genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16383405--16383434	14	2.1	14	100	0	60	20	0	0	80	0.72
16395616--16396030	44	9.5	44	69	10	160	35	20	22	20	1.96
16395578--16395859	44	6.5	42	69	14	126	35	20	23	20	1.96
16395571--16396048	86	5.5	86	80	6	378	35	20	22	20	1.96
16395822--16395990	43	3.8	43	73	9	144	38	22	19	19	1.93
16398112--16398141	14	2.1	15	93	6	53	16	0	0	83	0.65
16404443--16404504	25	2.7	22	71	21	56	72	0	1	25	0.94
16404447--16404520	13	5.9	12	72	22	55	71	0	2	25	0.99
16404446--16404506	19	3.2	19	75	11	61	73	0	1	24	0.92
16404759--16404807	20	2.4	21	83	13	66	63	0	6	30	1.19
16407482--16407652	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
16407477--16407649	46	3.7	46	79	10	199	30	27	20	21	1.98
16414917--16415497	47	12.3	47	93	1	855	33	9	29	27	1.88
16415369--16415447	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
16415394--16415469	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
16426431--16426462	16	2.0	16	93	0	55	53	6	6	34	1.51
16429478--16429617	27	5.2	28	82	9	159	35	22	23	18	1.96
16429460--16429620	54	3.0	54	89	3	229	34	21	24	19	1.96
16431231--16431338	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	33	1.80
16438266--16438293	13	2.2	13	100	0	56	53	0	7	39	1.28
16457810--16458010	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
16465832--16466026	56	3.7	54	75	11	181	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16465832--16466026	27	7.4	27	78	11	172	28	14	27	30	1.95
16473819--16474017	27	7.4	27	84	4	233	27	15	27	30	1.96
16478587--16478741	82	1.9	80	86	5	222	27	15	28	29	1.96
16478586--16478758	27	6.4	27	83	4	188	27	15	27	29	1.96
16486573--16486722	27	5.6	27	76	12	148	28	15	28	28	1.96
16486680--16486731	25	2.0	25	92	7	86	26	13	28	30	1.94
16486574--16486722	81	1.8	79	83	12	196	27	15	28	28	1.96
16490869--16491021	27	5.6	26	71	18	96	28	27	16	27	1.97
16498948--16499148	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
16502735--16502846	22	5.5	22	75	21	109	46	23	2	27	1.66
16502719--16502824	17	5.7	17	74	21	79	46	23	1	28	1.63
16502734--16502833	19	5.2	19	73	21	100	46	23	2	29	1.63
16502677--16502853	39	4.5	39	89	2	250	45	23	3	27	1.70
16503097--16503436	167	2.0	167	92	0	563	35	22	11	30	1.90
16504884--16504937	21	2.6	21	85	8	76	33	22	14	29	1.94
16506277--16506452	46	3.8	46	74	12	162	21	22	27	29	1.99
16506271--16506413	46	3.0	49	75	16	165	23	19	28	28	1.98
16506271--16506445	93	1.9	93	89	0	269	21	22	27	28	1.99
16509918--16509948	9	3.3	9	91	8	53	0	12	0	87	0.55
16509914--16509946	5	6.6	5	89	10	50	0	15	0	84	0.61
16509914--16509946	14	2.2	16	89	10	52	0	15	0	84	0.61
16510362--16510480	56	2.2	53	83	7	150	21	30	1	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16510362--16510502	56	2.6	54	79	10	137	21	28	2	48	1.62
16517017--16517064	14	3.1	15	86	13	71	18	6	10	64	1.45
16517071--16517152	41	2.0	41	97	0	155	32	7	15	43	1.75
16518359--16518401	22	1.9	23	85	4	61	46	16	2	34	1.60
16518475--16518581	21	5.1	21	72	4	72	44	15	22	16	1.86
16520981--16521084	52	2.0	52	100	0	208	30	28	9	30	1.89
16525516--16525558	22	1.9	23	85	4	61	46	16	2	34	1.60
16525647--16525753	21	5.1	21	67	8	65	42	16	24	15	1.87
16525659--16525753	42	2.3	42	79	3	111	42	14	25	17	1.88
16549030--16549093	30	2.2	29	94	2	110	26	15	23	34	1.95
16560494--16560712	68	3.2	67	77	2	222	34	29	14	21	1.93
16566407--16566478	32	2.2	32	90	0	108	34	15	13	36	1.87
16577861--16578037	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
16577861--16578037	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
16577862--16578016	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
16577858--16578037	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
16586936--16586982	22	2.1	22	100	0	94	34	19	0	46	1.50
16588049--16588109	31	2.0	31	86	0	86	40	6	16	36	1.74
16589637--16589698	28	2.2	28	91	5	99	19	22	22	35	1.96
16589646--16589699	28	1.9	28	100	0	108	20	22	18	38	1.93
16591666--16591762	34	2.9	34	98	0	185	26	25	20	26	1.99
16592223--16592289	18	4.1	17	70	20	61	11	43	31	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16592210--16592283	31	2.4	31	97	0	139	9	41	32	16	1.80
16592232--16592289	17	3.6	17	69	21	61	12	44	31	12	1.78
16601626--16601719	34	2.8	34	82	9	120	28	23	20	27	1.99
16628133--16628223	35	2.7	31	76	15	83	39	3	27	29	1.72
16628170--16628234	32	2.0	33	87	3	96	35	1	30	32	1.67
16628190--16628292	38	2.9	37	78	13	96	38	3	24	33	1.74
16628756--16628805	14	3.8	13	82	10	57	30	2	10	58	1.42
16628756--16628805	12	3.9	12	79	20	57	30	2	10	58	1.42
16628756--16628814	26	2.2	28	85	8	79	30	3	8	57	1.45
16630292--16630550	46	5.5	48	77	11	227	28	18	28	23	1.98
16630292--16630604	46	6.6	50	74	16	176	27	19	29	23	1.98
16632896--16632966	35	2.0	35	94	0	124	47	11	32	8	1.69
16635579--16635711	52	2.6	51	82	5	153	26	15	24	33	1.95
16635740--16635861	51	2.4	51	80	10	133	27	17	29	26	1.97
16643442--16643509	33	2.1	33	100	0	136	26	11	14	47	1.79
16644231--16644589	47	7.6	46	72	12	216	28	19	28	23	1.98
16645745--16645784	21	2.0	21	85	5	55	10	35	30	25	1.88
16647759--16647824	33	2.0	33	96	0	123	18	43	12	25	1.84
16651874--16652043	46	3.7	46	79	13	213	28	30	20	20	1.98
16651882--16652053	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
16651879--16652068	46	4.1	46	74	14	149	28	28	21	21	1.98
16653204--16653476	136	2.0	135	90	0	429	38	20	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16653727--16653798	34	2.1	34	92	2	119	38	6	18	36	1.77
16653752--16653860	45	2.4	45	89	0	164	41	8	15	34	1.77
16657905--16657951	20	2.4	20	89	3	69	59	10	0	29	1.31
16657916--16657959	20	2.2	20	83	0	52	59	11	2	27	1.44
16664564--16664627	32	2.0	32	96	0	119	59	10	6	23	1.54
16668535--16668854	139	2.3	139	86	1	444	35	18	18	26	1.94
16669470--16669559	45	2.0	44	93	2	153	56	10	10	23	1.62
16670587--16670634	20	2.4	20	82	0	60	41	22	25	10	1.85
16672325--16672369	14	3.3	14	80	20	51	22	8	11	57	1.60
16692049--16692081	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
16695451--16695558	26	4.2	26	91	0	180	35	25	7	32	1.84
16696838--16696875	19	2.0	19	94	0	67	42	18	5	34	1.73
16698577--16698603	10	2.7	10	100	0	54	33	7	37	22	1.82
16701966--16702091	42	3.0	42	81	2	135	30	26	15	28	1.96
16717272--16717516	40	6.1	40	82	1	258	19	26	17	36	1.94
16728024--16728053	3	10.0	3	92	0	51	36	0	30	33	1.58
16731636--16731676	21	2.0	21	100	0	82	26	14	9	48	1.75
16740502--16740673	67	2.6	67	80	10	176	33	16	27	22	1.95
16748353--16748382	13	2.2	14	94	5	53	80	0	6	13	0.91
16748352--16748385	13	2.4	14	85	14	52	79	0	5	14	0.91
16755791--16755826	14	2.5	14	90	4	54	69	0	27	2	1.02
16756599--16756642	6	7.2	6	81	2	52	20	20	13	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16756610--16756642	12	2.8	12	100	0	66	24	18	9	48	1.76
16759494--16759545	26	2.0	26	96	0	95	30	7	25	36	1.84
16762697--16762727	12	2.6	12	94	0	53	9	25	48	16	1.76
16767598--16767653	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
16769139--16769187	25	2.0	25	88	8	73	40	20	16	22	1.91
16776741--16776785	15	3.0	15	80	0	54	11	13	15	60	1.60
16779191--16779459	46	5.8	45	75	11	258	22	20	28	28	1.99
16779187--16779405	47	4.7	47	75	14	204	22	20	28	27	1.99
16779187--16779451	93	2.8	93	94	0	467	22	21	29	27	1.99
16786946--16787065	43	2.8	43	83	2	134	26	22	29	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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