genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20594851--20594977	55	2.3	54	84	1	164	30	10	19	39	1.85
20604657--20604707	19	2.8	18	72	16	52	19	5	7	66	1.38
20604736--20604765	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
20607686--20607767	34	2.4	34	80	6	87	23	25	23	28	2.00
20613951--20613982	8	4.0	8	91	0	55	9	37	28	25	1.87
20627730--20627862	40	3.3	40	83	4	144	26	27	21	25	1.99
20627758--20627914	40	4.0	40	81	9	160	24	27	22	25	2.00
20627758--20627914	79	2.0	80	82	6	194	24	27	22	25	2.00
20661579--20661841	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
20661618--20661876	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
20670490--20670559	34	2.1	34	97	0	131	38	21	15	24	1.92
20680346--20680379	18	1.9	18	88	5	52	32	14	14	38	1.87
20681489--20681584	29	3.3	29	88	1	140	29	31	14	25	1.95
20681797--20681828	16	2.0	16	93	0	55	12	21	18	46	1.82
20682256--20682375	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
20683822--20685236	47	29.6	47	95	2	2187	32	8	29	29	1.87
20683822--20685236	192	7.4	192	93	3	2279	32	8	29	29	1.87
20685087--20685208	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
20687974--20687998	7	3.6	7	100	0	50	16	44	16	24	1.86
20692213--20692300	27	3.1	27	63	20	63	34	11	19	35	1.87
20692213--20692327	57	2.0	57	98	0	221	38	10	20	31	1.86
20694737--20694790	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20695036--20695130	49	1.9	49	93	0	163	27	18	26	27	1.98
20697301--20697443	43	3.4	42	82	3	162	32	29	15	23	1.95
20697299--20697460	84	1.9	84	82	2	200	32	28	15	24	1.95
20709225--20709258	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
20709699--20709724	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
20710373--20710497	29	4.3	29	89	3	182	29	29	15	25	1.96
20711754--20711778	7	3.6	7	100	0	50	16	44	16	24	1.86
20718406--20718459	27	2.0	27	88	0	81	40	7	12	38	1.72
20720970--20721131	43	3.8	42	75	9	123	30	28	16	24	1.96
20720970--20721131	84	1.9	84	81	7	195	30	28	16	24	1.96
20723024--20723057	17	1.9	18	88	5	52	20	47	26	5	1.73
20734479--20734549	33	2.2	33	100	0	142	23	5	16	53	1.64
20738092--20738359	46	5.8	44	77	9	178	23	29	17	29	1.97
20742333--20742442	58	1.9	58	88	0	166	36	3	23	36	1.73
20755005--20755068	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
20755282--20755400	23	5.1	23	92	1	193	31	19	21	28	1.97
20755451--20755517	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
20755451--20755506	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
20755554--20755601	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
20758407--20758487	40	2.0	40	92	0	135	33	23	19	23	1.97
20762033--20762189	43	3.7	43	72	12	135	26	19	24	29	1.98
20765980--20766117	42	3.2	42	79	6	136	34	23	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779270--20779295	12	2.2	12	100	0	52	53	15	0	30	1.42
20781196--20781224	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
20783729--20783774	21	2.2	20	85	11	58	6	17	54	21	1.65
20787599--20787642	8	5.8	8	82	17	58	54	13	0	31	1.39
20787597--20787625	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
20791139--20791227	44	2.0	44	100	0	178	43	20	6	29	1.77
20796924--20797310	47	8.2	47	90	0	594	33	8	29	28	1.86
20802135--20802177	21	2.0	21	82	8	52	44	6	2	46	1.43
20804419--20804464	21	2.2	21	88	0	65	32	17	2	47	1.60
20804530--20804691	43	3.8	42	80	8	166	34	25	15	24	1.95
20804530--20804697	44	3.9	43	77	12	157	35	25	15	23	1.94
20810890--20811033	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
20817768--20817911	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
20826554--20826755	38	5.3	38	86	2	287	21	20	25	32	1.98
20826554--20826755	78	2.6	76	85	3	296	21	20	25	32	1.98
20826727--20826872	43	3.4	43	91	1	224	12	23	34	30	1.91
20827214--20827315	43	2.3	45	80	14	124	26	23	27	22	2.00
20834970--20835117	51	2.9	51	91	2	235	27	25	14	32	1.95
20849083--20849236	67	2.3	67	81	7	170	33	16	27	22	1.95
20852899--20852931	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
20852961--20853016	25	2.2	25	100	0	112	53	8	19	17	1.70
20860034--20860228	51	3.8	51	82	4	250	31	26	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20860252--20860350	28	3.7	27	76	13	105	27	23	14	35	1.93
20867420--20867496	29	2.7	29	91	2	129	31	25	11	31	1.92
20870785--20871004	40	5.6	40	80	3	232	24	26	23	25	2.00
20870785--20871004	79	2.8	81	80	6	238	24	26	23	25	2.00
20881705--20881877	27	6.3	27	74	9	100	41	19	8	30	1.80
20881705--20881830	27	4.6	28	76	6	107	42	19	7	30	1.79
20881728--20881877	55	2.7	54	73	7	142	40	19	8	31	1.82
20881854--20881945	27	3.4	27	84	0	121	30	21	6	41	1.78
20881977--20882127	27	5.6	27	74	10	121	40	23	7	29	1.81
20881908--20882106	81	2.5	80	75	8	197	37	22	9	31	1.85
20881705--20882127	54	7.8	54	71	6	221	38	21	8	31	1.84
20882148--20882221	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
20883027--20883124	26	3.8	26	93	1	162	27	24	22	25	2.00
20883269--20883358	42	2.1	42	91	0	144	30	13	21	35	1.91
20885727--20885827	28	3.6	28	85	4	98	41	21	7	28	1.81
20885697--20885845	55	2.7	54	77	5	156	40	20	8	30	1.81
20885696--20886099	27	14.9	27	75	4	186	37	21	9	31	1.85
20886996--20887118	26	4.8	26	91	1	196	27	25	21	25	2.00
20887336--20887410	29	2.5	31	85	12	95	29	21	25	24	1.99
20891531--20891700	46	3.8	43	77	16	159	22	18	27	31	1.97
20891919--20891956	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
20899092--20899264	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20899089--20899259	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
20899485--20899522	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
20903781--20903864	28	3.0	27	81	5	96	29	26	13	30	1.93
20917322--20917494	46	3.7	46	77	13	192	21	20	27	30	1.98
20917319--20917489	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98
20918282--20918939	328	2.0	329	88	0	978	38	13	14	32	1.86
20936604--20936774	43	4.0	43	73	6	148	25	17	26	30	1.97
20944252--20944384	23	5.8	24	71	11	75	25	21	18	34	1.96
20944322--20944388	24	3.0	22	85	8	98	26	20	17	34	1.96
20944295--20944384	23	4.0	22	77	11	92	26	21	16	35	1.94
20944299--20944388	46	2.0	45	86	2	126	26	21	17	34	1.95
20944546--20944629	20	4.2	20	76	7	73	35	9	16	38	1.81
20946336--20946379	19	2.3	19	92	0	79	22	9	27	40	1.84
20953357--20953395	21	1.9	21	89	5	62	46	23	2	28	1.65
20956725--20956980	84	3.1	84	93	2	419	47	6	7	38	1.58
20957524--20957591	20	3.4	20	71	15	68	11	36	20	30	1.89
20957527--20957612	40	2.2	40	87	4	120	10	34	20	33	1.87
20964721--20964747	6	4.5	6	100	0	54	0	18	48	33	1.49
20964755--20964851	6	16.2	6	96	0	149	31	16	37	14	1.89
20964829--20964900	18	4.0	18	69	7	56	13	18	43	25	1.86
20970623--20970742	53	2.3	53	97	1	224	47	5	5	41	1.49
20971492--20971529	20	1.9	19	85	15	51	31	0	7	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977005--20977085	31	2.6	31	88	1	119	41	3	0	54	1.18
20977003--20977131	31	4.4	29	74	19	110	42	3	0	53	1.19
20986518--20986685	46	3.6	44	76	7	156	22	26	20	29	1.99
20986508--20986688	94	1.9	92	84	6	240	22	27	20	29	1.99
20991317--20991350	14	2.3	15	90	5	52	79	0	17	2	0.86
20992571--20992610	20	2.0	20	85	0	53	12	30	17	40	1.86
20993993--20994018	12	2.2	12	100	0	52	23	30	30	15	1.95
21001543--21001613	27	2.6	27	77	0	79	33	16	16	32	1.92
21005410--21005453	22	2.0	22	90	0	70	36	4	13	45	1.64
21006411--21006498	43	2.0	43	100	0	176	36	19	13	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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