genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19607071--19607246	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
19607068--19607238	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
19610190--19610233	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
19612640--19612812	46	3.8	45	74	10	179	20	17	29	31	1.96
19612634--19612804	93	1.8	93	88	2	263	20	19	29	30	1.97
19617983--19618013	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
19626311--19626341	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
19631920--19631998	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19632117--19632480	47	7.7	47	94	0	595	28	30	9	32	1.88
19635940--19636372	50	8.6	50	75	5	336	26	18	24	30	1.98
19635991--19636180	101	1.9	101	80	0	227	27	20	22	28	1.99
19635950--19636377	151	2.8	151	87	3	576	26	18	24	30	1.98
19636142--19636323	101	1.8	101	91	0	301	26	20	25	27	1.99
19636584--19636615	16	2.1	16	94	5	57	43	0	18	37	1.51
19638721--19638794	20	3.3	20	67	22	58	20	18	33	27	1.96
19642515--19642672	43	3.7	43	73	9	133	34	27	15	21	1.94
19642513--19642672	87	1.9	85	85	7	225	35	28	15	21	1.94
19643637--19643689	26	2.0	26	82	13	65	49	13	1	35	1.53
19649226--19649387	43	3.8	42	78	4	155	31	27	17	24	1.97
19649226--19649387	85	1.9	85	82	8	204	31	27	17	24	1.97
19650316--19650368	26	2.0	26	82	13	65	49	11	3	35	1.57
19654979--19655016	20	1.9	20	94	0	67	23	10	28	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19655057--19655081	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
19655676--19655714	20	1.9	21	89	5	62	71	2	7	17	1.21
19656982--19657051	24	2.9	24	89	0	95	30	18	25	25	1.98
19656986--19657097	24	4.6	24	76	11	88	32	17	25	24	1.97
19663465--19663503	20	1.9	21	89	5	62	71	2	7	17	1.21
19671322--19671787	119	3.9	119	98	1	880	43	2	6	47	1.41
19671935--19672025	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
19672006--19672074	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
19672006--19672074	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
19675342--19675556	45	4.9	45	87	4	280	26	28	20	24	1.99
19681523--19681882	46	7.8	46	89	0	486	40	13	24	21	1.90
19684893--19684942	25	2.0	25	96	0	91	10	30	16	44	1.80
19692017--19692183	44	3.9	43	78	7	142	32	26	19	22	1.97
19694959--19695104	73	2.0	73	98	0	283	63	8	6	21	1.45
19702200--19702233	13	2.6	13	100	0	68	32	11	32	23	1.91
19710221--19710392	40	4.3	39	87	2	218	31	18	13	36	1.90
19710221--19710392	80	2.2	80	88	4	249	31	18	13	36	1.90
19712666--19712709	22	2.0	22	90	0	70	27	4	22	45	1.72
19713589--19713643	21	2.5	22	85	2	67	16	34	32	16	1.91
19718967--19719124	27	5.9	27	84	10	198	34	21	24	18	1.96
19718967--19719128	54	3.0	54	92	2	256	35	21	24	18	1.96
19721242--19721400	27	5.9	27	82	10	191	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19721242--19721403	54	3.0	54	90	2	247	34	22	24	17	1.96
19723017--19723072	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
19729169--19729390	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
19729167--19729390	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
19737028--19737250	40	5.7	40	84	8	278	25	27	22	24	2.00
19743606--19743775	93	1.8	92	92	3	288	28	29	20	21	1.98
19743601--19743772	46	3.7	46	78	15	194	29	28	20	21	1.98
19743650--19743791	46	3.1	44	76	14	137	28	28	19	22	1.98
19768691--19768728	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
19768952--19769126	46	3.8	49	78	15	183	28	28	21	21	1.99
19768957--19769126	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	21	1.98
19773184--19773249	20	3.3	19	83	10	71	68	4	1	25	1.18
19773199--19773247	20	2.5	20	90	6	73	67	6	0	26	1.14
19773203--19773268	18	3.6	18	74	11	53	63	6	0	30	1.18
19775295--19775367	31	2.4	31	85	0	101	31	9	13	45	1.76
19779647--19779686	19	2.1	19	100	0	80	42	5	5	47	1.47
19781320--19781397	27	2.9	28	88	7	117	55	1	0	43	1.08
19781320--19781394	18	4.2	18	76	11	82	54	1	0	44	1.08
19781333--19781424	8	10.6	8	68	18	51	51	1	0	47	1.07
19781589--19781630	16	2.5	17	84	3	59	45	4	0	50	1.23
19785104--19785145	22	1.9	22	85	0	57	33	0	9	57	1.31
19785340--19785368	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19788881--19788953	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
19789854--19789943	27	3.3	27	90	0	135	22	25	40	12	1.88
19793931--19794035	23	4.6	23	97	0	192	18	33	30	18	1.94
19796512--19796577	26	2.5	25	82	7	69	54	13	4	27	1.58
19800820--19800994	46	3.8	45	81	11	221	21	21	28	29	1.98
19800817--19800986	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
19803899--19803975	29	2.6	30	80	13	88	11	15	15	57	1.66
19803908--19803986	15	5.4	15	77	10	83	10	16	13	59	1.60
19810347--19810461	60	1.9	60	82	7	142	43	5	3	47	1.42
19811314--19811359	16	2.9	16	78	18	51	43	0	2	54	1.12
19815425--19815616	101	1.9	101	92	0	321	29	26	15	28	1.96
19822278--19822336	29	2.0	29	90	0	91	37	5	1	55	1.32
19822278--19822343	29	2.2	29	86	2	78	39	4	3	53	1.37
19822370--19822408	18	2.1	19	86	13	55	48	0	0	51	1.00
19822367--19822405	12	3.3	12	82	7	53	51	0	0	48	1.00
19830860--19830945	27	3.2	26	77	4	84	33	29	20	16	1.95
19840268--19840379	42	2.8	42	83	10	130	16	18	16	49	1.80
19840973--19841016	23	1.9	23	95	0	79	63	2	4	29	1.26
19845198--19845223	11	2.4	11	100	0	52	80	0	7	11	0.89
19845208--19845251	22	2.0	22	83	16	56	72	9	2	15	1.19
19845495--19845529	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
19845698--19845756	17	3.6	17	68	25	54	62	0	23	13	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19845703--19845755	16	3.3	16	76	7	63	64	0	22	13	1.28
19850239--19850571	166	2.0	166	98	0	639	30	24	9	35	1.87
19850661--19850818	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
19853602--19853627	13	2.0	13	100	0	52	46	30	15	7	1.74
19870939--19870981	21	2.0	21	100	0	86	41	4	18	34	1.71
19876904--19877044	25	5.6	25	93	0	228	29	29	12	27	1.93
19882467--19882642	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	29	1.98
19882464--19882634	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
19890917--19890998	41	2.0	40	92	2	137	45	7	18	29	1.76
19895596--19895683	37	2.4	37	90	0	131	30	6	11	51	1.64
19900110--19900332	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
19900252--19900402	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
19907659--19907882	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
19907801--19907952	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
19915781--19916010	116	2.0	115	93	2	399	31	19	10	38	1.85
19917199--19917229	6	5.2	6	96	0	53	19	0	12	67	1.22
19917727--19917763	19	2.1	19	90	10	60	67	0	5	27	1.12
19922455--19922502	24	2.0	24	83	0	60	22	12	18	45	1.83
19925473--19925541	25	2.8	26	75	14	74	36	23	23	17	1.95
19925473--19925549	25	3.1	24	70	15	68	36	22	24	16	1.94
19929312--19929337	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
19930723--19930876	42	3.6	42	87	1	227	30	16	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19932554--19932725	40	4.3	40	83	5	206	24	21	26	27	1.99
19932554--19932725	80	2.2	79	86	5	231	24	21	26	27	1.99
19940531--19940707	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
19940935--19940976	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
19945044--19945292	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
19945043--19945292	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
19945387--19945418	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
19945630--19945687	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
19952631--19952879	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
19952630--19952879	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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