genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78074025--78074242	40	5.5	40	86	1	278	24	22	26	26	2.00
78078523--78078573	21	2.4	21	86	0	75	41	9	25	23	1.85
78106078--78106184	34	3.2	33	89	5	151	30	23	18	27	1.98
78115978--78116014	18	2.1	18	89	0	56	29	18	24	27	1.98
78118081--78118143	29	2.2	29	80	8	76	28	6	4	60	1.42
78121603--78122128	49	10.9	49	94	2	883	29	29	8	33	1.86
78121603--78122128	145	3.7	145	94	2	893	29	29	8	33	1.86
78129417--78129458	22	2.0	22	95	4	77	21	28	40	9	1.84
78130197--78130314	18	6.6	18	75	7	69	38	17	7	36	1.79
78130259--78130367	18	6.1	18	86	5	132	35	15	15	33	1.89
78131693--78131731	19	2.2	18	86	9	53	5	15	2	76	1.06
78131904--78132176	149	1.8	148	79	10	315	43	9	3	43	1.52
78135436--78135619	40	4.6	40	83	6	214	25	23	26	24	2.00
78135436--78135619	80	2.3	80	85	3	237	25	23	26	24	2.00
78146457--78146506	23	2.2	24	82	7	59	20	4	0	76	0.95
78146458--78146526	35	2.0	35	83	11	88	23	4	0	72	1.02
78153403--78153586	89	2.1	89	93	0	314	28	14	19	38	1.90
78161152--78161241	27	3.3	27	85	0	126	31	21	20	27	1.98
78162435--78162813	48	7.9	48	77	3	341	26	17	29	26	1.98
78162435--78162809	96	3.9	96	87	0	471	26	17	29	26	1.98
78171355--78171433	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
78173442--78173819	48	7.9	48	80	3	420	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78173443--78173868	96	4.4	96	88	0	528	27	18	28	25	1.98
78173446--78173868	144	2.9	143	79	3	454	27	18	28	25	1.98
78173442--78173868	48	8.9	48	79	1	406	27	18	28	25	1.98
78185802--78186027	49	4.6	49	76	11	171	26	27	18	27	1.98
78185845--78186068	48	4.7	48	76	12	178	25	29	18	27	1.98
78185902--78186211	46	6.6	47	75	11	214	24	30	17	28	1.97
78186040--78186211	94	1.8	92	85	9	242	24	30	17	27	1.97
78188541--78188799	46	5.6	46	92	1	369	21	22	13	42	1.88
78190889--78190936	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
78190883--78190938	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
78202844--78203248	48	8.6	46	76	10	272	23	29	20	27	1.98
78202844--78203155	94	3.3	94	78	12	329	23	29	19	27	1.98
78202981--78203211	94	2.4	95	80	7	256	22	31	19	25	1.98
78202982--78203248	142	1.9	140	86	4	385	23	30	19	26	1.98
78204568--78204614	23	2.0	23	91	0	76	48	6	10	34	1.63
78206313--78206490	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78206314--78206469	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78206310--78206490	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78214324--78214500	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
78214324--78214500	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
78214325--78214479	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
78214321--78214500	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78222339--78222515	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
78222339--78222515	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
78222340--78222494	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
78222336--78222515	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
78225159--78225328	43	4.0	43	72	13	134	34	23	15	26	1.94
78225159--78225268	41	2.6	42	82	2	123	32	22	17	27	1.96
78230437--78230462	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
78232587--78232649	24	2.6	24	89	0	90	23	14	31	30	1.94
78239064--78239125	24	2.7	23	84	2	79	22	12	32	32	1.92
78243443--78243823	194	2.0	194	87	2	559	33	23	13	30	1.93
78246115--78246150	18	2.1	18	94	5	65	11	30	33	25	1.90
78258954--78258985	16	1.9	17	93	6	57	71	0	0	28	0.86
78259087--78259160	11	7.4	10	74	15	55	55	1	0	43	1.08
78259092--78259150	18	3.1	18	77	13	64	55	1	0	42	1.09
78259654--78259683	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
78267816--78267850	13	2.7	13	90	0	61	22	20	40	17	1.92
78273046--78273087	17	2.5	17	84	3	50	42	9	0	47	1.36
78273173--78273212	19	2.1	19	86	9	55	37	12	5	45	1.64
78273338--78273464	65	2.0	65	96	0	236	22	14	14	47	1.82
78280455--78280501	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
78284044--78284326	18	15.3	18	71	11	124	37	15	11	35	1.83
78284035--78284103	36	1.9	36	84	0	93	40	14	7	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78284124--78284190	19	3.7	19	76	9	68	41	14	10	32	1.80
78284124--78284327	72	2.8	70	78	7	214	37	15	11	35	1.84
78284493--78284594	45	2.3	45	85	0	141	42	19	18	19	1.90
78286483--78286521	14	2.7	15	84	15	55	58	2	0	38	1.12
78286928--78287133	107	1.9	107	82	2	252	31	26	18	23	1.98
78290045--78290217	46	3.7	46	79	10	199	21	20	28	29	1.98
78290042--78290212	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
78290442--78290479	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
78296627--78296682	26	2.2	26	93	0	94	58	10	3	26	1.48
78310754--78310981	48	4.8	47	82	2	249	27	19	29	23	1.98
78310744--78310981	96	2.5	92	86	5	296	26	18	29	24	1.98
78314850--78314895	24	2.0	23	83	12	58	58	2	2	36	1.22
78315091--78315126	18	2.0	18	89	10	56	55	16	5	22	1.62
78316021--78316128	49	2.1	52	83	5	141	29	37	15	16	1.90
78320515--78320572	29	2.0	29	83	6	73	36	20	5	37	1.75
78323240--78323286	20	2.3	20	78	7	51	40	2	2	55	1.24
78327713--78327750	16	2.4	16	86	8	51	55	2	0	42	1.14
78329050--78329502	111	4.1	111	99	0	888	47	15	13	22	1.81
78335460--78335539	40	2.0	40	100	0	160	37	10	22	30	1.87
78336209--78336253	22	2.0	22	95	0	81	24	17	28	28	1.97
78336389--78336467	40	2.0	40	89	0	122	31	18	20	29	1.97
78340869--78340894	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78346444--78346502	30	1.9	31	86	3	84	27	16	5	50	1.66
78346444--78346510	30	2.2	31	81	7	75	26	14	7	50	1.70
78349239--78349456	40	5.5	40	92	2	343	23	22	28	24	2.00
78356815--78356870	24	2.2	26	87	9	80	23	0	19	57	1.41
78356860--78356887	5	5.6	5	100	0	56	0	0	21	78	0.75
78357086--78357122	18	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
78369246--78369283	6	6.3	6	93	0	58	78	0	15	5	0.91
78371012--78371063	17	3.0	17	81	10	61	46	3	0	50	1.20
78371028--78371074	17	2.7	17	83	3	58	42	6	0	51	1.27
78395935--78395971	17	2.1	18	90	5	58	27	8	0	64	1.21
78395987--78396038	25	2.1	26	85	7	72	44	0	3	51	1.19
78410343--78410548	40	5.2	40	81	2	236	25	27	23	23	2.00
78414903--78415343	47	9.4	47	92	0	684	32	8	30	28	1.87
78416876--78416919	19	2.2	20	84	11	56	38	0	36	25	1.56
78425203--78425232	15	1.9	16	93	6	53	53	23	3	20	1.60
78435564--78435590	14	1.9	14	100	0	54	22	3	7	66	1.33
78440013--78440135	56	2.2	56	89	0	183	36	21	13	28	1.91
78442160--78442310	43	3.6	41	78	11	144	24	21	27	27	1.99
78450952--78450976	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
78465779--78465954	46	3.8	46	77	12	207	21	20	28	29	1.98
78465776--78465946	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
78467872--78467907	18	2.0	19	89	10	58	11	30	44	13	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78468277--78468352	40	1.9	40	88	0	116	15	14	34	35	1.88
78471088--78471261	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
78471089--78471244	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78474718--78474770	14	3.9	13	79	13	54	39	0	9	50	1.35
78476455--78476508	26	2.1	26	100	0	108	61	0	7	31	1.24
78476797--78477075	151	1.9	148	89	5	436	39	5	11	44	1.63
78477745--78477770	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
78480798--78480970	27	6.4	27	86	0	220	36	18	20	24	1.95
78480798--78480971	81	2.1	81	88	2	260	36	18	20	24	1.94
78480971--78481024	27	2.0	26	89	3	81	22	24	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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