genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64171491--64171831	50	6.8	49	80	9	287	25	18	31	24	1.97
64171568--64171681	57	2.0	57	94	0	201	26	18	31	23	1.97
64171517--64171825	107	3.0	105	79	10	350	25	18	31	24	1.98
64171625--64171831	48	4.2	48	82	7	238	23	17	32	25	1.97
64181796--64181825	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
64185634--64185891	79	3.2	80	90	4	373	24	22	28	25	1.99
64185634--64185893	119	2.2	120	84	5	341	24	21	28	25	1.99
64185634--64185893	40	6.6	39	81	8	294	24	21	28	25	1.99
64185634--64185926	79	3.7	79	87	5	353	25	21	27	25	1.99
64193917--64194097	79	2.3	78	85	7	260	24	21	28	24	1.99
64193922--64194099	40	4.6	40	83	5	215	24	21	29	24	1.99
64193922--64194132	79	2.7	79	84	6	245	25	20	28	24	1.99
64197899--64197927	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
64199255--64199440	91	2.0	91	92	0	309	21	8	13	56	1.63
64199468--64199523	23	2.4	23	82	5	69	39	17	14	28	1.89
64199585--64199638	4	13.5	4	96	0	99	48	24	1	25	1.61
64200432--64200466	16	2.1	17	89	5	54	37	0	5	57	1.23
64200432--64200472	15	2.6	17	82	17	54	41	0	4	53	1.22
64205511--64205551	12	3.5	12	83	6	57	53	14	14	17	1.73
64206193--64206238	16	2.9	16	81	12	51	60	2	0	36	1.09
64206193--64206225	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
64221999--64222024	9	2.9	9	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64233355--64233397	15	2.6	17	89	10	72	37	16	4	41	1.69
64234077--64234124	19	2.6	19	80	3	53	37	4	10	47	1.57
64234133--64234230	43	2.3	43	89	3	144	31	6	13	48	1.66
64238800--64238847	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
64238857--64238954	43	2.3	43	85	5	137	33	6	10	50	1.61
64250814--64250863	18	2.7	18	76	14	57	58	4	0	38	1.17
64256563--64256599	14	2.7	14	91	4	58	67	0	0	32	0.91
64258911--64258969	30	2.0	30	100	0	118	25	16	27	30	1.97
64259304--64259377	35	2.1	35	85	5	96	29	21	18	29	1.97
64259315--64259392	35	2.2	35	88	0	111	32	23	19	25	1.98
64261251--64261371	46	2.6	46	85	7	147	26	14	32	26	1.95
64261299--64261421	46	2.6	45	83	10	133	27	17	29	26	1.97
64263978--64264110	54	2.5	54	94	0	239	32	27	17	22	1.96
64268217--64268268	25	2.1	25	85	7	70	15	28	19	36	1.92
64268341--64268409	26	2.7	26	75	4	68	18	23	18	39	1.93
64269344--64269485	47	3.0	47	93	1	232	28	11	13	45	1.79
64270288--64270492	45	4.6	44	87	7	283	22	20	29	26	1.99
64270287--64270548	88	3.0	87	85	8	322	24	19	29	26	1.99
64271034--64271066	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
64274575--64274651	23	3.4	23	78	8	86	35	19	20	24	1.96
64274568--64274638	22	3.2	22	80	7	72	35	18	22	23	1.96
64284190--64284231	22	2.0	21	81	13	50	38	2	4	54	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64284096--64284470	187	2.0	187	97	0	705	38	4	7	49	1.51
64284447--64284480	17	1.9	18	88	5	52	50	0	5	44	1.26
64287925--64288068	46	3.1	44	68	21	98	29	27	20	22	1.98
64289484--64289567	41	2.0	41	100	0	168	38	17	16	27	1.92
64294434--64294482	23	2.1	23	84	3	62	40	10	0	48	1.37
64300910--64301074	42	3.9	41	76	10	145	30	24	15	30	1.95
64304627--64304713	45	1.9	45	90	0	138	37	19	14	27	1.91
64310471--64310502	3	10.7	3	100	0	64	31	34	0	34	1.58
64313077--64313148	37	1.9	37	89	10	112	48	23	9	18	1.77
64323124--64323230	46	2.3	46	95	0	187	28	18	23	28	1.98
64323058--64323244	46	3.9	46	80	8	176	27	18	26	28	1.98
64323507--64323576	19	3.7	19	92	0	113	27	22	14	35	1.93
64330632--64330656	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
64330674--64330703	13	2.3	13	94	0	51	63	13	3	20	1.43
64332088--64332315	49	4.6	49	80	5	233	26	17	25	30	1.97
64332127--64332314	99	1.9	100	84	4	254	25	18	25	31	1.97
64335674--64335849	46	3.8	46	76	12	189	21	20	28	28	1.98
64335671--64335842	93	1.8	93	93	0	299	22	20	29	27	1.99
64345780--64346001	40	5.6	40	82	3	243	26	22	27	23	1.99
64353209--64353425	40	5.5	40	84	5	255	24	23	28	23	1.99
64360614--64360830	40	5.5	40	84	6	246	25	23	28	23	1.99
64367388--64367424	19	1.9	19	100	0	74	37	16	18	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64367791--64367913	22	5.3	22	64	27	67	30	13	30	25	1.93
64367766--64367998	47	5.0	47	92	0	358	31	11	30	26	1.92
64367887--64367962	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
64368161--64368251	37	2.5	37	92	0	146	21	20	32	24	1.98
64368161--64368269	37	2.9	37	88	0	119	23	18	31	26	1.97
64372363--64372387	6	4.2	6	100	0	50	64	16	20	0	1.30
64372743--64372831	32	2.8	32	92	0	142	29	19	19	32	1.96
64373343--64373419	27	2.8	27	84	13	88	31	14	18	36	1.90
64373385--64373511	53	2.4	54	85	6	161	30	9	20	39	1.84
64373358--64373547	54	3.5	53	81	9	192	30	9	21	38	1.85
64373412--64373542	27	4.9	26	85	6	174	29	6	21	41	1.79
64373357--64373544	27	7.0	27	78	11	145	31	9	20	38	1.84
64376988--64377028	14	3.1	14	86	10	59	43	0	9	46	1.36
64377395--64377515	57	2.1	57	83	6	147	33	15	19	31	1.93
64378189--64378235	23	2.0	23	95	0	85	19	8	8	63	1.48
64380012--64380748	47	15.6	47	93	2	1172	29	29	8	32	1.87
64380012--64380748	143	5.2	141	94	1	1181	29	29	8	32	1.87
64392478--64392534	29	2.0	29	96	0	105	36	7	22	33	1.81
64395407--64395482	34	2.2	34	95	0	134	39	10	10	39	1.74
64399383--64399691	27	11.4	27	71	12	125	42	20	8	29	1.80
64399399--64399688	54	5.4	53	76	9	201	43	20	7	28	1.79
64399399--64399688	81	3.6	79	78	6	231	43	20	7	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64399534--64399687	82	1.9	81	86	4	211	45	18	7	29	1.75
64399953--64400075	41	3.0	41	85	0	174	21	24	30	24	1.99
64400501--64400553	22	2.4	22	93	0	88	9	20	28	41	1.83
64404241--64404512	47	5.7	47	97	1	472	30	8	30	30	1.88
64414661--64414806	40	3.7	40	79	7	154	25	21	26	27	1.99
64419985--64420042	28	2.0	28	87	9	82	22	18	41	17	1.90
64422595--64422640	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
64422607--64422649	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
64425384--64425455	34	2.1	35	84	7	94	23	25	8	43	1.81
64426561--64426680	60	2.0	61	85	6	163	26	26	20	26	1.99
64426561--64426709	60	2.5	59	81	9	160	26	26	20	27	1.99
64438140--64438171	16	2.0	16	100	0	64	25	37	12	25	1.91
64451381--64451432	24	2.1	25	92	7	88	61	11	15	11	1.57
64460386--64460436	16	3.2	16	77	0	57	41	5	0	52	1.25
64465199--64465243	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
64467689--64467724	7	5.1	7	96	0	63	13	2	13	69	1.30
64475191--64475325	60	2.2	60	80	2	173	31	14	19	35	1.91
64475191--64475325	30	4.5	30	81	0	153	31	14	19	35	1.91
64476244--64476406	42	3.7	42	81	8	175	28	25	14	31	1.94
64476314--64476450	49	2.9	48	85	6	163	29	25	13	31	1.93
64476425--64476547	47	2.6	47	98	0	237	35	25	13	25	1.93
64476566--64476714	31	4.8	31	88	0	217	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64476690--64476818	50	2.5	51	91	2	206	24	23	17	34	1.96
64488574--64488643	19	3.7	19	86	7	99	30	10	11	48	1.72
64493215--64493266	19	2.7	19	93	0	95	26	9	13	50	1.72
64493253--64493286	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
64502440--64502468	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
64511014--64511073	25	2.4	25	85	0	75	30	16	23	30	1.96
64511131--64511286	13	12.0	13	67	13	70	41	2	19	35	1.66
64516329--64516559	99	2.4	92	82	7	268	27	30	17	24	1.97
64516280--64516551	46	5.8	46	76	10	207	26	30	17	25	1.97
64522957--64523070	46	2.4	46	85	8	140	25	28	17	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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