genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11086471--11086543	21	3.5	21	86	0	92	15	24	24	35	1.94
11091542--11091649	53	2.0	53	100	0	216	28	17	12	40	1.87
11092253--11092277	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
11101158--11101189	6	5.5	6	96	3	57	0	12	0	87	0.54
11102739--11102827	44	2.0	44	93	0	151	38	11	5	44	1.64
11104225--11104259	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
11104531--11104558	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
11108878--11108915	20	1.9	19	89	5	58	28	23	2	44	1.67
11109557--11109581	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
11111771--11111859	25	3.7	23	81	12	83	4	11	2	82	0.91
11111796--11111829	16	2.1	16	88	0	50	0	17	0	82	0.67
11111770--11111859	7	13.0	7	74	13	53	4	12	2	81	0.94
11111770--11111851	12	6.8	12	73	5	67	4	12	1	81	0.90
11111793--11111850	24	2.4	25	88	8	84	0	15	1	82	0.74
11111833--11111872	20	2.0	20	90	0	62	0	7	10	82	0.84
11111770--11111871	11	8.9	11	71	19	75	3	11	2	81	0.94
11112517--11112554	18	2.1	18	100	0	76	31	18	28	21	1.97
11122276--11122499	96	2.3	96	78	0	250	36	13	21	28	1.92
11122470--11122598	49	2.6	49	77	0	132	33	13	24	28	1.94
11122647--11122727	33	2.4	34	87	6	112	43	18	12	25	1.85
11127510--11127811	35	8.6	34	82	4	307	34	22	11	31	1.90
11127512--11127811	70	4.3	70	87	0	368	34	23	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11127512--11127811	105	2.9	105	87	1	404	34	23	11	32	1.89
11133266--11133298	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
11133961--11134062	28	3.5	27	71	19	71	24	26	20	28	1.99
11133962--11134098	60	2.3	59	82	8	152	24	24	21	29	1.99
11136287--11136320	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
11137743--11137819	7	9.6	8	68	20	54	36	1	0	62	1.04
11137741--11137835	23	4.3	21	76	17	86	36	2	0	61	1.08
11137741--11137879	12	12.2	12	68	15	66	34	5	0	60	1.19
11137741--11137831	42	2.2	39	80	18	103	36	2	0	61	1.08
11137741--11137835	44	2.2	44	81	7	113	36	2	0	61	1.08
11149800--11150374	44	13.1	44	87	1	769	31	15	25	27	1.96
11149800--11150457	132	5.0	132	84	2	797	31	15	25	27	1.95
11152067--11152149	12	7.1	12	72	22	54	36	2	0	61	1.09
11152069--11152121	24	2.3	23	90	3	79	33	3	0	62	1.13
11152391--11152457	32	2.1	32	83	5	82	31	4	2	61	1.31
11183853--11183898	14	3.4	14	82	5	51	15	17	10	56	1.67
11188526--11188876	62	5.7	62	75	5	242	25	24	21	28	1.99
11192019--11192064	14	3.1	15	74	20	51	58	0	15	26	1.37
11192923--11193148	25	9.2	25	69	12	94	19	25	20	34	1.96
11205038--11205130	47	2.0	47	97	0	177	39	10	16	33	1.83
11205675--11205724	20	2.5	20	93	0	82	22	40	28	10	1.86
11208910--11208959	19	2.6	19	84	9	57	56	8	2	34	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11209894--11209930	19	1.9	19	88	0	56	32	13	0	54	1.40
11210584--11210634	16	3.2	16	73	10	52	56	0	1	41	1.10
11217688--11217731	23	2.0	23	90	4	72	47	4	13	34	1.63
11219204--11219362	27	5.9	27	82	11	184	34	22	24	18	1.96
11219204--11219366	54	3.0	54	91	2	249	34	22	24	18	1.96
11223145--11223564	44	9.7	43	75	9	316	20	21	21	36	1.96
11223019--11223564	88	6.3	84	80	7	465	21	22	21	35	1.96
11223322--11223564	43	5.6	43	79	2	236	23	21	20	34	1.97
11223019--11223567	175	3.1	175	78	7	512	21	22	21	35	1.96
11223629--11223760	66	2.0	66	93	0	228	34	12	21	31	1.90
11230318--11230361	23	2.0	23	90	4	72	47	4	13	34	1.63
11230536--11230593	18	2.8	21	69	27	52	51	1	13	32	1.51
11232564--11232597	16	2.1	17	94	5	61	55	0	0	44	0.99
11232571--11232627	28	2.0	28	86	6	80	61	1	0	36	1.07
11238667--11238691	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
11244822--11244857	5	7.0	5	93	6	63	38	0	0	61	0.96
11246543--11246649	47	2.3	47	93	0	178	15	19	23	41	1.90
11246777--11246896	18	6.7	18	77	2	116	35	8	15	41	1.77
11255445--11255585	27	5.2	27	84	6	180	34	23	24	17	1.95
11255445--11255585	54	2.6	54	92	2	230	34	23	24	17	1.95
11255689--11255764	26	2.8	27	84	4	91	30	11	22	35	1.90
11257205--11257312	26	4.2	26	97	0	198	37	26	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11259471--11259519	20	2.4	21	76	10	66	61	0	6	32	1.21
11259645--11259669	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
11259698--11259804	47	2.3	47	93	0	178	15	19	23	41	1.90
11259932--11260017	18	4.7	18	83	1	109	36	8	13	41	1.75
11264467--11264507	21	1.9	22	85	5	57	41	0	4	53	1.22
11266263--11266369	47	2.3	47	91	0	169	16	19	22	41	1.90
11266494--11266582	36	2.4	37	75	1	99	35	10	13	40	1.78
11267847--11268383	94	5.7	94	80	3	533	33	19	19	27	1.96
11267847--11268383	187	2.9	187	81	2	594	33	19	19	27	1.96
11268474--11268626	44	3.3	44	69	19	123	35	18	19	26	1.95
11267847--11268689	94	9.0	94	74	6	519	34	18	19	27	1.95
11268464--11268602	50	3.0	47	72	17	128	35	16	20	28	1.94
11275143--11275198	17	3.3	18	79	16	66	64	0	0	35	0.94
11275424--11275449	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
11280138--11280190	22	2.5	22	84	6	74	43	7	3	45	1.50
11280362--11280405	23	2.0	23	86	4	63	36	0	4	59	1.18
11284639--11284677	19	2.1	19	100	0	78	38	25	0	35	1.56
11286622--11287243	176	3.5	176	86	1	805	46	8	14	31	1.74
11287793--11287836	20	2.3	20	88	7	65	45	4	4	45	1.44
11292009--11292056	23	2.2	22	85	7	62	47	0	2	50	1.12
11306710--11306765	21	2.6	23	83	10	66	50	5	0	44	1.25
11309978--11310012	7	4.7	7	86	13	52	0	11	2	85	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11309980--11310009	16	1.9	16	93	6	53	0	13	3	83	0.77
11312700--11312888	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
11312727--11312925	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
11312689--11312978	120	2.4	120	92	2	476	42	3	4	50	1.38
11312762--11312949	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
11312814--11312865	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
11313200--11313251	16	3.2	16	94	0	86	40	32	0	26	1.57
11314175--11314239	31	2.2	31	83	5	80	33	0	7	58	1.27
11314216--11314258	16	2.7	16	75	13	52	23	2	13	60	1.45
11319502--11319630	42	3.0	42	95	3	231	26	10	19	43	1.84
11327946--11328049	42	2.5	42	85	4	147	29	26	13	29	1.94
11328181--11328350	31	5.5	30	91	1	241	25	27	18	28	1.98
11328171--11328350	93	1.9	93	89	2	281	26	26	19	27	1.99
11328326--11328454	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
11329868--11329929	31	2.0	31	93	0	106	43	6	9	40	1.63
11331016--11331144	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
11331120--11331299	31	5.8	31	86	2	245	27	18	27	26	1.98
11331425--11331522	42	2.3	42	85	3	126	29	13	27	29	1.94
11344948--11345011	18	3.6	18	87	4	85	43	35	18	1	1.60
11344948--11345011	6	10.7	6	82	0	74	43	35	18	1	1.60
11345410--11345464	28	2.0	28	100	0	110	14	14	12	58	1.64
11362342--11362644	124	2.5	124	82	5	375	32	17	5	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11364720--11364764	18	2.5	18	77	0	54	80	4	4	11	1.01
11381578--11381622	16	2.7	17	80	16	58	48	0	0	51	1.00
11382821--11382868	26	1.9	25	83	8	62	50	12	2	35	1.52
11383825--11383853	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
11385598--11385635	20	1.9	20	88	0	58	23	10	28	36	1.88
11392149--11392187	5	7.6	5	97	2	69	58	0	2	38	1.12
11395679--11395808	64	2.0	64	84	0	170	21	19	23	36	1.95
11398306--11398470	35	4.7	35	87	3	217	26	12	23	38	1.90
11412776--11412857	40	2.0	40	97	0	155	50	20	9	19	1.76
11414136--11414258	18	6.7	18	67	19	58	30	0	4	65	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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