genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88747181--88747229	24	2.0	24	96	0	89	22	22	34	20	1.97
88747626--88747650	13	1.9	13	100	0	50	8	0	60	32	1.26
88748070--88748099	15	2.1	15	93	6	53	56	23	6	13	1.60
88758928--88759010	43	1.9	43	92	0	139	21	19	32	26	1.97
88761838--88761919	26	3.2	26	64	19	73	31	28	14	25	1.95
88761692--88761924	101	2.3	101	82	2	274	32	26	17	24	1.97
88761692--88761957	50	5.3	50	80	4	266	33	27	16	23	1.96
88767210--88767264	29	1.9	29	85	3	76	14	23	41	20	1.89
88770002--88770028	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
88773647--88773751	29	3.7	28	74	6	86	30	14	30	24	1.94
88773639--88773751	58	2.0	58	83	1	147	31	13	29	25	1.93
88781802--88781914	49	2.3	49	86	1	147	27	22	29	21	1.99
88787869--88787912	23	2.0	22	82	13	54	52	20	9	18	1.72
88794659--88794740	30	2.8	29	88	3	130	32	12	26	28	1.92
88795920--88796003	30	2.9	29	85	3	114	28	15	28	27	1.96
88795916--88796035	29	4.2	29	78	4	118	29	13	27	30	1.94
88801100--88801304	41	5.0	41	90	1	304	38	23	20	18	1.94
88829276--88829500	40	5.6	40	81	2	254	25	24	26	23	2.00
88832434--88832604	81	2.1	81	97	0	324	34	23	4	37	1.74
88832454--88832622	81	2.0	80	89	3	221	34	24	4	37	1.75
88832775--88833008	50	4.8	50	70	9	171	26	23	20	29	1.99
88833563--88833613	25	2.0	25	92	0	84	29	19	3	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88838814--88838858	22	2.0	22	100	0	90	35	17	0	46	1.49
88843067--88843127	30	2.0	30	83	0	77	27	22	9	39	1.86
88847599--88847755	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
88847599--88847754	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
88854607--88854688	42	2.0	42	100	0	164	36	21	9	31	1.86
88855001--88855167	46	3.6	45	79	10	185	21	28	20	29	1.98
88860772--88860805	17	1.9	17	88	5	50	14	5	14	64	1.46
88861700--88861727	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
88875777--88876092	74	4.2	74	78	10	272	25	18	28	26	1.98
88875777--88876059	36	7.6	37	81	11	251	25	18	28	27	1.98
88919879--88920103	40	5.7	40	84	6	246	25	27	22	25	2.00
88919879--88920050	79	2.2	80	86	5	233	25	27	22	25	2.00
88922910--88923133	39	5.7	40	85	7	255	24	22	28	24	2.00
88922963--88923166	79	2.6	79	83	5	209	25	21	27	25	1.99
88924652--88924733	39	2.1	39	97	0	155	28	4	23	43	1.74
88927203--88927414	46	4.5	44	77	10	142	29	17	29	23	1.97
88927245--88927414	48	3.6	48	83	3	218	28	19	29	22	1.98
88927242--88927414	94	1.8	94	89	0	274	28	19	30	22	1.98
88927434--88927561	49	2.6	49	86	4	170	31	21	25	21	1.98
88932974--88933140	24	7.0	24	86	2	212	27	21	20	29	1.98
88933190--88933256	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
88933190--88933245	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88933293--88933340	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
88938208--88938286	39	2.0	39	97	0	149	25	29	10	35	1.88
88941328--88941483	24	6.4	24	87	5	215	28	20	19	31	1.97
88941314--88941484	74	2.3	72	88	6	238	28	20	20	30	1.98
88941334--88941483	50	3.0	50	88	5	218	28	19	20	32	1.97
88941533--88941599	20	3.3	20	91	0	107	31	22	11	34	1.90
88941636--88941683	25	1.9	25	86	0	69	27	14	25	33	1.94
88943968--88944047	7	11.0	7	85	7	88	18	0	35	46	1.50
88943971--88944058	31	3.0	29	83	8	106	19	0	31	48	1.49
88949009--88949109	41	2.6	39	81	6	123	39	3	8	47	1.53
88960390--88960564	46	3.8	45	75	10	174	28	29	21	20	1.98
88960397--88960568	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	20	1.98
88963549--88963651	46	2.2	46	82	3	125	35	15	23	25	1.94
88967478--88967589	51	2.2	51	98	1	215	40	23	1	34	1.65
88973111--88973290	40	4.6	40	81	9	183	25	20	27	26	1.99
88973159--88973323	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
88981004--88981187	40	4.6	41	82	9	222	23	22	28	25	1.99
88981004--88981185	79	2.3	80	83	6	219	24	22	28	25	2.00
88981057--88981220	79	2.1	78	84	5	206	25	20	28	25	1.99
88984444--88984469	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
88986327--88986607	153	1.8	153	84	5	388	37	13	19	30	1.90
88989738--88989902	56	2.9	56	82	8	192	54	7	4	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88991797--88991835	18	2.2	18	86	9	53	71	0	0	28	0.86
88991773--88991837	31	2.1	32	85	8	89	66	1	1	30	1.10
88994688--88995007	46	6.8	46	74	14	214	28	20	28	22	1.98
88994694--88995007	94	3.4	94	78	12	310	29	20	28	21	1.98
88996097--88996136	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
89002999--89003177	28	6.4	28	94	1	279	34	28	11	25	1.90
89007494--89007537	18	2.4	18	81	7	54	11	9	25	54	1.65
89008769--89008793	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
89009595--89009758	42	3.9	42	81	6	188	31	15	25	28	1.95
89009595--89009758	85	1.9	84	82	3	204	31	15	25	28	1.95
89023403--89023495	20	4.7	20	74	6	82	40	15	27	16	1.88
89023397--89023506	20	5.5	20	73	8	80	40	15	27	17	1.89
89030601--89030650	19	2.7	19	87	3	75	36	0	2	62	1.07
89033761--89033809	18	2.9	16	82	11	62	85	2	10	2	0.76
89039483--89039802	50	6.6	50	75	7	243	30	18	27	24	1.98
89045356--89045407	22	2.4	21	80	6	59	61	5	7	25	1.45
89045434--89045483	22	2.4	21	80	6	57	60	0	10	30	1.30
89045556--89045914	3	119.0	3	71	11	209	59	1	7	31	1.37
89046958--89047025	31	2.2	31	91	0	109	14	1	39	44	1.55
89047577--89047696	64	1.9	64	91	0	195	31	20	19	28	1.97
89047635--89048010	75	5.0	75	86	2	466	32	19	16	32	1.94
89060857--89061179	95	3.3	93	75	13	271	30	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89060860--89061221	50	7.5	49	75	7	219	30	16	28	24	1.97
89066621--89066762	3	47.0	3	65	9	56	60	2	7	29	1.36
89066933--89067059	3	41.0	3	69	13	62	59	2	8	29	1.40
89066917--89067032	28	4.2	29	71	14	77	62	2	8	25	1.37
89067112--89067215	18	5.7	18	68	20	56	60	1	8	28	1.37
89067197--89067251	12	4.8	12	73	10	53	72	0	5	21	1.04
89067191--89067238	21	2.2	22	85	3	71	68	0	4	27	1.07
89067155--89067221	18	3.9	17	78	7	66	64	2	8	23	1.37
89067205--89067246	22	1.9	22	85	0	57	73	0	2	23	0.94
89068303--89068382	38	2.1	37	88	2	115	12	2	40	45	1.56
89069356--89069398	21	2.0	21	86	0	59	25	16	27	30	1.97
89070918--89071008	42	2.2	42	84	4	121	20	36	24	18	1.95
89080718--89080942	40	5.6	40	83	2	281	23	27	23	25	2.00
89080682--89080942	80	3.3	80	83	3	303	24	26	23	26	2.00
89084192--89084217	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
89084662--89084818	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
89084662--89084817	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
89092684--89092840	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
89092684--89092839	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
89101156--89101281	47	2.7	46	80	12	150	23	29	16	30	1.96
89101060--89101281	94	2.4	93	82	6	243	25	28	17	29	1.97
89103430--89103741	40	7.8	40	93	1	457	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89117410--89117617	39	5.3	39	90	2	326	24	21	24	30	1.99
89125567--89125656	40	2.3	40	88	5	130	24	20	28	26	1.99
89153403--89153478	29	2.6	28	83	10	91	27	15	27	28	1.96
89153432--89153757	173	1.9	174	93	0	564	30	14	24	31	1.94
89177658--89178890	463	2.7	463	96	0	2207	26	20	27	25	1.99
89185686--89185819	66	2.0	66	98	0	259	27	26	14	31	1.95
89196358--89196408	25	2.0	26	88	3	77	37	23	11	27	1.90
89196445--89196505	10	5.9	10	74	11	52	34	13	19	32	1.90
89196445--89196502	21	2.8	21	84	5	73	34	13	20	31	1.92
89208424--89208561	40	3.5	40	77	9	138	26	22	27	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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