genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43054832--43054894	32	1.9	33	84	9	85	61	9	3	25	1.41
43063591--43063757	46	3.6	45	77	11	176	27	19	29	23	1.98
43063594--43063949	49	7.5	49	72	10	181	25	19	29	24	1.99
43063688--43063949	142	1.8	145	82	8	340	24	20	29	25	1.99
43067450--43067515	29	2.3	29	91	0	105	30	18	21	30	1.97
43070504--43070561	20	2.8	21	87	10	84	48	3	12	36	1.57
43075278--43075311	18	1.9	18	88	5	52	20	44	23	11	1.84
43075277--43075318	18	2.3	18	76	8	50	23	42	21	11	1.86
43094445--43094470	12	2.2	12	100	0	52	15	34	34	15	1.89
43095851--43095903	26	2.0	27	85	7	74	24	16	22	35	1.95
43097376--43097459	26	3.2	26	93	0	141	36	23	4	34	1.76
43101633--43101685	26	2.0	26	82	7	63	22	15	22	39	1.91
43103162--43103245	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
43104462--43104543	23	3.6	23	81	0	83	19	18	17	45	1.86
43104827--43104974	57	2.6	57	90	2	235	31	13	14	40	1.85
43107297--43107337	4	10.5	4	94	5	75	48	0	0	51	1.00
43107569--43107620	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
43107711--43107754	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
43112570--43112669	51	2.0	51	100	0	200	31	12	13	44	1.79
43114389--43114431	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
43114382--43114431	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
43117092--43117149	29	2.0	30	82	3	73	20	17	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43120113--43120173	29	2.1	29	84	0	77	32	13	18	36	1.89
43120223--43120296	28	2.6	28	80	2	76	27	13	20	39	1.90
43120257--43120325	29	2.4	28	82	4	75	27	18	17	36	1.94
43131369--43131434	25	2.7	25	81	6	82	24	15	22	37	1.92
43133095--43135232	712	3.0	711	88	1	3143	32	22	14	30	1.94
43149083--43149111	15	1.9	15	100	0	58	27	0	17	55	1.42
43159389--43159417	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
43167090--43167123	15	2.3	15	100	0	68	35	23	23	17	1.95
43170058--43170231	35	4.9	35	78	2	141	40	17	10	30	1.84
43170045--43170178	70	1.9	71	81	1	162	41	17	10	30	1.83
43170174--43170245	37	1.9	37	94	0	126	40	19	11	29	1.86
43177075--43177151	35	2.2	35	90	0	118	48	18	9	24	1.77
43180949--43180999	22	2.3	22	86	0	66	9	13	47	29	1.75
43180958--43181000	22	2.0	22	95	0	77	11	11	51	25	1.72
43183308--43183364	29	2.0	29	96	0	105	28	22	12	36	1.90
43186455--43186607	46	3.3	45	77	13	177	28	28	20	22	1.99
43186483--43186626	46	3.1	44	75	15	132	29	29	20	21	1.98
43189474--43189756	50	5.6	52	75	9	196	33	26	16	23	1.96
43189528--43189709	101	1.8	101	86	4	269	30	25	18	25	1.98
43193333--43193669	171	2.0	171	95	0	611	36	19	9	35	1.84
43194084--43194204	46	2.7	43	83	11	145	25	28	18	27	1.98
43196465--43196511	15	3.2	14	82	8	58	55	12	17	14	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43199062--43199141	36	2.2	36	95	0	142	36	26	11	26	1.90
43199097--43199319	50	4.4	51	78	4	209	30	24	17	27	1.97
43201473--43201579	42	2.5	42	75	3	108	26	14	28	29	1.95
43208943--43209010	30	2.3	30	80	7	77	44	2	19	33	1.66
43211513--43211662	43	3.5	43	78	8	155	35	22	14	28	1.93
43218923--43219008	43	2.0	43	100	0	172	39	11	11	37	1.78
43219352--43219386	18	1.9	18	100	0	70	11	40	22	25	1.88
43233948--43234101	55	2.8	54	83	5	186	27	16	27	27	1.97
43233949--43234104	82	1.9	81	84	3	206	27	16	27	28	1.97
43233949--43234104	27	5.7	27	79	6	154	27	16	27	28	1.97
43233948--43234125	27	6.6	27	78	5	144	26	16	28	28	1.97
43233941--43234125	82	2.3	81	77	2	201	27	16	27	29	1.97
43239822--43239966	56	2.5	58	78	10	154	35	20	14	30	1.92
43243643--43243700	23	2.5	22	75	8	53	48	13	3	34	1.60
43247626--43247735	54	2.0	54	98	0	211	31	13	9	45	1.75
43251202--43251264	27	2.3	27	86	5	83	1	4	30	63	1.24
43251330--43251363	11	3.1	11	91	0	59	52	2	0	44	1.16
43251330--43251372	22	1.9	22	85	4	59	51	4	2	41	1.35
43252660--43252704	15	3.2	15	69	18	51	46	6	15	31	1.72
43255508--43255734	49	4.6	49	81	3	283	29	26	17	25	1.97
43255508--43255735	100	2.3	99	85	2	287	29	26	17	25	1.97
43257394--43257421	14	2.0	14	100	0	56	35	21	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43262279--43262448	60	2.9	57	82	8	191	24	15	12	47	1.80
43262859--43263004	61	2.4	61	86	4	190	46	13	18	21	1.83
43264613--43264651	18	2.2	18	100	0	78	46	5	23	25	1.73
43270738--43270884	42	3.5	42	80	3	152	31	15	23	29	1.95
43274778--43274959	40	4.6	40	94	2	305	27	26	22	23	1.99
43279992--43280213	40	5.7	38	86	6	259	24	22	27	25	2.00
43290274--43290492	39	5.6	39	82	7	216	25	27	21	25	1.99
43290274--43290441	80	2.2	77	84	5	214	26	27	20	25	1.99
43295122--43295343	40	5.6	40	91	1	349	27	26	22	22	1.99
43309495--43309535	17	2.4	17	100	0	82	31	12	12	43	1.79
43327166--43327292	64	2.0	64	95	0	227	29	18	15	36	1.92
43327405--43327821	177	2.4	176	86	3	579	28	19	21	29	1.98
43333792--43333826	16	2.1	17	89	5	54	5	11	5	77	1.12
43333792--43333835	16	2.7	15	82	10	52	9	11	4	75	1.19
43345648--43345744	41	2.4	41	96	0	176	23	23	26	25	2.00
43350770--43350796	4	6.8	4	100	0	54	48	25	0	25	1.52
43352616--43352644	6	5.0	6	91	8	51	31	17	17	34	1.93
43359546--43359588	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
43360317--43360474	43	3.7	43	79	12	155	31	24	18	25	1.97
43360317--43360474	86	1.8	85	81	6	194	31	24	18	25	1.97
43370463--43370507	23	1.9	24	86	4	65	24	2	48	24	1.62
43373978--43374069	42	2.2	42	80	3	105	28	17	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43376660--43376720	5	11.6	5	75	20	54	77	1	3	18	0.99
43376660--43376702	6	7.5	6	79	10	54	79	2	2	16	0.95
43376667--43376720	16	3.5	15	80	14	65	75	1	3	18	1.03
43376661--43376716	22	2.6	21	83	8	69	76	1	3	17	1.01
43381880--43381913	12	2.8	12	95	4	59	11	26	38	23	1.89
43390650--43390693	14	2.9	15	87	12	56	72	0	2	25	0.96
43394645--43394701	6	9.8	6	82	3	64	77	3	0	19	0.92
43395465--43395504	20	2.0	20	95	0	71	32	40	17	10	1.83
43396459--43396654	48	4.0	48	85	4	268	27	25	19	27	1.99
43399468--43399513	24	1.9	24	90	0	74	41	19	19	19	1.91
43402445--43402505	32	2.0	31	83	6	79	47	8	3	40	1.49
43403331--43403368	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
43408028--43408073	23	2.0	23	95	0	83	26	26	2	45	1.65
43409337--43409474	42	3.2	43	79	7	138	34	23	15	26	1.95
43411711--43411869	43	3.7	43	77	13	166	30	14	21	33	1.93
43419155--43419198	5	8.8	5	100	0	88	18	0	0	81	0.68
43421499--43421540	16	2.6	16	74	11	50	61	2	0	35	1.09
43423428--43423485	25	2.3	25	90	3	89	72	6	3	17	1.21
43424844--43424891	22	2.2	22	85	7	62	45	8	0	45	1.33
43425019--43425059	21	2.0	21	85	4	57	12	7	9	70	1.33
43425054--43425088	17	1.9	18	88	11	54	34	0	0	65	0.93
43426749--43426789	16	2.6	16	92	0	73	48	4	14	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43428346--43428548	102	2.0	102	100	0	406	25	21	19	33	1.97
43432120--43432187	35	1.9	35	100	0	136	27	4	26	41	1.75
43432441--43432479	16	2.4	17	86	4	53	74	2	2	20	1.06
43434169--43434228	30	2.0	30	90	0	93	23	1	15	60	1.44
43434681--43434748	32	2.1	32	94	0	118	39	8	19	32	1.82
43440976--43441004	7	4.1	7	100	0	58	58	13	0	27	1.36
43450177--43450293	46	2.5	46	84	6	148	27	17	30	24	1.97
43450222--43450325	47	2.2	45	80	14	106	29	15	26	27	1.96
43452323--43452398	40	1.9	40	83	0	98	17	9	31	42	1.80
43461011--43461051	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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