genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.333.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111236499--111236545	23	2.0	25	88	12	73	42	0	25	31	1.55
111236666--111236759	38	2.4	39	78	7	102	22	19	28	29	1.98
111238086--111238161	25	3.2	25	87	7	106	17	50	10	22	1.76
111238583--111238673	3	30.3	3	71	20	59	28	3	1	67	1.14
111238593--111238673	12	6.8	12	75	12	78	29	3	1	65	1.17
111250926--111251095	87	2.0	87	89	2	261	35	21	22	20	1.96
111250930--111251095	44	3.8	44	78	8	153	36	21	22	19	1.95
111251567--111251642	25	3.2	25	90	7	115	18	50	10	21	1.76
111252065--111252152	3	29.3	3	70	21	53	28	3	1	67	1.14
111252075--111252154	12	6.6	12	75	12	74	30	3	1	65	1.18
111252378--111252419	16	2.6	17	81	11	52	33	0	7	59	1.25
111252485--111252529	23	2.0	23	82	8	56	35	4	6	53	1.47
111254080--111254155	38	2.0	38	100	0	152	34	15	7	42	1.76
111260147--111260212	26	2.6	25	83	11	80	33	3	0	63	1.10
111263347--111263378	17	1.9	17	93	6	57	37	15	9	37	1.80
111273097--111273491	45	8.9	45	83	3	444	22	15	28	33	1.95
111274693--111274719	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
111274939--111274974	14	2.5	14	95	4	63	58	0	0	41	0.98
111275028--111275084	30	1.9	29	86	10	80	40	1	10	47	1.48
111275153--111275212	28	2.2	27	80	11	68	43	5	0	51	1.23
111284130--111284198	21	3.3	21	74	8	70	21	13	14	50	1.76
111284130--111284192	20	3.1	20	75	6	65	19	12	15	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111284130--111284213	41	2.0	41	81	4	98	21	10	13	54	1.68
111285249--111285286	20	1.9	20	84	10	51	28	18	10	42	1.83
111287357--111287385	11	2.7	11	94	5	51	55	6	0	37	1.27
111288004--111288066	18	3.4	19	71	20	53	68	0	7	23	1.16
111288080--111288241	86	1.9	86	98	1	317	61	1	8	29	1.32
111288274--111288304	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
111288080--111288241	85	1.9	83	96	3	243	61	1	8	29	1.32
111289243--111289362	11	10.5	11	69	16	59	9	45	35	10	1.71
111289281--111289346	31	2.1	31	100	0	132	9	45	36	9	1.68
111289398--111289443	4	12.0	4	78	17	53	19	0	0	80	0.71
111289399--111289444	22	2.1	21	92	4	74	17	0	0	82	0.67
111289401--111289443	9	4.9	9	86	13	63	18	0	0	81	0.69
111292732--111292771	19	2.0	20	85	4	55	40	2	7	50	1.44
111294895--111294969	14	5.4	14	65	19	50	60	8	2	29	1.39
111295340--111295380	13	3.2	13	80	13	57	82	4	12	0	0.81
111295672--111295712	17	2.3	18	91	8	66	4	0	46	48	1.23
111295670--111295714	19	2.4	19	84	0	72	4	0	51	44	1.21
111296372--111296931	88	6.7	83	70	16	324	35	19	16	28	1.94
111296527--111296588	30	2.1	30	93	0	106	43	29	8	19	1.79
111296684--111296718	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
111296697--111296952	79	3.3	77	82	5	300	34	17	17	29	1.94
111296854--111297041	92	2.1	90	84	6	236	35	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111297097--111297131	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
111297032--111297205	89	2.0	89	87	4	253	33	19	20	26	1.96
111297121--111297643	77	6.7	74	76	12	392	30	23	17	28	1.97
111297263--111297297	14	2.5	14	90	0	52	57	0	20	22	1.41
111296794--111297581	166	4.8	166	90	4	1135	31	21	18	28	1.97
111297196--111297375	93	2.0	90	88	5	265	32	18	18	30	1.95
111297288--111297660	77	4.9	75	85	4	473	31	23	16	28	1.96
111297288--111297643	151	2.3	152	94	1	615	30	24	16	27	1.97
111310096--111310158	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
111310553--111310586	18	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
111310713--111310753	20	2.0	20	90	0	64	53	0	2	43	1.13
111315581--111315706	63	2.0	64	95	1	227	46	10	5	37	1.61
111319624--111319680	19	2.9	20	84	10	73	63	1	0	35	1.05
111319621--111319680	20	3.0	21	83	11	72	61	3	0	35	1.12
111320432--111320555	62	2.0	62	100	0	248	41	4	11	41	1.62
111332436--111332736	46	6.7	46	87	6	413	38	15	24	21	1.92
111332398--111332696	46	7.0	40	81	17	304	36	15	24	22	1.93
111332388--111332692	84	3.5	84	92	4	477	36	15	24	22	1.94
111332997--111333043	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
111337379--111337610	35	6.6	35	85	2	304	31	12	25	31	1.92
111337379--111337610	105	2.2	105	89	3	360	31	12	25	31	1.92
111337706--111337777	31	2.3	31	92	0	117	25	18	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111337706--111337797	31	3.0	31	87	3	96	26	18	28	27	1.98
111339019--111339089	20	3.5	21	67	21	60	33	23	30	11	1.90
111339052--111339131	20	4.1	20	72	18	78	37	21	31	10	1.86
111339029--111339118	38	2.3	39	86	7	121	34	23	32	10	1.88
111339172--111339211	20	2.0	20	85	0	53	32	17	37	12	1.87
111339055--111339253	59	3.4	59	81	2	213	37	19	30	13	1.89
111356042--111356824	391	2.0	397	86	4	1104	37	17	16	29	1.91
111360161--111360263	31	3.2	33	70	16	97	31	13	5	49	1.66
111364757--111364825	27	2.5	28	88	6	106	60	4	2	31	1.31
111365196--111365225	12	2.6	11	90	10	51	0	0	10	90	0.47
111365660--111365685	9	2.9	9	100	0	52	57	0	11	30	1.34
111366343--111366403	23	2.6	24	87	12	83	62	3	4	29	1.32
111366573--111366621	17	3.0	17	77	17	59	57	10	0	32	1.32
111366578--111366621	15	2.7	17	82	10	65	56	11	0	31	1.35
111366642--111366688	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
111367910--111368012	34	3.1	34	70	20	101	50	4	13	31	1.62
111367903--111368037	64	2.1	65	88	1	200	46	5	14	33	1.68
111367903--111368002	31	3.1	30	72	17	85	49	4	14	33	1.61
111379628--111379668	18	2.3	19	80	16	52	68	7	0	24	1.15
111379750--111379807	30	1.9	30	92	0	98	56	10	3	29	1.49
111388023--111388103	40	2.0	40	97	0	153	24	8	32	34	1.86
111390326--111390551	107	2.1	106	85	3	301	32	11	13	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111397698--111397779	42	2.0	41	95	2	146	24	8	32	34	1.86
111420018--111420444	17	24.8	17	69	17	145	44	11	13	29	1.80
111420017--111420447	18	25.0	18	69	16	209	44	11	13	29	1.80
111420511--111420544	9	4.0	9	85	14	54	11	0	0	88	0.52
111420514--111420544	16	1.9	16	100	0	62	9	0	0	90	0.46
111420538--111420574	19	1.9	20	94	5	67	32	10	13	43	1.79
111420573--111420620	15	3.0	16	80	19	64	41	12	14	31	1.83
111421940--111422041	30	3.4	30	83	2	125	43	3	23	29	1.72
111425098--111425160	31	2.0	32	84	6	83	31	0	3	65	1.09
111425098--111425160	33	2.0	31	84	6	81	31	0	3	65	1.09
111428385--111428418	17	2.0	17	88	0	50	70	0	8	20	1.13
111431854--111431879	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
111437330--111437376	24	1.9	25	86	4	69	70	4	10	14	1.31
111439228--111439278	25	2.0	25	96	0	93	33	23	7	35	1.84
111447431--111447489	29	2.0	29	100	0	118	52	10	10	27	1.67
111460881--111460932	25	2.1	24	85	3	68	61	0	0	38	0.96
111460902--111460943	19	2.2	19	91	8	68	59	0	0	40	0.97
111464581--111464607	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
111465160--111465209	24	2.0	25	85	11	68	40	0	14	46	1.44
111465464--111465512	24	2.0	25	84	7	66	38	2	0	59	1.09
111468559--111468593	18	1.9	18	100	0	70	11	28	0	60	1.32
111471561--111471754	61	3.2	61	71	11	191	43	2	5	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111471519--111471785	120	2.2	120	93	0	453	43	1	4	49	1.34
111471729--111471763	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
111471904--111472012	44	2.6	40	74	17	112	33	27	6	32	1.82
111471998--111472050	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
111472368--111472433	20	3.5	20	80	14	68	59	0	1	39	1.07
111472344--111472455	9	11.9	9	69	14	66	59	0	3	36	1.15
111473677--111473727	24	2.1	24	82	7	59	31	1	7	58	1.37
111474192--111474373	91	2.0	91	100	0	364	21	16	15	46	1.84
111481647--111481750	51	2.0	51	100	0	208	35	23	14	26	1.93
111483935--111485407	366	4.0	366	90	2	2270	29	26	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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