genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99304415--99304585	43	4.0	43	88	1	218	24	19	22	32	1.97
99306699--99306752	20	2.7	19	77	8	54	31	5	12	50	1.64
99312760--99312932	46	3.7	46	77	13	201	21	20	28	30	1.98
99312757--99312927	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	29	1.98
99317084--99317145	29	2.2	29	88	5	92	38	22	0	38	1.54
99317438--99317477	21	2.0	20	90	5	62	27	5	5	62	1.37
99324954--99325004	14	3.4	14	85	15	75	37	11	15	35	1.84
99324944--99325025	31	2.4	33	86	13	114	37	10	15	35	1.83
99324954--99325027	19	4.2	19	74	25	81	37	10	16	35	1.83
99330627--99330697	7	9.7	7	78	18	74	83	0	15	1	0.73
99330628--99330697	23	3.2	21	86	11	97	82	0	15	1	0.73
99331654--99331878	43	5.3	43	67	18	175	30	21	21	27	1.98
99331698--99331919	41	5.3	41	65	19	127	30	22	21	24	1.99
99331646--99332099	84	5.4	84	85	4	641	30	21	21	25	1.98
99331646--99332096	166	2.7	162	88	3	641	30	21	21	26	1.99
99332218--99332422	87	2.3	89	85	5	274	34	19	21	25	1.96
99332265--99332489	87	2.5	88	82	3	256	31	19	23	25	1.98
99333004--99333082	19	4.2	19	87	9	117	36	10	17	35	1.84
99333010--99333082	36	2.0	37	91	5	121	36	10	16	35	1.84
99337815--99337862	21	2.3	21	77	0	51	31	22	31	14	1.94
99341651--99341696	22	2.1	22	100	0	92	36	17	21	23	1.94
99344596--99344679	41	2.0	41	97	0	159	27	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99349633--99349686	28	1.9	28	85	7	74	11	14	18	55	1.68
99355042--99355069	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
99356134--99356250	60	1.9	60	92	1	198	47	7	17	27	1.74
99358105--99358180	11	6.8	11	68	24	52	55	2	1	40	1.22
99358105--99358180	37	2.1	36	83	11	93	55	2	1	40	1.22
99363188--99363218	16	1.9	16	93	0	53	74	9	0	16	1.07
99370121--99370154	6	5.7	6	92	0	59	32	17	17	32	1.94
99370656--99370716	31	2.0	31	93	0	104	16	31	31	21	1.95
99372734--99372762	14	2.1	14	100	0	58	13	31	6	48	1.69
99378954--99378993	21	1.9	21	84	0	53	35	25	2	37	1.69
99379342--99379410	33	2.1	33	91	2	113	39	17	5	37	1.74
99385869--99385925	26	2.2	26	80	3	60	24	19	21	35	1.96
99387818--99387861	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
99389894--99390034	40	3.5	40	89	2	205	24	26	23	25	2.00
99391292--99391332	21	2.0	21	85	9	57	36	26	2	34	1.70
99391303--99391342	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
99397228--99397407	40	4.5	40	89	2	265	25	25	22	27	2.00
99398670--99398710	21	2.0	21	85	9	57	36	26	2	34	1.70
99398681--99398720	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
99404997--99405053	27	2.1	27	100	0	114	28	14	10	47	1.76
99406545--99406592	20	2.5	20	82	3	62	62	2	4	31	1.26
99406579--99406622	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99406587--99406651	28	2.3	27	76	10	67	49	10	0	40	1.38
99406617--99406647	16	1.9	16	93	0	53	38	9	0	51	1.35
99407217--99407247	8	3.8	8	95	4	53	0	9	0	90	0.46
99407217--99407247	9	3.6	9	91	8	55	0	9	0	90	0.46
99408240--99408278	12	3.2	12	82	7	51	76	0	2	20	0.90
99411955--99411986	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
99411974--99412017	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
99411982--99412046	28	2.3	27	76	10	67	49	10	0	40	1.38
99412012--99412042	16	1.9	16	93	0	53	38	9	0	51	1.35
99422664--99422710	22	2.1	22	96	0	85	31	14	4	48	1.63
99423984--99424055	31	2.3	30	88	4	99	55	0	9	34	1.33
99424492--99424519	11	2.5	11	100	0	56	0	0	10	89	0.49
99429426--99429492	12	5.6	12	70	18	50	37	1	1	59	1.16
99430903--99430966	32	2.0	32	84	6	85	56	6	4	32	1.45
99431068--99431105	12	2.8	14	81	18	53	68	0	2	28	1.03
99431066--99431461	15	28.3	14	63	25	78	60	2	3	33	1.27
99431108--99431161	11	4.5	11	77	13	54	66	1	1	29	1.12
99431180--99431251	20	3.7	20	71	17	62	61	1	1	36	1.14
99431326--99431477	25	6.2	25	72	17	97	63	3	1	31	1.22
99431278--99431379	47	2.2	49	80	18	119	57	0	4	36	1.27
99431364--99431481	34	3.4	34	75	14	91	64	3	1	30	1.20
99432149--99432173	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99437411--99437460	25	2.0	25	100	0	100	20	20	24	36	1.95
99439374--99439407	12	2.9	12	91	4	52	76	0	23	0	0.79
99438814--99440623	766	2.4	767	86	2	2552	40	21	13	24	1.89
99441915--99441951	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
99442205--99442262	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
99442241--99442277	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
99442244--99442285	19	2.3	19	88	8	61	40	11	11	35	1.79
99442396--99442434	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
99442633--99442826	45	4.3	45	79	3	221	25	26	12	35	1.92
99442840--99443211	78	4.8	78	90	2	568	23	23	19	33	1.97
99451109--99451184	22	3.7	21	71	15	59	40	17	3	38	1.68
99451157--99451227	35	2.0	36	97	2	135	36	14	11	38	1.81
99451145--99451235	19	4.9	19	89	8	143	36	15	8	39	1.78
99451157--99451243	36	2.5	35	88	9	115	36	13	11	37	1.81
99451491--99451529	18	2.2	18	100	0	78	46	15	10	28	1.78
99455881--99455940	17	3.6	17	76	17	72	31	1	10	56	1.42
99455878--99455941	32	2.0	32	100	0	128	31	3	9	56	1.47
99455878--99455941	16	3.9	16	73	20	53	31	3	9	56	1.47
99457165--99457215	16	3.2	16	83	2	59	31	0	1	66	1.03
99457719--99457773	27	2.0	27	96	0	101	25	12	27	34	1.92
99458818--99458871	27	2.0	26	85	3	72	11	14	25	48	1.77
99459154--99459268	29	4.0	28	80	8	124	26	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99463570--99463684	29	4.0	29	85	6	137	30	26	13	29	1.94
99463743--99463786	19	2.4	18	85	7	54	18	38	22	20	1.93
99463751--99463788	19	2.1	19	90	5	60	15	36	18	28	1.92
99465134--99465164	16	1.9	16	93	0	53	12	3	29	54	1.53
99465924--99465988	23	3.0	22	70	6	60	21	21	18	38	1.93
99470791--99470827	11	3.4	11	96	0	65	0	13	0	86	0.57
99470786--99470824	15	2.5	15	91	4	60	0	15	0	84	0.62
99474297--99474384	46	2.0	46	84	8	119	38	22	4	34	1.75
99474366--99474451	16	5.4	16	80	8	86	30	22	6	40	1.80
99474375--99474451	31	2.4	32	84	2	111	29	23	6	40	1.80
99481431--99481511	24	3.3	23	75	10	72	17	29	19	33	1.95
99481634--99481685	25	2.1	25	82	7	61	19	25	21	34	1.96
99488302--99488669	47	7.7	47	93	1	576	32	8	30	28	1.88
99488302--99488669	192	1.9	188	90	3	585	32	8	30	28	1.88
99488788--99488866	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
99490082--99490505	40	10.6	40	93	1	708	23	21	29	25	1.99
99494193--99494655	47	9.7	47	94	1	730	32	8	30	28	1.87
99494774--99494852	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
99502295--99502433	59	2.4	59	93	0	233	35	12	20	31	1.89
99502830--99502883	21	2.6	21	88	5	83	20	5	44	29	1.74
99503590--99503767	83	2.1	84	84	4	234	43	19	8	28	1.80
99503590--99503767	43	4.2	43	86	2	238	43	19	8	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99505403--99505436	15	2.2	16	94	5	61	35	41	5	17	1.74
99505721--99505955	62	3.8	62	92	1	353	48	14	12	25	1.78
99505852--99506105	112	2.3	111	89	1	391	46	15	13	24	1.82
99505916--99506016	48	2.1	48	94	0	175	44	13	13	27	1.82
99505978--99506080	32	3.2	32	66	24	90	44	13	13	28	1.82
99505923--99506032	48	2.3	48	87	0	139	47	13	11	27	1.78
99505964--99506096	64	2.1	64	91	0	212	44	15	15	25	1.85
99506236--99506320	6	14.2	6	73	18	61	49	16	5	28	1.69
99506345--99506383	18	2.2	18	90	0	60	66	10	5	17	1.39
99506913--99506985	31	2.4	29	82	8	92	21	10	20	46	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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