genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79620203--79620335	48	2.8	48	82	2	178	27	23	24	24	2.00
79621851--79621909	29	2.0	29	96	0	109	25	10	16	47	1.78
79623662--79623833	43	4.0	43	71	11	136	25	15	25	33	1.95
79629475--79629502	9	3.1	9	100	0	56	35	10	0	53	1.36
79630472--79630529	28	2.1	28	96	0	107	51	0	6	41	1.28
79635543--79635637	39	2.3	42	82	12	126	31	27	15	25	1.96
79635519--79635617	39	2.4	39	79	12	101	31	27	15	26	1.95
79635460--79635643	82	2.3	83	78	11	193	33	26	15	25	1.95
79640404--79640469	33	2.0	33	96	0	123	30	22	18	28	1.97
79641211--79641403	43	4.5	42	77	2	197	30	16	23	30	1.96
79641211--79641407	85	2.3	85	93	0	349	30	16	22	30	1.96
79642125--79642158	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
79648710--79648828	43	2.8	42	79	5	132	27	14	26	31	1.95
79659552--79659609	25	2.3	25	96	0	107	36	18	22	22	1.95
79659567--79659648	26	3.1	27	86	6	107	35	14	23	26	1.93
79674037--79674141	47	2.2	47	94	0	183	35	7	29	27	1.85
79679118--79679150	12	3.0	11	91	8	50	36	0	30	33	1.58
79680561--79680681	52	2.3	52	88	0	179	38	15	19	26	1.92
79680568--79680681	24	4.4	27	75	15	114	37	15	20	26	1.92
79681544--79681625	31	2.7	31	90	3	123	29	25	19	25	1.99
79681855--79681915	25	2.4	25	88	0	86	26	22	21	29	1.99
79681946--79681976	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79682698--79682777	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
79682809--79683044	27	8.7	27	77	3	177	31	8	19	39	1.82
79682816--79683044	54	4.2	54	76	9	196	31	9	18	40	1.82
79683076--79683251	27	6.5	27	79	0	199	42	6	21	29	1.79
79683076--79683273	81	2.4	81	87	0	261	40	7	22	29	1.80
79683076--79683251	54	3.3	54	88	1	255	42	6	21	29	1.79
79683076--79683273	27	7.3	27	79	2	182	40	7	22	29	1.80
79685605--79685669	31	2.1	31	97	0	121	27	23	18	30	1.97
79685611--79685680	31	2.3	31	92	2	115	30	24	14	31	1.94
79685900--79685969	25	2.8	25	86	0	95	25	21	24	28	1.99
79686782--79686842	27	2.3	27	80	5	70	19	24	19	36	1.95
79686896--79686981	27	3.1	27	78	17	104	34	10	15	39	1.81
79686945--79687112	27	6.2	27	82	4	196	29	7	20	42	1.80
79686984--79687142	54	2.9	54	83	3	196	29	10	20	39	1.85
79686960--79687110	81	1.9	81	88	5	234	28	7	21	43	1.79
79686959--79687142	81	2.3	80	83	7	228	28	9	20	41	1.83
79686984--79687149	27	6.1	27	81	4	174	28	10	22	38	1.87
79687141--79687338	27	7.3	27	80	7	188	39	7	24	28	1.82
79687141--79687338	54	3.7	54	85	2	238	39	7	24	28	1.82
79687141--79687338	81	2.4	81	88	0	279	39	7	24	28	1.82
79694261--79694301	21	2.0	21	95	0	73	24	19	34	21	1.97
79694992--79695037	24	1.9	24	100	0	92	26	21	10	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79697879--79698210	18	18.1	18	71	9	161	37	15	12	35	1.84
79697879--79698210	36	9.0	36	74	10	206	37	15	12	35	1.84
79698081--79698144	8	7.0	10	70	25	61	35	10	10	42	1.75
79698427--79698451	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
79698639--79698678	21	2.0	21	85	9	57	42	15	0	42	1.46
79699936--79699976	20	2.2	18	91	8	64	0	29	0	70	0.87
79706859--79706925	31	2.2	31	91	0	107	28	23	16	31	1.96
79706867--79706937	31	2.3	31	87	0	106	29	23	14	32	1.94
79706961--79707052	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
79707197--79707267	26	2.8	26	93	4	119	22	22	26	28	1.99
79708087--79708149	26	2.3	28	79	15	78	22	17	25	34	1.95
79708190--79708271	29	3.0	27	81	10	85	36	10	14	37	1.82
79708277--79708405	27	4.8	27	75	2	125	31	10	20	37	1.86
79708281--79708419	54	2.6	53	78	7	163	32	8	20	38	1.83
79708369--79708594	54	4.2	54	78	4	141	40	7	20	31	1.81
79708397--79708608	27	7.9	27	84	3	221	40	7	23	29	1.81
79708398--79708608	81	2.6	81	81	3	253	39	7	23	29	1.81
79708614--79708703	27	3.3	27	87	3	119	34	8	15	41	1.78
79708614--79708718	27	3.9	27	80	9	90	36	8	15	40	1.78
79712375--79712659	43	6.7	43	84	4	335	27	22	21	28	1.99
79714636--79714666	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
79717932--79717972	21	1.9	22	90	5	66	39	31	7	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79718945--79719104	41	4.0	40	86	4	205	22	22	20	35	1.96
79719135--79719160	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
79739447--79739631	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
79739448--79739631	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
79739500--79739664	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
79747408--79747590	40	4.6	39	84	5	210	24	21	27	25	1.99
79747408--79747590	79	2.3	80	83	7	214	24	21	27	25	1.99
79747459--79747623	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
79753869--79754248	190	2.0	190	97	0	724	27	20	18	33	1.96
79756332--79756456	42	2.9	42	77	8	119	29	26	18	25	1.98
79756325--79756456	43	3.1	42	77	8	133	31	25	18	25	1.98
79756332--79756494	85	1.9	85	82	5	204	27	26	20	24	1.99
79760183--79760399	46	4.6	45	74	13	154	30	20	26	22	1.98
79760183--79760399	48	4.6	47	78	7	192	30	20	26	22	1.98
79760222--79760399	94	1.9	95	88	3	270	30	21	26	21	1.98
79760219--79760592	48	7.9	48	71	11	168	28	20	26	24	1.99
79764014--79764140	67	1.9	67	96	0	236	35	11	14	37	1.83
79764416--79764505	15	6.0	15	70	10	58	11	16	15	56	1.66
79764420--79764506	30	2.9	29	70	14	79	11	16	16	56	1.67
79766078--79766207	47	2.7	47	80	11	149	22	31	18	27	1.97
79772233--79772405	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
79772230--79772400	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79775377--79775438	15	4.2	15	80	10	65	11	19	12	56	1.66
79777837--79778004	46	3.7	46	73	14	166	22	19	26	30	1.98
79781808--79781991	95	1.9	95	96	0	341	41	3	19	36	1.67
79791418--79791590	45	3.7	46	82	11	187	29	16	29	24	1.96
79794480--79794599	46	2.6	45	79	9	127	30	19	27	22	1.98
79794664--79794793	49	2.7	49	84	2	163	30	20	26	23	1.98
79797060--79797287	40	5.8	40	82	3	264	22	28	24	23	1.99
79797067--79797240	79	2.2	80	86	3	244	24	28	24	22	2.00
79797060--79797287	119	1.9	119	92	1	386	22	28	24	23	1.99
79797067--79797287	79	2.8	80	83	2	241	23	28	24	23	1.99
79800055--79800105	19	2.7	19	96	0	93	13	31	35	19	1.91
79800054--79800116	19	3.3	19	84	6	83	12	28	38	20	1.89
79800153--79800205	20	2.7	20	96	0	97	33	18	5	41	1.74
79801913--79802076	46	3.6	46	78	7	158	23	29	20	26	1.99
79809470--79809630	46	3.5	48	78	9	156	25	29	18	26	1.98
79811290--79811449	38	4.0	38	74	13	158	30	24	15	30	1.95
79811295--79811501	85	2.4	85	86	3	299	30	24	14	29	1.95
79811418--79811546	48	2.7	48	83	3	163	32	23	14	29	1.94
79817380--79817516	48	2.9	47	83	8	177	25	18	26	29	1.98
79822612--79822769	43	3.7	43	75	10	126	31	26	17	25	1.97
79825775--79825811	16	2.2	16	90	4	56	70	5	5	18	1.27
79832159--79832196	16	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79832150--79832203	25	2.2	24	83	12	65	31	0	0	68	0.90
79832159--79832222	16	4.1	16	74	8	51	34	3	0	62	1.11
79832233--79832402	12	14.8	12	70	21	73	32	2	1	63	1.17
79832234--79832369	14	9.8	14	70	20	90	30	2	1	64	1.17
79832233--79832394	21	6.9	25	69	23	63	32	2	1	64	1.15
79832233--79832397	30	5.2	32	70	21	93	32	2	1	64	1.14
79832667--79832720	22	2.5	22	78	6	56	22	1	3	72	1.10
79836578--79836615	12	3.2	12	92	0	58	44	13	21	21	1.85
79844506--79844833	45	7.4	45	71	14	209	30	15	27	26	1.96
79844534--79844833	90	3.4	90	90	2	462	31	15	27	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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