genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76673513--76673771	68	3.9	66	73	16	223	30	15	29	24	1.96
76675014--76675060	23	2.0	23	100	0	94	29	8	12	48	1.71
76686051--76686089	10	4.1	9	86	6	51	61	2	0	35	1.10
76686034--76686082	24	2.0	24	85	14	66	59	6	0	34	1.22
76692530--76692560	16	1.9	16	100	0	62	38	0	9	51	1.35
76692529--76692562	10	3.4	10	87	0	50	41	0	8	50	1.34
76692694--76692743	26	1.9	26	84	15	68	40	22	10	28	1.86
76695423--76695768	39	8.9	39	88	0	494	28	28	23	20	1.99
76698025--76698069	20	2.3	19	84	3	54	64	8	0	26	1.23
76698701--76698752	12	4.2	12	72	13	52	53	1	1	42	1.23
76698703--76698755	20	2.8	19	81	18	67	54	1	1	41	1.22
76702151--76702375	79	2.8	80	83	10	264	25	22	27	24	2.00
76702151--76702375	40	5.7	40	87	5	280	25	22	27	24	2.00
76702151--76702375	119	1.9	120	83	8	298	25	22	27	24	2.00
76702158--76702408	79	3.2	78	80	10	251	27	21	26	24	1.99
76710252--76710421	39	4.3	40	93	3	283	24	21	28	25	1.99
76710252--76710454	79	2.6	79	86	8	281	26	21	27	24	1.99
76710252--76710454	39	5.2	40	89	4	254	26	21	27	24	1.99
76713523--76713623	27	3.8	27	85	6	100	32	20	24	21	1.98
76713544--76713626	27	3.1	27	91	0	130	33	24	22	19	1.97
76716393--76716570	40	4.5	40	88	2	243	25	28	23	23	2.00
76724672--76724855	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76724672--76724856	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
76727470--76727647	40	4.5	40	89	2	252	24	28	24	23	2.00
76735625--76735712	27	3.2	27	83	1	104	37	22	20	19	1.94
76754983--76755031	17	2.9	17	78	0	53	20	20	22	36	1.95
76765445--76765547	54	1.9	54	84	4	136	37	21	9	31	1.86
76765445--76765548	27	3.9	27	80	7	113	37	21	9	31	1.86
76766932--76767019	33	2.7	33	90	0	140	19	22	25	32	1.97
76767208--76767279	27	2.7	27	70	8	65	37	16	23	22	1.94
76767435--76767552	27	4.4	27	80	6	123	24	13	21	40	1.89
76767425--76767553	54	2.4	53	88	2	177	25	13	21	39	1.90
76767425--76767566	27	5.3	27	76	8	112	26	12	21	38	1.90
76767436--76767579	54	2.7	54	84	4	148	27	13	19	40	1.88
76772747--76772838	40	2.3	40	88	0	130	29	23	18	28	1.98
76777045--76777205	40	4.1	40	89	2	236	29	26	21	22	1.99
76777177--76777231	26	2.1	26	100	0	110	36	25	20	18	1.94
76785242--76785501	40	6.6	40	94	2	438	28	26	22	23	1.99
76785242--76785501	79	3.3	80	93	3	438	28	26	22	23	1.99
76787339--76787392	25	2.1	25	86	3	72	27	22	20	29	1.98
76788271--76788451	27	6.8	26	77	5	159	32	9	19	38	1.84
76788329--76788451	53	2.3	53	83	5	149	31	8	19	40	1.81
76788272--76788484	54	4.0	54	76	7	175	31	11	19	37	1.87
76788293--76788443	80	1.9	81	86	6	218	33	9	18	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76788293--76788491	80	2.5	80	79	9	210	32	11	19	36	1.88
76788483--76788574	27	3.4	27	85	5	132	40	7	23	28	1.82
76788473--76788601	54	2.4	54	81	3	154	36	9	23	31	1.86
76796306--76796399	27	3.5	27	89	0	134	34	14	14	36	1.88
76796391--76796479	27	3.3	27	87	3	126	42	20	17	19	1.89
76796306--76796413	54	2.0	54	83	0	135	35	17	12	34	1.88
76796391--76796507	54	2.2	54	78	6	121	41	20	17	19	1.90
76796546--76796590	23	2.0	23	87	12	67	24	13	22	40	1.90
76814983--76815071	26	3.5	26	79	1	99	25	24	23	25	2.00
76821882--76822053	67	2.7	63	77	6	191	29	18	29	23	1.97
76829159--76829254	50	1.9	49	91	2	156	25	12	31	31	1.92
76831307--76831443	40	3.4	40	83	2	159	29	26	18	24	1.98
76831310--76831490	80	2.3	80	81	9	201	28	27	20	23	1.99
76836231--76836454	40	5.6	40	81	6	247	23	20	28	27	1.99
76836235--76836454	79	2.7	81	82	8	252	22	21	29	26	1.99
76844608--76844831	40	5.6	40	84	4	281	23	22	28	25	1.99
76848102--76848232	40	3.3	39	83	4	172	29	27	19	23	1.98
76848105--76848285	80	2.3	80	83	9	219	28	27	20	23	1.99
76857656--76857696	18	2.2	19	83	12	50	12	29	41	17	1.85
76862023--76862170	50	3.0	50	83	3	183	24	16	29	29	1.97
76864782--76864806	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
76881519--76881582	26	2.6	25	81	16	64	56	0	35	7	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76896568--76896698	46	2.9	44	85	6	156	23	29	17	29	1.97
76896623--76896693	23	3.1	23	64	28	60	21	30	19	28	1.97
76896720--76896912	95	2.0	96	94	1	343	35	22	7	34	1.82
76903009--76903048	21	2.0	20	85	14	55	25	25	37	12	1.91
76904654--76904693	21	2.0	20	85	14	55	12	37	25	25	1.91
76905424--76905546	46	2.6	48	80	3	142	26	28	16	29	1.97
76912701--76912828	40	3.2	40	93	2	206	20	22	27	29	1.98
76919119--76919163	21	2.2	21	84	4	56	44	4	24	26	1.72
76920700--76920867	40	4.2	40	90	4	252	22	22	25	30	1.99
76933158--76933248	30	3.0	30	93	0	146	14	30	29	25	1.95
76933178--76933231	17	3.4	17	65	19	53	11	29	33	25	1.91
76933463--76933530	27	2.5	27	95	0	118	50	14	5	29	1.67
76934984--76935054	17	3.8	17	74	22	54	77	5	4	12	1.09
76934990--76935045	18	2.8	21	73	13	64	76	7	3	12	1.11
76934983--76935036	28	1.9	28	82	14	67	79	3	3	12	1.00
76946478--76946600	28	4.4	28	90	2	176	32	27	13	26	1.93
76954473--76954593	28	4.3	28	90	2	172	33	27	12	27	1.92
76961716--76961825	43	2.6	42	82	5	132	28	24	17	30	1.97
76966436--76966585	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
76966416--76966585	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
76974768--76974917	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
76974749--76974917	41	4.2	40	74	18	152	22	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76977795--76977906	54	2.0	56	88	6	167	26	19	9	43	1.82
76980051--76980129	41	1.9	41	92	0	131	35	22	11	30	1.90
76985227--76985409	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
76985206--76985409	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
76993391--76993522	40	3.3	40	87	3	160	25	27	22	25	2.00
76993419--76993575	40	4.0	40	81	9	169	24	28	22	24	2.00
76993419--76993575	79	2.0	80	83	6	203	24	28	22	24	2.00
76995398--76995475	27	2.8	27	82	7	86	25	11	35	26	1.90
76996708--76996745	18	2.2	18	85	4	51	44	10	18	26	1.82
76998694--76998723	14	2.2	13	94	5	51	33	6	0	60	1.23
77010278--77010550	27	10.1	27	86	1	368	30	23	5	40	1.78
77012310--77012556	40	6.2	40	90	1	327	29	28	19	22	1.98
77014742--77014834	19	4.6	19	68	21	64	18	17	16	48	1.82
77014711--77014778	25	2.7	25	80	8	84	19	16	14	50	1.79
77014744--77014815	37	1.9	37	88	0	108	16	18	18	47	1.83
77014776--77014837	25	2.5	25	89	0	88	19	17	16	46	1.84
77014712--77014900	62	3.1	62	85	0	236	19	15	14	49	1.79
77014789--77014969	86	2.1	87	86	1	247	20	15	13	50	1.78
77014877--77014925	25	2.0	25	87	0	71	22	18	10	48	1.77
77014922--77014988	25	2.7	25	90	0	107	17	11	14	55	1.69
77014711--77015018	148	2.1	149	90	1	483	19	15	14	50	1.78
77014857--77015022	62	2.7	62	83	0	172	19	14	13	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77023916--77024041	39	3.2	39	89	0	189	27	26	19	26	1.99
77023874--77024041	78	2.2	78	81	2	185	29	25	18	26	1.98
77026591--77026626	16	2.2	16	95	0	63	30	19	16	33	1.94
77029939--77029985	23	2.0	23	100	0	94	34	8	21	36	1.84
77032791--77032830	20	2.0	21	90	5	64	17	17	22	42	1.89
77043357--77043532	50	3.5	49	82	3	172	30	26	18	25	1.98
77043357--77043540	101	1.8	99	87	2	269	29	27	18	25	1.98
77049193--77049304	58	1.9	58	98	0	215	16	25	12	46	1.81
77063752--77063819	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
77063922--77064000	29	2.7	29	82	2	104	30	30	13	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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