genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90561087--90561184	30	3.3	27	70	13	70	62	3	0	34	1.11
90561126--90561182	30	1.9	30	85	7	80	64	3	0	31	1.10
90570295--90570351	30	2.0	29	82	6	71	36	14	12	36	1.83
90571795--90572066	136	2.0	136	99	0	535	34	13	19	31	1.92
90575918--90576009	9	9.9	9	69	18	55	57	5	2	34	1.34
90580851--90581061	78	2.7	79	81	10	243	25	20	27	26	1.99
90580851--90581057	40	5.2	40	84	7	253	24	21	28	26	1.99
90589008--90589130	41	3.1	41	75	14	118	24	17	23	34	1.96
90589028--90589172	76	1.9	75	85	5	202	24	16	26	32	1.96
90589142--90589263	39	3.1	38	75	14	106	27	18	29	25	1.98
90603465--90603517	21	2.5	21	81	6	54	13	28	33	24	1.93
90605590--90605648	27	2.2	27	93	3	102	54	22	10	13	1.69
90607577--90607615	20	2.0	20	94	0	69	51	5	0	43	1.24
90607630--90607688	29	2.0	29	100	0	118	38	27	10	23	1.87
90609128--90609184	28	2.0	28	100	0	114	31	3	17	47	1.65
90610884--90610930	20	2.3	20	92	0	76	31	12	21	34	1.91
90610980--90611096	23	5.0	24	87	7	152	29	21	19	29	1.98
90618836--90618883	25	1.9	26	87	8	73	41	22	10	25	1.85
90618921--90618987	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
90619038--90619111	23	3.1	23	92	5	121	28	20	20	31	1.97
90619037--90619132	25	4.0	24	86	9	133	28	20	21	29	1.98
90619322--90619381	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90626986--90627019	16	2.1	16	100	0	68	32	29	11	26	1.92
90627093--90627259	46	3.6	46	79	9	169	22	28	20	28	1.98
90632587--90632613	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
90644374--90644498	46	2.7	46	95	2	216	22	20	27	30	1.98
90647847--90647929	24	3.5	24	93	0	148	22	33	20	22	1.97
90655754--90655796	15	2.7	16	89	10	70	32	16	6	44	1.74
90664767--90664827	32	1.9	32	93	0	104	39	8	26	26	1.84
90665841--90665945	46	2.3	45	82	11	117	30	18	24	26	1.98
90674712--90674766	29	1.9	28	85	10	76	16	20	45	18	1.86
90681351--90681388	20	1.9	20	88	0	58	31	10	7	50	1.66
90689473--90689532	30	2.0	30	100	0	120	50	13	13	23	1.77
90693967--90694010	23	1.9	23	86	9	63	27	2	18	52	1.57
90697414--90697495	41	2.0	40	80	2	92	26	14	28	30	1.95
90700033--90700140	48	2.2	48	90	0	162	23	26	20	29	1.99
90706160--90706328	48	3.6	48	79	6	159	24	27	18	28	1.98
90708385--90708434	26	1.9	26	87	0	73	28	18	16	38	1.91
90723267--90723323	26	2.1	27	96	3	107	31	10	28	29	1.90
90733467--90733518	26	2.0	26	96	0	95	32	11	17	38	1.85
90738333--90738494	81	2.0	81	95	0	288	51	16	10	21	1.74
90742556--90742848	81	3.6	80	78	9	310	31	9	19	39	1.83
90742556--90742848	27	10.9	27	82	3	261	31	9	19	39	1.83
90746572--90746634	32	2.0	32	87	0	90	36	25	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90746699--90746745	22	2.1	23	92	4	78	51	17	12	19	1.77
90747135--90747215	27	3.0	27	85	0	108	33	14	16	35	1.89
90747194--90747273	27	2.9	28	81	5	110	28	11	21	38	1.88
90747403--90747536	27	5.0	27	79	8	112	30	9	20	39	1.84
90747010--90747545	268	2.0	267	89	4	821	33	15	17	33	1.92
90747519--90747592	27	2.7	27	83	4	87	32	10	14	41	1.81
90753401--90753872	235	2.0	235	95	0	854	35	15	11	37	1.84
90762918--90762951	16	2.2	16	89	5	52	58	0	17	23	1.38
90766710--90766825	27	4.3	27	76	0	97	27	18	18	35	1.94
90770145--90770240	33	2.9	33	79	3	95	26	21	21	30	1.99
90770649--90770763	27	4.3	27	86	2	151	24	21	19	34	1.96
90770662--90770763	53	1.9	53	87	2	150	23	21	21	33	1.97
90771771--90771857	27	3.2	27	83	0	84	36	19	21	21	1.95
90772000--90772114	27	4.3	27	85	1	151	26	22	16	34	1.95
90773134--90773186	27	2.0	27	88	0	79	33	20	22	22	1.97
90773329--90773458	27	4.8	27	93	0	215	23	23	20	32	1.98
90773922--90773967	17	2.8	17	86	3	67	15	34	30	19	1.93
90778851--90778879	13	2.2	13	100	0	58	44	27	0	27	1.54
90799201--90799371	93	1.8	93	92	2	290	29	28	20	22	1.98
90799196--90799368	46	3.7	47	75	13	196	30	27	20	22	1.98
90801150--90801207	27	2.1	27	93	0	98	41	24	17	17	1.90
90801197--90801412	27	8.0	27	84	0	243	25	14	18	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90801200--90801412	81	2.6	81	84	0	300	25	14	17	41	1.88
90801722--90801772	18	2.8	18	87	0	66	19	19	11	49	1.79
90804005--90804078	29	2.6	29	91	0	112	27	16	31	25	1.96
90806629--90806796	47	3.6	44	80	16	180	29	19	28	23	1.98
90814437--90814495	29	2.0	29	87	6	84	27	13	28	30	1.94
90818375--90818420	19	2.3	20	81	7	58	21	2	17	58	1.49
90820297--90820392	27	3.6	25	83	5	102	35	23	21	18	1.96
90828043--90828117	27	2.8	26	78	8	78	34	17	25	22	1.96
90837274--90837308	14	2.6	13	90	4	52	54	0	2	42	1.15
90837399--90837446	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
90838083--90838136	25	2.2	24	83	9	65	33	5	3	57	1.40
90844530--90844578	10	4.8	10	78	11	55	34	2	2	61	1.19
90846732--90846765	11	3.0	11	86	4	50	32	11	2	52	1.53
90849084--90849126	22	1.9	23	90	4	70	20	0	53	25	1.46
90857553--90858051	248	2.0	248	99	0	989	25	14	20	38	1.91
90866189--90866228	21	2.0	20	85	5	53	17	25	42	15	1.88
90873737--90873908	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
90873730--90873905	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
90881291--90881462	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
90881284--90881459	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
90885812--90885856	22	2.0	22	82	0	54	48	20	8	22	1.76
90892557--90892614	30	2.0	30	86	3	82	36	8	12	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90892775--90892810	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
90895925--90895950	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
90896514--90896557	19	2.3	19	84	0	52	9	36	0	54	1.32
90898622--90898654	16	2.1	16	94	0	57	57	9	15	18	1.63
90901087--90901197	27	4.1	27	83	5	136	35	21	24	18	1.96
90901087--90901197	54	2.1	53	89	1	168	35	21	24	18	1.96
90903187--90903417	79	2.9	79	87	5	324	26	29	21	22	1.99
90903196--90903419	119	1.9	120	88	4	346	27	28	21	23	1.99
90903161--90903419	40	6.5	40	86	4	321	27	28	20	23	1.99
90906060--90906112	24	2.2	24	96	0	97	18	41	3	35	1.69
90908992--90909030	21	1.9	20	89	5	60	33	15	7	43	1.75
90909863--90910185	37	8.8	37	85	7	392	26	17	29	26	1.98
90909856--90910185	73	4.5	73	87	3	425	25	17	29	27	1.97
90910154--90910362	48	4.6	47	76	15	176	30	14	25	29	1.95
90910156--90910491	42	7.7	42	74	12	234	28	14	25	30	1.95
90931165--90931197	15	2.2	15	94	0	57	45	24	0	30	1.53
90937887--90938028	72	2.0	71	84	4	187	23	33	20	23	1.97
90944047--90944401	47	7.5	47	92	1	566	28	30	8	32	1.86
90945796--90945978	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
90945775--90945978	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
90951677--90951921	40	6.2	40	89	2	343	24	20	27	27	1.99
90959563--90959643	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90959563--90959656	32	2.9	30	73	12	71	26	20	25	27	1.99
90968012--90968233	39	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
90967993--90968233	40	6.1	40	83	9	282	24	27	22	24	2.00
90976045--90976267	119	1.9	120	85	6	319	25	27	22	24	2.00
90976024--90976267	40	6.1	40	85	6	309	25	27	22	24	2.00
90980665--90980715	17	3.1	16	83	10	68	56	0	0	43	0.99
90982989--90983036	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
90992552--90992580	9	3.2	9	100	0	58	58	0	0	41	0.98
90993935--90993977	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
90996939--90997354	59	7.2	58	78	9	391	29	23	11	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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