genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.343.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114095633--114095694	31	2.0	31	84	6	81	43	14	6	35	1.71
114098243--114098304	30	2.1	29	85	8	81	41	8	1	48	1.42
114100170--114100199	15	2.1	14	93	6	51	56	0	0	43	0.99
114101172--114101222	22	2.3	21	80	6	57	27	49	0	23	1.51
114106985--114107484	271	1.8	271	88	3	772	29	7	16	46	1.75
114117312--114117355	22	2.0	23	86	4	63	22	11	6	59	1.55
114128359--114128388	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
114130716--114130847	59	2.2	59	85	2	176	37	14	18	30	1.90
114131367--114131417	15	3.7	13	75	19	50	70	3	0	25	1.04
114131367--114131421	22	2.6	21	83	11	69	70	3	0	25	1.03
114134282--114134325	13	3.5	13	84	3	54	50	2	27	20	1.60
114140624--114140666	21	2.0	21	100	0	86	41	4	4	48	1.44
114143733--114143884	75	2.0	76	98	1	297	32	12	6	48	1.67
114145065--114145112	2	24.0	2	82	0	51	45	6	4	43	1.48
114150746--114150787	21	2.0	21	81	9	50	26	0	7	66	1.17
114155176--114155214	21	1.9	20	84	5	51	30	5	0	64	1.15
114156792--114157150	177	2.0	178	94	1	632	35	15	15	33	1.89
114171279--114171319	6	6.8	6	82	0	55	19	43	31	4	1.72
114171279--114171319	12	3.4	12	93	0	64	19	43	31	4	1.72
114171286--114171320	18	1.9	18	94	0	61	17	42	31	8	1.79
114178258--114178282	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
114181609--114181638	8	3.9	8	91	8	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114183936--114184535	117	5.0	117	79	7	575	25	8	29	37	1.85
114183944--114184606	117	5.6	116	78	7	538	23	8	29	38	1.84
114200141--114200187	19	2.5	19	80	16	53	53	2	0	44	1.12
114209485--114209526	21	2.0	21	81	9	50	59	0	2	38	1.10
114211033--114211070	19	2.0	19	100	0	76	21	5	15	57	1.57
114211190--114211241	22	2.4	21	76	17	61	57	0	9	32	1.31
114212856--114212904	20	2.4	20	76	13	55	32	0	8	59	1.27
114217466--114217504	18	2.0	20	85	9	55	48	0	5	46	1.24
114227176--114227282	31	3.6	31	68	21	84	27	16	11	44	1.82
114227176--114227311	58	2.3	60	83	7	172	25	17	13	43	1.85
114230572--114230915	169	2.0	167	82	6	417	26	16	18	38	1.92
114232346--114232375	13	2.3	13	100	0	60	26	0	6	66	1.16
114250179--114250221	19	2.2	20	83	4	52	62	0	18	18	1.32
114250344--114250370	14	1.9	14	100	0	54	7	7	3	81	0.97
114257253--114257333	39	2.0	41	85	4	112	43	12	2	41	1.55
114257253--114257331	40	2.0	39	85	2	104	43	12	2	41	1.56
114257799--114257834	19	1.9	19	88	5	56	27	0	5	66	1.13
114257826--114257879	22	2.3	23	81	12	58	51	5	3	38	1.43
114260612--114260696	19	4.4	20	75	7	52	60	2	3	34	1.27
114260597--114260695	9	10.7	9	71	14	58	63	1	4	31	1.19
114262122--114263573	333	4.4	335	78	6	1438	25	15	25	33	1.95
114262122--114263603	657	2.2	655	80	4	1640	25	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114269010--114269057	22	2.1	22	81	11	53	52	0	2	45	1.12
114273380--114273415	18	2.0	18	89	10	56	55	2	11	30	1.49
114276985--114277107	47	2.6	47	88	2	185	43	17	19	19	1.89
114282122--114282201	22	3.5	22	77	17	90	43	0	1	55	1.08
114282129--114282178	12	3.8	13	73	19	50	42	0	2	56	1.11
114282122--114282206	23	3.6	24	76	12	95	42	0	1	56	1.07
114282145--114282236	36	2.6	33	79	14	103	39	0	0	60	0.97
114282108--114282206	47	2.1	49	84	7	132	40	1	1	57	1.12
114282122--114282198	21	3.3	21	72	19	64	44	0	1	54	1.08
114282189--114282245	21	2.6	22	81	10	73	36	0	0	63	0.95
114282308--114282351	18	2.4	18	84	0	61	15	4	0	79	0.89
114282403--114282449	22	2.1	23	88	4	69	42	0	0	57	0.98
114282673--114282750	26	3.0	26	79	9	86	76	0	2	20	0.90
114282682--114282748	4	16.5	4	78	17	59	79	0	2	17	0.86
114283143--114283183	21	2.0	21	85	0	55	53	0	0	46	1.00
114283164--114283213	13	3.8	13	75	19	50	56	2	0	42	1.11
114283144--114283234	23	3.9	23	72	14	71	54	1	0	43	1.07
114283115--114283219	23	4.6	23	72	14	67	56	0	0	42	1.06
114283140--114283234	47	2.0	47	82	8	113	55	1	0	43	1.06
114305301--114305339	20	1.9	20	85	15	53	17	10	2	69	1.28
114313030--114313062	14	2.3	15	94	5	59	33	6	0	60	1.21
114315165--114315212	20	2.4	20	89	6	71	35	22	6	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114315513--114315579	34	2.0	34	100	0	134	38	20	14	25	1.91
114321662--114321862	105	1.9	105	91	0	330	33	22	10	33	1.88
114325312--114325369	25	2.3	25	79	5	64	60	0	1	37	1.07
114325308--114325356	18	2.7	18	75	15	55	57	0	0	42	0.99
114336193--114336557	180	2.0	180	97	0	685	33	8	21	36	1.85
114358604--114358656	21	2.5	22	73	14	56	13	1	26	58	1.45
114359524--114359575	25	2.0	28	82	17	67	34	3	0	61	1.14
114359701--114359756	29	1.9	29	82	7	69	37	5	3	53	1.41
114360048--114360171	66	1.9	64	81	15	148	35	8	3	52	1.49
114360101--114360172	29	2.7	28	79	12	71	37	6	4	51	1.48
114360229--114360259	12	2.6	12	94	0	53	32	3	0	64	1.09
114360190--114360299	22	5.3	22	70	20	60	30	5	2	60	1.33
114371854--114371937	42	2.0	42	100	0	168	45	16	9	28	1.79
114374285--114374325	22	1.9	21	85	5	55	58	2	9	29	1.43
114374283--114374333	21	2.2	25	74	22	58	56	5	9	27	1.54
114376078--114376122	22	2.0	22	87	8	65	57	0	2	40	1.11
114380167--114380216	15	3.3	15	88	0	73	20	38	0	42	1.52
114383191--114383255	31	2.1	31	100	0	130	50	10	18	20	1.76
114386230--114386958	144	5.0	143	84	6	836	31	18	11	37	1.87
114386633--114386958	143	2.3	142	86	0	454	32	19	9	38	1.84
114386228--114386958	297	2.5	293	85	5	966	31	18	11	38	1.87
114398418--114398454	15	2.5	15	86	0	56	40	0	37	21	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114401746--114401780	18	1.9	18	88	0	52	37	5	25	31	1.80
114402992--114403061	34	2.1	34	100	0	140	22	11	10	55	1.65
114403174--114403243	30	2.4	30	95	2	124	24	14	10	51	1.72
114403401--114403458	28	2.1	27	93	3	98	36	0	13	50	1.42
114418515--114418556	19	2.3	19	87	4	59	23	2	2	71	1.10
114419036--114419120	31	2.8	31	82	8	102	37	3	8	50	1.49
114419212--114419243	6	5.3	6	92	0	55	65	12	0	21	1.25
114420174--114420279	53	2.0	53	100	0	212	28	9	5	56	1.54
114435133--114435179	21	2.2	21	88	0	67	51	10	21	17	1.75
114445108--114445138	14	2.2	14	100	0	62	22	22	0	54	1.44
114448777--114448977	110	1.8	110	92	0	339	41	8	7	42	1.63
114449745--114449849	51	2.1	51	83	3	131	36	20	5	37	1.77
114450215--114450248	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
114453044--114453084	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
114454990--114455023	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
114457087--114457118	10	3.1	10	91	8	55	0	12	0	87	0.54
114457089--114457119	11	2.8	11	90	0	53	0	9	0	90	0.46
114459425--114459534	55	2.0	55	96	0	202	29	13	17	40	1.88
114459492--114459550	31	1.9	31	89	6	93	28	18	20	32	1.96
114466726--114466766	12	3.2	12	83	12	55	36	0	0	63	0.95
114466755--114466787	16	2.1	16	100	0	66	33	12	0	54	1.37
114467282--114467323	16	2.4	18	77	22	54	54	0	4	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114471696--114471774	28	2.9	28	83	5	99	53	7	18	20	1.69
114471898--114471931	16	2.1	16	89	10	52	17	2	8	70	1.25
114477425--114477452	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
114479088--114479125	15	2.6	15	87	4	51	28	10	5	55	1.56
114481893--114481987	39	2.4	40	82	1	111	57	8	3	30	1.44
114485756--114485811	29	1.9	29	85	7	78	26	10	10	51	1.69
114488032--114488074	21	2.0	21	95	0	77	6	0	13	79	0.93
114498272--114498305	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
114502911--114502944	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
114510428--114510479	18	2.9	18	97	0	95	34	13	0	51	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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