genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98660668--98660709	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
98675358--98675422	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
98675528--98675590	28	2.2	29	86	8	85	23	22	22	31	1.98
98675538--98675601	28	2.2	28	83	2	74	26	25	17	31	1.97
98677286--98677367	34	2.4	34	87	0	110	37	31	10	19	1.87
98678982--98679026	20	2.2	21	77	18	51	31	6	0	62	1.21
98682800--98682828	12	2.5	12	94	5	51	37	0	20	41	1.53
98690050--98690079	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
98691215--98691284	25	2.8	25	84	0	95	32	20	22	24	1.97
98697421--98697480	6	9.3	6	84	12	57	73	6	0	20	1.05
98698568--98698660	44	2.1	44	100	0	186	33	31	15	20	1.93
98699762--98699840	38	2.1	38	97	0	149	40	20	13	25	1.89
98700578--98700630	17	3.0	17	91	5	79	39	13	13	33	1.83
98700570--98700642	19	3.9	19	87	7	114	38	13	15	32	1.86
98700927--98700964	18	2.1	19	90	5	60	34	0	0	65	0.93
98705400--98705655	55	4.8	53	78	9	231	35	17	25	21	1.95
98705411--98705608	108	1.8	110	87	4	303	34	16	25	23	1.95
98707585--98707614	12	2.5	12	100	0	60	30	20	0	50	1.49
98707376--98707865	245	2.0	245	100	0	980	31	15	9	43	1.79
98707830--98707859	12	2.5	12	100	0	60	30	20	0	50	1.49
98712606--98712900	78	3.8	78	89	1	457	31	18	24	25	1.98
98712975--98713092	45	2.6	45	87	1	175	28	12	32	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98712929--98713092	44	3.8	44	82	7	196	29	13	30	26	1.94
98713458--98713513	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
98713456--98713534	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
98713456--98713527	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
98713456--98713550	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
98713818--98713854	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
98724892--98724960	34	2.0	35	83	8	88	33	8	5	52	1.56
98725663--98725723	21	3.0	20	80	15	63	67	1	1	29	1.10
98725699--98725733	16	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
98726423--98726470	23	2.1	23	88	0	69	12	10	12	64	1.50
98727196--98727238	23	2.0	22	81	9	52	18	4	32	44	1.71
98732962--98733186	92	2.4	93	83	5	267	39	20	8	31	1.83
98733221--98733269	19	2.6	19	78	12	57	63	0	2	34	1.06
98733256--98733290	16	2.2	16	89	0	52	74	0	0	25	0.82
98733210--98733341	10	13.4	10	68	13	53	63	1	3	31	1.19
98733239--98733342	30	3.5	30	79	17	126	63	1	1	32	1.16
98733553--98733648	45	2.1	45	84	9	122	31	6	3	59	1.38
98733616--98733721	56	1.9	55	82	5	133	28	3	2	65	1.24
98733753--98733795	22	2.0	22	82	8	54	30	2	4	62	1.28
98733802--98734011	90	2.4	90	82	8	252	35	9	18	36	1.83
98742167--98742210	22	1.9	24	86	9	65	43	4	13	38	1.65
98744654--98744718	30	2.2	31	88	5	98	41	15	1	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98754757--98754866	26	4.2	26	94	0	157	36	5	22	35	1.78
98756351--98756403	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
98761690--98761725	15	2.3	16	85	9	56	38	0	0	61	0.96
98762873--98762906	16	2.1	16	89	10	52	55	0	5	38	1.24
98765500--98766783	1	1284.0	1	75	0	984	86	3	3	7	0.78
98765501--98766791	437	3.0	421	79	13	1207	86	3	3	7	0.78
98772850--98772938	44	2.0	45	88	4	135	33	12	25	28	1.92
98772855--98772957	44	2.3	44	83	8	127	34	12	22	30	1.91
98774202--98774233	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
98774221--98774262	17	2.4	18	84	15	61	57	9	0	33	1.31
98775941--98776048	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
98783316--98783422	43	2.4	44	85	6	135	29	23	13	33	1.92
98819776--98819813	16	2.5	15	87	8	51	73	7	2	15	1.17
98825744--98825928	42	4.5	42	85	6	182	34	23	19	22	1.96
98825764--98825928	42	4.0	42	85	3	201	33	24	19	21	1.97
98825764--98825928	83	2.0	83	84	4	217	33	24	19	21	1.97
98832787--98832833	24	2.0	24	91	0	67	38	14	21	25	1.92
98840424--98840481	24	2.5	24	86	5	84	34	13	22	29	1.93
98840425--98840504	22	3.5	22	82	5	79	30	13	23	32	1.93
98840424--98840540	46	2.5	46	79	6	112	32	13	23	29	1.93
98840498--98840561	23	2.8	23	78	4	67	32	15	25	26	1.95
98840474--98840561	46	1.9	46	83	4	115	30	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98843021--98843111	11	8.4	11	72	10	71	59	3	1	36	1.21
98843050--98843095	23	2.0	24	91	4	76	63	2	0	34	1.07
98843042--98843111	31	2.3	31	85	5	88	60	1	1	37	1.15
98843037--98843111	25	2.7	29	75	25	74	61	1	1	36	1.13
98843050--98843115	23	3.0	22	84	10	73	60	1	1	36	1.15
98843038--98843115	31	2.5	31	79	12	86	61	1	1	35	1.12
98843274--98843310	11	3.5	11	78	14	51	67	2	0	29	1.04
98843253--98843360	56	1.9	56	83	5	139	63	3	4	27	1.31
98844882--98845431	78	7.1	78	90	1	834	24	24	18	32	1.97
98845157--98845284	37	3.4	37	65	16	98	21	22	20	35	1.96
98857459--98857554	11	8.8	11	74	10	72	59	3	1	36	1.20
98857488--98857533	23	2.0	24	91	4	76	63	2	0	34	1.07
98857480--98857549	31	2.3	31	85	5	88	60	1	1	37	1.15
98857475--98857553	29	2.9	28	76	21	71	60	1	1	36	1.13
98857488--98857554	23	2.9	22	82	13	73	59	1	1	37	1.16
98857576--98857628	17	3.3	17	76	12	58	60	0	5	33	1.20
98859173--98859423	51	5.0	51	83	2	292	24	19	25	31	1.98
98859173--98859417	101	2.4	100	82	2	285	25	18	24	31	1.98
98867468--98867654	39	4.8	39	89	1	286	24	26	27	21	2.00
98878487--98878578	39	2.4	39	92	0	148	18	23	31	26	1.97
98883253--98883280	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
98889014--98889096	28	3.0	28	87	8	118	39	10	14	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98889021--98889101	26	3.0	27	87	8	112	37	11	16	35	1.84
98889485--98889537	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
98891103--98891346	124	2.0	124	86	0	344	38	22	15	23	1.92
98892277--98892303	13	2.1	13	100	0	54	48	22	7	22	1.75
98893497--98893689	25	8.0	24	88	7	257	27	22	20	28	1.99
98893747--98893803	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
98893735--98893805	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
98893740--98893794	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
98893842--98893889	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
98895047--98895124	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
98895143--98895353	27	7.7	27	73	9	151	34	8	17	40	1.80
98895142--98895367	54	4.1	55	74	5	190	34	8	18	38	1.82
98895142--98895394	81	3.1	80	75	8	224	35	9	17	37	1.82
98895346--98895549	27	7.6	27	85	0	246	41	8	20	28	1.82
98895346--98895549	81	2.5	81	85	3	277	41	8	20	28	1.82
98895346--98895549	54	3.8	54	86	1	284	41	8	20	28	1.82
98895535--98895651	27	4.3	27	81	4	112	31	11	17	38	1.87
98895535--98895651	54	2.2	53	81	6	128	31	11	17	38	1.87
98909108--98909154	17	2.6	18	76	13	51	23	4	27	44	1.72
98909826--98909865	19	2.1	19	86	9	55	52	10	5	32	1.56
98910281--98910415	68	2.0	69	83	1	173	40	3	6	49	1.47
98923574--98923718	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98926186--98926343	48	3.3	48	76	5	124	22	27	21	28	1.99
98926319--98926375	30	1.9	30	88	0	87	24	26	17	31	1.97
98931439--98931571	49	2.7	49	82	4	162	25	30	18	25	1.98
98945684--98945746	21	3.0	21	76	2	74	33	28	25	12	1.92
98945972--98946055	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
98945958--98946055	28	3.7	27	85	9	123	46	32	4	16	1.65
98955827--98956008	101	1.8	100	83	3	240	40	8	18	32	1.80
98957802--98957909	45	2.5	46	77	15	106	57	7	8	26	1.55
98960362--98960387	6	4.3	6	100	0	52	34	30	0	34	1.58
98960591--98960638	21	2.2	23	85	7	64	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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