genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86585212--86585369	84	1.9	84	85	2	219	31	29	16	22	1.96
86598582--86598728	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
86598628--86598808	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
86598625--86598808	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
86602675--86602734	15	4.0	15	93	4	95	60	16	8	15	1.58
86604602--86604988	132	2.9	130	79	6	404	34	18	17	28	1.94
86608238--86608358	64	1.9	64	81	3	145	33	14	20	31	1.93
86615473--86615535	31	2.0	31	96	0	117	31	20	22	25	1.98
86615609--86615685	40	1.9	40	89	0	118	23	24	15	36	1.94
86616858--86617208	130	2.7	129	82	6	384	35	19	19	25	1.95
86616845--86617242	132	3.0	131	81	7	425	35	18	18	27	1.95
86629121--86629268	43	3.4	43	75	8	140	26	22	24	27	2.00
86631544--86631710	43	3.9	42	75	6	149	28	16	24	30	1.96
86635702--86635802	43	2.3	43	79	14	109	32	23	19	23	1.98
86638015--86638093	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
86645994--86646061	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
86646163--86646241	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
86645886--86646235	174	2.0	171	88	2	522	31	24	13	30	1.94
86650387--86650425	20	1.9	21	85	15	55	38	0	23	38	1.55
86659679--86659849	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
86659674--86659846	46	3.7	46	79	13	210	29	28	20	21	1.98
86665403--86665449	19	2.5	20	93	6	80	29	17	17	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86665711--86665855	73	2.0	73	98	0	281	33	2	31	33	1.72
86668981--86669024	22	2.0	22	81	0	52	13	22	22	40	1.89
86674277--86674454	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86674278--86674433	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86674274--86674454	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
86682017--86682193	27	6.6	27	81	5	196	27	15	28	29	1.96
86682018--86682172	81	1.9	81	88	5	233	27	15	28	29	1.96
86682014--86682193	81	2.2	81	83	3	229	27	15	27	29	1.96
86689309--86689401	46	2.0	46	97	0	177	60	5	17	17	1.54
86689467--86689551	5	16.0	5	76	15	57	77	5	2	14	1.05
86689467--86689536	6	11.7	6	79	14	65	77	7	1	14	1.05
86690649--86690742	6	15.3	6	72	16	77	50	14	15	19	1.79
86690670--86690742	31	2.4	31	90	0	110	49	15	16	19	1.80
86690897--86690980	27	3.1	26	88	6	114	36	23	22	16	1.94
86691139--86691203	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
86691655--86692374	27	27.3	27	85	4	905	26	21	19	33	1.97
86691927--86691966	19	2.1	19	100	0	80	27	25	20	27	1.99
86692110--86692146	19	1.9	19	94	0	65	21	27	21	29	1.99
86692359--86692576	27	8.2	27	75	7	151	28	9	23	38	1.86
86692566--86692735	27	6.3	27	88	2	243	38	6	24	30	1.80
86692566--86692762	54	3.6	54	86	1	198	38	6	23	31	1.81
86692566--86692765	81	2.5	81	85	3	188	38	7	23	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86695000--86695041	5	8.4	5	83	0	57	80	0	7	11	0.88
86695003--86695041	10	3.9	10	100	0	78	82	0	7	10	0.86
86697041--86697073	13	2.5	13	95	0	57	42	24	21	12	1.86
86711327--86711424	24	4.0	24	91	1	151	35	5	37	21	1.76
86722068--86722203	42	3.2	42	78	4	139	27	25	17	29	1.97
86722051--86722224	84	2.1	84	82	4	208	27	27	18	27	1.98
86729681--86729766	42	2.0	42	88	0	127	30	25	13	30	1.94
86739306--86739437	44	3.1	44	79	8	128	21	19	24	34	1.97
86739365--86739461	42	2.3	42	80	5	115	26	16	22	34	1.95
86740239--86740332	43	2.2	43	92	0	152	25	17	28	28	1.97
86740735--86740786	21	2.5	21	80	0	68	1	42	19	36	1.62
86740738--86740794	21	2.7	21	81	5	62	1	43	19	35	1.61
86741358--86741386	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
86746472--86746647	9	20.0	9	69	15	75	33	1	18	46	1.57
86746489--86746564	36	2.1	36	92	0	125	34	1	18	46	1.58
86746526--86746664	52	2.7	52	90	3	217	34	0	17	48	1.47
86746806--86746837	7	4.7	7	96	3	57	75	0	0	25	0.81
86752295--86752432	41	3.4	41	85	2	143	21	15	19	44	1.87
86752313--86752433	41	3.0	41	85	2	154	22	16	18	42	1.88
86761260--86761436	27	6.6	27	83	5	196	29	28	15	27	1.96
86761281--86761435	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	27	1.96
86769074--86769251	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86769095--86769250	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86776272--86776444	46	3.7	46	80	10	208	21	20	27	30	1.98
86776269--86776439	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
86776674--86776711	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
86778899--86779080	67	2.8	64	76	8	181	30	16	30	23	1.96
86787525--86787563	20	1.9	21	89	5	62	46	7	10	35	1.67
86790938--86791003	34	1.9	34	96	0	123	36	19	16	27	1.93
86797001--86797280	27	10.4	27	87	4	370	43	22	7	26	1.79
86797332--86797465	27	5.0	27	87	3	180	33	18	23	24	1.97
86797979--86798034	22	2.5	22	83	11	87	19	23	21	35	1.96
86798037--86798078	20	2.1	20	90	0	66	11	16	30	40	1.85
86798128--86798202	27	2.8	27	83	6	89	21	24	20	34	1.96
86798379--86798497	6	19.3	6	68	14	73	18	18	13	49	1.79
86798326--86798455	56	2.3	56	90	0	197	21	18	12	47	1.81
86798326--86798424	31	3.4	30	78	10	109	21	18	13	47	1.82
86798326--86798449	25	4.7	25	75	11	104	21	18	12	47	1.81
86798351--86798455	31	3.6	30	75	15	94	22	19	12	45	1.83
86798410--86798497	37	2.4	37	88	0	131	18	18	12	51	1.76
86798410--86798480	19	3.8	19	76	10	83	18	18	14	49	1.80
86811236--86811367	45	3.0	43	74	10	126	22	17	28	31	1.97
86811292--86811407	40	2.8	41	79	10	128	23	18	30	28	1.97
86818785--86818963	79	2.2	80	81	7	213	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86818785--86818963	40	4.5	40	82	6	204	24	27	22	24	2.00
86823186--86823238	20	2.7	20	79	2	63	73	3	1	20	1.08
86824090--86824133	23	1.9	23	95	0	79	52	11	0	36	1.38
86825008--86825032	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
86828112--86828205	25	3.8	25	73	5	91	31	24	19	24	1.98
86833096--86833328	27	8.7	27	81	7	201	26	15	18	39	1.90
86833096--86833328	54	4.4	54	80	6	242	26	15	18	39	1.90
86833096--86833328	81	2.9	80	82	2	272	26	15	18	39	1.90
86840240--86840478	27	8.9	27	86	1	246	42	20	12	23	1.87
86840229--86840478	54	4.6	54	85	0	293	41	20	14	23	1.89
86840240--86840481	81	3.0	81	84	0	313	42	20	13	23	1.88
86847227--86847381	66	2.3	68	95	2	278	23	30	14	31	1.94
86847227--86847407	66	2.7	65	89	6	231	22	29	14	33	1.94
86853923--86854080	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
86865319--86865581	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
86873267--86873529	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
86875061--86875143	43	2.1	41	82	17	104	30	2	10	56	1.46
86880121--86880177	28	2.1	27	90	3	87	33	24	24	17	1.96
86882873--86882910	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
86883127--86883297	46	3.8	44	78	13	195	29	27	20	22	1.99
86883132--86883299	93	1.8	90	92	3	282	28	28	20	22	1.98
86889673--86889710	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86889936--86890102	47	3.7	43	78	12	192	28	28	20	22	1.99
86889932--86890104	43	3.8	49	79	13	172	28	27	20	22	1.99
86889937--86890104	93	1.8	90	92	3	282	28	28	20	22	1.98
86889934--86890120	46	4.1	45	73	18	154	28	28	20	22	1.98
86897214--86897384	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
86897209--86897381	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
86899822--86899862	21	2.0	20	90	4	64	41	46	4	7	1.53
86899930--86899972	22	2.0	22	90	0	68	34	20	27	16	1.94
86907778--86907832	15	3.9	14	73	17	51	38	5	0	56	1.23
86914608--86914648	22	1.9	21	85	5	55	41	0	24	34	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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