genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18472501--18472655	43	3.7	43	76	10	158	29	25	18	27	1.98
18476097--18476130	14	2.4	14	100	0	68	14	0	38	47	1.45
18482069--18482093	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
18483286--18483335	25	2.0	25	96	0	91	46	24	6	24	1.75
18483788--18483945	43	3.7	42	82	9	180	31	22	18	27	1.97
18487244--18487289	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
18505965--18506084	27	4.5	26	85	6	150	42	17	18	21	1.89
18505964--18506084	54	2.2	54	86	2	172	42	17	18	22	1.89
18505965--18506113	81	1.8	81	84	5	203	40	17	18	23	1.91
18505966--18506117	27	5.6	27	81	10	127	38	17	19	24	1.92
18506104--18506178	27	2.8	28	91	6	127	22	13	25	38	1.90
18512864--18513000	49	2.8	49	86	3	186	29	25	18	27	1.98
18517720--18517986	94	2.8	94	76	10	271	24	29	18	27	1.98
18522968--18523004	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
18530916--18530994	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
18531113--18531649	47	11.4	47	94	1	905	29	29	8	32	1.87
18531113--18531645	190	2.8	190	95	0	928	29	29	8	32	1.87
18532843--18532921	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
18532903--18533005	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
18534871--18534949	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
18535068--18535553	47	10.4	47	94	1	816	29	29	8	32	1.87
18541089--18541161	38	1.9	38	100	0	146	38	17	23	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18545861--18545900	18	2.2	18	100	0	80	25	27	32	15	1.95
18554228--18554254	13	2.1	13	100	0	54	37	25	0	37	1.57
18560925--18560994	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
18560925--18561022	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
18561469--18561494	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
18568886--18568955	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
18568886--18568983	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
18569430--18569455	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
18575065--18575179	40	2.9	39	76	7	106	36	17	19	26	1.94
18578357--18578390	16	2.1	16	88	0	50	52	2	0	44	1.16
18584414--18584516	38	2.8	36	81	7	91	33	15	20	31	1.94
18584432--18584516	38	2.2	38	89	0	125	31	15	21	31	1.94
18588733--18588788	30	1.9	29	89	7	87	35	26	23	14	1.93
18594435--18594484	25	2.0	25	100	0	100	56	24	4	16	1.57
18594859--18594913	27	2.0	27	86	6	76	25	29	0	45	1.54
18594870--18594926	20	3.0	18	82	10	69	22	31	0	45	1.53
18595513--18595579	35	1.9	34	81	6	80	35	7	2	53	1.44
18599659--18599732	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18608000--18608073	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
18610187--18610300	40	2.8	40	78	6	104	22	16	27	33	1.96
18617612--18617717	38	2.8	38	76	15	110	39	16	12	32	1.85
18618382--18618429	21	2.3	21	85	7	62	43	6	20	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18618642--18618674	16	2.0	17	88	5	50	72	0	21	6	1.05
18623759--18623820	30	2.1	30	100	0	124	38	20	9	30	1.85
18626187--18626229	20	2.1	21	87	12	63	60	6	0	32	1.23
18631766--18631802	19	1.9	19	100	0	74	29	32	10	27	1.90
18644030--18644208	96	1.9	96	86	2	261	23	30	20	26	1.98
18644030--18644217	48	3.9	48	82	5	209	24	30	19	26	1.98
18655794--18655848	26	2.1	26	86	0	74	41	12	16	29	1.85
18658284--18658462	87	2.0	88	95	1	324	38	11	24	26	1.88
18660709--18660996	27	10.7	27	85	1	371	39	20	7	31	1.81
18660709--18661057	27	12.9	27	79	6	332	38	20	8	32	1.83
18661095--18661308	27	7.9	27	83	3	243	35	18	21	24	1.95
18661087--18661282	82	2.4	82	86	0	277	37	17	19	25	1.94
18661097--18661294	109	1.8	109	90	2	317	36	19	20	24	1.95
18661087--18661311	54	4.1	54	83	3	283	36	17	20	25	1.94
18661556--18661607	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
18661537--18661676	69	2.1	67	84	2	181	20	27	21	30	1.98
18661822--18662001	6	29.3	6	73	14	145	17	18	15	48	1.81
18661829--18661932	25	4.4	25	77	20	107	17	20	15	47	1.83
18661852--18661980	37	3.3	37	88	6	168	17	17	15	49	1.80
18661829--18661980	43	3.6	42	81	12	179	17	19	15	48	1.81
18665426--18665469	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
18671205--18671291	38	2.2	40	81	4	106	33	32	19	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18671507--18671560	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
18671497--18671595	30	3.3	30	95	0	180	26	50	6	17	1.69
18672141--18672209	23	2.8	24	78	10	77	34	5	2	56	1.38
18672151--18672212	27	2.4	27	78	13	76	35	4	1	58	1.29
18672224--18672265	22	1.9	22	85	0	57	28	4	7	59	1.44
18672168--18672279	29	4.0	27	72	19	72	30	7	4	58	1.45
18672260--18672311	25	2.1	25	82	10	63	30	9	1	57	1.42
18672352--18672407	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
18675656--18675972	47	6.7	47	91	3	487	32	9	30	28	1.88
18675824--18675897	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
18675656--18675972	92	3.4	93	91	3	476	32	9	30	28	1.88
18675658--18675972	139	2.2	141	90	3	492	32	9	30	27	1.88
18676091--18676243	37	4.1	37	94	0	261	22	18	32	26	1.97
18688891--18688935	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
18688819--18689195	100	3.9	98	79	13	419	25	16	18	39	1.91
18689121--18689704	73	7.9	73	86	4	773	30	16	20	32	1.95
18689101--18689710	147	4.1	147	88	2	793	30	16	19	33	1.94
18689121--18689710	222	2.7	220	92	2	936	30	16	20	32	1.95
18689780--18689812	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
18689616--18690207	89	6.7	89	80	8	504	28	16	18	36	1.93
18689724--18690154	177	2.4	180	80	7	492	28	17	17	36	1.93
18690834--18690962	30	4.3	30	93	0	213	25	48	6	19	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18690874--18690927	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
18691476--18691553	23	3.3	25	77	10	74	35	7	5	51	1.53
18691498--18691560	25	2.6	25	82	5	76	34	7	3	53	1.46
18691433--18691560	23	5.5	23	68	16	59	35	5	3	55	1.39
18691577--18691643	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
18691588--18691659	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
18691510--18691682	78	2.2	76	79	9	179	31	6	4	58	1.42
18691706--18691761	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
18692594--18692744	39	3.9	39	93	0	257	27	27	24	19	1.99
18695552--18695633	42	2.0	42	97	0	155	25	9	23	41	1.85
18695559--18695649	42	2.2	42	84	4	112	31	9	19	38	1.85
18708930--18709151	40	5.7	40	84	7	251	25	27	22	24	2.00
18708930--18709149	78	2.8	78	83	8	252	25	27	21	25	1.99
18710277--18710396	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
18716884--18717108	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
18716886--18717108	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
18718237--18718356	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
18720000--18720170	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
18719995--18720167	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
18727513--18727683	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
18727508--18727680	46	3.7	46	74	10	163	30	27	19	22	1.98
18744200--18744246	22	2.1	22	88	0	67	10	31	31	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18744203--18744252	22	2.2	22	82	7	55	12	36	30	22	1.90
18747366--18747407	18	2.3	18	84	8	50	64	0	4	30	1.14
18747934--18747958	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
18747991--18748026	17	2.1	18	89	5	56	36	8	5	50	1.56
18759113--18759147	17	2.1	17	88	0	52	57	17	17	8	1.64
18772044--18772094	22	2.3	22	96	0	75	49	19	11	19	1.79
18781559--18781676	43	2.8	43	85	3	159	27	25	18	27	1.98
18783272--18783360	40	2.2	40	89	0	142	17	22	24	34	1.96
18784561--18784609	21	2.3	21	92	0	89	28	24	22	24	1.99
18787916--18787952	17	2.2	17	100	0	74	24	32	18	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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