genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  227  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77074839--77074953	44	2.7	41	79	9	122	33	26	17	23	1.96
77076485--77076664	40	4.7	39	76	8	145	31	12	19	36	1.89
77077780--77077894	55	2.1	56	82	8	137	35	21	23	19	1.96
77077805--77077894	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
77078000--77078064	28	2.3	28	89	0	94	30	9	29	30	1.88
77090287--77090347	25	2.4	25	91	5	97	42	21	16	19	1.89
77092820--77093039	27	8.1	27	82	6	248	41	19	16	22	1.90
77093438--77093526	34	2.7	33	76	13	92	23	22	23	30	1.99
77094778--77094932	68	2.3	68	82	4	170	37	14	21	27	1.92
77097129--77097243	29	4.0	30	82	9	134	24	31	15	28	1.96
77097131--77097243	58	2.0	57	85	5	156	23	30	15	29	1.96
77097463--77097517	16	3.4	16	80	9	67	14	20	18	47	1.83
77097465--77097511	24	2.0	24	82	0	58	10	23	19	46	1.80
77105613--77105682	21	3.2	21	66	25	54	41	25	11	21	1.86
77114279--77114377	29	3.4	29	83	1	119	27	16	28	28	1.97
77121846--77122030	40	4.7	40	81	6	207	25	26	23	24	2.00
77121846--77122030	79	2.3	79	79	10	198	25	26	23	24	2.00
77129892--77130059	40	4.2	40	87	2	214	24	27	21	26	1.99
77129892--77130105	80	2.7	78	78	6	214	25	26	20	27	1.99
77145176--77145200	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
77147360--77147458	40	2.5	40	85	1	119	12	13	27	47	1.78
77149887--77149924	14	2.4	16	83	16	53	34	0	42	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77151174--77151222	23	2.2	22	82	10	55	44	24	0	30	1.54
77153036--77153094	20	3.0	20	87	0	91	32	13	22	32	1.92
77153146--77153264	23	5.1	23	94	2	202	27	19	21	31	1.97
77153479--77153542	31	2.1	31	88	5	94	37	12	23	26	1.90
77156315--77156529	39	5.5	40	89	5	280	24	22	26	26	2.00
77156315--77156529	118	1.8	118	83	9	287	24	22	26	26	2.00
77164353--77164566	40	5.4	40	89	3	285	24	23	26	26	2.00
77164353--77164566	79	2.7	80	87	6	285	24	23	26	26	2.00
77166124--77166269	25	6.0	24	87	5	188	28	22	19	28	1.98
77166124--77166268	49	3.0	48	87	7	195	28	22	20	28	1.98
77166319--77166357	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
77166320--77166364	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
77173897--77173958	30	2.0	31	87	3	90	24	22	14	38	1.91
77174152--77174294	25	6.0	24	90	8	195	27	22	20	28	1.99
77174173--77174294	48	2.6	47	91	7	194	28	21	20	29	1.98
77174343--77174381	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
77174344--77174388	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
77178013--77178195	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
77178014--77178197	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
77178066--77178220	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
77188023--77188150	65	1.9	67	85	3	179	32	17	29	21	1.96
77188273--77188595	41	8.0	41	85	3	377	33	22	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77188775--77188849	38	2.0	38	85	10	102	30	5	24	40	1.77
77189010--77189061	25	2.1	25	100	0	104	28	7	23	40	1.82
77193636--77194877	464	2.7	465	98	0	2402	35	11	11	41	1.77
77200656--77200699	21	2.1	21	95	0	79	22	18	56	2	1.52
77201002--77201306	86	3.6	85	88	4	402	23	19	25	31	1.98
77201002--77201319	42	7.5	42	90	3	374	24	18	25	31	1.98
77201001--77201331	128	2.6	127	83	7	400	25	19	24	30	1.98
77203254--77203309	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
77203243--77203309	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
77203600--77203663	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
77206290--77206350	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
77206290--77206350	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
77207079--77207157	27	2.9	28	83	10	94	20	24	24	31	1.98
77207100--77207166	27	2.5	27	87	0	89	16	26	22	34	1.95
77207219--77207326	27	3.9	27	76	15	87	32	8	17	41	1.79
77207216--77207385	54	3.1	55	79	4	157	34	9	17	39	1.81
77207284--77207447	27	6.1	27	75	9	131	29	10	20	39	1.85
77207306--77207438	54	2.5	54	82	4	153	30	11	20	38	1.87
77207437--77207582	27	5.4	27	88	0	202	41	8	21	28	1.82
77207442--77207582	54	2.6	54	95	0	246	41	7	22	28	1.82
77207417--77207605	81	2.3	80	76	7	202	38	8	21	31	1.85
77209959--77210019	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77209959--77210019	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
77210056--77210104	25	2.0	25	87	0	71	26	14	22	36	1.92
77210739--77210817	27	2.9	28	83	10	94	20	24	24	31	1.98
77210760--77210826	27	2.5	27	87	0	89	16	26	22	34	1.95
77210879--77211012	27	4.9	27	71	12	78	32	8	17	41	1.79
77210967--77211093	27	4.7	27	74	4	105	26	10	22	40	1.86
77210963--77211105	27	5.3	26	70	12	85	27	11	23	37	1.90
77211088--77211164	27	2.9	25	88	5	82	44	11	18	25	1.84
77211097--77211242	27	5.4	27	86	1	195	41	10	19	27	1.85
77211097--77211242	54	2.7	54	88	0	220	41	10	19	27	1.85
77215424--77215485	25	2.5	25	83	0	88	22	24	17	35	1.95
77215441--77215496	25	2.2	25	83	0	67	25	25	17	32	1.97
77220663--77220708	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
77220670--77220714	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
77222885--77222919	15	2.3	15	90	0	52	28	31	25	14	1.95
77224356--77224414	19	3.1	19	97	0	109	22	23	27	27	1.99
77237239--77237347	27	4.1	27	88	7	168	38	23	9	28	1.86
77237238--77237347	53	2.1	53	93	3	186	39	23	9	28	1.85
77237246--77237373	27	4.8	27	85	7	163	40	18	10	30	1.84
77237328--77237388	27	2.3	27	85	5	79	44	9	14	31	1.78
77249996--77250185	50	3.8	49	84	3	229	29	27	17	24	1.98
77249996--77250179	101	1.8	99	87	4	271	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77250425--77250478	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
77253821--77253941	43	2.8	44	79	7	133	33	27	17	22	1.96
77254048--77254102	27	2.0	29	82	13	71	49	14	3	32	1.61
77265761--77265873	27	4.2	27	86	4	165	37	15	19	27	1.92
77266238--77266278	20	2.0	20	90	0	64	17	17	26	39	1.91
77266193--77266398	98	2.1	98	85	1	279	19	18	27	34	1.95
77266594--77266675	6	13.3	6	71	19	62	18	19	15	46	1.84
77266594--77266655	25	2.5	25	91	0	97	17	22	16	43	1.87
77285052--77285112	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
77289382--77289669	141	2.0	142	89	1	434	31	10	30	27	1.90
77289382--77289625	47	5.1	47	96	1	434	31	10	29	27	1.90
77289788--77289866	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
77296493--77296553	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
77302856--77303009	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
77302831--77303009	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
77312874--77312951	27	2.9	27	88	0	111	38	17	15	28	1.91
77312936--77313031	26	3.6	27	84	7	106	43	20	8	27	1.80
77312987--77313276	54	5.4	54	74	8	207	41	17	9	31	1.82
77313068--77313276	81	2.6	82	75	8	203	41	16	10	31	1.83
77312936--77313254	27	11.9	26	76	8	155	41	17	10	31	1.82
77313666--77313727	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
77313929--77313975	22	2.1	22	88	0	67	12	19	21	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77317216--77317337	43	2.9	42	73	9	113	29	24	16	29	1.96
77328745--77328898	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
77328720--77328898	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
77337019--77337203	28	6.5	28	92	4	300	26	11	27	34	1.91
77339570--77339601	14	2.3	14	100	0	64	56	0	6	37	1.25
77339570--77339607	14	2.8	14	92	4	51	57	0	5	36	1.21
77344122--77344165	23	1.9	23	86	9	63	72	0	4	22	1.02
77346843--77346872	15	2.0	15	93	0	51	30	10	6	53	1.60
77353911--77353963	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
77355234--77355381	48	3.1	48	87	0	215	39	6	24	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345