genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21480145--21480202	30	2.0	28	87	9	82	29	15	8	46	1.75
21480575--21480639	33	2.0	33	90	0	103	10	20	7	61	1.53
21487133--21487172	20	2.0	20	100	0	80	25	5	10	60	1.49
21493227--21493288	31	2.0	31	93	0	106	19	22	25	32	1.97
21493363--21493396	16	2.1	16	88	0	50	47	0	5	47	1.26
21495165--21495209	17	2.6	17	92	0	63	33	15	22	28	1.95
21496303--21496342	21	1.9	21	100	0	80	27	10	25	37	1.88
21498872--21498912	20	2.0	21	85	4	57	51	2	0	46	1.14
21500624--21500900	24	11.3	26	68	16	119	61	4	5	28	1.37
21500710--21500925	98	2.3	94	83	6	249	61	4	4	29	1.36
21500708--21500948	50	5.2	44	71	18	157	62	4	4	28	1.35
21500992--21501027	17	2.1	18	89	5	56	66	0	5	27	1.13
21502073--21502107	14	2.4	15	90	4	54	11	0	28	60	1.32
21502652--21502867	44	4.7	43	67	15	135	26	22	22	29	1.99
21502467--21503294	143	5.9	141	80	6	831	27	21	20	29	1.98
21505366--21505821	47	9.6	47	94	2	777	29	29	8	33	1.86
21505366--21505821	96	4.8	96	96	1	821	29	29	8	33	1.86
21505366--21505821	143	3.2	141	94	3	786	29	29	8	33	1.86
21509265--21509572	40	7.7	40	92	0	483	25	28	22	24	1.99
21509620--21509739	38	3.1	39	85	5	165	25	25	17	32	1.97
21512165--21512667	47	10.6	47	93	1	817	28	29	8	33	1.86
21515817--21515920	53	2.0	53	96	0	190	54	6	16	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517448--21517554	46	2.3	46	74	6	117	39	16	23	20	1.92
21517939--21518213	144	1.9	143	81	4	329	32	18	20	28	1.97
21519751--21519907	24	6.4	24	72	19	110	29	5	3	60	1.38
21519716--21519835	43	2.9	39	71	14	98	29	4	2	64	1.25
21519781--21520038	25	10.3	25	72	12	124	27	6	4	62	1.38
21534616--21534672	28	2.0	28	100	0	114	36	7	17	38	1.77
21535576--21535619	23	1.9	23	86	9	63	36	6	18	38	1.77
21538246--21538413	51	3.3	51	80	3	187	39	19	9	31	1.84
21549491--21549516	12	2.2	12	100	0	52	26	26	7	38	1.83
21550044--21550265	49	4.7	48	76	4	157	24	28	20	25	1.99
21550094--21550224	49	2.7	49	84	2	174	22	27	21	29	1.99
21551957--21552015	21	2.8	21	79	5	66	42	30	13	13	1.83
21560557--21560675	45	2.7	45	80	5	127	27	20	2	49	1.61
21562155--21562197	5	8.4	5	79	5	50	69	0	25	4	1.07
21562755--21562968	24	9.0	24	71	10	127	16	25	21	36	1.94
21568237--21568264	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
21568235--21568304	36	1.9	36	82	5	88	37	1	5	55	1.32
21568392--21568437	16	2.9	16	83	6	58	39	0	0	60	0.97
21569253--21569285	3	11.0	3	87	12	50	30	0	3	66	1.06
21576381--21576462	26	3.2	26	66	19	73	24	13	30	31	1.93
21576318--21576654	50	6.8	50	80	9	341	24	17	28	29	1.97
21576323--21576662	150	2.3	149	96	0	635	24	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576323--21576685	101	3.6	98	76	10	313	24	17	28	28	1.98
21580870--21580909	21	2.0	21	90	5	64	22	25	37	15	1.93
21582046--21582175	49	2.6	49	82	3	145	22	29	20	27	1.99
21586826--21586945	42	2.8	43	78	6	120	27	18	23	30	1.97
21586842--21586952	43	2.6	42	76	1	123	27	18	23	29	1.98
21589338--21589369	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
21595521--21595570	27	1.9	27	84	8	68	40	0	0	60	0.97
21598577--21598602	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21599129--21599185	27	2.2	26	81	9	62	57	0	1	40	1.09
21600544--21600609	30	2.1	31	81	15	75	43	6	10	39	1.64
21602631--21602710	21	3.8	21	84	0	88	30	20	30	20	1.97
21602894--21602928	17	2.2	17	90	10	56	8	31	40	20	1.82
21602881--21602930	15	3.3	15	74	20	50	10	32	40	18	1.83
21615432--21615498	13	5.2	13	80	7	64	32	19	4	43	1.71
21615432--21615485	26	2.1	26	89	6	83	35	20	3	40	1.70
21616176--21616200	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
21616919--21617230	47	6.7	46	71	9	193	27	20	28	23	1.99
21616916--21617082	46	3.6	46	75	9	158	26	18	29	25	1.98
21620188--21620368	40	4.6	40	84	6	226	25	27	22	24	2.00
21620188--21620368	79	2.3	81	83	7	228	25	27	22	24	2.00
21753973--21754128	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
21753978--21754129	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21761061--21761098	18	2.1	18	100	0	76	55	0	0	44	0.99
21761065--21761105	18	2.2	18	91	4	64	51	2	2	43	1.28
21762212--21762241	15	2.0	15	93	0	51	50	6	3	40	1.45
21765982--21766020	18	2.2	18	90	0	60	17	5	46	30	1.70
21774072--21774206	50	2.7	50	85	0	189	23	14	22	39	1.91
21777835--21777882	23	2.1	23	96	0	87	41	8	18	31	1.80
21781924--21781991	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
21782207--21782261	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
21782227--21782261	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21782347--21782381	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21782205--21782488	120	2.4	120	89	2	437	48	5	1	44	1.35
21784399--21784435	19	1.9	19	94	0	65	32	16	18	32	1.93
21785464--21785493	15	2.0	15	93	0	51	50	20	23	6	1.71
21789413--21789575	89	1.8	89	95	0	299	36	17	12	33	1.87
21790371--21790647	123	2.3	122	83	6	339	35	11	22	30	1.89
21790543--21790819	141	2.0	141	87	4	398	37	10	20	31	1.87
21790563--21790865	141	2.1	141	83	5	373	36	11	20	31	1.88
21790681--21791041	198	1.8	198	82	5	460	36	10	21	32	1.87
21796231--21796462	48	5.0	47	74	14	185	28	25	19	26	1.99
21805099--21805294	40	4.9	39	83	7	250	36	27	17	18	1.93
21805099--21805296	80	2.5	80	88	1	290	36	27	17	18	1.93
21809245--21809282	20	1.9	20	84	10	51	42	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21813582--21813615	6	5.5	6	86	6	50	79	2	0	17	0.86
21820365--21820629	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
21820957--21821021	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
21820964--21821021	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
21827883--21827932	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
21827850--21828113	104	2.6	102	90	3	404	29	29	20	19	1.97
21828441--21828505	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
21828448--21828505	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
21829332--21829358	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
21837357--21837505	42	3.5	42	81	0	163	28	14	26	30	1.95
21843080--21843129	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
21843047--21843310	104	2.6	102	90	3	404	29	29	20	19	1.97
21843638--21843702	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
21843645--21843702	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
21850530--21850794	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
21851122--21851186	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
21851129--21851186	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
21852015--21852041	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
21860044--21860192	42	3.5	42	81	0	163	28	14	26	30	1.95
21865029--21865098	31	2.2	31	92	2	113	27	18	21	32	1.97
21867838--21867986	42	3.5	42	82	0	172	28	15	27	28	1.96
21879002--21879037	16	2.2	16	100	0	72	36	13	38	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21880376--21880414	20	2.0	20	85	9	55	2	25	17	53	1.56
21882989--21883160	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
21882981--21883156	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
21885539--21885622	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
21885535--21885613	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
21885546--21885622	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
21888518--21888691	46	3.8	45	80	10	201	29	29	19	21	1.97
21888526--21888695	91	1.8	92	92	2	288	28	30	20	21	1.98
21901444--21901474	15	2.1	15	93	0	53	54	9	0	35	1.33
21901683--21901759	38	2.0	38	92	0	127	28	25	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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