genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82237181--82237319	39	3.6	39	84	1	172	13	25	21	38	1.90
82242104--82242163	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
82247394--82247434	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
82253798--82253856	30	2.0	29	83	9	75	28	16	20	33	1.95
82258688--82258748	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
82262477--82262553	28	2.8	28	86	7	111	32	29	12	24	1.93
82264777--82264892	39	3.0	39	96	0	205	27	30	20	21	1.98
82272029--82272095	28	2.4	28	85	5	91	37	26	13	22	1.91
82278918--82278966	24	2.0	24	96	0	89	38	14	8	38	1.76
82294169--82294237	30	2.3	30	84	0	93	18	18	34	27	1.95
82303190--82303237	24	2.0	24	83	4	60	41	20	4	33	1.72
82307757--82307867	40	2.8	40	86	5	161	25	21	27	26	2.00
82310612--82310892	47	5.9	47	94	0	454	32	8	30	28	1.86
82311011--82311088	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
82312451--82312608	40	4.0	40	90	2	230	27	22	25	23	2.00
82315700--82315750	18	2.8	18	90	0	84	35	17	7	39	1.79
82316617--82316821	48	4.3	48	74	13	183	25	28	20	25	1.99
82318359--82318454	39	2.5	39	92	0	156	31	30	20	17	1.96
82320440--82320480	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
82321597--82321635	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
82328122--82328172	20	2.7	20	77	19	56	35	21	0	43	1.53
82330660--82330701	20	2.1	20	86	0	57	35	11	2	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82341092--82341194	53	1.9	53	82	7	129	42	15	22	19	1.88
82342388--82342470	43	1.9	43	92	0	139	37	25	9	27	1.87
82356999--82357047	25	2.0	25	84	8	64	38	24	18	18	1.93
82366866--82367036	46	3.7	46	77	10	177	29	28	22	19	1.98
82366869--82367040	93	1.8	93	89	0	272	28	29	22	20	1.98
82366916--82367056	46	3.0	44	75	14	126	29	29	19	21	1.98
82373789--82373848	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
82376248--82376308	14	4.4	14	72	13	54	80	3	13	3	0.96
82376269--82376316	16	2.9	16	81	12	62	83	2	10	4	0.87
82376718--82377019	42	7.2	42	85	2	383	20	18	25	36	1.95
82377940--82377993	20	2.7	20	71	23	51	38	3	14	42	1.64
82384092--82384207	57	2.0	57	83	3	144	31	29	12	26	1.93
82384128--82384207	29	2.8	28	90	3	133	32	27	13	26	1.94
82388171--82388256	41	2.1	41	86	0	118	27	18	24	29	1.98
82391599--82391804	39	5.2	40	83	8	251	24	21	27	26	1.99
82391599--82391793	79	2.4	79	83	6	241	24	21	28	26	1.99
82399746--82399967	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
82399746--82399953	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
82407894--82408082	40	4.8	40	81	9	187	25	21	27	25	1.99
82407946--82408098	78	2.0	78	81	10	179	26	20	26	26	1.99
82422317--82422447	46	2.8	47	79	14	155	21	19	29	29	1.98
82422315--82422440	47	2.7	46	83	13	152	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82429804--82429979	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
82429801--82429972	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
82439028--82439053	9	2.9	9	100	0	52	46	11	7	34	1.69
82440391--82440419	15	1.9	15	100	0	58	31	6	6	55	1.53
82440678--82440720	11	3.5	12	78	15	52	30	0	6	62	1.21
82443694--82443961	50	5.4	50	82	5	337	26	17	25	29	1.98
82443684--82443962	100	2.8	101	87	3	377	26	17	25	29	1.98
82443694--82443980	150	1.9	150	83	2	371	27	18	25	29	1.98
82447887--82448129	39	6.1	39	88	7	362	22	29	24	23	1.99
82447895--82448129	123	1.9	124	95	0	427	22	28	24	24	1.99
82453883--82454126	39	6.1	39	87	6	344	22	29	24	23	1.99
82453883--82454126	85	3.0	78	86	8	353	22	29	24	23	1.99
82453894--82454126	124	1.9	124	94	0	412	21	29	24	24	1.99
82459722--82459771	24	2.1	24	100	0	100	34	4	24	38	1.74
82459963--82460031	34	2.0	34	100	0	138	20	23	11	44	1.83
82460749--82461089	50	6.8	49	78	6	324	26	19	24	28	1.99
82460749--82461089	101	3.4	101	86	2	436	26	19	24	28	1.99
82460803--82461089	151	1.9	151	86	4	382	27	19	24	28	1.99
82462821--82462913	42	2.2	42	80	14	120	23	21	33	21	1.97
82470514--82470556	16	2.5	17	81	11	52	34	6	25	32	1.83
82473381--82473463	26	3.3	26	77	9	84	27	24	19	28	1.98
82473514--82473568	20	2.8	20	84	10	62	32	18	10	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82491441--82491553	47	2.4	47	95	0	199	30	30	16	22	1.96
82504775--82504959	40	4.6	40	83	4	239	23	27	24	24	2.00
82507553--82507618	27	2.4	27	82	5	80	21	24	19	34	1.96
82507721--82507858	27	5.1	26	76	11	93	29	7	21	41	1.80
82507894--82508087	27	7.2	27	85	1	237	39	7	25	27	1.83
82507894--82508085	81	2.4	81	88	1	269	39	7	24	28	1.83
82509723--82509947	40	5.6	40	80	4	265	24	27	24	24	2.00
82517304--82517333	14	2.1	14	93	0	51	10	23	33	33	1.88
82519408--82519580	47	3.7	45	78	15	149	24	30	19	25	1.98
82519408--82519580	92	1.9	93	86	4	251	24	30	19	25	1.98
82525913--82526083	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
82525905--82526080	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
82528452--82528501	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
82531415--82531584	92	1.8	92	94	0	304	28	28	21	20	1.98
82531410--82531581	46	3.7	47	79	9	210	29	27	21	20	1.98
82545658--82545762	42	2.4	43	82	4	113	37	22	15	24	1.93
82545644--82545785	44	3.3	43	73	9	130	32	21	17	28	1.96
82548603--82548672	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
82548603--82548700	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
82549147--82549173	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
82556885--82556954	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
82556885--82556982	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82557429--82557454	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
82564499--82564706	40	5.2	40	82	7	253	26	27	21	24	1.99
82564493--82564703	79	2.6	78	81	8	248	27	27	21	24	1.99
82572675--82572893	79	2.7	79	82	8	257	26	27	21	24	1.99
82572689--82572893	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
82575071--82575293	114	2.0	114	91	0	365	24	23	24	27	2.00
82581397--82581436	18	2.2	18	86	0	53	25	12	10	52	1.70
82591068--82591106	18	2.2	18	100	0	78	25	15	15	43	1.86
82591260--82591333	26	2.9	25	76	13	71	63	1	1	33	1.11
82603608--82603637	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
82802150--82802180	11	2.8	11	100	0	62	54	25	0	19	1.44
82803019--82803124	56	1.9	56	96	0	194	47	8	13	31	1.72
82804795--82804855	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
82819274--82819388	29	4.0	29	87	4	146	30	33	13	23	1.92
82819274--82819384	58	1.9	57	87	5	161	30	33	13	22	1.93
82821657--82821785	46	2.8	46	90	0	195	21	20	26	31	1.98
82828183--82828410	40	5.6	40	85	7	298	25	22	24	27	2.00
82832377--82832551	46	3.8	45	80	11	212	21	20	28	29	1.98
82832374--82832543	92	1.8	92	94	0	304	21	21	28	28	1.98
82835051--82835089	18	2.2	18	95	0	69	17	28	0	53	1.44
82835053--82835095	18	2.4	17	88	11	68	20	27	2	48	1.62
82836766--82836834	35	2.0	35	94	0	120	31	13	17	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82837740--82837851	43	2.6	42	76	5	109	28	18	24	28	1.98
82839090--82839237	42	3.5	42	76	12	133	27	16	26	30	1.96
82842839--82842933	40	2.4	39	84	7	111	28	28	16	26	1.97
82851198--82851242	22	2.0	22	100	0	90	46	22	8	22	1.79
82853177--82853307	43	3.1	43	71	13	110	26	18	24	30	1.98
82853177--82853339	85	1.9	85	80	8	188	28	17	23	30	1.97
82862865--82863130	40	6.6	40	87	6	367	22	23	28	24	1.99
82862865--82863135	123	2.2	121	85	6	370	22	23	28	25	1.99
82862865--82863130	83	3.3	80	87	5	383	22	23	28	24	1.99
82866818--82866939	41	3.0	41	85	1	165	27	28	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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