genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13277099--13277187	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
13277099--13277178	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
13277110--13277187	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
13280087--13280214	45	2.8	46	92	1	213	28	28	22	20	1.98
13292692--13292901	51	4.1	51	73	9	142	31	15	26	26	1.96
13296002--13296095	6	15.3	6	75	16	86	48	15	17	18	1.81
13296016--13296095	31	2.6	31	91	0	124	48	16	17	17	1.81
13296020--13296092	25	2.9	25	80	15	89	47	16	17	17	1.82
13296315--13296366	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
13296606--13296664	27	2.2	27	90	0	91	44	5	20	30	1.73
13296682--13296834	54	2.9	54	83	4	193	29	9	22	39	1.85
13296709--13296834	27	4.7	27	80	8	132	30	8	22	38	1.84
13296682--13296834	27	5.7	26	76	9	121	29	9	22	39	1.85
13296775--13296834	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
13328464--13328579	27	4.2	28	82	7	114	35	21	24	18	1.96
13328464--13328579	55	2.1	56	84	7	148	35	21	24	18	1.96
13328688--13328749	28	2.2	28	91	5	99	29	8	29	33	1.86
13328977--13329008	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
13334116--13334219	27	3.9	27	98	0	199	44	16	7	31	1.76
13337498--13337541	15	2.9	15	86	0	61	56	11	15	15	1.66
13345486--13345693	97	2.1	97	100	0	416	33	16	19	30	1.94
13347020--13347059	6	6.7	6	94	0	62	80	0	2	17	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13352008--13352120	56	2.0	56	91	0	181	15	20	23	41	1.89
13357976--13358211	50	4.7	50	80	5	262	27	17	25	29	1.98
13357981--13358211	101	2.3	99	84	3	284	27	18	25	29	1.98
13357976--13358257	150	1.9	151	86	0	404	26	17	25	29	1.98
13363155--13363221	33	2.0	33	91	0	107	28	7	17	46	1.75
13364036--13364254	106	2.1	106	92	1	368	38	9	20	32	1.84
13371615--13371674	27	2.3	26	85	2	75	25	23	16	35	1.95
13385236--13385312	33	2.3	33	77	4	84	25	20	22	31	1.98
13386541--13386572	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
13386589--13386779	51	3.8	51	87	0	258	25	25	24	25	2.00
13387032--13387061	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
13388544--13388640	30	3.3	29	63	11	79	34	20	4	41	1.72
13388539--13388658	60	2.0	60	98	0	231	35	21	4	38	1.73
13394507--13394652	37	3.9	37	94	0	238	25	32	19	22	1.97
13394858--13395097	47	5.1	47	88	0	327	28	30	10	31	1.90
13394857--13395097	94	2.6	94	91	0	383	28	29	10	31	1.90
13405646--13405733	34	2.6	34	90	1	142	27	21	23	27	1.99
13418384--13418425	16	2.7	15	79	20	50	42	2	2	52	1.27
13419038--13419097	25	2.4	25	80	5	68	36	3	1	58	1.25
13426425--13426538	57	2.0	58	83	6	144	27	20	6	46	1.74
13429055--13429154	29	3.5	29	87	1	139	26	17	30	27	1.97
13429040--13429154	29	4.0	29	84	6	137	27	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13429055--13429163	57	1.9	58	88	1	166	26	16	30	26	1.97
13430221--13430254	18	1.9	18	88	5	52	38	20	11	29	1.88
13433529--13433639	57	1.9	57	88	1	168	27	16	29	27	1.97
13433516--13433630	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
13438393--13438453	27	2.3	27	97	0	113	34	27	14	22	1.94
13438393--13438479	27	3.2	27	88	0	93	34	25	17	22	1.96
13440741--13440843	54	1.9	54	100	0	206	43	3	13	38	1.63
13443954--13444012	29	2.0	30	86	3	84	38	6	25	28	1.81
13466676--13466717	21	2.0	21	81	9	50	61	4	2	30	1.29
13469815--13469901	43	2.0	43	82	12	108	26	28	18	26	1.98
13476440--13476479	19	2.1	19	100	0	80	42	32	5	20	1.73
13496525--13496684	85	1.9	85	96	0	293	43	11	11	33	1.77
13498863--13498903	16	2.5	17	80	11	50	19	2	7	70	1.22
13514598--13514649	19	2.6	19	81	6	59	25	26	0	48	1.52
13515085--13515266	99	1.8	99	84	0	247	34	27	12	25	1.92
13516415--13516469	20	2.7	21	83	13	71	74	0	5	20	1.01
13520705--13520755	20	2.6	20	82	17	63	64	0	1	33	1.05
13521989--13522028	21	1.9	21	84	0	53	22	17	7	52	1.69
13523827--13523869	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
13525401--13526141	157	4.8	157	89	6	1111	43	20	1	35	1.59
13525834--13526132	143	2.1	143	94	0	519	43	20	1	35	1.58
13525966--13526023	24	2.4	23	80	11	71	53	27	0	18	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13526119--13526149	15	2.0	16	93	6	55	48	32	0	19	1.49
13527230--13527282	29	1.9	26	85	11	70	33	11	1	52	1.48
13527315--13527355	21	2.0	22	85	9	59	9	19	0	70	1.14
13529471--13529504	18	1.9	18	88	5	52	38	5	8	47	1.59
13531385--13531418	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
13532525--13532617	29	3.2	29	89	1	143	29	32	15	23	1.95
13537633--13537664	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
13542046--13542090	10	4.3	10	86	8	63	84	13	0	2	0.72
13542050--13542090	15	2.8	14	85	10	55	85	12	0	2	0.70
13543292--13543356	5	13.0	5	77	18	64	80	0	18	1	0.80
13543290--13543355	9	7.5	8	76	18	60	81	0	16	1	0.76
13543371--13543479	55	2.0	55	98	0	209	35	21	26	16	1.94
13544618--13545900	132	9.8	132	88	3	1654	29	18	25	26	1.98
13546135--13546581	44	10.2	44	93	0	723	27	15	31	25	1.95
13546546--13546609	30	2.2	29	82	2	74	39	10	31	18	1.86
13548835--13549195	130	2.8	129	82	2	393	29	18	18	33	1.95
13548869--13549236	130	2.8	132	80	5	329	29	19	17	33	1.95
13552059--13552137	28	2.8	28	84	3	106	35	10	25	29	1.88
13552547--13552587	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
13559781--13559964	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
13559781--13559961	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
13559862--13560011	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13567682--13567865	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
13567682--13567862	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
13567763--13567912	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
13575877--13575938	26	2.3	27	78	10	74	66	8	0	25	1.19
13578595--13578668	29	2.6	28	85	4	94	25	14	31	28	1.95
13578592--13578685	28	3.3	29	83	2	111	24	13	30	30	1.94
13579770--13579803	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
13596631--13596671	20	2.0	20	90	4	64	36	4	4	53	1.44
13597638--13597670	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
13598739--13598801	28	2.2	28	88	0	90	33	26	9	30	1.88
13598920--13598999	27	2.9	28	83	5	108	20	25	22	32	1.98
13598920--13599010	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
13598920--13599024	55	1.9	56	82	5	133	19	24	20	35	1.96
13600088--13600121	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
13605373--13605405	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
13606466--13606528	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
13606637--13606726	27	3.2	28	78	13	105	18	23	24	33	1.97
13606647--13606737	27	3.2	28	78	7	87	20	25	20	32	1.97
13606637--13606751	55	2.1	56	80	11	130	18	23	22	35	1.95
13611048--13611106	32	1.9	31	86	6	84	37	23	10	28	1.88
13612633--13612691	30	1.9	31	86	3	84	49	1	20	28	1.59
13612923--13612978	30	2.0	28	83	13	71	39	0	1	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13615087--13615427	46	7.5	46	86	2	411	41	13	23	20	1.88
13615097--13615400	137	2.2	138	87	0	430	42	14	23	20	1.88
13615098--13615427	183	1.8	183	85	2	475	42	14	23	20	1.88
13625143--13625235	42	2.2	42	94	0	159	20	25	29	24	1.99
13628141--13628291	52	2.9	52	80	3	160	24	17	27	30	1.97
13632385--13632409	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
13635093--13635163	37	1.9	37	91	0	115	25	29	19	25	1.99
13635310--13636087	48	15.9	48	93	3	1243	32	25	5	36	1.80
13635310--13636087	98	8.0	96	92	3	1243	32	25	5	36	1.80
13656803--13656873	25	2.8	25	91	2	106	25	23	22	28	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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