genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13656802--13656886	25	3.4	25	81	13	88	28	22	22	27	1.99
13664550--13664620	25	2.8	25	93	2	115	26	23	21	28	1.99
13687148--13687186	10	3.8	10	86	6	51	71	0	0	28	0.86
13687148--13687187	16	2.5	16	88	8	55	72	0	0	27	0.85
13694444--13694476	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
13694955--13695003	23	2.1	23	96	0	89	32	2	4	61	1.26
13697466--13697512	23	2.0	23	95	0	85	44	25	8	21	1.80
13702937--13703209	46	5.9	46	89	0	386	41	13	23	21	1.88
13709655--13709915	39	6.6	40	86	4	345	25	23	27	23	2.00
13709655--13709912	79	3.3	78	88	5	346	25	23	27	23	2.00
13709651--13709873	118	1.9	118	90	3	360	25	23	27	22	2.00
13709651--13709915	118	2.2	118	86	5	358	26	23	27	23	2.00
13717726--13717943	39	5.5	40	86	4	309	25	22	27	25	2.00
13717718--13717940	118	1.9	118	88	5	344	26	22	26	24	2.00
13717726--13717943	79	2.8	79	90	2	323	25	22	27	25	2.00
13717718--13717982	118	2.2	118	83	7	308	27	21	26	25	1.99
13725058--13725095	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
13726429--13726522	28	3.3	29	74	5	84	55	8	15	20	1.66
13727486--13727533	23	2.1	23	84	0	60	27	4	20	47	1.68
13731066--13731097	15	2.1	15	100	0	64	21	34	6	37	1.79
13735991--13736352	156	2.3	154	85	3	485	30	17	25	26	1.97
13737010--13737084	7	10.9	7	74	8	64	17	1	38	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13737110--13737141	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
13737953--13738048	44	2.2	44	83	5	113	22	42	2	32	1.65
13737969--13738063	44	2.2	44	88	3	138	20	40	1	38	1.59
13741388--13741515	9	13.6	9	73	9	103	46	20	0	32	1.56
13741388--13741483	39	2.6	36	84	9	129	46	19	0	33	1.50
13747073--13747117	21	2.1	21	87	0	63	24	22	53	0	1.46
13747411--13747527	42	2.8	42	88	8	159	25	20	22	31	1.98
13747411--13747550	42	3.3	42	81	8	151	25	20	22	32	1.98
13748964--13749044	42	1.9	42	82	9	103	20	33	27	18	1.96
13752420--13752466	21	2.3	19	82	13	58	25	23	36	14	1.93
13752879--13752917	21	1.9	20	89	5	60	35	5	2	56	1.35
13753258--13753310	26	2.0	26	96	0	97	37	11	24	26	1.89
13768954--13768978	5	5.0	5	100	0	50	0	20	40	40	1.52
13771220--13771248	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
13772633--13772691	29	2.0	29	90	0	91	38	30	8	22	1.83
13780923--13781020	40	2.5	40	84	3	135	32	29	15	22	1.95
13782190--13782258	36	1.9	36	82	5	86	21	14	21	42	1.89
13783358--13783390	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
13791571--13791601	15	2.1	15	93	0	53	51	6	16	25	1.68
13793978--13794296	143	2.2	147	87	5	445	40	3	10	45	1.56
13796865--13796959	42	2.3	42	90	3	147	21	22	17	38	1.93
13797407--13797471	3	21.7	3	93	0	94	33	6	0	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13797937--13797986	22	2.4	21	83	9	66	44	0	6	50	1.26
13797787--13798097	148	2.1	145	86	4	446	43	3	11	42	1.57
13798054--13798118	21	3.2	21	77	10	64	44	3	12	40	1.57
13798729--13798810	43	1.9	43	82	5	103	35	8	12	43	1.72
13803377--13803460	38	2.2	39	79	10	93	41	1	9	47	1.44
13810666--13810704	15	2.5	15	83	4	51	76	0	5	17	0.96
13811099--13811145	23	2.0	24	84	12	62	46	4	17	31	1.67
13820291--13820316	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
13820746--13820797	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13822715--13822766	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13822845--13822896	22	2.4	21	76	20	61	46	17	1	34	1.59
13824635--13825078	46	9.9	46	83	5	390	21	23	13	41	1.88
13824635--13825080	92	5.0	92	81	6	495	21	23	13	41	1.88
13824851--13824924	36	2.1	36	94	0	130	24	24	12	39	1.89
13824770--13825016	128	1.9	128	94	0	440	23	23	12	40	1.88
13830734--13830799	21	3.1	21	77	0	60	18	27	13	40	1.88
13841749--13841779	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
13845287--13845317	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
13847657--13847913	40	6.4	40	90	4	369	22	22	27	27	1.99
13852655--13852753	43	2.3	43	87	0	135	29	17	26	27	1.97
13852768--13852824	30	1.9	30	100	0	114	40	21	17	21	1.92
13855985--13856035	25	2.0	25	84	0	66	33	21	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13856062--13856137	20	3.9	20	83	8	95	36	9	19	34	1.84
13856187--13856283	26	3.8	25	88	1	140	26	23	22	26	2.00
13856187--13856283	51	1.9	51	91	4	160	26	23	22	26	2.00
13856428--13856517	42	2.1	42	93	0	153	27	10	21	41	1.85
13856543--13856648	31	3.4	31	98	0	203	26	17	26	29	1.98
13858312--13858395	40	2.1	40	90	0	132	21	34	26	17	1.96
13866655--13866710	17	3.2	17	78	14	53	51	1	3	42	1.29
13872133--13872213	22	3.7	22	83	0	108	35	14	28	20	1.93
13873099--13873131	17	2.0	17	88	5	50	45	0	30	24	1.53
13877988--13878040	24	2.1	25	93	6	90	35	28	7	28	1.84
13879802--13879858	30	1.9	30	85	7	80	43	7	26	22	1.78
13889097--13889258	42	3.9	40	74	8	128	42	17	21	18	1.89
13889219--13889268	21	2.4	21	80	6	57	44	16	20	20	1.87
13891799--13891828	8	3.8	8	95	0	51	46	0	10	43	1.37
13897492--13897569	36	2.2	36	95	0	138	24	35	21	17	1.95
13905690--13905729	14	2.9	14	88	0	53	37	20	7	35	1.81
13909968--13910016	3	17.7	3	76	16	52	38	0	2	59	1.09
13909979--13910024	24	1.9	24	90	0	74	45	0	0	54	0.99
13910254--13910291	18	2.2	17	90	4	58	68	0	31	0	0.90
13915366--13915404	18	2.1	18	85	9	51	41	2	20	35	1.66
13915870--13915919	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
13916348--13916385	13	2.9	13	81	14	51	57	0	18	23	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13923159--13923196	19	2.0	19	89	0	58	44	2	7	44	1.47
13924396--13924552	43	3.7	43	80	4	174	29	25	18	26	1.98
13928161--13928260	51	2.0	51	88	4	148	35	26	15	24	1.94
13934043--13934175	68	2.0	68	100	0	266	23	26	20	30	1.98
13942395--13942419	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
13942704--13942898	38	4.7	41	78	11	193	29	26	20	24	1.99
13948568--13948641	36	2.1	36	94	0	130	28	12	16	43	1.83
13956969--13957005	19	1.9	19	88	0	56	70	10	5	13	1.32
13957472--13957540	34	2.0	34	100	0	138	30	17	8	43	1.79
13957802--13957860	29	2.0	30	86	3	84	30	6	11	50	1.65
13958635--13958668	16	2.1	17	88	5	52	73	5	8	11	1.24
13962404--13962442	20	2.0	20	89	0	60	43	17	12	25	1.85
13972670--13972713	23	1.9	22	82	17	54	70	0	6	22	1.11
13973893--13974003	43	2.6	42	82	4	125	26	18	23	32	1.97
13978752--13978794	11	3.8	11	80	17	52	65	0	2	32	1.06
13978751--13978829	39	2.1	38	80	7	88	60	1	1	36	1.13
13980010--13980046	18	2.1	18	100	0	74	16	21	24	37	1.93
13981961--13982008	23	2.1	23	100	0	96	37	8	20	33	1.83
13990166--13990212	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
13999171--13999229	31	1.9	31	100	0	118	37	0	11	50	1.39
14004701--14004730	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
14005334--14005389	21	2.7	21	82	0	76	14	32	33	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14005895--14005935	17	2.2	19	83	12	50	0	21	0	78	0.76
14008627--14008716	37	2.4	38	81	5	103	18	7	40	33	1.80
14014069--14014181	46	2.4	46	81	7	122	23	29	17	29	1.97
14014113--14014228	46	2.5	47	80	8	121	24	31	18	26	1.97
14024965--14025084	46	2.6	46	81	10	129	26	26	16	30	1.97
14027237--14027371	31	4.4	30	90	4	191	27	25	17	30	1.97
14027393--14027526	42	3.2	42	96	0	241	32	20	15	30	1.94
14028637--14028907	27	10.0	27	80	5	145	30	9	18	40	1.83
14028725--14028877	54	2.8	54	86	2	209	28	8	22	40	1.83
14028700--14028910	81	2.6	81	80	3	219	29	9	19	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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