genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24413307--24413444	44	3.1	44	87	3	177	33	15	23	26	1.95
24413568--24413804	44	5.4	44	87	1	278	27	13	29	29	1.94
24415222--24415274	19	2.6	21	82	14	67	28	5	1	64	1.27
24415184--24415247	24	2.5	25	85	7	76	32	3	1	62	1.20
24415228--24415318	32	2.9	32	78	14	91	32	4	1	61	1.23
24415270--24415303	18	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
24415290--24415315	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
24415261--24415334	28	2.7	28	80	15	93	29	1	0	68	0.97
24415259--24415343	27	2.9	28	73	13	82	31	1	0	67	0.99
24416890--24416986	47	2.1	47	100	0	194	27	16	25	29	1.97
24425155--24425377	40	5.6	40	92	0	358	29	28	20	21	1.98
24443670--24443698	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
24446875--24447009	55	2.5	55	80	4	148	21	25	28	23	1.99
24451157--24451235	31	2.5	31	97	0	149	26	25	18	29	1.98
24451263--24451350	42	2.1	42	89	0	131	35	19	14	30	1.92
24451495--24451565	25	2.8	25	89	2	106	29	23	21	25	1.99
24452372--24452450	27	2.9	27	94	3	133	20	26	22	30	1.98
24452558--24452793	27	8.8	27	79	6	237	29	8	21	41	1.81
24452533--24452807	54	5.1	53	79	6	239	29	8	21	40	1.82
24452531--24452793	81	3.3	81	86	3	334	29	8	20	41	1.82
24452642--24452861	27	8.2	27	84	3	147	32	7	21	38	1.81
24452759--24452915	54	2.9	54	86	1	181	40	7	19	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24452784--24452915	27	4.9	27	86	3	167	42	7	19	30	1.79
24465795--24465948	46	3.3	46	79	4	168	23	18	21	36	1.95
24465920--24465971	23	2.3	23	96	3	97	26	21	19	32	1.97
24466310--24466379	34	2.1	34	100	0	140	31	17	17	34	1.93
24466325--24466382	17	3.4	17	68	17	57	32	18	15	32	1.93
24468463--24468500	20	1.9	20	88	0	58	28	10	13	47	1.76
24470561--24470744	50	3.7	50	82	1	226	29	27	17	26	1.97
24470561--24470744	101	1.8	99	88	2	278	29	27	17	26	1.97
24471390--24471450	30	2.0	30	84	6	79	31	24	8	36	1.85
24476444--24476551	29	3.8	28	75	15	89	25	34	14	25	1.94
24476532--24476588	29	2.0	29	92	0	96	26	33	15	24	1.95
24476440--24476580	58	2.4	56	76	16	144	26	34	14	24	1.94
24478897--24479002	43	2.5	42	86	6	149	33	26	15	24	1.95
24478908--24479002	43	2.2	43	94	0	163	35	25	15	23	1.94
24484540--24484761	48	4.6	47	79	10	200	29	30	15	24	1.96
24484586--24484767	48	3.8	48	83	4	251	29	30	15	24	1.96
24496798--24496860	26	2.4	26	86	7	83	36	28	11	23	1.89
24496964--24497078	27	4.3	27	77	10	101	20	21	20	37	1.95
24509397--24509429	17	2.0	17	88	5	50	27	6	12	54	1.60
24510131--24510562	82	5.3	82	85	3	484	31	12	11	44	1.78
24526356--24526406	23	2.3	22	86	13	77	29	0	3	66	1.09
24529325--24529414	20	4.8	18	70	20	60	65	7	0	26	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24529349--24529441	30	3.2	30	64	11	77	61	12	0	25	1.32
24529325--24529445	56	2.2	56	93	1	208	63	11	0	24	1.27
24529646--24529708	23	2.7	23	76	11	67	39	3	6	50	1.44
24529646--24529691	11	4.1	11	88	5	65	36	2	6	54	1.39
24531506--24531569	20	3.3	20	66	16	62	26	4	9	59	1.48
24531499--24531576	38	2.1	38	100	0	156	26	5	10	57	1.52
24543080--24543118	20	1.9	21	89	5	62	41	0	23	35	1.55
24543341--24543373	16	1.9	18	88	11	52	18	3	30	48	1.63
24545290--24545500	41	5.2	40	76	8	158	32	19	20	27	1.97
24548205--24548274	21	3.3	21	82	7	88	41	32	2	22	1.69
24548201--24548283	14	5.9	14	72	10	53	40	32	2	24	1.68
24548328--24548377	22	2.2	23	82	3	57	46	26	0	28	1.53
24549403--24549453	19	2.6	20	84	3	68	25	37	0	37	1.56
24552381--24552558	9	19.9	9	77	9	141	45	21	1	31	1.62
24558137--24558318	40	4.6	40	92	2	278	27	26	22	23	1.99
24560873--24560915	14	3.1	14	90	3	70	34	2	11	51	1.51
24561275--24561413	66	2.1	67	82	9	169	45	20	23	11	1.83
24561711--24561845	43	3.2	43	75	16	129	27	17	21	34	1.95
24563431--24563478	18	2.6	19	83	12	64	27	20	0	52	1.47
24569032--24569248	40	5.5	40	86	3	271	25	23	26	24	2.00
24598799--24598832	10	3.4	10	91	0	50	26	29	29	14	1.95
24604610--24604756	43	3.4	43	75	5	145	29	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637281--24637326	11	4.3	11	78	13	51	19	2	0	78	0.86
24689647--24689704	30	1.9	30	86	6	82	12	31	36	20	1.89
24707704--24707838	28	4.8	29	79	10	138	24	34	15	25	1.95
24707704--24707850	57	2.6	56	81	11	158	25	32	14	27	1.94
24713071--24713302	49	4.7	49	82	4	261	29	26	18	25	1.98
24713071--24713300	100	2.3	101	84	3	270	29	26	18	26	1.98
24715771--24715810	15	2.7	15	84	0	53	55	7	17	20	1.66
24718619--24718842	49	4.5	48	78	6	232	30	25	17	25	1.97
24718619--24718840	101	2.2	99	82	4	250	30	25	17	26	1.97
24719961--24720176	115	1.9	116	91	0	353	39	18	11	30	1.87
24720935--24721458	44	11.6	44	71	14	259	28	20	18	33	1.96
24721176--24721599	182	2.3	183	84	3	511	29	20	17	32	1.96
24720830--24721417	138	4.3	138	77	5	537	29	20	17	32	1.95
24725781--24725913	27	5.0	27	87	6	182	34	22	24	18	1.96
24725773--24725913	54	2.6	54	92	2	230	34	23	23	18	1.96
24726017--24726092	26	2.8	27	88	4	100	30	10	22	36	1.88
24727466--24727573	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
24731027--24731073	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
24735223--24735263	20	2.0	20	100	0	82	29	29	9	31	1.89
24741153--24741280	47	2.7	47	90	0	193	31	31	15	21	1.95
24744780--24744849	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
24744780--24744877	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24747296--24747364	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
24757046--24757226	49	3.8	48	73	12	160	26	22	24	26	2.00
24757052--24757221	93	1.8	93	91	2	279	25	22	24	26	2.00
24760603--24760764	44	3.6	44	74	11	166	30	30	14	25	1.95
24760602--24760816	91	2.4	91	95	0	385	29	30	15	24	1.96
24760602--24760949	91	3.8	94	86	6	351	26	31	17	24	1.97
24760558--24760949	47	8.4	46	71	10	251	26	30	17	25	1.97
24767505--24767630	43	2.9	43	88	2	173	34	27	13	23	1.93
24778334--24778373	5	8.2	5	88	5	64	2	15	0	82	0.77
24780832--24780904	26	2.8	25	89	6	85	10	19	50	19	1.76
24780847--24780904	26	2.2	26	100	0	116	10	18	51	18	1.74
24803180--24803238	30	1.9	31	86	3	84	42	5	23	28	1.75
24815555--24815696	53	2.6	53	80	6	160	35	19	23	20	1.95
24820102--24820261	39	4.1	39	95	0	266	20	24	31	24	1.98
24826864--24827070	53	3.8	53	76	3	198	36	16	24	21	1.94
24827480--24827509	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
24836931--24836974	5	8.4	5	80	9	52	59	9	0	31	1.29
24836931--24836969	11	3.6	11	93	3	62	58	10	0	30	1.31
24838691--24838820	49	2.7	49	81	4	156	30	20	27	22	1.98
24860095--24860292	38	5.2	38	90	0	308	18	22	27	31	1.97
24860286--24860413	46	2.9	45	82	7	140	25	23	26	24	2.00
24862475--24862540	30	2.2	31	91	2	107	12	18	0	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24863697--24863990	150	2.0	147	84	2	381	28	10	6	53	1.61
24864389--24864457	33	2.1	33	83	0	84	33	5	5	55	1.48
24866886--24866938	25	2.1	25	100	0	106	28	22	7	41	1.81
24875401--24875445	24	1.9	24	90	4	74	24	0	22	53	1.46
24876647--24876686	18	2.3	17	86	4	53	52	10	0	37	1.35
24876678--24876710	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
24876822--24876853	4	8.2	4	93	6	57	50	0	0	50	1.00
24883078--24883145	29	2.3	30	75	7	68	29	25	1	44	1.63
24883577--24883929	176	2.0	176	97	0	670	41	18	9	30	1.81
24889708--24889879	43	4.0	43	76	7	145	25	16	25	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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