genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93018605--93018629	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
93018866--93018894	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
93036353--93036382	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
93038043--93038207	43	3.9	43	80	4	165	26	20	29	24	1.99
93038043--93038206	86	1.9	85	81	8	199	25	20	29	25	1.99
93040998--93041918	460	2.0	461	93	0	1594	29	21	17	32	1.96
93042826--93043049	40	5.7	40	86	6	296	25	27	21	24	1.99
93042826--93043049	79	2.8	79	86	4	274	25	27	21	24	1.99
93044178--93044352	56	3.1	56	97	0	334	22	23	9	44	1.82
93056687--93056733	21	2.3	20	89	10	69	17	25	29	27	1.97
93071828--93071885	30	1.9	30	92	0	98	31	17	13	37	1.89
93075740--93075924	68	2.8	63	80	11	196	30	16	28	24	1.97
93083773--93083812	20	2.0	21	85	5	55	37	20	0	42	1.52
93085139--93085291	43	3.5	44	83	3	195	28	16	23	32	1.96
93085136--93085294	86	1.8	86	86	2	230	28	15	23	31	1.96
93087923--93087963	21	2.0	21	90	4	66	53	0	0	46	1.00
93091496--93091618	41	2.9	42	78	6	133	25	15	26	32	1.95
93099721--93099756	18	1.9	19	88	5	56	58	8	5	27	1.50
93099922--93099947	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
93119760--93119851	27	3.4	27	74	5	71	40	20	5	33	1.76
93119854--93119960	27	4.0	27	85	2	153	33	19	22	24	1.97
93119855--93119957	53	1.9	54	90	2	163	33	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93120409--93120457	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
93120788--93120865	6	12.7	6	70	20	54	17	19	15	47	1.83
93120788--93120844	25	2.3	25	93	0	96	17	21	15	45	1.85
93120878--93120942	34	2.0	32	85	8	87	23	18	26	32	1.97
93122677--93122707	14	2.2	14	94	0	53	0	22	6	70	1.09
93126195--93126233	16	2.6	16	92	8	64	46	0	15	38	1.46
93126318--93126458	63	2.3	61	85	8	178	41	2	3	53	1.30
93126363--93126430	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
93126661--93126697	16	2.3	16	90	0	56	29	29	8	32	1.86
93144291--93144315	10	2.5	10	100	0	50	52	0	0	48	1.00
93144336--93144406	30	2.3	31	80	9	81	43	1	2	52	1.24
93144505--93144552	9	5.4	9	90	9	73	77	0	0	22	0.78
93152738--93152838	29	3.5	28	86	7	132	29	27	14	27	1.96
93155011--93155055	22	2.0	22	100	0	90	35	15	8	40	1.79
93160159--93160215	26	2.2	26	83	3	69	31	19	14	35	1.91
93162555--93162598	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
93164564--93164813	51	4.9	51	90	0	383	29	24	12	33	1.92
93164839--93164927	28	3.3	28	76	17	107	26	24	13	34	1.93
93166100--93166134	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
93166496--93166537	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
93166501--93166638	31	4.4	30	68	21	79	63	2	2	31	1.21
93166490--93166561	26	2.7	26	82	6	74	66	4	1	27	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93166501--93166647	62	2.4	62	76	12	140	62	2	2	31	1.23
93168128--93168770	90	7.1	90	90	1	966	26	27	15	30	1.96
93168580--93168877	135	2.2	135	84	4	352	27	28	14	29	1.95
93168458--93169084	315	2.0	314	90	0	977	27	26	14	30	1.95
93168548--93168995	225	2.0	225	92	0	743	27	27	14	31	1.95
93168760--93169306	90	6.1	90	87	1	740	27	26	14	31	1.95
93168760--93169281	269	1.9	270	89	1	814	27	26	14	31	1.95
93181417--93181458	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
93181422--93181548	31	4.1	30	68	20	75	62	3	3	30	1.26
93181411--93181482	26	2.7	26	82	6	74	66	4	1	27	1.18
93186254--93186422	46	3.7	47	79	8	179	28	21	28	21	1.98
93190739--93190909	46	3.7	46	81	10	181	28	21	28	21	1.98
93191808--93191837	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
93192239--93192272	18	2.0	17	88	11	52	47	2	11	38	1.55
93211824--93212097	40	6.9	40	92	0	433	27	29	21	22	1.99
93216780--93216812	17	1.9	17	93	0	57	36	15	15	33	1.88
93219055--93219163	37	2.9	37	91	0	173	26	29	19	24	1.98
93219372--93219754	47	8.1	47	92	2	613	25	31	12	30	1.92
93219372--93219754	192	2.0	188	93	2	658	25	31	12	30	1.92
93219372--93219732	145	2.5	145	93	1	604	25	30	12	31	1.93
93221937--93222115	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
93223561--93223669	57	1.9	58	90	1	175	28	27	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93223568--93223666	29	3.5	28	71	9	83	30	25	20	24	1.99
93223868--93224311	40	11.1	40	90	2	687	25	29	21	23	1.99
93223868--93224311	199	2.2	200	91	0	719	25	29	21	23	1.99
93224950--93225128	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.85
93234989--93235089	30	3.2	30	64	26	73	23	16	17	41	1.90
93234972--93235102	65	2.0	65	95	0	235	25	15	17	41	1.88
93239028--93239128	30	3.2	30	65	26	82	22	16	17	42	1.89
93239011--93239141	65	2.0	65	100	0	262	24	15	18	41	1.88
93252600--93252640	21	2.0	21	90	0	64	14	21	19	43	1.87
93252606--93252651	21	2.2	21	84	0	56	15	15	21	47	1.81
93265808--93265984	49	3.6	49	86	3	255	25	17	25	31	1.97
93265807--93265995	100	1.9	100	94	0	333	26	17	25	30	1.98
93272899--93273015	50	2.3	50	79	2	128	37	20	8	33	1.83
93272977--93273156	35	5.1	35	78	2	173	42	19	10	28	1.83
93282541--93282671	65	2.0	65	96	0	244	29	4	19	46	1.70
93284579--93284607	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
93289520--93289657	27	5.1	27	88	0	195	28	24	7	39	1.83
93289520--93289688	81	2.1	81	87	4	243	28	23	8	39	1.84
93289532--93289688	27	5.8	27	84	3	190	29	23	7	39	1.82
93289532--93289688	54	2.9	54	86	1	217	29	23	7	39	1.82
93289720--93289870	27	5.6	27	83	6	182	41	21	7	28	1.81
93289687--93289842	54	2.9	54	81	5	156	40	19	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93289720--93289869	81	1.9	81	87	5	223	42	21	8	28	1.81
93289882--93289933	27	1.9	28	88	7	81	42	13	9	34	1.77
93290861--93290930	25	2.8	24	89	4	95	25	28	21	24	1.99
93290861--93290943	25	3.4	24	85	8	87	28	25	21	24	1.99
93291078--93291211	42	3.2	42	94	5	236	31	14	20	34	1.92
93291235--93291380	31	4.7	31	91	0	240	29	15	25	29	1.96
93293382--93293475	46	2.0	46	100	0	188	37	6	20	36	1.78
93294905--93294938	9	3.7	9	88	4	50	29	0	17	52	1.45
93295517--93295609	42	2.2	42	84	0	114	18	19	27	34	1.95
93298227--93298635	47	8.6	47	91	2	647	28	29	8	33	1.86
93298227--93298635	96	4.3	96	94	1	718	28	29	8	33	1.86
93298227--93298635	143	2.9	141	91	2	665	28	29	8	33	1.86
93301380--93301434	20	2.7	21	72	11	51	21	25	27	25	2.00
93301827--93301868	18	2.4	18	88	4	59	23	26	4	45	1.73
93305858--93305923	32	2.1	32	85	5	89	43	0	1	54	1.09
93308685--93308743	6	9.5	6	74	7	55	77	0	5	16	0.93
93308678--93308754	13	6.2	13	82	10	83	76	0	6	16	0.98
93308856--93308914	3	20.0	3	72	10	50	66	1	5	27	1.22
93308942--93308979	18	2.1	18	90	5	58	73	2	0	23	0.95
93310077--93310419	45	7.6	45	70	8	194	30	20	16	32	1.95
93310217--93310417	44	4.5	43	75	9	145	30	21	18	29	1.97
93310356--93310550	94	2.1	94	87	0	273	33	23	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93314117--93314239	39	3.1	39	83	5	115	31	30	20	17	1.95
93314144--93314239	39	2.5	39	89	3	149	31	30	20	17	1.96
93316226--93316266	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
93320273--93320512	39	6.1	38	92	2	309	28	30	22	17	1.97
93320300--93320512	39	5.5	39	96	0	381	28	30	23	18	1.97
93322498--93322538	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
93324275--93324309	13	2.6	13	90	4	52	37	28	0	34	1.58
93325993--93326034	20	2.0	20	90	4	66	19	21	45	14	1.85
93329537--93329566	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
93329847--93329879	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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