genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102990792--102990883	44	2.1	44	83	4	114	31	25	22	20	1.98
102995053--102995077	9	2.8	9	100	0	50	68	12	0	20	1.21
102997501--102997547	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
102997804--102998153	46	8.0	46	85	10	437	22	23	16	38	1.93
102997848--102998153	84	3.5	85	91	4	472	22	24	16	36	1.94
102997984--102998143	38	4.0	38	86	12	239	23	25	17	34	1.96
102998187--102998322	54	2.5	54	97	0	254	30	23	18	27	1.98
103008036--103008101	32	2.1	32	100	0	132	36	0	12	51	1.39
103009015--103009043	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
103012446--103012479	17	1.9	18	88	5	52	47	0	11	41	1.40
103013054--103013115	30	2.1	30	100	0	124	29	6	22	41	1.78
103013819--103013898	42	1.9	42	84	0	106	28	26	28	16	1.97
103017185--103017262	39	2.0	39	100	0	156	43	5	33	17	1.72
103020000--103020111	60	1.9	59	88	1	170	51	2	0	44	1.21
103021398--103021970	84	6.8	83	75	10	316	44	10	11	32	1.75
103021398--103021910	84	6.0	84	78	8	383	44	10	11	33	1.74
103021441--103021908	177	2.7	169	76	9	437	44	10	11	34	1.74
103021845--103021981	73	1.9	72	86	4	195	43	8	15	32	1.77
103032029--103032085	21	2.6	21	76	20	55	35	1	0	63	1.05
103032029--103032114	28	3.0	28	78	13	88	34	2	1	61	1.16
103032033--103032087	13	4.4	13	77	13	62	34	1	0	63	1.05
103032049--103032114	21	3.0	21	74	8	60	33	1	1	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103032029--103032085	29	2.0	29	89	3	89	35	1	0	63	1.05
103032029--103032111	13	6.9	11	74	20	53	34	2	1	61	1.17
103032047--103032111	33	2.0	33	87	6	96	33	1	1	63	1.13
103036093--103036146	8	6.9	8	82	2	65	59	0	38	1	1.08
103036095--103036142	14	3.3	14	85	5	60	58	0	39	2	1.10
103036093--103036142	16	3.1	16	88	0	73	58	0	40	2	1.10
103041770--103041842	30	2.5	31	75	20	75	47	2	2	46	1.31
103041948--103042036	40	2.2	40	82	9	101	37	3	7	51	1.48
103052036--103052252	40	5.5	40	82	6	237	23	23	28	24	1.99
103052036--103052252	79	2.7	80	78	10	232	23	23	28	24	1.99
103052036--103052252	119	1.8	119	82	7	280	23	23	28	24	1.99
103059920--103059971	6	8.7	6	100	0	104	65	0	0	34	0.93
103060088--103060144	22	2.6	21	81	13	62	28	7	1	63	1.30
103065727--103065881	83	1.9	82	85	2	213	27	14	27	29	1.95
103067265--103067293	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
103071784--103071849	33	2.0	33	93	0	114	25	13	21	39	1.90
103074232--103074372	72	2.0	72	91	0	228	20	24	30	24	1.99
103077761--103077915	43	3.7	43	74	13	142	25	18	27	29	1.98
103077758--103077876	41	2.8	42	76	7	125	24	18	26	30	1.98
103081640--103081697	21	2.8	20	73	23	57	55	3	0	41	1.17
103085357--103085496	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
103087116--103087199	26	3.2	25	90	9	125	36	23	3	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103087645--103087691	16	3.1	15	79	11	51	72	2	19	6	1.17
103092408--103092570	43	3.8	42	81	8	161	26	14	26	31	1.95
103099597--103100130	267	2.0	267	97	0	1005	34	13	14	36	1.86
103100468--103101382	307	3.0	303	92	3	1511	32	15	10	42	1.80
103112666--103112812	51	3.0	49	79	4	168	28	24	19	27	1.98
103112666--103112805	49	2.8	49	83	2	163	29	23	18	28	1.98
103116367--103116416	20	2.5	20	83	0	64	8	32	24	36	1.84
103117683--103117741	29	2.0	29	96	0	109	35	27	16	20	1.94
103119648--103119767	29	4.2	29	78	6	111	38	16	17	27	1.91
103119642--103119826	58	3.2	57	78	8	153	36	18	16	28	1.92
103119715--103119812	29	3.4	28	77	6	108	35	20	16	27	1.94
103119666--103119845	57	3.1	59	77	9	165	35	18	15	30	1.92
103123381--103123490	43	2.6	43	91	0	175	33	31	23	10	1.89
103124234--103124269	18	2.0	18	100	0	72	33	27	11	27	1.91
103129320--103129366	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
103129339--103129389	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
103129337--103129379	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
103132566--103132658	46	2.0	46	91	0	150	45	12	9	32	1.75
103148842--103148886	23	2.0	23	86	0	63	11	15	24	48	1.77
103159926--103159971	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
103159938--103159981	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
103162438--103162476	19	2.1	19	95	0	69	46	15	12	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103166817--103166873	30	1.9	30	92	0	96	15	26	38	19	1.92
103169135--103169294	22	6.9	23	72	14	82	23	18	20	37	1.94
103169170--103169228	23	2.5	24	86	8	77	16	16	23	42	1.89
103169182--103169294	44	2.5	44	81	4	129	21	17	21	39	1.92
103173351--103173501	43	3.5	42	85	4	196	24	18	31	25	1.98
103174333--103174361	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
103179463--103179601	9	15.7	9	74	12	110	35	0	18	44	1.55
103179453--103179601	61	2.4	61	87	2	217	35	0	18	45	1.54
103179543--103179617	36	2.1	36	100	0	150	36	0	16	48	1.46
103182417--103182469	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
103183951--103184058	26	4.2	26	91	0	180	35	24	7	33	1.83
103185366--103185410	20	2.3	19	84	3	54	20	6	4	68	1.29
103185741--103185795	21	2.6	21	97	0	101	50	20	0	29	1.48
103185757--103185831	21	3.5	21	82	7	55	48	26	0	25	1.52
103196237--103196290	11	5.4	10	78	12	58	35	9	18	37	1.83
103196337--103196406	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
103196336--103196419	25	3.4	24	83	8	98	29	22	22	25	1.99
103207461--103207618	54	2.9	54	83	0	181	31	22	6	39	1.80
103207461--103207591	27	4.9	27	84	0	154	29	22	6	41	1.79
103207442--103207629	81	2.3	81	72	0	178	33	22	6	36	1.81
103207571--103207845	81	3.4	81	84	4	322	40	22	8	29	1.83
103207583--103207925	27	12.7	27	76	8	223	40	20	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103207959--103208046	27	3.3	27	87	3	97	34	18	26	21	1.96
103207970--103208050	27	3.0	27	90	3	119	30	20	25	22	1.98
103208853--103208950	26	3.8	26	93	1	162	27	23	22	26	1.99
103209095--103209186	42	2.2	42	90	0	139	28	14	21	35	1.92
103211633--103211687	23	2.3	25	81	12	71	38	20	18	23	1.93
103214473--103214639	20	8.8	20	71	12	127	14	22	24	38	1.92
103214503--103214605	52	2.0	52	86	3	145	15	21	22	40	1.90
103214524--103214585	32	1.9	32	86	0	88	14	20	22	41	1.89
103239711--103239780	33	2.1	33	83	0	86	42	10	24	22	1.84
103242149--103242210	32	1.9	32	96	0	115	38	24	4	32	1.76
103243880--103243938	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
103243909--103243957	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
103243912--103243969	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
103258219--103258255	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
103265325--103265349	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
103266843--103266884	17	2.5	17	84	7	59	26	2	4	66	1.23
103267013--103267105	48	1.9	48	95	0	168	31	7	12	48	1.69
103267012--103267089	24	3.2	24	65	20	63	34	6	10	48	1.63
103268188--103268212	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
103268736--103268827	45	2.1	45	87	6	134	47	13	11	27	1.77
103270948--103270972	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
103272657--103272738	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103275743--103275863	65	1.9	63	85	10	165	26	4	14	53	1.61
103278901--103279019	58	2.0	59	98	1	231	56	18	11	13	1.67
103281717--103281751	7	5.3	7	93	6	56	85	0	0	14	0.59
103281700--103281763	6	10.3	6	83	3	65	78	3	4	14	1.04
103283969--103284020	20	2.6	19	84	6	59	13	38	26	21	1.90
103285070--103285169	46	2.1	48	88	9	150	38	26	13	23	1.91
103285220--103285281	31	1.9	33	84	12	85	45	16	1	37	1.57
103285694--103285722	15	1.9	15	100	0	58	34	24	0	41	1.55
103289090--103289133	16	2.7	16	85	3	52	68	4	0	27	1.09
103290096--103290240	29	5.0	29	78	5	168	22	15	11	51	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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