genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57489722--57489888	79	2.1	79	80	6	178	26	19	26	26	1.99
57495773--57495837	28	2.3	28	89	0	103	32	29	9	29	1.88
57502573--57502646	28	2.6	28	91	0	112	28	24	12	35	1.91
57508249--57508305	30	1.9	30	96	0	105	28	24	3	43	1.70
57513077--57513261	40	4.7	40	86	6	218	25	22	26	25	2.00
57513130--57513294	79	2.1	79	81	8	185	27	20	26	24	1.99
57545651--57545822	40	4.3	41	87	6	205	25	25	20	28	1.99
57545686--57545834	79	1.9	80	90	4	239	22	26	20	30	1.98
57545686--57545834	40	3.8	40	90	3	230	22	26	20	30	1.98
57551376--57551597	40	5.7	40	86	6	278	26	27	21	24	1.99
57551399--57551597	79	2.5	80	86	4	278	26	27	21	25	1.99
57551376--57551597	119	1.9	117	83	5	286	26	27	21	24	1.99
57555117--57555152	10	3.5	10	88	3	54	58	5	33	2	1.36
57560223--57560301	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57560420--57560718	47	6.4	47	98	1	557	30	30	7	31	1.85
57563080--57563158	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57563277--57563483	47	4.4	47	95	0	360	30	29	7	31	1.84
57565757--57565918	41	3.8	43	76	9	141	26	17	25	30	1.97
57577620--57577698	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
57577817--57578289	47	10.1	47	94	0	768	28	29	9	32	1.89
57590838--57590964	44	2.9	44	83	5	152	25	18	27	28	1.98
57590849--57590992	42	3.3	43	79	8	141	27	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57594902--57594934	14	2.4	14	95	5	59	6	6	18	69	1.30
57596979--57597008	11	2.7	11	100	0	60	33	0	0	66	0.92
57597597--57597643	24	2.0	24	86	0	67	42	6	36	14	1.72
57599021--57599074	27	2.0	27	86	13	76	29	22	18	29	1.97
57606740--57606790	26	2.0	26	100	0	102	19	25	23	31	1.98
57609707--57609839	49	2.7	50	77	6	146	26	29	18	26	1.98
57610117--57610222	46	2.3	47	81	4	126	23	28	18	29	1.98
57610827--57610915	44	2.0	44	100	0	178	28	31	6	33	1.83
57613373--57613551	46	3.9	46	79	5	200	28	27	20	22	1.99
57613381--57613553	93	1.9	93	90	2	276	27	28	20	22	1.99
57615912--57615995	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
57615908--57615986	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
57615919--57615995	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
57618897--57619070	46	3.8	45	79	8	199	28	29	21	21	1.98
57618905--57619075	93	1.8	92	93	1	297	27	29	21	21	1.98
57618902--57619090	46	4.1	44	71	20	120	28	28	21	21	1.99
57638149--57638353	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
57638150--57638353	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
57646243--57646447	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
57646244--57646447	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
57649915--57649953	6	5.7	7	90	9	55	87	0	0	12	0.55
57658101--57658182	29	2.9	28	85	5	103	36	25	18	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57658463--57658511	23	2.1	23	88	7	73	16	36	14	32	1.89
57658803--57658858	21	2.7	19	78	13	58	42	17	5	33	1.72
57684146--57684403	40	6.5	40	91	2	378	24	27	24	22	2.00
57691700--57691922	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
57691698--57691922	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
57695404--57695661	40	6.5	40	89	2	342	25	27	23	24	2.00
57699271--57699478	53	3.9	54	78	2	211	20	23	18	37	1.94
57701228--57701368	43	3.3	43	84	2	176	29	24	17	28	1.97
57703064--57703273	46	4.5	46	80	8	198	28	18	27	25	1.98
57703198--57703313	48	2.4	48	91	2	180	32	15	27	24	1.95
57708080--57708145	20	3.3	20	91	0	105	33	15	21	30	1.94
57708232--57708299	23	2.9	23	91	8	111	26	23	19	30	1.98
57708196--57708303	24	4.3	24	80	17	130	30	20	22	26	1.98
57708238--57708320	24	3.5	24	86	3	96	25	22	22	28	1.99
57708514--57708577	31	2.1	31	87	0	92	40	15	20	23	1.90
57712171--57712377	46	4.5	45	79	7	213	28	18	26	26	1.98
57712171--57712377	92	2.3	92	85	7	262	28	18	26	26	1.98
57713048--57713085	20	1.9	20	94	0	67	36	15	23	23	1.94
57724201--57724241	20	2.0	22	90	9	68	24	4	34	36	1.77
57726078--57726315	27	8.8	27	77	8	198	40	19	11	28	1.86
57726075--57726315	54	4.5	54	83	3	256	40	19	11	29	1.86
57726077--57726315	81	3.0	81	84	3	311	40	19	11	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57726689--57726747	22	2.7	22	81	0	64	23	25	20	30	1.98
57727406--57727505	51	2.0	51	95	0	182	20	18	16	46	1.85
57730640--57730704	33	2.0	33	96	0	121	23	30	16	29	1.96
57730673--57730930	45	5.9	45	79	8	246	32	28	15	23	1.96
57732035--57732063	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
57732220--57732258	21	1.9	21	89	5	62	20	43	5	30	1.73
57734987--57735168	40	4.6	40	88	2	233	24	22	26	26	2.00
57742242--57742419	40	4.5	40	89	2	252	24	22	27	25	2.00
57747447--57747522	35	2.1	36	81	11	86	26	30	17	26	1.97
57747640--57747942	48	6.4	47	87	7	418	29	29	8	32	1.87
57747640--57747942	95	3.2	94	87	6	407	29	29	8	32	1.87
57751467--57751708	41	5.8	40	78	11	229	24	29	21	24	1.99
57751467--57751705	86	2.9	85	80	9	244	24	29	20	25	1.99
57752028--57752103	30	2.5	30	82	4	80	28	30	14	26	1.95
57752087--57752188	44	2.3	44	95	5	181	26	35	14	23	1.94
57754041--57754119	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57754237--57754536	47	6.4	47	94	1	503	29	30	9	32	1.88
57754237--57754536	93	3.2	94	93	1	503	29	30	9	32	1.88
57758115--57758174	20	3.2	20	66	24	58	28	25	21	25	1.99
57758061--57758258	38	5.3	36	84	12	251	27	26	21	24	1.99
57758061--57758295	38	6.3	38	78	15	192	27	27	22	23	1.99
57758600--57758678	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57758660--57758761	42	2.4	43	96	3	197	26	35	15	22	1.94
57760623--57760701	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57760820--57761120	47	6.4	47	94	0	512	28	30	8	32	1.88
57766660--57766830	27	6.4	27	91	1	227	41	19	16	21	1.90
57766671--57766828	80	2.0	81	91	1	255	40	19	17	22	1.91
57766671--57766828	53	2.9	54	87	1	237	40	19	17	22	1.91
57768284--57768369	43	2.0	45	81	4	104	26	23	15	34	1.94
57783986--57784912	48	19.3	48	91	0	1487	35	6	26	31	1.82
57784957--57785138	37	4.9	37	94	1	312	23	19	30	26	1.98
57786408--57786693	40	7.2	40	92	0	446	23	22	29	25	1.99
57788911--57790123	48	25.3	48	92	0	1964	35	6	26	31	1.82
57790168--57790349	37	5.0	36	93	2	274	23	18	30	28	1.97
57793602--57793667	29	2.3	30	79	10	75	27	25	12	34	1.91
57796831--57796865	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
57797914--57797975	29	2.1	29	82	11	74	20	33	16	29	1.94
57799446--57799473	8	3.5	8	100	0	56	10	0	32	57	1.33
57801271--57801304	17	2.0	17	88	0	50	29	14	14	41	1.86
57802362--57802427	29	2.3	30	79	10	75	27	25	12	34	1.91
57812188--57812409	40	5.7	40	86	5	269	24	21	28	25	1.99
57821277--57821501	80	2.8	80	83	6	287	25	27	22	24	2.00
57821279--57821501	119	1.9	120	83	8	294	25	27	22	25	2.00
57821277--57821501	40	5.7	40	83	10	248	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57823610--57823666	30	1.9	29	89	3	87	24	17	22	35	1.95
57824382--57824416	15	2.3	15	95	0	61	40	17	28	14	1.88
57826674--57826735	30	2.1	30	93	0	106	35	3	22	38	1.71
57836979--57837104	43	2.9	43	93	0	216	10	23	33	33	1.88
57840188--57840251	33	1.9	33	100	0	128	35	17	18	28	1.93
57840227--57840342	47	2.5	47	97	0	214	36	12	25	25	1.92
57840321--57840487	54	3.1	54	83	11	209	37	16	23	22	1.94
57843513--57843542	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
57847056--57847177	47	2.6	47	93	0	208	36	14	22	25	1.93
57847163--57847322	55	3.0	54	82	8	209	32	17	26	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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