genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113183--8113224	3	13.7	3	80	14	50	66	0	2	30	1.04
8113196--8113238	23	2.0	21	86	9	59	65	2	6	25	1.30
8113427--8113475	22	2.2	23	89	10	84	61	4	4	30	1.33
8116734--8116822	7	12.6	7	74	19	62	67	1	2	29	1.10
8116727--8116774	16	3.1	15	93	6	78	66	2	0	31	1.03
8116723--8116809	24	3.5	24	74	20	81	67	1	1	29	1.05
8116723--8116774	8	6.5	8	84	8	70	67	1	0	30	1.02
8116930--8116994	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
8117018--8117146	47	2.8	46	74	15	122	57	3	4	34	1.35
8117637--8117801	90	1.8	90	85	2	233	24	3	46	26	1.69
8117637--8117799	30	5.4	30	88	1	202	24	3	45	26	1.70
8118562--8118611	14	3.6	14	81	7	57	66	2	12	20	1.34
8118591--8118815	74	3.0	73	83	7	294	33	21	16	28	1.95
8118821--8118848	13	2.2	13	100	0	56	64	7	14	14	1.48
8118704--8119680	227	4.5	216	78	14	732	33	20	17	28	1.95
8118743--8118923	88	2.1	87	86	6	258	38	19	16	24	1.92
8118868--8118975	54	2.0	54	92	3	182	39	17	13	28	1.88
8118997--8119100	54	1.9	53	92	5	174	39	16	14	29	1.88
8118829--8119171	125	2.7	123	86	8	487	37	19	16	27	1.92
8119051--8119749	71	9.5	71	74	17	545	33	21	17	28	1.95
8119051--8119680	227	2.8	233	93	5	1074	32	21	17	28	1.96
8119470--8119749	140	2.0	143	87	8	412	32	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8127988--8128023	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
8127984--8128015	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
8140369--8140416	16	3.1	15	93	6	78	66	2	0	31	1.03
8140365--8140420	24	2.3	24	84	6	78	67	1	0	30	1.01
8140365--8140416	8	6.5	8	84	8	70	67	1	0	30	1.02
8140570--8140634	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
8140655--8140786	25	5.6	25	72	15	93	56	3	4	35	1.35
8141307--8141390	30	2.8	30	85	3	80	26	3	44	26	1.71
8144859--8144956	52	1.9	51	85	6	135	56	4	7	32	1.46
8146946--8146970	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
8156263--8156421	79	2.0	79	96	0	291	40	9	10	38	1.72
8157333--8157362	15	2.0	15	100	0	60	26	0	33	40	1.57
8165961--8165998	15	2.5	16	87	8	53	78	7	0	13	0.94
8167520--8167552	5	6.6	5	100	0	66	81	0	18	0	0.68
8167665--8167704	18	2.1	20	90	9	66	70	0	0	30	0.88
8168570--8168640	30	2.4	30	85	0	88	12	26	38	22	1.90
8171406--8171459	23	2.3	23	93	0	90	24	25	7	42	1.80
8173998--8174209	40	5.3	40	86	7	272	25	22	26	25	2.00
8176011--8176088	38	2.1	38	100	0	156	33	12	23	30	1.92
8178932--8178962	15	2.1	15	100	0	62	6	19	19	54	1.65
8182374--8182429	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
8182372--8182450	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182372--8182443	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
8182372--8182466	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
8188814--8188846	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
8192042--8192090	15	3.5	15	72	16	50	12	57	0	30	1.36
8192558--8192620	23	2.7	23	77	18	85	55	6	0	38	1.25
8192558--8192647	46	2.0	46	84	8	121	55	4	2	37	1.32
8193785--8193906	7	17.1	7	66	9	50	36	39	1	22	1.64
8193949--8194033	21	3.9	21	76	11	89	44	25	1	28	1.61
8193933--8194026	46	2.0	46	95	0	170	42	25	2	29	1.67
8193944--8194041	7	13.4	7	72	8	52	46	24	1	27	1.59
8194199--8194416	41	5.4	41	93	0	341	16	25	24	33	1.95
8194471--8194496	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
8197070--8197663	220	2.7	221	90	1	944	34	18	20	26	1.96
8197605--8197821	78	2.8	78	88	1	310	31	20	22	25	1.98
8197343--8198472	556	2.0	556	93	1	1933	33	18	21	26	1.97
8198161--8198377	78	2.8	78	90	0	335	31	18	23	26	1.98
8198317--8198590	45	6.1	45	78	8	279	31	15	27	25	1.96
8198391--8198590	89	2.2	90	85	3	278	32	15	28	24	1.95
8198317--8198573	134	1.9	136	84	7	344	29	15	27	26	1.96
8198917--8198959	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
8198925--8198961	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
8198925--8198984	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8199251--8199285	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
8200641--8200959	127	2.5	127	90	0	494	27	16	19	36	1.93
8201632--8201679	25	1.9	25	95	0	87	29	10	25	35	1.89
8213485--8213603	46	2.6	46	86	2	159	32	19	21	26	1.97
8214449--8214503	28	2.0	28	92	0	92	38	10	25	25	1.88
8216271--8216589	127	2.5	127	87	2	478	27	16	18	36	1.93
8224969--8225014	23	1.9	25	86	8	69	47	10	17	23	1.79
8227929--8228250	127	2.5	125	84	5	389	36	20	17	25	1.94
8232030--8232081	26	2.0	26	82	10	63	26	9	23	40	1.85
8238955--8239002	20	2.4	21	86	6	64	39	0	6	54	1.26
8240862--8241272	46	9.0	46	91	0	545	40	14	23	20	1.90
8243744--8243781	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
8256103--8256128	8	3.2	8	100	0	52	34	11	0	53	1.37
8256176--8256217	20	2.1	20	90	0	66	52	4	4	38	1.44
8256607--8256655	19	2.5	19	83	9	55	32	2	0	65	1.04
8267191--8267489	148	2.0	148	99	0	589	22	27	10	39	1.87
8268573--8268614	15	2.8	15	88	0	57	64	0	0	35	0.94
8278696--8278736	14	3.0	14	76	20	50	36	0	0	63	0.95
8279113--8279171	30	2.0	30	89	0	91	27	1	11	59	1.42
8281867--8281939	25	3.2	25	67	28	81	38	0	19	42	1.51
8281858--8281942	42	2.0	42	100	0	170	38	0	18	42	1.51
8284348--8284395	23	2.1	23	84	0	60	45	25	12	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8286045--8286094	23	2.1	24	92	3	84	48	0	20	32	1.50
8286987--8287018	13	2.5	13	95	5	57	56	6	18	18	1.62
8295975--8296010	18	2.0	18	94	0	63	58	0	0	41	0.98
8296556--8296588	16	2.1	16	88	11	50	6	3	33	57	1.38
8299730--8299980	132	1.9	132	85	4	346	33	19	18	27	1.96
8300317--8300346	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
8305931--8306353	212	2.0	212	99	0	828	31	17	16	35	1.91
8312218--8312272	28	1.9	28	85	10	76	16	16	3	63	1.44
8321448--8321658	93	2.2	94	84	5	257	30	18	19	31	1.95
8321907--8321937	15	2.1	15	93	0	53	22	6	32	38	1.80
8326121--8326266	53	2.7	53	86	4	177	30	26	15	28	1.96
8333626--8333776	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
8337509--8337640	50	2.7	50	80	6	135	26	28	17	27	1.98
8342698--8342971	46	6.0	46	91	0	415	22	22	14	39	1.91
8345103--8345150	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
8350397--8350670	39	7.0	39	95	0	487	21	24	30	23	1.99
8353397--8353523	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
8353623--8353771	31	4.8	31	91	0	226	26	26	19	27	1.99
8353748--8353923	50	3.5	50	94	0	307	25	23	15	35	1.94
8356153--8356364	46	4.6	45	72	11	119	23	28	17	29	1.97
8356483--8356540	29	2.0	29	100	0	116	37	13	10	37	1.79
8360020--8360075	21	2.7	21	81	10	69	30	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8364629--8364746	62	1.9	59	83	8	148	41	2	3	52	1.31
8364855--8364903	25	1.9	26	91	4	82	40	6	14	38	1.71
8369987--8370030	24	2.0	24	86	13	67	31	9	4	54	1.52
8369988--8370039	23	2.3	23	81	12	56	34	7	3	53	1.48
8371500--8371541	22	2.0	22	86	9	61	40	4	0	54	1.21
8373344--8373393	25	2.0	25	100	0	100	56	16	12	16	1.68
8374169--8374207	18	2.1	18	85	4	51	43	0	10	46	1.37
8384170--8384211	17	2.5	17	80	7	50	54	14	2	28	1.52
8384577--8384615	17	2.3	17	90	0	60	64	2	0	33	1.08
8384731--8384768	17	2.4	17	86	8	53	76	2	0	21	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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