genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23343421--23343458	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
23345444--23345567	5	24.8	5	100	0	248	59	0	0	40	0.97
23351652--23351771	6	19.3	6	69	19	77	49	13	16	20	1.79
23351661--23351771	31	3.5	31	88	1	132	49	12	17	20	1.79
23351908--23352002	27	3.5	26	82	5	109	36	21	22	20	1.95
23352663--23353207	27	20.3	27	87	2	740	24	20	21	33	1.97
23353189--23353316	27	4.7	27	82	3	123	29	10	21	38	1.87
23353203--23353316	27	4.2	27	87	0	147	30	9	19	40	1.83
23358239--23358326	19	4.8	18	72	18	74	47	12	18	21	1.81
23358223--23358345	31	4.0	31	81	3	142	47	13	17	21	1.81
23358239--23358335	6	15.8	6	72	16	74	46	13	18	21	1.83
23358495--23358597	27	3.8	26	82	7	116	38	21	21	18	1.93
23358495--23358597	54	1.9	54	84	4	136	38	21	21	18	1.93
23358756--23358820	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
23359247--23359711	27	17.3	27	84	0	572	24	20	20	34	1.96
23359693--23359756	27	2.4	27	83	0	74	29	10	25	34	1.90
23359707--23359820	27	4.2	27	85	0	138	29	7	20	42	1.80
23361603--23361799	53	3.6	54	78	3	173	22	23	16	37	1.94
23367284--23367558	96	2.9	95	83	3	345	22	30	19	27	1.98
23367283--23367555	144	1.9	144	81	4	336	22	30	19	27	1.98
23367287--23367555	48	5.6	48	79	6	285	22	30	19	27	1.98
23369269--23369315	25	1.9	24	91	4	76	38	0	38	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23374260--23374424	46	3.6	46	83	9	196	21	29	21	27	1.98
23383212--23383337	45	2.8	45	79	8	123	23	27	21	27	1.99
23386225--23386251	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
23386609--23386646	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
23394913--23395088	96	1.8	96	93	0	307	22	29	19	28	1.98
23394912--23395099	48	3.9	48	81	5	218	23	29	19	27	1.98
23397261--23397384	45	2.8	44	77	11	121	23	29	21	25	1.99
23397718--23398043	43	7.6	43	92	0	535	32	32	24	10	1.90
23398041--23398143	38	2.7	38	81	3	109	29	24	21	25	1.99
23403145--23403749	47	12.7	47	94	2	1032	32	8	29	29	1.87
23403192--23403270	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
23403166--23403749	143	4.1	143	94	3	1018	32	8	29	29	1.87
23403145--23403749	96	6.4	94	95	1	1032	32	8	29	29	1.87
23403867--23403945	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23408746--23408789	19	2.4	18	81	11	54	45	2	4	47	1.35
23409436--23409475	16	2.5	16	83	0	53	60	10	0	30	1.30
23419837--23419889	18	2.9	18	72	13	54	39	1	1	56	1.21
23426996--23427032	18	2.1	18	94	0	65	40	18	0	40	1.51
23427737--23427817	41	2.0	41	82	4	101	27	34	23	14	1.94
23428313--23428382	25	2.8	24	77	12	70	75	2	17	4	1.08
23432186--23432210	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23437405--23437522	59	2.0	59	100	0	236	27	6	28	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23437667--23437719	24	2.2	24	89	0	79	20	18	18	41	1.91
23437684--23437738	24	2.3	24	90	0	83	23	14	20	41	1.89
23440836--23440863	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
23440832--23440919	3	30.3	3	73	19	71	35	1	3	60	1.21
23441115--23441181	33	2.0	32	83	11	82	50	0	5	43	1.26
23441304--23441346	5	8.4	5	80	14	52	76	0	0	23	0.78
23441303--23441348	9	4.7	9	84	15	56	73	0	0	26	0.83
23441303--23441348	20	2.3	21	85	11	69	73	0	0	26	0.83
23441396--23441451	6	9.2	6	94	2	94	80	0	19	0	0.71
23442442--23442548	45	2.4	45	90	3	162	20	16	19	42	1.89
23442427--23442546	45	2.5	50	76	18	135	20	18	20	41	1.90
23444096--23444218	45	2.8	44	82	3	131	23	21	18	35	1.95
23444673--23444711	16	2.4	17	86	4	53	25	2	5	66	1.25
23448886--23448931	22	2.1	22	91	0	74	39	13	13	34	1.83
23451019--23451539	262	2.0	260	93	0	889	30	22	14	32	1.94
23456344--23456370	12	2.2	12	100	0	54	33	7	33	25	1.84
23456398--23456659	35	7.5	35	89	1	312	28	15	25	30	1.96
23456398--23456659	105	2.5	104	86	3	348	28	15	25	30	1.96
23458793--23458886	38	2.4	39	85	1	127	32	14	34	18	1.91
23458822--23458884	20	3.2	20	73	8	67	28	14	41	15	1.87
23460373--23460424	25	2.1	25	92	0	86	32	13	23	30	1.93
23465715--23465747	17	1.9	17	100	0	66	63	0	18	18	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23470668--23470705	19	2.0	20	89	5	60	23	23	13	39	1.90
23471363--23471442	34	2.4	34	82	0	97	30	15	15	40	1.87
23486486--23486533	13	3.7	13	80	0	51	45	4	0	50	1.21
23486494--23486533	17	2.3	18	86	4	55	50	5	0	45	1.23
23488860--23488914	27	2.0	27	85	0	74	27	27	20	25	1.99
23488868--23489075	27	7.7	27	90	3	278	24	20	19	35	1.96
23488868--23489075	54	3.9	54	90	0	310	24	20	19	35	1.96
23488836--23489075	81	3.0	80	83	3	302	25	21	19	34	1.96
23493876--23493918	21	2.0	21	90	0	68	34	27	18	18	1.95
23495292--23495429	43	3.2	43	89	0	204	28	31	15	23	1.96
23499596--23499676	8	9.9	8	75	19	78	32	0	3	64	1.11
23499589--23499650	15	4.1	15	85	0	79	33	0	1	64	1.03
23499599--23499650	7	7.0	7	79	12	59	30	0	1	67	1.02
23501015--23501071	30	1.9	30	85	0	78	40	8	21	29	1.83
23502922--23502958	19	1.9	19	94	0	65	35	0	18	45	1.50
23503170--23503335	41	4.0	41	91	0	269	28	19	28	22	1.98
23503170--23503335	82	2.0	82	98	0	323	28	19	28	22	1.98
23503305--23503354	16	3.4	16	69	25	56	28	26	28	18	1.98
23503307--23503362	27	2.1	27	100	0	112	25	25	32	17	1.97
23503269--23503403	68	2.0	68	91	0	216	28	22	28	20	1.98
23503225--23503444	109	2.0	109	100	0	440	28	21	29	20	1.98
23503334--23503454	41	3.0	41	90	0	197	28	21	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23506341--23506371	14	2.2	14	94	0	53	51	29	0	19	1.47
23506465--23506512	14	3.4	14	82	2	60	41	31	0	27	1.56
23506465--23506526	21	2.9	22	83	7	65	46	29	0	24	1.53
23506493--23506571	21	3.7	22	73	11	67	44	34	2	18	1.64
23506981--23507165	76	2.4	76	87	0	271	31	19	18	30	1.96
23507471--23507556	40	2.2	40	89	0	127	20	23	19	36	1.95
23515192--23515229	20	1.9	20	88	0	58	39	13	18	28	1.88
23517766--23517912	57	2.6	58	76	9	140	29	15	19	34	1.93
23519843--23519966	62	2.0	62	93	0	212	38	10	25	25	1.88
23532625--23532721	20	4.7	20	79	6	95	16	29	15	38	1.90
23532625--23532722	42	2.4	42	82	5	119	16	29	16	37	1.90
23535032--23535078	22	2.2	21	78	10	51	53	6	2	38	1.39
23537370--23537405	17	2.1	17	100	0	72	38	0	5	55	1.23
23543314--23543340	12	2.2	12	100	0	54	0	22	0	77	0.76
23550692--23550730	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
23553494--23553559	33	2.0	33	91	5	107	34	24	4	36	1.76
23556275--23556320	23	2.0	24	86	4	67	6	8	10	73	1.23
23558686--23558762	33	2.4	32	81	12	86	45	19	9	25	1.80
23558766--23558803	20	1.9	20	88	0	58	50	13	7	28	1.69
23558787--23558826	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
23563807--23563851	23	2.0	23	100	0	90	20	31	17	31	1.96
23564238--23564293	29	1.9	29	100	0	112	35	23	7	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23567173--23567222	23	2.0	24	85	11	66	24	0	30	46	1.53
23569846--23569906	22	2.7	22	80	10	61	36	16	19	27	1.93
23572533--23572617	23	3.7	23	71	14	77	22	23	18	35	1.96
23576811--23577081	38	7.1	38	92	0	416	22	23	23	30	1.99
23579534--23579718	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
23579515--23579718	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
23587459--23587642	39	4.7	39	82	9	214	26	28	22	23	1.99
23587440--23587642	40	5.1	40	80	11	222	25	28	22	24	1.99
23598768--23598843	38	2.0	38	100	0	152	39	0	5	55	1.23
23611985--23612037	23	2.4	21	81	12	54	28	3	7	60	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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