genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67471372--67471493	55	2.2	55	86	1	165	22	18	28	31	1.97
67474230--67474277	23	2.0	24	96	4	89	4	50	12	33	1.59
67477791--67477897	53	2.0	53	94	0	187	38	2	36	22	1.69
67480793--67480850	6	9.7	6	87	7	82	63	3	1	31	1.21
67480793--67480850	19	3.2	17	88	7	80	63	3	1	31	1.21
67490468--67490500	15	2.1	17	88	11	52	6	9	15	69	1.34
67492537--67492653	43	2.7	43	80	5	130	29	15	23	32	1.95
67494749--67494893	37	3.9	37	93	0	236	26	31	17	24	1.97
67495035--67495419	48	8.0	48	94	0	653	30	26	7	35	1.84
67499025--67499380	40	8.8	40	87	3	505	26	28	21	23	1.99
67499025--67499393	82	4.5	82	92	0	589	26	28	20	23	1.99
67500664--67500809	37	3.9	37	94	0	238	27	31	17	23	1.97
67500951--67501287	48	7.0	48	94	0	557	31	26	7	35	1.83
67508326--67508352	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
67508799--67508896	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
67508827--67508909	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
67517076--67517173	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
67517104--67517186	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
67525079--67525256	40	4.5	40	90	3	254	23	23	28	25	2.00
67533323--67533540	40	5.5	40	89	4	318	24	22	27	25	2.00
67535385--67535555	43	4.0	43	76	7	161	24	16	26	31	1.97
67538451--67538612	43	3.9	42	81	10	170	28	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67543691--67544183	45	11.0	45	90	1	733	23	19	27	28	1.98
67546974--67547040	27	2.6	27	74	9	68	32	17	20	28	1.96
67551065--67551152	38	2.3	38	86	0	113	14	15	31	37	1.89
67560791--67561037	96	2.6	95	79	8	261	28	23	13	34	1.93
67560816--67561113	96	3.1	96	77	8	265	26	23	14	35	1.93
67563956--67563997	12	3.5	12	83	0	57	16	28	30	23	1.96
67568806--67568861	26	2.2	26	83	0	67	23	28	23	25	1.99
67569136--67569191	28	2.0	28	100	0	112	32	7	17	42	1.77
67576590--67576739	71	2.2	65	79	9	160	34	16	28	22	1.95
67585797--67585964	40	4.2	39	75	8	133	25	22	26	25	2.00
67585781--67586000	80	2.8	79	80	5	232	25	22	26	25	2.00
67593931--67594114	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
67593931--67594150	80	2.8	80	85	5	279	24	23	26	25	2.00
67600619--67600827	41	5.2	40	86	3	116	25	27	23	23	2.00
67600642--67600827	41	4.6	41	89	3	252	24	26	24	24	2.00
67604595--67604714	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
67605844--67606068	40	5.7	40	86	5	287	24	22	28	25	2.00
67626043--67626297	55	4.8	54	79	7	256	35	17	25	21	1.95
67626050--67626250	108	1.8	110	86	4	291	34	16	25	23	1.96
67626366--67626413	23	2.0	24	88	4	71	43	10	25	20	1.83
67626489--67626519	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
67626490--67626530	20	2.0	20	85	0	55	39	0	26	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67627486--67627563	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
67627682--67627953	47	5.7	47	92	2	429	29	29	8	33	1.86
67627682--67627932	96	2.6	96	94	1	425	29	28	7	33	1.86
67627682--67627953	143	1.9	141	90	3	438	29	29	8	33	1.86
67633294--67633332	20	1.9	21	84	5	53	56	2	5	35	1.35
67634131--67634187	26	2.4	22	74	23	60	15	26	21	36	1.93
67651817--67651852	18	2.1	17	89	5	54	52	16	0	30	1.44
67653809--67653934	46	2.7	46	95	0	216	29	30	20	19	1.97
67658687--67659046	47	7.6	47	92	2	576	29	30	8	32	1.86
67658687--67659046	96	3.8	94	92	2	576	29	30	8	32	1.86
67658687--67659046	143	2.5	143	94	0	625	29	30	8	32	1.86
67661666--67661747	27	3.0	28	77	10	73	24	18	19	37	1.94
67663919--67664056	27	5.2	26	79	8	134	39	20	10	29	1.86
67663919--67664068	80	1.9	81	91	1	248	38	22	10	28	1.87
67663919--67664113	80	2.4	81	83	3	241	37	21	10	31	1.87
67664066--67664208	27	5.3	26	80	7	160	29	24	6	39	1.81
67664072--67664208	54	2.5	53	90	2	211	29	23	6	40	1.80
67664050--67664204	81	1.9	81	82	5	197	32	23	6	37	1.81
67664207--67664363	27	5.8	27	82	5	174	40	19	10	29	1.85
67664240--67664417	27	6.6	27	80	5	180	40	20	8	30	1.82
67664207--67664417	54	3.9	54	82	4	221	39	19	10	30	1.86
67664212--67664419	81	2.6	79	77	9	213	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67665561--67665621	25	2.5	25	77	17	74	29	21	22	26	1.99
67665837--67665902	31	2.1	31	91	0	105	30	16	24	28	1.97
67668193--67668330	27	5.2	26	76	8	125	38	18	11	31	1.87
67668193--67668340	53	2.8	53	77	7	156	38	19	11	30	1.87
67668183--67668360	80	2.2	81	87	2	250	37	19	11	31	1.88
67668340--67668482	27	5.3	27	82	7	175	29	23	7	39	1.83
67668346--67668482	54	2.5	54	90	2	213	29	22	7	40	1.81
67668474--67668643	27	6.3	26	80	8	155	38	22	10	28	1.87
67668514--67668684	27	6.3	27	82	4	186	39	21	8	30	1.83
67668481--67668684	54	3.8	54	81	5	216	38	20	10	30	1.86
67668486--67668684	81	2.5	80	80	8	226	39	20	10	29	1.85
67669555--67669624	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
67669554--67669637	25	3.4	24	80	8	89	29	21	22	26	1.99
67669844--67669921	31	2.5	31	84	10	106	30	16	25	26	1.97
67675049--67675126	20	3.9	20	76	15	72	41	15	25	17	1.89
67681539--67681571	11	3.0	11	90	0	57	66	9	6	18	1.40
67684891--67685009	6	19.3	6	67	17	66	48	13	18	19	1.80
67684912--67685009	25	3.7	25	78	15	106	47	13	19	19	1.81
67685638--67685863	27	8.4	27	86	0	308	26	17	18	37	1.93
67685640--67686124	54	9.0	54	75	7	333	28	16	18	36	1.93
67685636--67685871	81	2.9	81	89	1	348	27	17	17	37	1.92
67685892--67686033	27	5.3	27	81	0	131	30	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67686019--67686125	27	4.0	27	90	0	160	26	21	19	32	1.97
67688006--67688109	6	16.8	6	72	20	81	50	14	18	17	1.79
67688008--67688100	37	2.5	37	85	5	125	49	15	18	17	1.80
67688030--67688109	25	3.2	25	79	11	94	50	15	16	18	1.79
67688439--67688503	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
67688920--67689111	27	7.1	27	84	8	241	26	21	17	34	1.96
67688920--67689109	80	2.4	81	87	4	278	26	21	17	33	1.96
67689132--67689300	27	6.3	27	79	8	155	29	7	22	40	1.82
67689133--67689275	54	2.6	54	85	2	180	29	7	22	40	1.82
67689147--67689300	54	2.9	54	86	1	175	29	8	22	39	1.83
67691869--67691902	18	1.9	18	88	5	52	11	23	38	26	1.89
67691966--67692073	29	3.8	29	83	2	121	26	15	28	28	1.96
67692501--67692575	39	1.9	39	94	0	132	20	16	32	32	1.94
67696457--67696571	29	4.0	28	85	6	133	26	16	28	27	1.97
67700559--67700643	29	3.0	29	87	1	109	23	14	34	28	1.93
67707083--67707142	29	2.0	30	90	3	95	23	30	10	36	1.87
67708054--67708143	29	3.1	29	82	7	112	27	14	28	28	1.95
67709161--67709194	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
67710351--67710431	26	3.1	26	81	0	99	34	22	19	23	1.96
67710584--67710637	27	2.0	28	85	7	76	31	18	20	29	1.96
67714212--67714272	26	2.3	26	88	5	88	37	22	19	19	1.94
67714251--67714318	27	2.5	27	82	0	82	36	22	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67718572--67718652	26	3.1	26	87	0	99	35	20	22	20	1.96
67718605--67718694	27	3.4	27	85	1	101	36	22	23	17	1.95
67723380--67723440	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67727051--67727120	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
67727051--67727148	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
67727595--67727620	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
67729165--67729190	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
67733744--67734063	138	2.3	138	90	1	498	43	8	5	43	1.57
67735700--67735877	46	3.8	46	75	5	189	29	28	20	21	1.98
67735707--67735879	93	1.9	93	91	2	285	28	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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