genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6081611--6081676	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
6081626--6081675	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
6081602--6081672	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
6081692--6081731	21	1.9	21	85	10	55	60	0	5	35	1.19
6081689--6081772	24	3.5	24	73	22	70	59	2	4	33	1.31
6082000--6082088	3	28.7	3	88	4	88	67	1	7	23	1.24
6086868--6086915	10	4.2	11	82	17	62	20	2	0	77	0.88
6086866--6086920	16	3.3	16	77	22	60	21	1	0	76	0.88
6086876--6086920	15	2.9	15	84	12	56	22	2	0	75	0.91
6088557--6088595	21	1.9	20	89	5	60	23	7	0	69	1.14
6088565--6088608	21	2.0	22	82	4	54	29	6	2	61	1.34
6091556--6091584	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
6096523--6096594	9	8.2	9	74	11	69	37	0	16	45	1.48
6096527--6096601	34	2.2	34	85	4	98	36	0	16	48	1.46
6096727--6096885	9	17.7	9	69	19	109	36	2	15	45	1.59
6096765--6096877	16	7.1	16	78	11	115	36	2	15	45	1.61
6096727--6096877	80	1.9	80	94	0	266	36	2	15	45	1.60
6096987--6097456	99	4.8	99	96	1	838	51	4	6	37	1.48
6096983--6097455	197	2.4	198	95	2	853	51	4	6	37	1.47
6097443--6097496	14	3.9	14	95	0	99	64	0	1	33	1.04
6097437--6097508	14	4.4	18	79	16	70	65	0	1	33	1.02
6098046--6098097	26	2.0	25	85	3	68	59	5	3	30	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6100168--6100225	25	2.3	25	82	5	73	31	10	36	22	1.88
6101003--6101045	14	3.2	13	78	12	50	41	25	2	30	1.68
6101005--6101049	21	2.1	21	84	8	56	44	24	2	28	1.66
6101052--6101090	14	2.8	13	85	11	51	51	46	0	2	1.14
6105844--6105899	25	2.2	25	96	3	103	42	0	3	53	1.18
6109083--6109121	19	2.0	20	90	5	62	43	5	7	43	1.55
6109680--6109705	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
6110833--6110932	50	2.0	50	88	0	146	28	18	21	33	1.96
6113361--6113404	21	2.1	21	100	0	88	25	27	13	34	1.93
6117445--6117674	123	1.9	124	86	3	331	37	19	10	31	1.86
6139357--6139491	67	2.0	67	89	0	207	40	20	12	26	1.88
6148489--6148576	44	2.0	44	90	0	140	31	15	19	32	1.93
6154666--6154731	19	3.4	18	74	16	53	3	27	0	69	1.03
6161172--6161218	20	2.3	20	85	10	60	63	10	2	23	1.37
6163577--6163631	26	2.1	26	80	12	60	43	1	7	47	1.41
6171418--6171472	17	3.2	17	80	10	58	30	29	25	14	1.95
6172779--6173098	130	2.5	130	88	5	472	35	17	17	30	1.93
6175875--6176013	44	3.2	43	65	15	104	21	25	20	32	1.98
6175854--6176047	88	2.2	88	90	0	307	24	23	21	30	1.99
6187542--6187861	130	2.5	129	90	4	495	35	18	16	30	1.93
6198215--6198441	63	3.6	63	75	1	177	27	24	23	24	2.00
6200183--6200209	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6201421--6201501	33	2.5	33	75	0	81	17	9	11	61	1.55
6212142--6212390	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
6212141--6212390	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
6212485--6212516	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
6212728--6212785	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
6214765--6214822	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
6215143--6215269	44	3.0	42	78	17	145	21	16	30	31	1.95
6224190--6224462	105	2.6	105	86	1	368	31	13	19	35	1.91
6224191--6224467	35	7.9	35	85	4	326	31	13	19	35	1.91
6228494--6228542	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
6230054--6230140	21	4.0	23	79	10	83	14	20	25	39	1.91
6236354--6236402	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
6237912--6237998	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
6240889--6240996	26	4.2	26	87	0	162	33	9	23	34	1.86
6250869--6251150	35	8.1	35	83	3	334	30	12	20	37	1.89
6250869--6251150	105	2.7	105	85	2	370	30	12	20	37	1.89
6266395--6266424	7	4.3	7	100	0	60	0	16	43	40	1.48
6266430--6266494	33	2.0	33	84	0	85	26	12	21	40	1.88
6277322--6277365	22	1.9	24	90	9	74	70	11	13	4	1.31
6279722--6279761	20	2.0	20	95	0	71	72	0	5	22	1.04
6279775--6279812	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
6280424--6280603	96	1.9	97	89	1	281	30	25	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6283266--6283328	17	3.8	16	77	12	56	73	0	1	25	0.93
6283265--6283326	21	2.9	21	92	2	106	72	0	1	25	0.94
6289798--6289835	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
6294837--6294864	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
6300800--6300851	16	3.2	16	94	0	95	26	0	34	38	1.57
6300831--6300922	45	2.1	44	83	2	112	30	5	28	35	1.80
6301061--6301102	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
6301070--6301111	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
6301199--6301240	16	2.6	16	82	14	50	52	0	2	45	1.13
6301252--6301509	90	2.8	91	97	1	482	47	2	2	47	1.30
6304079--6304126	3	16.0	3	86	0	51	31	0	31	37	1.58
6351425--6351556	68	2.0	68	90	1	212	30	17	19	32	1.95
6351520--6352528	72	12.8	81	76	13	670	28	16	19	34	1.94
6351452--6352528	158	6.9	158	75	15	788	28	17	19	34	1.94
6351680--6352152	84	5.8	84	74	17	403	27	17	19	35	1.94
6351764--6351949	74	2.5	74	89	0	264	31	18	22	28	1.97
6352052--6352086	14	2.6	14	90	4	54	14	11	5	68	1.37
6351914--6352154	86	2.8	84	82	9	267	26	16	18	39	1.91
6351682--6352662	318	3.1	311	81	9	1090	28	16	19	35	1.93
6352067--6352573	159	3.4	144	78	12	554	30	16	18	34	1.93
6351990--6352528	231	2.3	230	86	3	762	28	16	18	36	1.93
6352320--6352572	73	3.5	72	90	3	382	32	17	17	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6353531--6353567	6	6.3	6	90	9	51	16	10	2	70	1.27
6353533--6353557	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
6358103--6358705	74	7.8	71	72	20	346	30	17	20	32	1.96
6358249--6358711	166	2.9	158	82	9	530	29	18	19	32	1.96
6358305--6358965	85	8.0	83	71	18	373	28	17	19	34	1.94
6358555--6359081	74	6.8	73	70	18	275	28	17	20	34	1.95
6358565--6358754	75	2.5	74	84	7	231	31	18	21	28	1.97
6358389--6358885	240	2.1	236	81	11	559	28	17	19	34	1.94
6358865--6358898	13	2.6	14	90	9	54	14	11	5	67	1.39
6358781--6358967	86	2.2	86	81	11	215	25	15	17	42	1.88
6358880--6359081	74	2.8	72	88	6	286	30	16	19	33	1.95
6358801--6359313	229	2.2	227	84	8	664	28	16	18	36	1.93
6359133--6359381	74	3.5	69	84	10	315	31	17	18	32	1.94
6364820--6365297	45	10.8	44	64	14	178	30	21	19	28	1.98
6364779--6365317	133	4.0	133	85	4	692	29	22	19	28	1.98
6365412--6365535	61	2.0	64	92	4	209	37	16	16	29	1.92
6365902--6365948	23	2.0	23	95	0	85	57	6	12	23	1.58
6366802--6366842	20	2.0	20	95	0	73	43	7	31	17	1.76
6375877--6376006	3	43.3	3	65	9	50	56	5	7	30	1.50
6385151--6385199	21	2.4	21	78	21	59	28	6	6	59	1.46
6385285--6385330	24	1.9	24	82	8	58	23	4	2	69	1.17
6390168--6390235	29	2.3	29	94	5	118	61	5	5	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6405488--6405515	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6407145--6407197	18	3.0	18	77	5	63	77	3	3	15	1.06
6407145--6407196	17	3.0	17	82	2	68	76	3	3	15	1.07
6410803--6410849	20	2.3	20	77	3	58	46	0	4	48	1.21
6411033--6411106	33	2.2	34	85	7	105	31	32	12	24	1.92
6411043--6411107	33	2.0	33	93	0	112	30	29	13	26	1.94
6411772--6411820	21	2.3	21	85	3	62	42	28	8	20	1.80
6411780--6411820	21	2.0	21	90	0	64	41	29	7	21	1.80
6412405--6412708	152	2.0	152	96	0	563	32	19	14	33	1.91
6430905--6430929	6	4.2	6	100	0	50	64	0	20	16	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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