genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89930562--89930673	27	4.1	27	85	4	136	37	21	23	17	1.94
89931088--89931118	15	2.1	15	100	0	62	6	19	22	51	1.69
89932077--89932130	25	2.2	25	93	0	90	18	37	3	40	1.69
89932077--89932140	25	2.6	25	87	2	85	17	40	3	39	1.65
89934217--89934404	27	7.0	26	75	12	130	36	23	7	32	1.84
89934193--89934360	81	2.1	80	80	7	180	40	23	7	28	1.82
89934193--89934389	54	3.7	53	77	8	175	39	23	7	29	1.82
89934339--89934772	27	16.2	27	88	1	532	30	22	7	39	1.82
89935009--89935060	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
89935099--89935158	27	2.3	26	82	2	66	21	18	20	40	1.92
89935279--89935358	6	13.0	6	73	19	67	17	18	16	47	1.83
89935279--89935349	31	2.3	31	92	0	115	16	19	15	47	1.82
89942125--89942202	27	2.9	27	86	0	102	32	21	21	24	1.98
89942478--89942520	22	2.0	22	90	0	68	16	32	23	27	1.96
89942664--89942715	27	1.9	27	88	7	79	17	25	26	30	1.97
89943908--89944125	56	3.9	56	90	0	337	27	13	24	33	1.94
89952970--89953013	16	2.6	17	80	20	65	75	2	11	11	1.15
89970118--89970162	23	2.0	23	95	0	81	26	17	11	44	1.82
89971925--89971992	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
89972097--89972175	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
89980194--89980261	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
89980364--89980442	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89988472--89988539	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
89988643--89988721	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
89992943--89992986	12	3.7	12	78	0	52	11	29	34	25	1.91
89993633--89994126	41	12.1	41	77	5	367	35	14	27	22	1.93
89993689--89994103	163	2.5	164	80	4	462	36	14	27	21	1.92
89993689--89994092	122	3.3	122	79	5	404	36	14	27	21	1.92
90005412--90005438	13	2.1	13	100	0	54	22	14	25	37	1.93
90006243--90006311	34	2.0	34	94	0	120	39	15	13	31	1.86
90011193--90011259	27	2.5	28	85	2	75	38	19	16	25	1.92
90011211--90011284	27	2.7	27	89	0	103	32	20	21	25	1.97
90012568--90012740	27	6.4	27	82	6	199	38	17	9	33	1.83
90012705--90012780	27	2.8	27	76	7	73	32	18	11	36	1.87
90012564--90012803	107	2.2	107	81	3	250	36	18	11	32	1.87
90013372--90013419	22	2.2	22	81	7	53	22	25	16	35	1.95
90017143--90017388	27	9.1	27	81	6	237	39	20	8	31	1.84
90017149--90017349	82	2.5	82	86	4	255	39	18	8	33	1.82
90017465--90017539	34	2.2	35	85	7	100	24	13	22	40	1.90
90021264--90021334	27	2.6	27	86	0	88	33	21	18	26	1.96
90031015--90031117	39	2.6	39	93	0	179	28	20	23	28	1.99
90032911--90033132	40	5.6	40	92	1	358	22	22	26	28	1.99
90035389--90035483	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
90035414--90035497	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90084381--90084449	28	2.6	27	88	9	97	33	27	14	24	1.94
90087828--90088082	40	6.5	40	78	9	249	24	29	21	24	1.99
90087848--90088083	39	6.0	40	77	10	175	25	28	20	24	1.99
90087828--90088086	79	3.3	78	79	9	278	24	28	21	25	1.99
90095914--90096177	40	6.6	40	76	8	234	25	28	21	24	1.99
90095914--90096181	79	3.4	78	77	7	263	25	28	20	25	1.99
90103282--90103454	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
90103279--90103449	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
90108197--90108229	13	2.6	13	95	4	59	57	6	0	36	1.23
90119737--90119777	15	2.7	15	88	3	55	31	9	0	58	1.31
90119745--90119791	24	2.0	24	82	0	58	27	12	0	59	1.34
90122672--90122878	105	2.0	104	83	11	264	41	14	8	36	1.75
90123195--90123247	18	2.7	19	75	25	56	30	0	1	67	1.01
90126182--90126267	21	4.1	21	96	0	163	33	19	22	24	1.97
90136486--90136529	22	2.0	22	100	0	88	22	18	27	31	1.97
90140495--90140651	78	2.0	78	97	0	296	42	11	2	43	1.54
90142757--90142932	3	59.7	3	67	12	53	27	7	3	60	1.42
90147083--90147238	42	3.9	40	68	23	105	30	23	15	30	1.95
90147494--90147536	19	2.3	19	91	0	68	39	11	0	48	1.40
90148054--90148082	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
90159717--90159763	23	2.0	24	84	12	62	53	8	0	38	1.32
90161710--90161759	15	3.3	15	74	20	50	34	4	6	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90161696--90161770	30	2.5	30	85	6	91	32	5	4	58	1.39
90161878--90161915	20	1.9	20	89	10	60	52	5	0	42	1.24
90162146--90162179	18	1.9	18	88	5	52	55	2	0	41	1.15
90165276--90165321	23	2.0	23	100	0	92	17	26	13	43	1.85
90168540--90168604	32	2.0	32	96	0	121	24	23	9	43	1.83
90170423--90170471	24	2.0	25	84	4	64	40	10	18	30	1.84
90173527--90173645	51	2.3	51	89	0	175	29	24	9	36	1.86
90174871--90174946	31	2.4	31	82	6	91	60	3	0	35	1.15
90174877--90174936	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
90184524--90186068	781	2.0	781	98	0	2955	33	16	10	39	1.83
90193239--90193342	26	4.0	26	92	0	172	34	24	8	32	1.86
90195808--90196030	40	5.6	40	84	7	276	24	21	28	25	1.99
90195808--90196037	119	1.9	119	82	6	286	25	21	28	24	1.99
90202306--90202477	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
90202299--90202474	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
90212953--90213124	93	1.8	93	92	0	290	27	30	20	20	1.98
90212945--90213120	46	3.8	46	79	10	196	28	30	20	21	1.98
90212996--90213139	46	3.1	46	73	14	143	29	29	20	21	1.98
90214821--90214916	47	2.0	47	100	0	192	25	8	23	42	1.82
90215024--90215102	35	2.5	29	73	21	77	25	12	15	46	1.80
90220386--90220739	133	2.7	131	73	9	308	28	20	17	33	1.96
90222913--90223086	46	3.8	45	80	12	201	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90222920--90223091	92	1.9	93	93	1	301	27	30	21	20	1.98
90225466--90225529	15	4.4	15	84	11	89	60	12	15	10	1.58
90228443--90228614	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
90228436--90228611	46	3.8	46	79	10	205	29	28	20	21	1.98
90235723--90235787	29	2.2	29	88	0	94	49	12	6	32	1.65
90237579--90237941	47	7.8	45	73	13	220	22	29	20	27	1.98
90237578--90237938	94	3.9	92	76	9	304	22	29	20	27	1.98
90243408--90243445	13	2.9	13	92	7	60	42	2	0	55	1.14
90243711--90243749	18	2.2	18	86	9	53	33	0	5	61	1.18
90243869--90243912	22	2.0	22	100	0	88	50	0	4	45	1.22
90243948--90243994	16	2.9	16	77	3	58	40	0	2	57	1.11
90243946--90244013	13	5.1	13	74	22	61	45	1	1	51	1.19
90249373--90249428	23	2.4	23	96	0	103	41	5	8	44	1.58
90252094--90252120	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
90253973--90254049	39	2.0	40	86	2	111	35	18	22	24	1.96
90254527--90254584	22	2.6	22	81	5	64	25	1	24	48	1.61
90254571--90254704	7	18.9	7	70	9	74	20	0	37	41	1.58
90254657--90254708	22	2.5	21	82	14	63	23	0	30	46	1.53
90254802--90254828	14	1.9	14	100	0	54	18	0	37	44	1.50
90254801--90254900	21	4.8	20	70	18	69	22	0	32	46	1.52
90254864--90254928	21	3.0	21	82	6	60	15	1	41	41	1.56
90254889--90254921	14	2.3	15	89	5	50	15	3	45	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90255663--90255702	7	5.6	7	94	5	71	62	0	0	37	0.95
90255662--90255731	8	9.2	8	89	6	67	70	0	0	30	0.88
90255662--90255709	14	3.4	14	85	5	69	66	0	0	33	0.92
90255869--90255976	41	2.6	41	83	0	126	41	12	14	31	1.83
90255897--90255993	41	2.4	41	83	0	122	45	13	15	25	1.83
90258765--90258804	22	1.9	22	85	10	57	10	25	7	57	1.57
90259985--90260063	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
90263950--90264071	42	2.9	42	82	3	147	23	19	28	27	1.98
90265653--90265718	34	1.9	34	84	6	89	27	24	27	21	1.99
90268774--90268940	46	3.5	47	84	8	189	21	22	13	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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