genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76368092--76368137	24	1.9	24	90	0	74	45	4	34	15	1.66
76368091--76368144	24	2.2	24	83	0	72	44	3	35	16	1.66
76392392--76392566	49	3.5	49	79	6	217	29	25	17	26	1.98
76392389--76392571	100	1.8	100	95	0	330	29	25	18	26	1.98
76396881--76397026	40	3.6	41	82	10	169	24	22	27	25	2.00
76396881--76397059	80	2.2	80	80	6	186	26	21	26	25	1.99
76397251--76398092	47	17.6	47	94	3	1414	32	8	29	30	1.87
76397251--76398092	145	5.9	142	94	3	1420	32	8	29	30	1.87
76398211--76398289	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76400632--76400870	38	6.2	38	88	1	361	21	23	25	29	1.99
76407248--76407313	31	2.1	31	94	0	114	28	33	4	33	1.78
76407416--76407451	18	2.0	18	100	0	72	33	16	5	44	1.71
76409061--76409127	34	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
76409076--76409115	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
76418412--76418461	15	3.4	14	81	13	55	12	12	18	58	1.64
76418420--76418472	15	3.5	15	84	0	70	11	9	16	62	1.54
76421495--76421608	43	2.7	43	83	1	158	23	16	28	31	1.96
76421569--76421666	51	1.9	51	89	0	151	23	17	29	29	1.97
76421569--76421679	51	2.2	51	85	0	141	24	16	27	31	1.96
76424118--76424152	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
76425378--76425414	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
76428595--76428667	26	2.8	26	95	0	128	26	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76428717--76428783	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
76428717--76428772	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
76428717--76428789	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
76430050--76430085	17	2.1	18	89	5	56	19	47	11	22	1.80
76430851--76430914	31	2.1	31	84	0	83	23	25	15	35	1.94
76431231--76431317	20	4.3	20	92	2	140	34	19	11	34	1.88
76431231--76431306	11	7.5	11	71	16	74	34	19	11	34	1.89
76431248--76431323	9	7.7	10	75	16	63	34	19	10	35	1.86
76433574--76433682	38	2.8	39	73	9	98	30	27	21	21	1.98
76439632--76439670	21	1.9	20	89	5	60	28	2	20	48	1.62
76441548--76441897	178	2.0	179	86	2	497	32	19	8	38	1.82
76442466--76442849	50	7.6	50	79	4	396	29	26	17	26	1.97
76442611--76442692	26	3.2	26	64	19	73	31	28	14	25	1.95
76442459--76442849	151	2.6	151	88	4	574	29	26	17	26	1.97
76442459--76442895	101	4.3	99	77	7	407	30	26	16	26	1.96
76447276--76447330	23	2.4	23	90	0	83	32	41	5	20	1.75
76447913--76448037	29	4.3	29	81	1	153	31	28	13	26	1.94
76448811--76448984	80	2.2	79	86	6	244	48	10	24	16	1.77
76450923--76450955	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
76453744--76453829	29	3.0	29	87	0	118	32	30	12	24	1.92
76461461--76462205	48	15.5	48	96	1	1357	36	6	26	30	1.81
76461461--76462205	194	3.9	192	98	0	1375	36	6	26	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76462352--76462460	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
76463714--76464152	40	11.0	40	87	0	592	22	20	29	28	1.98
76464316--76464366	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
76464363--76464451	28	3.1	28	78	9	99	20	16	30	32	1.95
76465857--76466262	48	8.5	48	98	0	776	37	6	26	29	1.81
76466413--76466498	37	2.3	37	93	0	145	25	17	32	24	1.97
76466190--76466785	305	2.0	305	96	0	1102	32	10	27	29	1.91
76466714--76466785	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
76469453--76469634	40	4.6	40	81	8	194	24	21	28	25	1.99
76471813--76471906	33	2.8	33	85	6	127	26	26	20	26	1.99
76475359--76475457	33	3.0	33	80	0	117	30	24	17	28	1.97
76475641--76475700	27	2.3	27	79	2	68	41	20	20	18	1.90
76479011--76479046	18	2.0	18	100	0	72	16	27	16	38	1.90
76484580--76484680	40	2.4	40	85	6	130	34	30	13	20	1.92
76488849--76488989	46	3.0	46	72	11	117	31	29	19	20	1.97
76490262--76490454	55	3.5	55	79	6	198	24	25	16	33	1.95
76494717--76494842	42	3.0	42	75	6	128	30	12	24	31	1.92
76499110--76499179	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
76499110--76499207	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
76501411--76501605	30	6.5	30	76	8	137	23	25	12	38	1.89
76501411--76501605	60	3.3	59	70	13	164	23	25	12	38	1.89
76501381--76501578	90	2.2	90	81	5	240	23	25	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76501411--76501627	120	1.8	119	87	1	326	23	25	12	38	1.90
76501591--76501656	29	2.3	29	89	0	96	27	27	9	36	1.87
76508289--76508400	41	2.8	40	83	6	136	31	21	24	23	1.98
76508377--76508590	41	5.2	41	87	0	293	23	20	28	28	1.99
76509152--76509186	14	2.5	14	85	0	52	34	0	20	45	1.51
76509684--76509717	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
76514880--76514959	31	2.6	32	81	16	98	26	2	3	67	1.20
76514904--76514950	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
76521625--76521753	27	4.8	27	76	5	118	31	22	10	34	1.89
76521624--76521753	54	2.4	54	85	0	161	31	22	10	35	1.88
76524550--76524628	37	2.1	37	88	0	113	25	32	17	24	1.97
76524747--76525114	47	7.7	47	91	3	558	28	29	8	32	1.88
76524747--76525114	96	3.9	96	90	2	566	28	29	8	32	1.88
76524747--76525114	143	2.6	142	88	4	562	28	29	8	32	1.88
76545020--76545056	11	3.4	11	92	0	56	35	5	35	24	1.78
76549896--76550112	79	2.7	79	82	7	260	26	27	20	25	1.99
76549896--76550119	40	5.7	40	83	6	269	25	27	21	25	1.99
76557472--76557707	119	2.0	120	83	5	300	26	27	21	24	1.99
76557472--76557707	40	5.9	40	84	5	291	26	27	21	24	1.99
76571010--76571084	37	2.0	37	92	5	125	41	24	6	28	1.80
76579729--76579850	22	5.3	22	64	21	70	24	29	12	33	1.92
76579701--76580299	47	12.6	47	93	2	900	27	29	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76581755--76581874	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
76583493--76583754	68	4.0	65	75	12	200	29	16	29	24	1.96
76586628--76586659	16	2.0	16	100	0	64	25	31	18	25	1.98
76595610--76595644	18	1.9	18	100	0	70	45	0	11	42	1.40
76595613--76595652	18	2.2	18	86	0	53	50	5	12	32	1.62
76600212--76600257	19	2.3	20	85	7	58	71	4	15	8	1.26
76600831--76600890	17	3.5	17	72	17	61	38	28	15	18	1.91
76602855--76602893	19	2.1	19	100	0	78	38	5	10	46	1.60
76604946--76605052	51	2.1	51	100	0	214	42	11	10	36	1.75
76605840--76605883	3	14.7	3	100	0	88	0	34	0	65	0.93
76618151--76618175	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
76619040--76619092	22	2.4	22	81	6	63	39	9	0	50	1.35
76619544--76619581	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
76620235--76620266	15	2.1	15	100	0	64	31	15	6	46	1.71
76622702--76622922	40	5.6	40	90	1	311	26	25	23	25	2.00
76626685--76626830	40	3.6	40	84	4	168	36	28	12	22	1.91
76628846--76628878	16	2.1	17	88	11	52	39	24	6	30	1.79
76630720--76630790	35	2.0	35	97	0	133	38	21	11	29	1.88
76633533--76633627	31	3.1	31	98	0	181	40	21	12	26	1.89
76634058--76634119	27	2.3	27	81	13	74	35	12	9	41	1.76
76636727--76636755	13	2.2	13	100	0	58	27	13	6	51	1.66
76639740--76639773	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76644253--76644311	30	1.9	30	82	3	73	47	3	22	27	1.67
76644535--76644588	20	2.7	19	72	8	54	33	0	1	64	1.04
76647625--76647674	11	4.6	11	75	22	52	76	0	0	24	0.80
76647627--76647674	15	3.1	16	85	11	64	75	0	0	25	0.81
76647919--76648192	132	2.1	133	81	3	311	53	10	10	25	1.67
76652519--76652702	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
76652482--76652702	80	2.8	80	78	7	193	26	27	21	24	1.99
76652522--76652702	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
76658875--76659020	42	3.5	42	85	0	175	33	28	17	20	1.96
76666879--76666964	43	2.0	43	88	0	127	29	29	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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