genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71575025--71575071	20	2.4	21	79	13	55	57	4	8	29	1.48
71575551--71575624	3	24.3	3	86	8	105	63	0	5	31	1.17
71581400--71581927	48	11.0	48	93	0	853	36	6	26	31	1.82
71585242--71585290	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
71585240--71585300	24	2.5	25	77	12	65	31	0	6	62	1.21
71585531--71585595	21	3.1	21	71	6	60	40	23	15	21	1.91
71586897--71586946	14	3.6	14	82	15	59	64	2	0	34	1.05
71586896--71586932	7	5.3	7	87	12	58	59	0	0	40	0.97
71593884--71594061	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
71593905--71594060	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71608730--71608775	22	2.1	22	100	0	92	41	0	17	41	1.49
71611338--71611401	19	3.4	19	78	8	76	21	29	26	21	1.99
71617951--71618072	49	2.5	49	92	5	194	24	27	18	30	1.98
71618093--71618210	46	2.5	46	86	5	148	22	28	21	27	1.99
71624297--71624611	144	2.2	143	80	7	334	27	19	29	23	1.98
71624297--71624611	48	6.6	49	77	9	240	27	19	29	23	1.98
71624297--71624611	96	3.3	93	79	10	309	27	19	29	23	1.98
71626532--71626741	40	5.2	40	89	3	312	23	23	26	26	2.00
71626536--71626741	83	2.5	80	89	5	299	22	23	27	26	2.00
71630658--71630684	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
71630669--71630697	9	3.3	9	90	9	51	55	10	0	34	1.34
71633519--71633683	41	4.1	40	75	17	160	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71641853--71642018	41	4.1	40	74	17	144	27	28	22	22	1.99
71641853--71641999	41	3.6	41	76	10	156	27	27	21	23	1.99
71644877--71644976	51	2.0	51	82	4	121	33	26	18	23	1.97
71644935--71645049	43	2.7	43	86	4	162	27	33	18	20	1.95
71663576--71663748	93	1.9	93	87	0	256	20	18	31	28	1.96
71678098--71678137	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
71679352--71679516	49	3.5	46	77	5	152	24	26	16	32	1.97
71681313--71681348	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
71681474--71681504	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
71682523--71682619	40	2.5	38	80	8	108	16	24	28	29	1.97
71683514--71683610	20	4.8	21	85	8	139	21	31	29	16	1.95
71683513--71683610	40	2.5	40	93	0	169	21	31	29	17	1.96
71686093--71686123	16	1.9	16	93	0	53	3	32	6	58	1.40
71689222--71689319	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
71689250--71689332	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
71689222--71689333	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
71698571--71698620	10	5.0	10	79	13	50	22	10	2	66	1.32
71699928--71699968	21	2.0	21	85	4	57	53	0	17	29	1.44
71700831--71700891	33	1.9	33	93	6	108	36	9	19	34	1.85
71700839--71700925	33	2.6	33	85	0	102	36	12	22	27	1.91
71706631--71706848	40	5.5	40	89	2	307	23	22	27	26	1.99
71714886--71715103	40	5.5	40	90	2	325	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71718622--71718715	33	2.9	33	85	3	111	36	11	21	30	1.89
71720821--71720864	22	2.0	22	95	0	79	38	9	6	45	1.63
71724982--71725082	52	1.9	52	97	0	193	19	28	16	34	1.94
71730362--71731020	336	2.0	336	86	2	921	30	14	22	33	1.93
71732964--71732993	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
71733166--71733441	49	5.5	50	78	9	249	27	26	19	26	1.99
71733215--71733493	49	5.6	50	76	6	152	31	26	17	24	1.97
71735055--71735263	38	5.0	38	72	18	148	30	24	16	28	1.96
71735095--71735228	48	2.8	48	86	1	189	31	22	16	29	1.96
71744812--71744836	12	2.1	12	100	0	50	40	8	24	28	1.83
71748629--71748678	24	2.1	24	100	0	100	34	20	16	30	1.94
71752412--71752480	21	3.2	21	64	22	52	23	13	26	37	1.91
71754983--71755108	49	2.6	49	82	3	146	19	26	23	29	1.99
71755128--71755342	46	4.6	47	75	10	154	22	26	21	28	1.99
71755215--71755339	48	2.6	48	82	5	148	22	25	20	31	1.98
71758991--71759015	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
71764465--71764515	6	8.5	6	88	0	75	15	3	1	78	0.99
71764465--71764525	18	3.5	16	82	10	59	18	4	1	75	1.06
71767382--71767414	17	1.9	17	93	0	57	36	0	9	54	1.32
71767395--71767419	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
71781820--71782080	40	6.6	40	90	1	375	27	22	27	22	1.99
71788767--71789027	40	6.6	40	90	1	366	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71803788--71804005	40	5.5	40	89	2	325	22	21	25	30	1.99
71811971--71812192	40	5.6	40	89	1	322	24	22	24	28	1.99
71823521--71823561	17	2.3	18	87	4	57	60	0	2	36	1.10
71826843--71827438	27	22.4	27	80	5	613	39	20	10	29	1.86
71826843--71827438	53	11.2	53	82	5	602	39	20	10	29	1.86
71826842--71827438	80	7.5	80	83	4	663	39	20	10	29	1.86
71826844--71827438	133	4.5	132	80	6	583	39	21	10	29	1.86
71830277--71830397	28	4.3	28	84	3	109	27	11	31	29	1.92
71830696--71831565	53	16.3	54	81	4	788	38	19	9	32	1.84
71830695--71831565	133	6.5	134	80	4	836	38	19	9	32	1.84
71831544--71831605	27	2.3	27	85	0	79	37	16	16	30	1.90
71832283--71832886	27	22.6	27	77	7	499	38	19	10	31	1.86
71832283--71832886	53	11.3	54	79	7	499	38	19	10	31	1.86
71832283--71832858	80	7.2	79	78	8	440	38	19	10	31	1.86
71834523--71834702	37	4.9	37	94	0	297	27	31	17	23	1.97
71834851--71834992	48	3.0	48	97	0	266	31	27	5	35	1.80
71838974--71839080	28	3.8	28	87	0	142	22	14	34	28	1.93
71839401--71840165	27	28.7	27	79	6	747	38	18	10	32	1.84
71839401--71840165	53	14.3	54	83	4	768	38	18	10	32	1.84
71839401--71840165	80	9.6	81	83	4	827	38	18	10	32	1.84
71839400--71840162	133	5.7	133	84	2	818	38	18	10	32	1.85
71841464--71841624	81	2.0	81	88	0	241	24	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71850167--71850233	18	3.7	18	91	0	98	34	25	11	28	1.91
71855118--71855303	40	4.7	40	87	4	259	24	19	26	29	1.99
71856497--71856522	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
71861910--71862112	40	5.1	41	88	5	260	25	20	26	27	1.99
71863094--71863125	14	2.3	14	100	0	64	50	12	12	25	1.75
71871337--71871467	46	2.8	44	77	11	129	21	28	19	30	1.98
71876526--71876815	27	10.7	27	87	0	382	28	21	7	42	1.81
71876794--71876985	27	7.2	27	80	6	176	40	20	6	32	1.78
71876807--71876985	53	3.4	53	78	9	184	41	20	6	31	1.78
71876807--71876988	80	2.3	80	81	5	199	41	20	7	31	1.79
71876978--71877218	27	9.0	27	86	1	297	36	17	20	25	1.94
71877424--71877494	24	2.9	25	91	4	117	23	23	25	26	2.00
71877424--71877494	25	2.9	24	89	8	108	23	23	25	26	2.00
71880746--71880800	28	1.9	28	85	10	76	18	40	21	20	1.92
71881785--71881914	48	2.7	49	79	11	153	23	30	17	28	1.97
71881930--71882050	46	2.6	46	83	10	140	25	23	16	33	1.96
71881930--71882050	47	2.6	46	83	7	147	25	23	16	33	1.96
71889567--71889615	24	2.0	24	100	0	98	44	4	16	34	1.66
71889800--71889834	18	2.0	17	88	5	52	45	0	2	51	1.16
71902973--71903002	15	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
71902947--71903031	42	2.0	42	95	0	152	40	10	10	38	1.74
71906019--71906140	43	2.8	43	83	9	144	27	17	22	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71907837--71908058	40	5.6	40	89	0	329	26	27	22	23	2.00
71912025--71912602	48	12.0	48	96	0	1039	34	6	27	31	1.82
71912744--71912881	37	3.7	37	95	0	240	24	18	31	24	1.98
71920956--71921093	36	3.5	41	77	13	155	28	18	22	30	1.97
71928006--71928247	27	8.9	27	77	2	180	30	11	19	38	1.88
71935318--71935439	43	2.9	42	76	11	140	30	25	13	30	1.94
71938105--71938228	43	2.9	43	85	0	158	35	23	13	27	1.93
71956803--71956956	43	3.6	42	86	3	202	36	22	13	27	1.92
71956790--71956956	86	1.9	86	87	4	248	37	22	13	26	1.91
71963623--71963746	42	2.9	42	81	7	151	29	26	14	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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