genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62773524--62773555	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
62786631--62786838	55	3.9	54	84	4	249	22	24	17	35	1.95
62786817--62786938	47	2.6	47	96	0	217	25	23	13	36	1.92
62786961--62787063	45	2.2	46	81	8	120	21	23	20	34	1.96
62787077--62787161	44	1.9	44	83	4	109	24	21	12	41	1.88
62789672--62789742	24	2.8	27	79	18	89	19	19	19	40	1.91
62789707--62789832	23	5.3	23	77	9	103	26	19	19	34	1.95
62789788--62789852	25	2.6	25	78	7	60	30	23	23	23	1.99
62810863--62810920	30	1.9	30	85	0	80	20	36	24	18	1.95
62812670--62812877	42	4.9	42	80	7	197	29	24	17	28	1.97
62812670--62812864	87	2.3	85	81	5	216	29	24	17	28	1.98
62812760--62812873	41	2.8	40	87	4	111	31	24	14	28	1.95
62814575--62814632	25	2.3	25	87	0	80	44	22	10	22	1.82
62816486--62816629	75	1.9	75	95	0	261	29	29	16	25	1.97
62828135--62828198	20	3.4	19	78	4	67	32	1	0	65	1.02
62828121--62828198	37	2.1	37	83	9	97	29	1	0	69	0.97
62828328--62828367	16	2.5	15	84	11	53	52	0	5	42	1.23
62830271--62830449	97	1.8	97	86	0	259	28	29	17	24	1.98
62836431--62836596	38	4.3	38	80	3	152	19	19	26	34	1.96
62844043--62844095	27	2.0	27	85	7	72	37	18	15	28	1.91
62844506--62844559	28	2.0	28	85	3	74	18	25	20	35	1.95
62850247--62850464	40	5.5	40	87	2	280	22	24	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62856017--62856263	40	6.2	40	90	3	367	24	21	27	26	1.99
62865448--62865678	27	8.6	27	80	2	241	26	14	20	38	1.91
62865555--62865705	27	5.6	27	81	3	117	25	14	19	39	1.90
62865457--62865714	81	3.2	79	79	5	259	25	15	19	39	1.91
62865980--62866032	6	8.8	6	86	14	74	16	16	16	49	1.81
62865980--62866032	11	4.4	12	86	13	74	16	16	16	49	1.81
62865980--62866032	17	3.0	18	94	5	99	16	16	16	49	1.81
62869347--62869610	27	9.8	27	84	4	329	26	15	20	37	1.93
62869347--62869640	81	3.6	81	80	7	330	25	15	20	37	1.93
62869953--62870022	18	3.9	18	77	3	88	20	20	12	47	1.82
62869953--62870021	35	1.9	36	85	2	95	20	20	11	47	1.80
62873064--62873143	40	2.0	40	97	0	151	27	18	32	21	1.97
62873347--62873474	27	4.8	27	81	3	152	25	17	20	36	1.94
62873356--62873474	53	2.2	54	88	4	179	24	18	20	36	1.94
62873821--62873888	18	3.8	18	76	3	66	20	20	11	47	1.81
62881836--62882129	40	7.5	40	88	5	397	24	22	28	24	1.99
62881836--62882129	79	3.7	80	86	6	397	24	22	28	24	1.99
62881832--62882129	119	2.5	119	85	8	412	25	22	28	24	2.00
62884065--62884112	20	2.4	20	79	6	62	29	16	33	20	1.95
62884105--62884153	19	2.6	19	93	0	80	20	18	40	20	1.91
62886200--62886233	12	2.8	12	95	0	59	5	26	0	67	1.13
62886202--62886284	6	12.8	6	70	17	51	6	19	1	73	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62886227--62886264	13	2.8	13	92	4	58	7	13	0	78	0.94
62886228--62886266	14	2.9	13	84	3	51	7	12	0	79	0.93
62886226--62886331	37	3.2	32	67	22	74	9	16	1	71	1.21
62888836--62888883	20	2.4	20	78	0	60	33	16	29	20	1.95
62893586--62893826	116	2.0	120	83	7	307	24	27	22	24	2.00
62893586--62893826	40	6.1	39	84	9	287	24	27	22	24	2.00
62896508--62896558	22	2.3	22	100	0	102	39	23	13	23	1.91
62900628--62900850	40	5.7	40	86	7	271	25	27	22	24	2.00
62900628--62900848	117	1.9	119	84	7	299	24	28	22	24	2.00
62907151--62907191	18	2.3	18	86	0	55	41	0	12	46	1.41
62910269--62910395	40	3.2	40	90	2	184	22	22	26	27	1.99
62910464--62910614	43	3.5	43	88	0	214	12	23	31	33	1.92
62914701--62914757	18	3.2	18	82	9	71	12	24	45	17	1.83
62914707--62914763	18	3.2	18	89	0	87	15	29	38	15	1.89
63003622--63003655	18	1.9	18	88	5	52	50	8	17	23	1.74
63004219--63004417	83	2.4	85	86	7	268	22	20	25	32	1.98
63005413--63005495	38	2.2	37	80	6	96	32	21	22	22	1.98
63008310--63008388	37	2.1	37	85	0	113	27	29	17	25	1.98
63008508--63008919	47	8.7	47	92	5	681	29	30	8	32	1.86
63008508--63008898	96	4.1	96	93	5	690	29	29	8	32	1.86
63013127--63013179	27	2.0	27	85	7	72	37	20	13	28	1.90
63013584--63013643	28	2.2	28	87	3	86	16	25	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63022542--63022788	40	6.2	40	89	3	358	23	21	27	26	1.99
63030972--63031380	47	8.7	47	96	1	730	31	8	29	30	1.87
63030972--63031380	187	2.2	189	95	2	750	31	8	29	30	1.87
63031498--63031576	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
63036230--63036449	27	8.1	27	79	3	237	26	15	20	38	1.92
63036230--63036449	54	4.1	54	83	1	264	26	15	20	38	1.92
63036246--63036476	27	8.6	27	71	10	125	26	14	19	39	1.90
63036230--63036485	81	3.2	79	76	7	223	25	15	19	39	1.91
63036751--63036803	6	8.8	6	82	14	65	18	16	15	49	1.80
63036751--63036803	17	3.0	18	91	5	90	18	16	15	49	1.80
63036758--63036791	11	3.1	11	88	12	52	17	17	17	47	1.84
63040115--63040372	54	4.9	54	79	11	284	25	16	19	37	1.93
63040126--63040372	27	9.4	27	79	10	226	25	17	19	37	1.93
63040715--63040784	18	3.9	18	73	3	70	21	21	11	45	1.83
63044067--63044194	27	4.8	27	81	3	143	26	17	19	36	1.94
63044076--63044194	53	2.2	54	86	4	170	25	18	19	36	1.94
63044078--63044224	27	5.5	28	78	8	110	25	18	18	38	1.93
63044541--63044608	18	3.8	18	78	3	75	20	19	13	47	1.82
63052554--63052807	78	3.2	79	86	8	326	24	23	27	24	2.00
63052554--63052807	40	6.5	40	87	7	335	24	23	27	24	2.00
63058766--63059060	40	7.5	40	89	4	408	24	23	28	24	2.00
63061074--63061122	19	2.6	19	93	0	80	20	18	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63063173--63063247	6	11.8	6	71	14	53	6	20	1	72	1.15
63064249--63064273	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
63065798--63065845	20	2.4	20	78	0	60	33	16	29	20	1.95
63073883--63073923	18	2.3	18	86	0	55	41	0	12	46	1.41
63076998--63077215	40	5.5	40	88	4	300	23	21	28	26	1.99
63081746--63081811	20	3.3	20	78	0	69	10	25	24	39	1.87
63088980--63089131	43	3.5	43	93	0	250	11	24	32	32	1.90
63093240--63093296	18	3.2	18	82	9	71	12	24	45	17	1.83
63093246--63093302	18	3.2	18	89	0	87	15	29	38	15	1.89
63100227--63100558	47	7.1	47	92	0	495	33	10	29	26	1.90
63100394--63100515	22	5.3	22	67	21	79	33	10	28	27	1.90
63100532--63100714	46	4.0	46	92	0	285	34	9	31	24	1.87
63105949--63105984	18	2.0	18	94	0	63	36	16	19	27	1.93
63153339--63153371	14	2.3	15	89	5	50	69	21	6	3	1.24
63156406--63156518	43	2.6	43	91	0	181	10	23	31	33	1.89
63165590--63165805	49	4.6	47	74	10	160	28	19	27	24	1.99
63166876--63166918	21	2.0	22	86	4	61	20	37	18	23	1.94
63171071--63171179	6	17.8	6	71	14	71	47	13	18	20	1.82
63171131--63171202	31	2.3	32	92	2	119	50	13	16	19	1.79
63171082--63171179	37	2.6	37	83	0	106	47	13	18	20	1.81
63171610--63171939	27	12.3	27	86	1	430	24	21	20	33	1.97
63171635--63171993	81	4.4	81	86	2	445	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63171923--63172533	27	22.7	27	80	6	343	31	9	22	36	1.85
63174635--63174713	39	2.0	39	97	0	149	44	7	8	39	1.64
63174776--63174833	29	2.0	29	100	0	116	41	10	24	24	1.86
63174931--63175158	93	2.4	97	79	14	253	26	20	30	22	1.98
63180679--63180733	27	2.0	27	100	0	110	29	7	30	32	1.84
63181328--63181478	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
63189390--63189540	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
63191133--63191265	49	2.7	49	81	6	171	28	20	27	23	1.99
63194311--63194957	47	13.4	47	89	4	855	33	8	28	29	1.87
63194311--63194957	196	3.3	194	91	2	1002	33	8	28	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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