genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19952974--19953005	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
19953217--19953274	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
19959706--19959827	43	2.9	42	82	2	154	29	15	26	28	1.96
19962096--19962174	37	2.1	37	83	0	95	20	15	27	36	1.92
19964446--19964667	46	4.8	46	77	11	188	27	18	31	23	1.97
19965873--19965951	21	3.8	21	89	1	115	12	35	30	21	1.91
19971387--19971554	35	4.8	35	87	0	228	19	15	27	36	1.92
19971387--19971568	70	2.6	70	90	0	265	19	14	28	37	1.91
19977704--19977742	21	2.0	20	90	10	62	17	53	20	7	1.68
19979248--19979293	6	7.5	6	87	4	65	13	4	0	82	0.81
19979243--19979288	13	3.5	13	88	8	67	13	4	0	82	0.81
20009245--20009415	45	3.8	45	83	3	227	25	21	10	42	1.84
20010806--20010963	42	3.7	42	82	3	201	34	17	20	27	1.95
20010806--20010960	85	1.8	84	84	4	213	34	16	20	27	1.95
20022315--20022379	21	3.2	21	64	18	57	15	23	18	43	1.88
20022297--20022397	39	2.6	40	84	4	143	14	23	21	39	1.91
20024709--20024746	14	2.7	14	95	0	67	44	7	2	44	1.47
20025434--20025479	24	2.0	23	95	4	83	10	21	47	19	1.80
20026696--20026737	14	2.8	15	78	10	50	33	19	0	47	1.49
20028738--20028766	14	2.1	14	100	0	58	37	0	13	48	1.43
20040357--20040486	45	2.9	45	86	2	174	23	20	29	26	1.99
20055707--20055820	42	2.7	43	82	2	124	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20061513--20061758	122	2.0	123	99	0	485	37	15	7	39	1.76
20062115--20062182	23	3.0	23	100	0	136	30	29	8	30	1.88
20062367--20062636	95	2.8	97	80	6	287	25	28	17	28	1.97
20062349--20062637	50	5.9	49	75	5	255	24	29	17	28	1.98
20064029--20064178	77	1.9	77	100	0	300	39	12	20	28	1.89
20065122--20065241	51	2.4	51	84	0	141	27	19	14	39	1.90
20067496--20067681	46	3.8	46	76	10	174	29	30	16	24	1.96
20068746--20068856	23	5.0	22	84	8	136	40	24	18	17	1.91
20069061--20069144	28	3.0	28	87	1	114	45	29	4	20	1.71
20069692--20069811	51	2.4	51	86	0	159	26	23	12	37	1.90
20071608--20071699	45	2.0	45	100	0	184	28	6	23	41	1.79
20072385--20072488	11	8.5	11	73	22	59	50	2	0	46	1.23
20072393--20072440	13	3.3	16	78	21	61	56	0	0	43	0.99
20072468--20072530	15	4.0	15	73	16	56	50	1	1	46	1.20
20073298--20073336	14	2.8	13	92	7	60	0	12	0	87	0.55
20073296--20073336	15	2.6	16	88	7	57	0	14	0	85	0.60
20073296--20073336	8	5.1	8	85	8	57	0	14	0	85	0.60
20073601--20073695	8	11.2	8	67	18	50	65	2	3	29	1.20
20073766--20073829	9	6.8	9	75	16	58	64	3	3	29	1.24
20073764--20073832	29	2.4	29	78	7	79	59	5	2	31	1.36
20074185--20074416	87	2.7	87	89	2	342	39	19	9	31	1.84
20074737--20074780	24	1.9	23	86	9	63	34	13	9	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20074977--20075036	19	3.2	19	73	4	59	61	0	5	33	1.17
20076139--20076274	41	3.5	39	78	7	132	33	25	16	25	1.96
20076414--20076453	15	2.5	17	84	12	57	47	10	0	42	1.37
20076744--20077321	195	3.0	196	93	0	980	31	20	3	43	1.69
20078144--20078225	10	8.6	10	71	16	59	29	2	0	68	1.03
20078142--20078193	8	6.0	8	84	10	59	26	1	0	71	0.97
20078135--20078241	56	1.9	56	83	9	137	28	2	0	67	1.11
20078144--20078253	47	2.4	46	81	11	120	28	3	0	67	1.14
20078342--20078545	91	2.2	93	86	4	288	33	8	21	36	1.83
20078825--20078862	11	3.3	12	82	14	53	36	0	0	63	0.95
20078979--20079041	30	2.1	30	96	0	117	57	9	3	30	1.46
20079473--20079554	28	2.9	29	77	14	89	41	0	1	57	1.06
20079489--20079526	17	2.2	18	85	4	51	39	0	2	57	1.12
20079506--20079559	20	2.7	20	80	8	65	44	0	1	53	1.11
20079380--20079561	9	19.2	9	68	18	77	38	1	1	58	1.18
20079573--20079620	19	2.5	18	83	12	60	27	2	4	66	1.21
20080277--20080344	29	2.5	25	79	13	73	63	4	10	22	1.44
20087844--20087870	5	5.4	5	100	0	54	18	0	62	18	1.32
20088853--20088975	60	2.1	59	84	4	160	29	12	9	48	1.72
20090879--20091059	59	3.1	56	78	8	191	48	13	16	22	1.80
20091204--20091264	20	3.0	20	76	11	63	32	0	0	67	0.91
20091240--20091273	16	2.1	16	88	5	50	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20091271--20091429	86	1.9	85	87	9	234	47	1	5	45	1.37
20092913--20092947	16	2.1	17	89	5	54	42	2	11	42	1.55
20094579--20094693	44	2.7	43	76	9	117	29	24	18	27	1.98
20099585--20099629	21	2.1	21	95	0	81	20	35	28	15	1.93
20101077--20101130	27	2.0	27	100	0	108	44	3	33	18	1.67
20120254--20120282	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
20126746--20126964	120	1.8	121	93	1	386	31	20	17	29	1.96
20134309--20134403	44	2.3	39	75	15	91	31	28	15	24	1.96
20138429--20138453	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
20141695--20141777	24	3.5	24	73	6	80	22	20	16	39	1.92
20141946--20142025	19	4.2	19	77	4	72	30	7	21	41	1.80
20141954--20142004	20	2.6	19	79	14	59	31	5	25	37	1.80
20148104--20148371	27	9.9	27	82	1	286	24	14	19	41	1.89
20148119--20148366	109	2.3	108	83	2	300	22	16	19	41	1.90
20148716--20148750	18	1.9	18	88	0	52	20	22	17	40	1.92
20151221--20151266	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
20153815--20153853	10	3.8	10	90	6	60	33	17	15	33	1.92
20153815--20153854	21	1.9	21	94	0	71	32	17	15	35	1.91
20153817--20153862	21	2.2	21	88	0	65	36	19	13	30	1.90
20175012--20175057	22	2.1	22	83	0	56	50	8	4	36	1.53
20176745--20176786	22	1.9	22	85	9	59	38	0	14	47	1.44
20181243--20181324	27	3.0	27	77	10	78	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20181320--20181503	27	6.9	27	83	7	198	27	21	8	42	1.82
20181320--20181501	54	3.4	54	81	6	219	28	20	8	42	1.82
20181481--20181733	27	9.3	27	73	8	138	39	20	8	32	1.83
20181495--20181725	54	4.2	55	75	7	202	41	18	8	31	1.81
20182605--20182725	26	4.7	26	93	1	208	27	23	23	26	2.00
20182873--20182964	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
20182988--20183066	31	2.5	31	89	0	131	30	16	26	26	1.97
20183394--20183432	20	1.9	21	84	5	53	33	5	5	56	1.43
20185545--20185623	37	2.2	37	95	2	142	44	12	10	32	1.76
20190830--20190873	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
20199441--20199494	16	3.4	16	76	19	67	35	16	14	33	1.90
20205448--20205475	6	4.7	6	100	0	56	14	17	0	67	1.22
20234115--20234242	41	3.1	41	82	2	141	21	25	16	36	1.94
20241819--20241982	43	3.8	43	81	3	159	26	20	26	27	1.99
20242000--20242040	20	2.0	20	90	0	64	17	24	34	24	1.96
20243716--20243940	79	2.8	80	81	10	271	26	21	26	25	2.00
20243716--20243940	40	5.7	40	86	5	262	26	21	26	25	2.00
20243716--20243940	119	1.9	120	81	9	282	26	21	26	25	2.00
20243790--20243973	79	2.3	79	80	9	198	28	21	26	24	1.99
20249158--20249199	21	2.0	21	100	0	84	33	0	14	52	1.42
20262473--20262559	43	2.0	43	97	0	165	37	17	4	40	1.70
20264118--20264169	27	1.9	27	92	0	86	23	19	13	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20267040--20267216	47	3.8	46	81	6	205	23	31	20	24	1.98
20267934--20267958	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
20272958--20273187	50	4.6	51	80	10	242	31	26	16	25	1.96
20272958--20273187	101	2.3	99	84	4	275	31	26	16	25	1.96
20279172--20279289	43	2.7	44	78	8	125	27	17	24	30	1.97
20288224--20288684	47	9.7	47	93	2	780	32	8	30	29	1.86
20288224--20288684	189	2.4	188	93	2	780	32	8	30	29	1.86
20298030--20298078	24	2.0	24	100	0	98	20	16	8	55	1.66
20298239--20298289	13	3.9	13	97	0	93	15	27	39	17	1.90
20305598--20305623	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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