genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66268763--66268810	9	5.3	9	76	0	51	60	10	2	27	1.41
66268763--66268814	18	2.9	18	75	11	61	59	9	3	26	1.46
66270209--66270248	16	2.5	16	84	11	55	7	0	10	82	0.84
66273478--66273669	40	4.8	40	81	0	231	26	27	21	24	1.99
66273450--66273670	80	2.8	79	88	2	318	27	27	20	24	1.99
66275447--66275662	40	5.4	40	90	0	335	28	26	21	23	1.99
66277027--66277052	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
66282320--66282500	40	4.5	40	93	4	278	25	28	22	23	2.00
66286922--66287143	40	5.6	40	93	0	365	27	26	22	23	2.00
66288508--66288533	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
66288849--66289564	179	4.0	179	85	4	912	28	23	17	29	1.97
66303059--66303227	40	4.2	40	89	2	241	27	25	21	25	2.00
66305148--66305202	18	3.1	18	70	19	51	61	5	3	29	1.35
66306564--66306629	23	2.8	22	78	15	62	15	3	9	72	1.21
66306582--66306629	23	2.1	23	85	11	64	14	0	8	77	0.99
66311306--66311401	47	2.0	47	93	0	165	28	13	13	44	1.81
66312208--66312424	45	4.9	44	85	8	271	23	22	28	25	1.99
66312208--66312411	90	2.3	90	88	5	299	23	22	27	25	1.99
66318699--66318794	47	2.0	47	91	0	156	28	12	14	44	1.81
66319603--66319818	45	4.9	45	88	4	291	23	19	29	27	1.99
66334280--66334463	40	4.6	40	80	8	205	25	22	26	26	2.00
66334280--66334499	80	2.8	79	83	8	261	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66342442--66342625	40	4.6	40	84	2	244	25	22	26	25	2.00
66352477--66352648	67	2.6	66	82	7	179	31	16	28	22	1.96
66352433--66352684	68	3.8	63	78	9	204	29	16	29	25	1.96
66352501--66352656	67	2.4	64	83	4	197	28	16	30	23	1.96
66353553--66353595	22	2.0	22	95	0	77	37	4	13	44	1.65
66357960--66358007	22	2.2	21	92	3	78	37	6	14	41	1.71
66359502--66359720	40	5.5	40	91	2	336	25	27	22	24	2.00
66387813--66387838	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
66394555--66394687	69	1.9	70	89	1	205	31	14	17	36	1.89
66396466--66396609	48	3.0	48	91	2	216	34	6	29	29	1.83
66396756--66396827	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
66405281--66405359	39	2.0	39	100	0	158	31	30	15	22	1.95
66405323--66405556	49	4.7	49	81	5	272	30	27	17	24	1.97
66405323--66405556	100	2.4	99	82	5	285	30	27	17	24	1.97
66408797--66408871	33	2.3	33	84	6	91	22	24	16	37	1.93
66409061--66409097	17	2.2	17	100	0	74	27	18	5	48	1.70
66411074--66411249	46	3.8	46	81	7	230	21	21	28	28	1.98
66411070--66411241	93	1.8	93	96	0	317	20	22	29	27	1.98
66416683--66416837	29	5.4	28	82	6	170	27	31	12	28	1.93
66416683--66416854	57	3.0	57	83	6	197	27	31	12	27	1.92
66416683--66416854	86	2.0	86	80	6	197	27	31	12	27	1.92
66420342--66420450	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66420591--66421374	48	16.0	48	91	3	1208	31	26	6	36	1.82
66420597--66421374	98	7.9	98	92	2	1235	31	25	6	36	1.82
66425151--66425222	31	2.3	31	97	0	135	29	26	15	29	1.96
66425246--66425337	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
66425477--66425553	25	3.1	24	83	5	91	25	19	20	33	1.96
66426385--66426436	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
66426458--66426694	27	8.7	27	78	3	170	30	8	20	39	1.83
66426543--66426694	54	2.8	53	85	2	205	28	6	22	42	1.78
66426545--66426694	81	1.9	81	87	2	221	28	6	22	42	1.78
66426726--66426883	27	5.9	27	90	3	228	39	6	23	31	1.80
66434733--66434958	122	1.9	120	87	1	335	42	9	18	29	1.82
66440625--66440830	27	7.6	27	85	1	108	35	21	7	35	1.81
66440636--66440766	54	2.4	54	84	5	167	29	19	7	42	1.79
66440744--66441103	54	6.6	54	72	9	239	39	20	10	29	1.85
66440744--66441016	81	3.4	80	81	8	286	41	21	9	28	1.83
66440758--66440990	27	8.7	26	79	7	225	42	20	9	28	1.82
66440744--66441103	27	13.3	27	74	8	160	39	20	10	29	1.85
66441134--66441221	27	3.3	27	88	0	122	37	19	25	18	1.94
66442241--66442332	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
66442356--66442434	31	2.5	31	91	0	131	30	17	24	27	1.97
66444686--66444873	40	4.8	38	85	7	123	26	21	27	25	2.00
66444686--66444908	39	5.7	40	87	6	271	25	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66444686--66444908	79	2.8	78	81	10	258	25	21	26	25	2.00
66452459--66452677	40	5.7	40	85	8	267	25	21	28	24	1.99
66452459--66452696	78	3.1	76	78	13	227	25	21	28	23	1.99
66456277--66456474	27	7.6	26	79	11	176	26	15	27	30	1.96
66456277--66456418	76	1.9	75	86	7	207	26	16	26	30	1.97
66462021--66462225	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
66462022--66462225	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
66472219--66472386	43	3.9	43	72	9	137	33	23	14	28	1.94
66475822--66475999	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
66475822--66475999	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
66488105--66488326	40	5.6	40	92	1	358	25	26	23	24	2.00
66495781--66495962	40	4.6	40	88	2	269	26	26	22	24	2.00
66501419--66501568	43	3.5	43	79	6	153	28	15	22	33	1.95
66508391--66508502	43	2.6	42	80	5	136	29	23	16	30	1.96
66512402--66512465	29	2.2	30	85	0	69	23	34	15	26	1.95
66512365--66512473	58	1.9	57	83	9	141	25	32	13	28	1.94
66512697--66512723	8	3.4	8	100	0	54	11	22	22	44	1.84
66516943--66517125	46	4.0	46	91	0	276	25	31	8	34	1.86
66517099--66517331	47	5.0	47	91	1	351	26	28	11	33	1.91
66517187--66517266	24	3.4	25	63	23	64	26	28	11	33	1.91
66517189--66517310	22	5.3	22	63	24	63	26	28	12	32	1.92
66518136--66518244	37	2.9	37	93	0	182	26	32	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66518386--66518722	48	7.0	48	96	0	584	29	27	6	35	1.81
66521212--66521283	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
66521204--66521359	47	3.3	47	94	0	258	26	28	8	35	1.87
66524504--66524549	14	3.3	14	90	0	74	19	4	10	65	1.41
66528867--66528903	19	1.9	19	94	0	65	43	16	5	35	1.71
66558640--66558669	5	5.8	5	92	7	51	80	0	20	0	0.72
66559618--66559683	25	2.5	26	82	4	80	53	6	1	39	1.35
66563602--66563728	55	2.3	55	83	4	157	18	29	23	27	1.98
66563616--66563744	55	2.3	55	82	2	134	18	30	25	25	1.98
66575401--66575437	17	2.1	18	90	5	58	29	2	27	40	1.70
66594981--66595157	46	3.8	46	87	1	230	20	22	27	30	1.98
66613131--66613404	46	6.0	46	89	0	379	40	14	24	21	1.90
66619259--66619346	45	2.0	45	88	0	131	27	12	22	37	1.90
66629235--66629269	18	1.9	18	100	0	70	34	5	8	51	1.56
66630258--66630316	25	2.3	26	82	2	75	37	5	0	57	1.21
66632210--66632373	46	3.5	45	77	12	161	28	18	29	23	1.98
66643241--66643283	21	2.0	21	100	0	86	18	32	9	39	1.83
66645498--66645542	23	2.0	23	86	4	65	40	0	2	57	1.11
66654166--66654352	100	1.9	100	91	0	311	30	24	19	25	1.98
66654171--66654354	49	3.7	49	79	5	208	30	25	19	25	1.98
66656794--66656858	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
66656794--66656862	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66659815--66660001	49	3.8	48	82	4	239	28	26	19	25	1.98
66659820--66660006	99	1.9	99	96	0	347	28	26	20	24	1.99
66662449--66662513	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
66662449--66662517	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
66665495--66665676	49	3.7	49	75	5	195	27	25	21	25	1.99
66665488--66665674	100	1.9	100	90	0	302	27	24	21	26	1.99
66667577--66667684	53	2.0	53	100	0	216	22	15	29	32	1.95
66676925--66677011	39	2.2	39	87	0	120	22	20	29	26	1.99
66676925--66677029	39	2.7	39	85	2	113	22	22	29	24	1.99
66681353--66681377	8	3.1	8	100	0	50	48	12	0	40	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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