	0	1	1.11
22777149--22777198	21	2.3	23	83	16	70	32	8	10	50	1.65
22777458--22777516	24	2.5	24	78	10	66	35	6	0	57	1.25
22777257--22777495	3	77.7	3	66	21	86	32	5	3	58	1.38
22777270--22777599	153	2.1	153	86	5	423	32	6	4	57	1.42
22777674--22777727	3	17.7	3	78	17	58	35	1	0	62	1.06
22779712--22779764	21	2.6	20	91	5	88	30	5	0	64	1.17
22783792--22783922	33	4.0	33	83	0	154	16	19	21	43	1.88
22784982--22785119	40	3.5	40	95	0	249	33	23	15	26	1.95
22793685--22793806	60	2.0	60	90	4	190	31	13	4	51	1.59
22794688--22794797	54	2.1	54	94	1	195	52	8	4	34	1.51
22802278--22802305	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
22811528--22811582	27	2.0	27	100	0	110	36	25	10	27	1.89
22812025--22812156	64	2.1	64	86	0	183	32	23	18	25	1.97
22812105--22812201	50	1.9	50	87	0	140	37	20	17	24	1.94
22816426--22816474	20	2.4	20	86	10	64	51	16	22	10	1.74
22819487--22819525	17	2.3	17	86	0	51	46	2	7	43	1.46
22822997--22823118	48	2.5	49	82	4	140	27	18	28	25	1.98
22825131--22825232	43	2.4	42	91	3	159	32	9	13	44	1.77
22827028--22827259	49	4.7	49	82	3	266	28	26	18	26	1.98
22830742--22830787	25	1.9	25	82	8	60	54	6	2	36	1.39
22830828--22830891	30	2.1	31	88	8	96	59	10	4	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22830921--22830963	22	2.0	22	85	0	59	58	11	9	20	1.61
22833341--22833396	17	3.2	17	72	25	53	21	5	5	67	1.31
22834089--22834131	22	1.9	23	85	4	61	44	0	0	55	0.99
22834097--22834146	15	4.0	12	80	19	50	44	0	0	56	0.99
22834117--22834147	7	4.3	7	92	8	53	41	0	0	58	0.98
22834117--22834147	15	2.1	14	94	5	53	41	0	0	58	0.98
22834208--22834256	21	2.4	21	83	6	66	36	0	2	61	1.08
22840945--22841007	20	3.1	21	77	8	60	34	19	11	34	1.87
22840958--22841057	20	5.0	20	70	11	62	42	18	7	33	1.77
22841193--22841318	23	5.3	25	77	11	81	35	20	19	24	1.95
22841212--22841326	45	2.5	46	84	8	130	37	20	19	23	1.94
22841230--22841326	23	4.2	23	79	11	101	38	21	19	20	1.94
22844519--22844787	49	5.6	49	74	9	196	23	26	19	30	1.98
22844617--22844790	48	3.6	48	74	6	183	24	26	18	30	1.98
22844476--22844790	94	3.3	96	81	4	325	23	26	19	29	1.98
22844476--22844799	49	6.8	48	73	5	183	24	26	19	29	1.98
22851145--22851211	28	2.4	28	92	0	116	14	34	26	23	1.94
22854509--22854547	17	2.3	17	95	0	69	58	12	7	20	1.58
22861670--22861840	49	3.5	48	75	7	150	25	28	19	26	1.99
22861852--22861980	46	2.7	48	86	3	163	23	27	20	29	1.99
22877412--22877452	16	2.5	17	84	11	50	41	24	0	34	1.55
22878566--22878628	23	2.7	23	85	7	74	33	17	25	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22878580--22878655	23	3.3	23	81	7	93	32	21	22	23	1.98
22878574--22878667	45	2.1	45	84	4	118	36	20	21	22	1.95
22878848--22878903	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
22885014--22885064	21	2.5	21	84	9	70	23	17	27	31	1.97
22886419--22886451	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
22889615--22889665	8	6.4	8	81	0	57	5	19	19	54	1.64
22889621--22889665	16	2.8	16	86	0	63	4	20	20	55	1.60
22901960--22901999	21	1.9	21	85	10	55	35	5	2	57	1.34
22909221--22909331	42	2.6	43	95	2	206	9	26	33	30	1.89
22910805--22910901	47	2.1	47	94	0	167	28	19	21	29	1.98
22910798--22910902	24	4.4	24	92	3	167	27	20	20	30	1.98
22910960--22911016	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22910948--22911018	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
22910953--22911007	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
22911055--22911102	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22911223--22911285	24	2.6	24	92	5	101	28	17	22	31	1.96
22917952--22918048	47	2.1	47	90	0	149	28	20	20	29	1.98
22917945--22918049	24	4.4	24	89	3	149	27	21	20	30	1.98
22918107--22918163	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22918095--22918165	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
22918100--22918154	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
22924473--22924557	38	2.2	38	91	0	134	20	27	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22924499--22924580	38	2.2	38	88	0	119	19	24	28	28	1.99
22924552--22924768	43	5.1	43	89	1	321	11	24	32	30	1.91
22926368--22926429	31	2.0	31	100	0	124	48	12	6	32	1.67
22930527--22930707	27	6.7	27	83	1	238	41	21	8	28	1.83
22930527--22930707	54	3.4	54	87	1	265	41	21	8	28	1.83
22930662--22930812	27	5.6	27	85	1	178	37	19	17	24	1.94
22930527--22930785	54	4.8	53	84	3	177	39	20	12	27	1.89
22930527--22930729	80	2.5	78	77	10	203	41	20	10	27	1.85
22931217--22931304	6	14.3	6	71	17	65	19	14	14	51	1.77
22931220--22931287	25	2.8	24	82	13	77	19	16	14	50	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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