genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97715389--97715422	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
97715501--97715565	21	3.1	21	74	12	62	38	36	0	24	1.56
97715498--97715642	57	2.6	56	82	6	168	42	35	0	22	1.54
97715498--97715573	14	5.4	14	72	9	55	39	38	0	22	1.54
97715593--97715691	22	4.6	21	69	14	67	46	27	2	24	1.63
97715590--97715691	14	7.1	14	71	13	55	47	27	1	23	1.63
97715518--97715686	21	7.9	21	66	16	69	43	31	1	23	1.61
97716113--97716509	40	10.1	40	75	8	298	27	21	21	29	1.98
97716005--97716436	193	2.2	195	85	3	586	29	21	20	28	1.98
97716925--97716958	12	2.8	12	90	0	50	14	5	0	79	0.91
97720520--97720621	50	2.0	50	98	0	195	31	21	13	33	1.92
97720706--97720813	26	4.2	26	91	2	173	37	23	7	32	1.82
97723680--97723722	21	2.0	21	82	8	52	13	4	4	76	1.10
97727620--97727690	17	4.3	17	72	20	62	64	4	0	30	1.12
97735200--97735251	20	2.4	23	75	9	56	28	7	11	51	1.65
97737876--97737984	27	4.1	26	84	5	110	38	22	21	18	1.93
97738143--97738207	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
97738623--97738897	27	10.2	27	90	2	401	26	20	17	35	1.94
97747204--97747342	33	4.2	32	79	8	127	32	4	38	24	1.75
97747368--97747398	12	2.6	12	94	0	53	25	0	45	29	1.54
97751707--97751812	42	2.5	43	84	7	155	36	15	17	30	1.91
97753874--97753927	27	2.0	27	100	0	108	25	22	7	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97757851--97758004	67	2.3	65	83	7	175	31	15	30	22	1.95
97762172--97762271	21	4.8	21	83	2	121	13	20	19	48	1.81
97762170--97762271	42	2.4	42	91	0	159	12	20	18	48	1.81
97765103--97765144	4	10.0	4	82	17	50	71	2	0	26	0.98
97768746--97768779	3	11.3	3	100	0	68	35	32	0	32	1.58
97769178--97769202	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
97777837--97777931	40	2.4	41	85	7	124	23	17	27	31	1.97
97781886--97781925	19	2.1	19	85	0	53	47	5	12	35	1.63
97783921--97783962	22	1.9	23	85	9	61	42	21	0	35	1.53
97786813--97786843	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
97790687--97790727	17	2.4	17	91	0	64	34	9	12	43	1.75
97793537--97793709	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
97793534--97793704	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
97801050--97801222	45	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.98
97801918--97801963	23	2.0	24	87	12	69	50	2	21	26	1.60
97801918--97801954	13	3.1	13	81	18	53	54	0	21	24	1.45
97803045--97803227	40	4.6	40	80	9	198	24	27	22	25	2.00
97803045--97803228	79	2.3	80	83	6	214	25	27	22	25	2.00
97809467--97809550	43	2.0	43	97	0	159	25	19	27	28	1.98
97809456--97809577	43	2.8	43	84	7	158	23	21	28	26	1.99
97812751--97812863	43	2.7	43	78	1	138	31	23	17	27	1.97
97815584--97815644	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97821961--97822002	10	3.9	10	85	14	57	50	28	4	16	1.66
97822688--97822857	43	4.0	43	74	10	141	32	24	17	26	1.96
97823286--97823361	37	2.1	37	97	0	143	35	17	10	36	1.84
97824253--97824293	20	2.0	20	85	9	55	17	7	4	70	1.28
97828093--97828135	6	6.8	6	82	10	50	79	0	2	18	0.85
97828093--97828133	20	2.0	20	90	0	64	80	0	2	17	0.82
97831060--97831182	22	5.3	22	65	30	69	36	11	26	25	1.90
97830885--97831228	141	2.4	141	87	0	438	34	11	28	25	1.91
97830847--97831185	47	7.2	47	90	1	493	35	11	26	26	1.90
97831193--97831298	46	2.2	48	80	13	128	33	4	30	31	1.78
97844000--97844059	30	2.0	30	93	0	102	28	25	6	40	1.80
97848629--97848654	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
97852375--97852606	50	4.8	49	79	8	235	28	18	29	23	1.98
97852375--97852605	97	2.4	96	83	8	274	28	18	29	23	1.98
97859199--97859223	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
97859899--97860261	46	7.7	48	78	9	322	27	18	30	24	1.98
97859937--97860261	96	3.4	96	82	9	307	26	18	30	24	1.98
97864114--97864167	26	2.1	26	96	0	99	44	3	12	38	1.61
97865306--97865338	9	3.5	10	92	8	52	30	0	0	69	0.88
97869667--97869714	18	2.6	19	87	9	64	64	0	4	31	1.12
97869636--97869701	10	6.8	10	72	14	50	65	3	1	30	1.17
97877245--97877452	46	4.5	46	77	13	169	29	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97877242--97877412	93	1.8	92	85	6	238	29	21	27	22	1.99
97878466--97878562	41	2.4	41	85	1	124	23	25	36	14	1.93
97878883--97878926	22	2.0	22	95	0	79	20	9	34	36	1.84
97880057--97880091	13	2.6	14	86	4	54	71	0	8	20	1.11
97880941--97881032	44	2.1	44	81	4	105	25	19	21	33	1.97
97881889--97882016	43	3.0	42	86	4	166	26	18	29	25	1.98
97882102--97882174	31	2.3	32	83	9	87	65	15	5	13	1.43
97882849--97882877	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
97885508--97885683	46	3.8	46	80	12	225	20	21	28	28	1.98
97885504--97885675	93	1.8	93	96	0	317	20	22	29	27	1.98
97891008--97891183	46	3.8	46	80	7	221	21	21	28	28	1.99
97891004--97891175	93	1.8	93	94	0	308	21	22	29	27	1.99
97892744--97892784	18	2.3	18	95	0	73	53	21	4	19	1.63
97893242--97893290	18	2.8	17	72	6	53	22	2	34	40	1.66
97893668--97893718	15	3.3	15	78	8	50	43	0	1	54	1.11
97895164--97895474	41	7.7	41	80	4	335	25	17	23	33	1.96
97896841--97896985	42	3.4	42	74	10	159	32	24	19	23	1.97
97904323--97904361	18	2.2	18	90	0	60	74	0	5	20	1.01
97905216--97905303	44	2.0	44	86	4	124	19	19	26	35	1.95
97916449--97916489	19	2.2	19	100	0	82	56	12	4	26	1.56
97916785--97916824	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
97917865--97917924	14	4.2	14	85	4	84	36	5	16	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97917858--97917924	29	2.4	28	87	2	89	40	4	14	40	1.67
97918382--97918470	22	4.0	22	75	15	92	44	21	5	28	1.74
97919422--97919494	32	2.5	30	84	10	89	50	20	4	24	1.65
97921003--97921031	15	1.9	15	100	0	58	41	17	13	27	1.87
97927370--97927421	22	2.4	22	96	0	95	51	3	17	26	1.62
97939025--97939093	13	5.3	12	74	17	59	42	15	1	40	1.56
97947665--97947698	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
97948477--97948518	4	10.2	4	85	14	59	0	23	0	76	0.79
97948472--97948516	20	2.3	19	88	7	72	0	22	2	75	0.91
97948576--97948653	42	2.0	40	82	14	99	48	3	1	46	1.28
97953108--97953150	16	2.7	16	82	7	52	37	16	0	46	1.47
97953930--97953963	9	3.9	9	84	7	52	0	20	0	79	0.73
97953930--97953963	13	2.6	13	95	0	59	0	20	0	79	0.73
97953930--97953963	17	2.0	17	94	0	59	0	20	0	79	0.73
97961088--97961163	2	38.0	2	100	0	152	0	0	50	50	1.00
97965467--97965512	6	7.7	6	92	0	74	17	0	50	32	1.47
97967717--97967751	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
97967684--97967756	23	3.3	23	78	5	78	64	0	0	35	0.94
97973752--97973793	16	2.7	16	78	17	52	35	0	4	59	1.19
97973837--97973881	15	3.1	15	83	3	56	71	0	0	28	0.87
97984743--97984951	41	5.1	41	78	0	220	31	29	21	18	1.97
97987090--97987153	31	2.1	31	96	0	119	25	28	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97994048--97994074	3	9.0	3	100	0	54	0	33	33	33	1.58
97996719--97996840	60	2.0	60	100	0	244	36	8	16	39	1.78
98000889--98000925	19	2.0	19	89	5	58	56	5	0	37	1.22
98000933--98000958	7	3.7	7	100	0	52	42	0	11	46	1.40
98001370--98001414	4	11.5	4	78	21	51	0	24	0	75	0.80
98001370--98001414	14	3.1	14	90	9	65	0	24	0	75	0.80
98001450--98001493	21	2.2	20	84	11	56	34	6	0	59	1.24
98006684--98006714	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
98009387--98009432	22	2.1	21	88	11	67	71	6	0	21	1.08
98010124--98010173	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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