genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86219978--86220024	16	3.1	16	81	9	53	59	2	4	34	1.29
86226471--86226614	47	3.1	47	84	0	180	32	9	30	27	1.89
86226588--86226771	98	1.9	96	89	4	289	36	7	25	29	1.84
86226587--86226771	48	3.8	48	87	5	282	36	7	25	30	1.84
86226918--86226989	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
86228245--86228568	40	8.1	40	89	1	472	25	22	26	25	2.00
86228247--86228554	158	1.9	159	89	0	474	25	22	25	25	2.00
86232044--86232189	47	3.1	48	82	4	170	32	9	30	26	1.88
86232162--86232343	47	3.8	47	84	6	235	37	7	24	30	1.84
86232113--86232327	95	2.2	96	81	10	235	36	8	26	28	1.86
86232162--86232343	48	3.8	48	85	7	239	37	7	24	30	1.84
86232489--86232559	36	2.0	36	94	0	124	22	19	30	26	1.98
86234444--86234648	40	5.2	40	90	2	290	24	21	26	26	2.00
86242497--86242666	93	1.8	93	92	1	288	28	29	20	21	1.98
86249812--86250045	48	4.9	48	81	7	260	25	29	19	26	1.99
86249812--86250045	96	2.4	95	85	6	294	25	29	19	26	1.99
86251604--86251660	29	2.0	29	82	6	71	35	22	19	22	1.96
86252574--86252602	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
86257362--86257400	14	2.8	14	84	0	51	38	12	17	30	1.88
86257528--86257942	206	2.0	206	100	0	830	37	9	7	45	1.65
86258070--86258121	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
86258083--86258119	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86258202--86258257	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
86263135--86263216	42	1.9	42	82	2	101	31	24	13	30	1.93
86272746--86272918	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
86272899--86273034	51	2.7	49	82	2	164	26	19	24	29	1.99
86272894--86273039	49	2.9	51	80	4	181	26	19	25	28	1.98
86282447--86282638	51	3.8	51	85	0	197	24	17	28	30	1.97
86282508--86282684	51	3.5	51	83	6	171	26	16	27	28	1.97
86287102--86287133	12	2.7	12	90	0	55	46	21	0	31	1.52
86287601--86287709	43	2.6	42	71	8	103	30	23	17	28	1.97
86295888--86296091	40	5.1	40	83	8	247	24	22	26	26	2.00
86295888--86296072	79	2.3	81	85	7	245	23	22	27	27	1.99
86295889--86296105	79	2.7	78	80	12	237	25	21	26	26	2.00
86303932--86304160	27	8.6	26	80	8	241	37	18	11	31	1.87
86303932--86304160	81	2.9	79	83	6	284	37	18	11	31	1.87
86303932--86304162	54	4.3	54	85	6	292	37	19	11	31	1.87
86304172--86304341	27	6.3	27	84	0	187	32	20	5	41	1.75
86304174--86304341	54	3.1	54	85	3	221	32	20	4	41	1.73
86304170--86304325	81	1.9	81	85	0	213	32	20	5	42	1.74
86304417--86304627	27	7.8	27	86	0	278	33	19	21	25	1.97
86308601--86308826	50	4.5	48	79	9	211	25	18	26	30	1.98
86308597--86308834	101	2.4	99	82	4	273	24	19	26	29	1.98
86312432--86312603	93	1.8	93	93	0	299	27	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86312425--86312600	46	3.8	46	75	12	189	28	28	21	21	1.99
86312433--86312619	46	4.0	45	71	18	125	27	28	21	22	1.99
86314519--86314607	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
86314519--86314598	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
86314530--86314607	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
86317435--86317611	27	6.6	27	85	4	189	29	28	13	28	1.94
86317435--86317611	54	3.3	54	84	7	209	29	28	13	28	1.94
86317456--86317610	81	1.9	81	84	7	208	29	28	14	28	1.95
86329971--86330175	40	5.2	40	91	5	285	23	22	27	25	2.00
86347549--86347609	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
86357881--86357918	20	1.9	20	89	10	60	13	5	5	76	1.13
86376996--86377102	48	2.2	48	85	3	144	27	17	26	28	1.98
86378021--86378072	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
86378723--86378841	27	4.4	27	86	0	157	23	20	20	36	1.95
86383688--86383886	27	7.4	27	88	0	272	36	19	20	24	1.95
86385554--86385676	40	3.1	40	79	5	124	28	26	21	23	1.99
86387355--86387396	16	2.4	18	88	7	61	7	14	0	78	0.95
86388108--86388167	27	2.3	27	88	2	86	23	21	20	35	1.96
86392895--86393064	46	3.7	46	75	13	186	22	20	27	29	1.98
86392889--86393059	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
86401604--86401788	40	4.6	39	82	5	187	23	21	28	25	1.99
86401657--86401811	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86404978--86405045	30	2.2	31	78	5	75	55	16	2	25	1.54
86406353--86406424	33	2.2	33	100	0	144	25	8	16	50	1.73
86410214--86410443	38	5.6	38	70	23	137	30	15	23	30	1.95
86410162--86410453	85	3.4	85	97	0	532	30	15	23	30	1.96
86410384--86410460	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
86417868--86418019	55	2.8	53	82	4	187	28	16	26	27	1.97
86417869--86418024	82	1.9	81	82	3	197	28	16	27	28	1.97
86417869--86418024	27	5.7	27	80	6	154	28	16	27	28	1.97
86417976--86418045	27	2.6	27	81	4	79	24	14	32	28	1.94
86425915--86426066	55	2.8	53	82	4	187	28	16	26	27	1.97
86425916--86426071	82	1.9	81	82	3	197	28	16	27	28	1.97
86425916--86426071	27	5.7	27	80	6	154	28	16	27	28	1.97
86426023--86426092	27	2.6	27	81	4	79	24	14	32	28	1.94
86435400--86435662	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
86435439--86435697	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
86443345--86443607	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
86443384--86443642	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
86446786--86446983	79	2.5	80	86	5	278	27	27	20	24	1.99
86446786--86446994	40	5.3	40	83	5	264	27	28	20	24	1.99
86453294--86453341	21	2.3	21	88	0	69	16	33	31	18	1.94
86455507--86455558	26	2.0	26	84	0	68	48	13	9	28	1.74
86467239--86467503	125	2.1	125	79	1	280	38	16	16	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86468081--86468179	38	2.6	36	78	13	94	65	0	9	25	1.21
86472909--86473177	125	2.1	125	80	4	283	36	18	16	28	1.93
86473789--86473848	29	2.0	29	84	9	77	66	0	6	26	1.16
86477383--86477525	43	3.3	42	81	9	173	24	16	24	34	1.95
86477380--86477573	86	2.3	86	81	7	216	28	15	24	31	1.96
86481419--86481621	42	4.8	42	80	8	207	30	14	25	29	1.95
86481419--86481624	84	2.4	85	83	5	240	30	15	25	29	1.95
86487321--86487426	35	3.0	35	98	0	203	37	15	11	35	1.83
86500219--86500271	26	2.0	27	88	3	81	28	20	18	32	1.97
86506552--86506585	17	1.9	18	94	5	61	35	5	5	52	1.50
86506760--86506810	23	2.1	24	85	10	68	47	0	3	49	1.20
86506766--86506807	16	2.7	15	85	7	57	50	0	2	47	1.14
86508474--86508657	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
86508455--86508657	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
86529991--86530237	84	2.9	84	82	6	277	30	15	25	28	1.96
86529991--86530237	42	5.9	42	79	5	232	30	15	25	28	1.96
86532874--86532944	30	2.4	29	79	13	81	22	7	11	59	1.56
86544479--86546100	210	7.8	210	87	3	1780	30	18	21	28	1.97
86548475--86548547	30	2.4	31	82	13	89	23	8	6	61	1.48
86559277--86559496	101	2.2	98	81	4	237	30	24	18	26	1.98
86559265--86559496	49	4.7	49	75	7	200	29	24	18	26	1.98
86559829--86559895	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86559841--86559898	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
86561797--86561867	34	2.1	34	85	12	94	26	26	23	22	2.00
86564504--86564701	30	6.7	30	75	6	136	42	12	24	20	1.86
86564449--86564726	119	2.3	118	83	4	360	41	12	23	22	1.88
86568975--86569564	146	4.0	145	84	8	665	42	8	5	42	1.58
86569322--86569365	20	2.2	20	87	0	61	47	9	2	40	1.48
86569043--86569564	158	3.5	146	85	8	648	41	9	5	43	1.59
86570302--86570605	42	7.3	42	83	3	389	37	23	17	22	1.94
86573007--86573114	29	3.8	28	85	2	117	27	17	28	25	1.98
86585212--86585382	43	4.0	42	81	7	166	32	28	16	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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