genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80436594--80436685	18	5.2	18	84	5	125	40	9	11	38	1.75
80436997--80437100	12	8.0	13	66	23	58	36	2	0	60	1.12
80436995--80437101	21	5.3	20	68	20	64	37	2	0	59	1.12
80436992--80437022	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
80437000--80437147	7	21.4	7	69	19	55	38	4	0	57	1.18
80437034--80437089	25	2.2	26	84	12	71	35	3	0	60	1.14
80437481--80437523	3	14.3	3	90	9	70	34	0	0	65	0.93
80443019--80443070	9	5.6	9	80	13	61	84	0	13	1	0.70
80443018--80443072	15	3.8	14	85	7	74	83	0	14	1	0.73
80443018--80443072	29	1.9	28	92	3	92	83	0	14	1	0.73
80443935--80444260	44	7.4	43	72	10	221	34	15	23	26	1.95
80443941--80444262	132	2.4	132	93	2	540	33	16	22	27	1.95
80444252--80444845	119	5.0	119	94	0	999	33	17	19	30	1.94
80444769--80445204	83	5.2	83	95	0	764	32	20	19	27	1.97
80445598--80445695	18	5.5	18	87	4	146	39	11	12	36	1.78
80445598--80445693	35	2.7	35	95	3	165	39	11	11	37	1.78
80446003--80446033	12	2.5	13	89	10	55	35	0	0	64	0.94
80446001--80446109	21	5.3	21	67	20	61	36	2	0	60	1.11
80445998--80446028	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
80446049--80446155	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
80446488--80446531	3	14.3	3	95	4	79	34	0	0	65	0.93
80448342--80448380	13	2.9	13	85	14	53	74	0	17	7	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80450329--80450398	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
80450784--80451081	101	2.8	105	93	4	505	41	14	8	35	1.76
80450763--80451081	109	3.0	107	89	7	515	40	15	7	36	1.76
80454806--80454875	28	2.5	28	86	4	88	34	24	12	28	1.92
80455240--80455558	101	3.0	109	87	7	501	40	15	7	36	1.76
80457690--80457747	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
80458088--80458405	95	3.4	91	77	8	257	29	20	28	22	1.98
80458091--80458403	49	6.6	49	74	9	168	29	20	27	22	1.98
80464700--80464880	27	6.7	27	77	6	195	26	12	19	41	1.87
80464704--80464865	82	2.0	83	86	3	229	26	13	19	40	1.89
80464796--80464911	54	2.1	53	83	10	137	30	16	13	39	1.87
80464796--80464921	27	4.6	27	76	4	92	29	16	14	39	1.88
80468103--80468327	40	5.6	40	81	2	263	26	24	26	23	2.00
80468103--80468363	80	3.3	80	81	3	276	26	23	25	24	2.00
80478701--80478857	74	2.1	74	85	0	206	34	22	20	22	1.97
80480244--80480378	47	2.8	50	78	5	152	22	29	19	28	1.98
80484135--80484297	46	3.5	45	78	14	161	24	30	17	27	1.97
80484167--80484297	47	2.8	46	83	12	160	24	29	18	27	1.98
80485913--80485942	5	6.0	5	92	0	51	40	20	3	36	1.69
80493005--80493038	16	2.1	16	100	0	68	23	5	0	70	1.09
80492959--80493104	75	2.0	74	94	1	256	40	12	4	42	1.64
80493545--80493686	70	2.0	70	94	0	248	28	22	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80495254--80495304	24	2.1	24	100	0	102	39	11	21	27	1.88
80506057--80506096	12	3.3	12	85	0	53	35	0	40	25	1.56
80507544--80507682	27	5.1	27	82	8	176	26	13	17	41	1.87
80507544--80507705	27	6.0	27	79	5	175	24	15	18	41	1.89
80507544--80507705	54	3.0	54	83	3	193	24	15	18	41	1.89
80507544--80507698	81	1.9	81	85	7	217	25	15	18	41	1.89
80509123--80509170	24	2.0	24	91	0	78	43	12	4	39	1.62
80510868--80510900	12	2.6	13	85	9	50	69	0	18	12	1.18
80515174--80515463	43	6.7	43	81	3	316	31	22	19	26	1.98
80515174--80515463	88	3.4	87	80	7	308	31	22	19	26	1.98
80515762--80515809	21	2.3	21	96	0	87	0	60	16	22	1.36
80521247--80521471	40	5.6	40	88	8	323	24	28	23	23	1.99
80521247--80521471	82	2.8	82	88	7	338	24	28	23	23	1.99
80529179--80529403	40	5.6	39	85	6	290	24	28	23	23	2.00
80529179--80529403	83	2.8	83	85	6	304	24	28	23	23	2.00
80536032--80536062	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
80536430--80536481	25	2.1	25	100	0	104	40	23	7	28	1.82
80536640--80536715	39	2.0	38	87	7	111	40	22	5	31	1.76
80536895--80537213	41	8.0	41	84	7	388	18	22	24	35	1.96
80537120--80537214	39	2.4	39	82	7	111	14	23	21	41	1.90
80549586--80549616	15	2.1	15	100	0	62	58	12	6	22	1.58
80550730--80550805	26	2.9	26	98	0	143	31	5	26	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80555348--80555471	33	3.8	33	95	0	221	17	8	42	30	1.80
80557508--80557546	18	2.2	18	90	0	60	10	30	35	23	1.88
80560227--80560311	42	2.0	42	100	0	170	37	11	18	31	1.87
80560787--80560851	32	2.0	32	96	0	121	44	6	16	32	1.73
80563353--80563457	52	2.0	52	100	0	210	45	17	13	23	1.83
80563945--80563986	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
80566704--80566754	25	2.0	25	100	0	102	50	0	11	37	1.39
80571130--80571353	40	5.6	40	81	6	240	25	24	26	23	2.00
80571130--80571389	79	3.3	80	81	4	294	25	23	26	24	2.00
80571130--80571389	119	2.2	120	81	6	298	25	23	26	24	2.00
80589023--80589291	146	1.9	141	82	6	335	26	18	29	24	1.98
80589025--80589291	47	5.6	47	70	16	187	26	18	29	24	1.98
80589025--80589291	96	2.8	94	77	13	273	26	18	29	24	1.98
80593280--80593311	15	2.1	15	100	0	64	31	18	0	50	1.48
80606389--80606433	23	2.0	23	95	0	81	24	24	17	33	1.96
80613855--80613935	42	1.9	42	87	0	117	25	27	30	16	1.96
80620881--80621212	48	6.9	48	78	9	245	28	14	26	30	1.95
80621142--80621239	42	2.3	41	87	6	135	30	16	25	27	1.96
80627161--80627412	55	4.8	53	83	6	264	21	24	19	35	1.96
80627208--80627408	108	1.8	109	87	4	298	21	24	19	33	1.97
80627751--80627809	30	2.0	30	86	6	84	30	25	1	42	1.65
80629685--80629725	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80630372--80630502	39	3.4	39	82	3	158	25	22	29	22	1.99
80638555--80638680	46	2.7	46	90	0	189	29	27	20	22	1.98
80640338--80640378	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
80641028--80641156	39	3.3	38	76	6	125	27	22	25	24	2.00
80641026--80641175	78	1.9	78	82	5	187	26	24	26	23	2.00
80647189--80647433	55	4.6	53	75	10	216	21	24	17	36	1.95
80652104--80652241	43	3.2	43	79	11	131	26	15	25	32	1.95
80652104--80652241	44	3.2	42	81	7	127	26	15	25	32	1.95
80659670--80659805	43	3.2	43	83	5	168	25	17	24	33	1.97
80662404--80662461	21	2.8	21	84	2	73	13	24	8	53	1.68
80680033--80680101	25	2.8	25	86	0	102	30	20	20	28	1.97
80680174--80680205	13	2.3	15	89	10	50	46	9	15	28	1.77
80685192--80685266	23	3.3	23	86	5	116	45	26	18	9	1.80
80691586--80691649	33	1.9	33	90	0	101	35	25	20	18	1.95
80694826--80694966	67	2.1	68	81	6	162	24	23	14	37	1.92
80704672--80704803	65	2.0	65	92	0	219	26	16	22	34	1.95
80709270--80709312	6	7.3	6	89	2	52	51	0	9	39	1.34
80709278--80709326	12	4.1	12	84	5	64	55	2	6	36	1.37
80711209--80711253	8	5.6	8	84	7	56	2	2	46	48	1.26
80711209--80711253	17	2.8	15	86	6	54	2	2	46	48	1.26
80711962--80712158	86	2.3	86	87	0	286	21	17	21	39	1.92
80711962--80712127	43	3.9	43	95	0	278	21	17	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80724304--80724346	6	7.3	6	89	2	61	51	0	11	37	1.39
80724312--80724360	12	4.1	12	84	5	64	55	2	8	34	1.41
80724312--80724360	18	2.7	18	84	6	64	55	2	8	34	1.41
80725874--80725942	32	2.2	32	81	5	77	14	13	18	53	1.72
80727123--80727226	37	2.8	37	92	0	163	27	31	17	23	1.97
80727435--80727625	47	4.1	47	90	0	283	26	29	10	32	1.91
80727525--80727596	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
80731621--80731889	40	6.8	40	95	1	436	25	28	21	24	1.99
80733158--80733265	37	2.9	37	94	1	182	26	30	19	23	1.98
80733467--80733659	47	4.1	46	89	2	271	26	29	10	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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