genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39018882--39018921	20	2.0	21	85	5	55	42	0	20	37	1.52
39019007--39019064	30	1.9	30	92	0	98	39	13	13	32	1.85
39021174--39021532	47	7.7	46	71	17	177	28	20	27	23	1.99
39021176--39021533	94	3.8	92	74	12	297	29	20	27	23	1.99
39030715--39030768	27	2.0	26	85	3	72	33	16	20	29	1.95
39030752--39031122	27	13.7	27	79	5	273	40	20	8	30	1.82
39031360--39031482	41	3.0	41	90	0	183	23	22	27	26	2.00
39035059--39035107	24	2.0	25	88	4	73	32	22	24	20	1.98
39040427--39040497	34	2.1	34	91	0	115	25	7	8	59	1.52
39040668--39040843	50	3.5	49	80	1	163	25	16	26	31	1.96
39046078--39046119	21	2.0	21	90	0	66	35	7	4	52	1.50
39046293--39046480	50	3.8	49	86	2	243	25	18	27	28	1.98
39046340--39046423	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
39049211--39049249	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
39051818--39051887	34	2.1	34	94	0	122	27	7	8	57	1.55
39052051--39052233	50	3.7	49	79	2	177	26	19	25	28	1.98
39063504--39063540	17	2.2	17	90	0	56	29	16	32	21	1.95
39063629--39064211	194	3.0	193	86	2	819	24	15	13	46	1.81
39065024--39065057	17	2.0	17	94	0	59	32	23	14	29	1.94
39074982--39075006	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
39088057--39088177	47	2.6	47	81	6	145	23	16	24	35	1.95
39104494--39104557	28	2.3	28	88	0	92	21	23	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39112659--39112721	28	2.2	28	82	0	72	23	20	22	33	1.97
39116204--39116315	27	4.2	26	85	7	134	38	23	22	16	1.93
39116204--39116315	54	2.1	54	86	3	154	38	23	22	16	1.93
39123628--39123739	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
39123628--39123739	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
39123845--39123907	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
39131314--39131373	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
39135050--39135190	48	2.9	48	91	2	221	19	18	28	34	1.95
39138363--39138406	20	2.3	19	88	4	61	34	11	4	50	1.59
39143012--39143051	20	2.0	20	100	0	80	35	25	5	35	1.78
39145882--39146031	44	3.4	45	70	18	127	29	26	16	28	1.97
39145855--39146040	88	2.1	88	90	4	286	31	25	15	27	1.95
39150699--39150788	24	3.9	24	70	18	73	34	16	21	27	1.95
39150693--39150808	46	2.5	45	80	8	128	33	18	20	27	1.96
39150901--39150976	23	3.4	22	78	5	80	35	19	15	28	1.93
39150913--39150985	23	3.2	23	76	1	76	34	20	19	26	1.96
39150722--39151074	177	2.0	177	96	0	643	33	21	18	26	1.96
39161011--39161049	6	6.5	6	81	0	51	15	7	0	76	0.99
39168165--39168191	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
39177089--39177204	46	2.5	46	79	9	121	33	18	22	25	1.97
39177082--39177204	23	5.3	23	75	16	92	33	18	23	24	1.97
39179809--39179860	25	2.1	25	96	0	95	25	7	42	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39183756--39183908	66	2.3	65	92	5	247	24	30	15	30	1.95
39190981--39191019	20	2.0	20	100	0	78	33	25	0	41	1.56
39191276--39191431	66	2.3	68	94	2	271	23	30	14	31	1.94
39191276--39191457	66	2.7	66	89	6	226	23	29	14	33	1.94
39202131--39202302	82	2.1	80	93	6	292	38	8	26	26	1.85
39204357--39204848	47	10.5	47	96	0	849	32	8	30	28	1.87
39204967--39205045	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
39217923--39218000	28	2.8	28	76	1	68	38	19	17	24	1.93
39218189--39218240	23	2.3	23	82	0	59	19	17	26	36	1.94
39218411--39218544	33	4.0	33	85	2	162	22	23	26	28	1.99
39227458--39227496	6	6.5	6	81	0	51	76	0	7	15	0.99
39235193--39235255	33	1.9	33	90	0	99	23	23	26	25	2.00
39245473--39245570	38	2.6	38	86	0	133	22	25	27	24	2.00
39245574--39245942	43	8.6	43	91	0	605	11	25	32	30	1.91
39245574--39245941	171	2.1	172	91	0	603	11	25	32	30	1.91
39259144--39259273	54	2.4	55	89	3	201	25	20	23	31	1.98
39266995--39267129	54	2.5	54	86	0	189	22	20	26	30	1.98
39270876--39270906	14	2.1	15	94	5	55	9	6	0	83	0.79
39273345--39273387	22	2.0	22	81	9	52	25	6	37	30	1.82
39275100--39275246	52	2.9	51	89	4	226	29	30	12	27	1.93
39277509--39277687	40	4.5	40	85	2	234	20	28	17	33	1.95
39277545--39277606	20	3.1	20	61	0	52	22	35	12	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39281039--39281210	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
39281031--39281206	46	3.8	46	79	10	214	29	28	20	21	1.98
39283579--39283657	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
39283579--39283666	29	3.0	30	77	11	92	56	15	17	10	1.66
39283590--39283666	15	5.2	15	75	12	70	55	15	16	11	1.68
39286570--39286838	47	5.8	49	77	16	263	28	28	20	22	1.98
39286578--39286838	93	2.8	93	95	2	458	28	29	20	22	1.98
39291326--39291358	17	1.9	17	93	0	57	33	24	18	24	1.97
39301423--39301486	29	2.2	29	94	2	110	45	12	6	35	1.67
39312235--39312458	27	8.3	27	87	2	279	40	14	12	33	1.83
39312235--39312458	81	2.8	81	89	0	340	40	14	12	33	1.83
39315038--39315162	44	2.8	44	78	3	135	28	24	22	24	1.99
39315155--39315352	38	5.2	38	85	1	218	29	25	22	22	1.99
39315622--39315748	43	2.9	43	82	5	157	25	30	18	24	1.98
39315622--39315732	45	2.5	46	84	7	149	27	28	17	27	1.97
39321070--39321145	40	1.9	40	86	5	109	17	34	21	27	1.95
39321071--39321179	40	2.8	40	78	9	98	19	30	20	30	1.97
39324256--39324295	21	1.9	21	94	0	71	37	27	15	20	1.92
39326124--39326166	17	2.4	18	80	11	52	30	0	13	55	1.39
39343572--39343647	34	2.2	35	85	2	109	30	9	9	51	1.65
39354477--39354506	12	2.5	12	94	0	51	6	43	23	26	1.78
39356987--39357138	43	3.5	42	78	7	155	25	17	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39359401--39359480	40	2.0	39	85	2	106	21	23	22	32	1.98
39359567--39359731	40	4.1	39	81	6	170	24	20	23	31	1.98
39359774--39359864	42	2.1	44	88	8	134	35	25	17	21	1.95
39359793--39359902	44	2.6	42	84	7	123	30	25	20	23	1.98
39366388--39366532	73	2.0	73	97	0	272	36	20	10	32	1.87
39366685--39366910	96	2.4	96	87	1	310	22	29	21	26	1.99
39366685--39366920	48	4.9	48	83	7	273	23	28	20	27	1.99
39369206--39369281	34	2.2	34	83	0	98	22	25	23	28	1.99
39374661--39374708	24	2.0	25	87	4	71	14	25	8	52	1.69
39386429--39386672	48	5.1	48	73	13	223	23	28	20	27	1.99
39386424--39386672	96	2.6	95	85	5	324	23	28	20	27	1.99
39390204--39390295	30	3.1	30	96	0	166	32	34	1	31	1.65
39393171--39393329	43	3.7	43	78	5	153	30	25	19	25	1.98
39396103--39396250	79	1.9	79	90	7	237	25	22	27	24	2.00
39396103--39396283	79	2.3	78	84	7	224	27	21	27	24	1.99
39396103--39396250	40	3.7	40	91	7	239	25	22	27	24	2.00
39397716--39397770	27	2.0	28	92	3	94	43	7	3	45	1.49
39397716--39397777	27	2.2	27	88	5	88	43	9	4	41	1.59
39399317--39399630	46	6.6	46	75	12	205	21	30	19	28	1.98
39399364--39399633	94	2.9	92	78	11	246	21	31	19	28	1.97
39399317--39399630	140	2.2	142	82	8	363	21	30	19	28	1.98
39407099--39407503	142	2.9	142	81	5	446	22	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39407047--39407500	46	9.6	47	71	14	255	23	30	18	27	1.97
39407040--39407503	94	4.9	92	73	13	313	23	30	18	27	1.97
39411620--39411816	50	3.9	51	77	7	190	29	26	19	24	1.99
39419031--39419218	50	3.8	49	83	4	216	30	28	17	23	1.97
39424662--39424749	34	2.6	34	92	3	142	27	23	23	25	2.00
39424744--39424808	27	2.4	27	86	0	85	29	20	24	26	1.99
39437151--39437244	40	2.3	41	82	7	104	28	18	27	25	1.98
39445270--39445327	30	2.0	30	86	3	82	41	12	12	34	1.79
39453277--39453353	38	2.0	38	100	0	154	35	15	10	38	1.82
39455299--39455470	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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